AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

Obsah

• Funkce
• Licence
• Návod
• Často Kladené Otázky
• Platforma Poznámky a Instalace
  • Okna
  • Linux
  • Mac
  • Budování od Zdroje
• Další Software
• Využití
  • Shrnutí
  • Konfigurační Soubor
  • Hledání Prostoru
  • Úplnost
  • Výstup
  • Pokročilé Možnosti
• Virtuální Screening
• Historie
• Citační
• Získání Nápovědy
• Hlášení Chyb

Vlastnosti

Správnost AutoDock Vina výrazně zlepšuje průměrná přesnost závazný režim předpovědi v porovnání s AutoDock 4, soudě podle našich testů na školení, které se používá v AutoDock 4 vývoj. kromě toho a nezávisle na sobě, AutoDock Vina byla testována proti virtuální screening benchmark nazvaný Adresář Užitečných Návnady, které Watowich group, a bylo zjištěno, že být“silný konkurent proti jiné programy, a v horní části balení v mnoha případech“. Je třeba poznamenat, že všech šest dalšíchdokovací programy, ke kterým byly porovnány, jsou distribuovány komerčně. Kompatibilita nástrojů AutoDock pro svůj vstup a výstup používá Vina stejný formát souboru PDBQT molekulární struktury používaný společností AutoDock. PDBQT soubory mohou být generovány (interaktivně nebo v dávkovém režimu) a prohlížet pomocí MGLTools.Jiné soubory, jako jsou soubory parametrů AutoDock a AutoGrid (GPF, DPF) a grid map soubory nejsou potřeba.

Závazný režim přesnosti predikce na testovací sadě. „AutoDock“ označuje AutoDock 4 a „Vina“ AutoDock Vina 1.

Snadné Použití

Vina je filozofie designu je, že nevyžadují uživatele, pochopit jeho detaily implementace, vyladit obskurní parametry vyhledávání, cluster výsledky, nebo víte, pokročilé algebry (kvaternionů). Vše, co je zapotřebí, jsou struktury molekul, které jsou ukotveny, a specifikace vyhledávacího prostoru včetně vazebného místa. Výpočet mřížkových map a přiřazení atomových nábojů není nutný. Shrnutí použití lze vytisknout pomocí „vina --help„. Souhrn automaticky zůstává synchronizován s možnými scénáři použití.

Zavádění Jakosti,

• Podle návrhu, výsledky by neměly mít statistické zkreslení související konformaci vstupní struktury.
• pozornost je věnována kontrole syntaktické správnosti vstupu a hlášení chyb uživateli přehledným způsobem.
• invariance délek kovalentní vazby je automaticky ověřena ve výstupních strukturách.
• Vina vyhýbá umělých omezení, jako počet atomů ve vstupu, počet torzí, velikost vyhledávacího prostoru, úplnost vyhledávání, atd.

pružné boční řetězce

stejně jako v Autodocku 4 lze některé receptorové postranní řetězce zvolit tak, aby byly během dokování považovány za pružné.

Speed AutoDock Vina má tendenci být rychlejší než AutoDock 4 řádů. více procesorů / jader kromě toho může Vina využít více procesorů nebo jader CPU ve vašem systému, aby výrazně zkrátila dobu provozu. World Community Grid kvalifikované projekty mohou spouštět výpočty AutoDock Vina zdarma na masivně paralelní World Community Grid.Stávající projekty využívající AutoDock Vina tam zahrnují cílení na děti, malárii, leishmaniózu a schistosomiózu.Některé z těchto projektů průměrně přes 50 let v hodnotě výpočtu za den.

Průměrný čas na receptor-ligand pár na testovací sadě.“AutoDock“ označuje AutoDock 4 a „Vina“ AutoDock Vina 1.

Licence

AutoDock Vina je šířen pod velmi tolerantní licencí Apache, s několika omezeními na komerční nebo non-komerční použití, nebo na odvozená díla.Text licence naleznete zde.

Tutorial

pokud jste AutoDock Vina nikdy předtím nepoužívali, prostudujte si prosím Video tutoriál před pokusem o jeho použití.

Toto video tutoriál ukazuje, molekulární dokování imatinibu pomocí Vina s AutoDock Tools a PyMOL

Nejčastější Otázky

Jak se dostat začal učit používat Vina?

sledování video tutoriálu může být nejlepší způsob, jak to udělat.

jaký je význam nebo význam názvu „Vina“? Proč byl vyvinut?

viz tento mailing list post.

Jak přesný je AutoDock Vina?

Viz Funkce

Je třeba poznamenat, že prediktivní přesnost se liší hodně v závislosti na cíl, tak to smysl hodnotit AutoDock Vina proti konkrétní cíl,pokud máte známé agenty, nebo vázané nativní struktura ligand, před objednáním sloučenin. Při hodnocení jakéhokoli dokovacího motoru na retrospektivní virtuální obrazovce by mohlo mít smysl vybrat návnady podobné velikosti, a možná i jiné fyzikální vlastnosti, vašim známým aktivům.

jaký je rozdíl mezi AutoDock Vina a AutoDock 4?

AutoDock 4 (a předchozí verze) a AutoDock Vina byly vyvinuty v laboratoři molekulární grafiky na Scripps Research Institute. AutoDock Vina dědí některé myšlenky a přístupy AutoDock 4, jako je léčení dokovací jako stochastické globální opimization z funkce bodování, precalculating mřížka mapy (Vina má, že interně), a některé další provádění triků, jako asprecalculating interakce mezi každý atom typu pár na každou vzdálenost. Používá také stejný typ formátu struktury (PDBQT) pro maximální kompatibilitu s pomocným softwarem.

Nicméně, zdrojový kód, bodování funcion a skutečné algoritmy jsou zbrusu nové,takže to je více správné, že AutoDock Vina jako nové „generace“, spíše než „verze“ AutoDock. Výkon byl porovnán v původní publikaci a v průměru AutoDock Vina udělalvýrazně lepší, a to jak v rychlosti, tak v přesnosti. Nicméně, pro daný cíl, kterýkoli program může poskytnout lepší výsledek, i když AutoDock Vina je pravděpodobnější, že tak učiní.To je způsobeno skutečností, že bodovací funkce jsou odlišné a obě jsou nepřesné.

jaký je rozdíl mezi nástroji AutoDock Vina a AutoDock?

AutoDock Tools je modul ve MGL Tools softwarový balík speciálně pro generování vstupních (PDBQT soubory) forAutoDock nebo Vina. Může být také použit pro prohlížení výsledků.

mohu ukotvit dva proteiny s AutoDock Vina?

můžete to udělat, ale AutoDock Vina je určen pouze pro dokování receptorů-ligand. Existují lepší programy pro dokování bílkovin a bílkovin.

bude Vina běžet na mém 64bitovém počítači?

Ano. Podle návrhu mohou moderní 64bitové stroje nativně spouštět 32bitové binární soubory.

proč se dostanu “ nelze otevřít conf.txt “ chyba? Soubor existuje!

Často, soubor prohlížeče skrýt příponu souboru, takže když si myslíte, že máte soubor, „conf.txt„, je to vlastně volal „conf.txt.txt„.Toto nastavení lze změnit v Ovládacích panelech nebo v předvolbách systému.

měli Byste se také ujistit, že cesta k souboru se poskytuje, je správné s ohledem na adresář (složku), např. pokud máte na mysli jednoduše, aby conf.txt v příkazovém řádku, ujistěte se, že jste ve stejném adresáři (složce)jako tento soubor. Můžete použít ls nebo dir příkazy na Linux/MacOS a Windows, respektive vypsat obsah adresáře.

proč mám „chyby při použití“, když se snažím sledovat video tutoriál?

možnosti příkazového řádku se od nahrání tutoriálu poněkud změnily. Zejména „--out“ nahrazeno „--all„.

Vina běží dobře na mém počítači, ale když ho spustím na svém exotickém linuxovém clusteru, dostanu chybu“ boost thread resource“. Proč?

váš linuxový cluster je nakonfigurován tak, aby zakázal tření vláken. Proto Vina nemůže běžet. Obraťte se na správce systému.

proč se moje konformace v doku liší od toho, co získáte ve video tutoriálu?

dokovací algoritmus je nedeterministický. I když u tohoto páru receptor-ligand odpovídá minimum bodovací funkce správné konformaci, dokovací algoritmus ji někdy nenajde. Zkuste to několikrát a přesvědčte se sami. Všimněte si, že pravděpodobnost, že nenajdete mininum, se může lišit u jiného systému.

Moje ukotvená konformace je stejná, ale moje energie se liší od toho, co získáte ve video tutoriálu. Proč?

funkce bodování se nezměnilo, protože návod byl zaznamenán, ale pouze v části, která je nezávislá na konformaci:ligand-specifické trest pro flexibilitu změnila.

Proč moje výsledky vypadají divně v PyMOL?

PDBQT není standardní formát molekulární struktury. Verze PyMOL používané v tutoriálu (0.99rc6) stane, že displej je dobře (protože PDBQT je poněkud podobný PDB).To nemusí být případ novějších verzí PyMOL.

jakýkoli jiný způsob zobrazení výsledků?

můžete také zobrazení souborů v PDBQT PMV (část MGL Tools), nebo převést do jiného formátu souboru (např. pomocí AutoDock Tools, nebo s „uložit jako“ v PMV)

Jak velká by měla hledat prostor?

co nejmenší, ale ne menší. Čím menší je vyhledávací prostor, tím snazší je pro dokovací algoritmus prozkoumat.Na druhou stranu nebude zkoumat ligand a flexibilní pozice atomu postranního řetězce mimo vyhledávací prostor. Asi byste se měl vyhnout hledat mezery větší než 30 x 30 x 30 Angstromů, pokud jste také zvýšit „--exhaustiveness„.

proč vidím varování o objemu vyhledávacího prostoru nad 27000 Angstrom^3?

je To pravděpodobně proto, že jste chtěli zadat vyhledávací velikostí v „uzlové body“ (0.375 Angströmů), stejně jako v AutoDock 4.Velikost vyhledávacího prostoru AutoDock Vina je místo toho uvedena v Angstromech. Pokud jste opravdu zamýšleli použít neobvyklevelký vyhledávací prostor, můžete toto varování ignorovat, ale všimněte si, že práce vyhledávacího algoritmu může být těžší.Možná budete muset zvýšit hodnotu exhaustiveness, abyste to nahradili. To povede k delší době běhu.

vázaná konformace vypadá rozumně, s výjimkou vodíků. Proč?

AutoDock Vina ve skutečnosti používá funkci bodování Spojených atomů, tj. funkci, která zahrnuje pouze těžké atomy.Proto jsou polohy vodíků ve výstupu libovolné.Vodíky ve vstupním souboru se používají k rozhodnutí, které atomy mohou být dárci vodíkových vazeb nebo akceptory, takže správná protonace vstupních struktur je stále důležitá.

Co vlastně“ vyčerpanost “ pod kapotou ovládá?

v současné implementaci se dokovací výpočet skládá z řady nezávislých běhů, počínaje náhodnými konformacemi.Každý z těchto běhů se skládá z několika postupných kroků. Každý krok zahrnuje náhodné perturbace konformaci následovány lokální optimalizace (pomocí Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno algoritmus) a výběr, ve kterém kroku je buď přijata, nebo ne. Každá lokální optimalizace zahrnuje mnoho vyhodnocení bodovací funkce, stejně jakojeho deriváty v souřadnicích Poloha-orientace-torze.Počet hodnocení v lokální optimalizaci se řídí konvergencí a dalšími kritérii.Počet kroků v běhu je stanoven heuristicky, v závislosti na velikosti a pružnosti ligandu a pružných bočních řetězcích. Počet běhů je však nastaven parametrem exhaustiveness. Vzhledem k tomu, že jednotlivé běhy jsou prováděny paralelně, exhaustiveness také omezuje paralelismus.Na rozdíl od AutoDock 4, v AutoDock Vina, každý běh může přinést několik výsledků: slibné průběžné výsledky jsou zapamatovány.Ty jsou sloučeny, rafinovaný, seskupeny a tříděny automaticky produkovat konečný výsledek.

proč nedostanu správnou vázanou konformaci?

To může být některý z počtu věcí:

• Pokud jsou na cestě z AutoDock 4, velmi častou chybou je zadat hledání místa v „bodů“ (0.375 Angströmů), místo toho, Nm.
• váš ligand nebo receptor nemusí být správně protonován.
• smůla (vyhledávací algoritmus mohl najít správnou konformaci s dobrou pravděpodobností, ale byl prostě nešťastný). Zkuste to znovu s jiným semenem.
• minimum bodovací funkce odpovídá správné konformaci, ale vyhledávací algoritmus má problém ji najít. V tomto případě by měla pomoci vyšší vyčerpanost nebo menší vyhledávací prostor.
• minimum bodovací funkce prostě není tam, kde je správná konformace. Snaží znovu a znovu nepomůže, ale může občas dát správnou odpověď, když se dvě chyby (nepřesné vyhledávání a vyhodnocování) doprava. Dokování je přibližný přístup.
• v souvislosti s výše uvedeným může být viníkem také kvalita struktury rentgenového nebo NMR receptoru.
• pokud neděláte redocking, tj. pomocí správného tvaru indukovaného fit receptoru, možná jsou indukované fit efekty dostatečně velké, aby ovlivnily výsledek dokovacího experimentu.
• kroužky mohou být tuhé pouze během dokování. Možná mají špatnou konformaci, která ovlivňuje výsledek.
• jako vstup používáte 2D (plochý) ligand.
• skutečná vázaná konformace ligandu se může občas lišit od toho, co ukazuje rentgenová nebo NMR struktura.
• další problémy

Jak mohu vyladit funkci bodování?

váhy můžete snadno změnit zadáním v konfiguračním souboru nebo v příkazovém řádku. Například

vina --weight_hydrogen -1.2 ...

zdvojnásobuje sílu všech vodíkových vazeb.

Funkce, která by umožnila uživatelům vytvářet nový atom a pseudo-atom typy a určit jejich vlastní interakce funkcí plánované pro budoucnost.

To by mělo usnadnit přizpůsobení funkce bodování do konkrétních cílů,model kovalentní dokování a makro-cyklu, flexibilita,experimentovat s novými bodování funkce,a pomocí pseudo-atomy, vytvářejí směrový interakce modely.

zůstaňte naladěni na AutoDock mailing list, pokud si přejete být informováni o beta-testech.

proč nedostanu tolik vazebných režimů, kolik specifikuji pomocí „--num_modes„?

tato volba určuje maximální počet vazebných režimů pro výstup. Dokovací algoritmus může interně najít méně „zajímavých“ vazebných režimů.Počet vazebných režimů ve výstupu je také omezen „energy_range„, které můžete chtít zvýšit.

proč se výsledky nezmění, když změním částečné poplatky?

AutoDock Vina ignoruje uživatelem dodané dílčí poplatky. Má svůj vlastní způsob řešení elektrostatických interakcí prostřednictvím hydrofobních a vodíkových vazebných podmínek. Podrobnosti o bodovací funkci najdete v původní publikaci.

něco jsem změnil a nyní jsou výsledky dokování odlišné. Proč?

Za prvé, pokud byste nic nezměnili, některé výsledky by se stejně mohly lišit kvůli nedeterministické povaze vyhledávacího algoritmu.Přesná Reprodukovatelnost může být zajištěna dodáním stejného náhodného seed oběma výpočtům, ale pouze pokud jsou všechny ostatní vstupy a parametry stejné. I drobné změny vstupu mohou mít účinek podobný novému náhodnému semenu.To, co má smysl diskutovat, jsou statistické vlastnosti výpočty:např. „s novým protonace státu, Vina je mnohem méně pravděpodobné, že najít správnou zakotvila konformaci“.

Jak mohu použít pružné boční řetězy?

rozdělíte receptor na dvě části: tuhé a pružné, přičemž tyto jsou poněkud podobné tomu, jak je reprezentován ligand. Viz část „Flexibilní receptorové PDBQT soubory“ uživatelské příručky AutoDock4.2 (strana 14), Jak to udělat v nástrojích AutoDock.Poté můžete vydat tento příkaz: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Viz také tento zápis na toto téma.

Jak mohu provést virtuální screening?

viz příslušná část příručky.

Vezměte prosím na vědomí, že existují různé aplikace pro správu dokování, které vám pomohou v tomto úkolu.

nemám dostatečné výpočetní prostředky pro spuštění virtuální obrazovky. Jaké mám možnosti?

možná budete moci spustit svůj Projekt na síti světové komunity nebo použít DrugDiscovery@TACC. Viz Další Software.

mám nápady na nové funkce a další návrhy.

u navrhovaných nových funkcí jsme rádi,že existuje široká shoda, vyplývající z veřejné diskuse, ohledně jejich nezbytnosti.Zvažte prosím zahájení nebo připojení k diskusi na mailing listu AutoDock.

odpovíte na mé otázky týkající se Vina, pokud vám pošlu e-mail nebo zavolám?

ne. Vina je podporována komunitou. Autoři nemají žádnou povinnost pomáhat druhým s jejich projekty.Naleznete na této stránce, Jak získat pomoc.

poznámky a instalace platformy

Windows

Kompatibilita

Očekává se, že Vina bude fungovat na Windows XP a novějších systémech.

Instalace

Double-klikněte na stažený MSI a postupujte podle pokynů

Běží

Otevřete Příkazový Řádek a, pokud jste nainstalovali Vina ve výchozím umístění, zadejte

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

Pokud používáte Cygwin, výše uvedený příkaz by být místo toho

/cygdrive/c/Program\ Files/\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help

Podívejte se na Video Tutorial pro podrobnosti.Nezapomeňte se podívat na jiný Software pro GUI atd.

Linux

Kompatibilita

Očekává se, že Vina bude pracovat na x86 a kompatibilních 64bitových systémech Linux.

Instalace

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

Volitelně můžete kopírovat binární soubory, kam chcete.

Běh

./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --help

Pokud spustitelný soubor je vPATH, můžete zadat „vina --help“ místo.Podrobnosti najdete ve Video tutoriálu.Nezapomeňte se podívat na jiný Software pro GUI atd.

Mac

Kompatibilita

očekává se, že 64bitová verze bude fungovat na Mac OS X 10.15 (Catalina) a novějších.Očekává se, že 32bitová verze Vina bude fungovat na Mac OS X od 10.4 (Tiger) do 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type „vina --help“ instead.Podrobnosti najdete ve Video tutoriálu.Nezapomeňte se podívat na jiný Software pro GUI atd.

Building from Source

pozor: Building Vina from source není určen pro běžné uživatele!(tyto instrukce mohou být zastaralé)

Krok 1: Nainstalujte C++ compiler suite

Na Windows, můžete nainstalovat Visual Studio; na OS X, Xcode, a na Linux, GCC compiler suite.

Krok 2: Instalace Boost

instalace Boost.(Verze 1.41.0 byla použita ke kompilaci oficiálních binárních souborů. U jiných verzí se vaše štěstí může lišit)poté vytvořte a spusťte jeden z příkladů programů, například příklad regulárního výrazu, abyste potvrdili, že jste tento krok dokončili. Pokud to nemůžete udělat, vyhledejte pomoc od komunity Boost.

Krok 3: Sestavení Vina

Pokud používáte Visual Studio, můžete vytvořit tři projekty:libmainsplit, s zdrojový kód z příslušného podadresáře.libmusí být Knihovna, na které závisí ostatní projekty, amainasplitmusí být aplikace. Pro optimální výkon nezapomeňte kompilovat pomocí režimuRelease.

Na OS X a Linux, možná budete chtít přejít na odpovídající build, podadresář, přizpůsobit Makefilenastavením cest a Boost verze, a pak typ

aby dependmake

Další Software

Upozornění: Tento seznam je pouze pro informační účely a nepředstavuje souhlas.

• nástroje speciálně určené pro použití s AutoDock Vina (v žádném konkrétním pořadí):
  • MGLTools, který zahrnuje nástroje AutoDock (ADT) a Python Molecular Viewer (PMV). ADT je nutné pro generování vstupních souborů pro AutoDock Vina, a PMV může být použit pro zobrazení výsledků
  • PyRx může být použit k nastavení dokování a virtuální screening pomocí AutoDock Vina a zobrazit výsledky
  • nové Autodock/Vina modul pro PyMOL může být použit k nastavení dokování a virtuální screening pomocí AutoDock Vina a zobrazit výsledky
  • Computer-Aided Drug Design Platformy pomocí PyMOL je další modul pro PyMOL, že také integruje AMBER, Snížit a SKLUZAVKA.
  • automatické zvětšování používá AutoDock Vina v jeho racionální drogovou design postup
  • NNScore bude re-skóre Vina výsledky pomocí umělé neuronové sítě vyškolených na Závazné MOAD a PDBBind
  • Vina GUI vrstva Windows Biochemické Laboratoři Řešení mohou být použity k usnadnění virtuální screening pomocí AutoDock Vina
  • VSDK může být použit k usnadnění virtuální screening pomocí AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV mohou být použity k usnadnění virtuální screening pomocí AutoDock Vina
  • DrugDiscovery@TACC vám umožní udělat virtuální screening pomocí AutoDock Vina přes jejich webové stránky
  • NBCR CADD Potrubí poskytuje přístup k virtuální screening pomocí AutoDock Vina na NBCR počítače
  • MOLA je bootovací, self-konfigurace systému pro virtuální screening pomocí AutoDock4/Vina na počítačové clustery,
  • SMINA je modifikace Vina, že odkazy s OpenBabel pro I/O a podporuje další vylepšení bodování funkce
  • Off-Target Potrubí je platforma, určená k provádění sekundární cíl identifikace a dokovací
  • AUDocker mohou být použity k usnadnění virtuální screening pomocí AutoDock Vina
  • World Community Grid může být použit kvalifikovaným projekty pro spuštění výpočtů AutoDock Vina zdarma na masivně paralelní síti počítačů, kde dobrovolníci věnují svůj nečinný čas procesoru.
  • DockoMatic je grafické uživatelské rozhraní určené k usnadnění virtuálního screeningu pomocí AutoDock a AutoDock Vina.
  • VinaLC je modifikace Vina tím, Lawrence Livermore National Laboratory, který využívá MPI na počítačové clustery,
• Další nástroje, které budete pravděpodobně najít užitečné při dokování nebo virtuální screening pomocí AutoDock Vina:
  • PyMOL je jedním z nejpopulárnějších programů pro molekulární vizualizace a může být použit pro prohlížení dokovací výsledky
  • OpenBabel mohou být použity pro konverzi mezi různými struktura, formáty souborů, přiřadit protonace státy, atd.
  • ChemAxon Marvin může být použit k vizualizaci struktur, převést mezi různými struktura, formáty souborů, přiřadit protonace státy, atd.

Použití

Shrnutí

použití shrnutí lze získat s „vina --help

Vstup: --receptor arg pevná část receptoru (PDBQT) --flex arg flexibilní boční řetězce, pokud existuje (PDBQT) --ligand arg ligand (PDBQT)Hledání prostoru (povinné): --center_x arg X souřadnice středu, center_y arg Y souřadnice středu, center_z arg souřadnici Z centra --size_x arg velikost v X rozměr (Nm) --size_y arg velikost v Y rozměr (Nm) --size_z arg velikost Z rozměru (Nm)Výstup (volitelné): - arg output modely (PDBQT), výchozí je vybrán na základě ligand název souboru --log arg volitelně zapsat fileMisc (volitelné): --cpu arg počet Procesorů k použití (výchozí je, aby se pokusili zjistit počet Procesorů nebo, pokud to není možné, použijte 1) --seed arg explicitní náhodné semínko --úplnosti arg (=8) úplnost globální vyhledávání (zhruba úměrná času): 1+ --num_modes arg (=9) maximální počet závazných režimů pro generování --energy_range arg (=3) maximální energetický rozdíl mezi nejlepší závaznou režimu a nejhorší zobrazí (kcal/mol)v Konfiguračním souboru (volitelné): --config arg výše uvedených možností, může být hereInformation (volitelné): --zobrazení nápovědy použití shrnutí --help_advanced zobrazte přehled využití pokročilé volby --version zobrazí verzi programu

Konfiguračního souboru

Pro větší pohodlí, některé možnosti příkazového řádku lze umístit do konfiguračního souboru.

například:

receptor = hsg1/tuhé.pdbqtligand = ligand.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25energy_range = 4

V případě konfliktu, možnost příkazového řádku mají přednost před konfiguračního souboru.

vyhledávací prostor

vyhledávací prostor účinně omezuje, kde by měly ležet pohyblivé atomy, včetně těch v pružných postranních řetězcích.

Úplnosti

default (nebo žádné) nastaveníexhaustiveness, čas strávený na vyhledávání je již pestrá heuristicky v závislosti na počtu atomů, pružnost, atd. Normálně, to nemá smysl strávit další čas hledáním snížit pravděpodobnost nalezení globálního minima funkce bodování rámec toho, co je výrazně nižší, než pravděpodobnost, že minimum je daleko od nativní konformaci.Pokud však máte pocit, že automatický kompromis mezi vyčerpáním a časem je nedostatečný, můžete zvýšit úroveňexhaustiveness. To by mělo zvýšit čas lineárně a snížit pravděpodobnost, že nebude exponenciálně nalezeno minimum.

Výstup

Energie

předpokládaná vazebná afinita je vkcal/mol.

RMSD

hodnoty RMSD se počítají vzhledem k nejlepšímu režimu a používají se pouze pohyblivé těžké atomy. Dvě varianty RMSD metriky jsou k dispozici,

rmsd/lb(RMSD dolní mez) armsd/ub(RMSD horní mez), které se liší v tom, jak jsou atomy uzavřeno na výpočet vzdálenosti:

• rmsd/ub odpovídá každý atom v jedné konformaci se sám v jiné konformaci, bez jakékoli symetrie
• rmsd' odpovídá každý atom v jedné konformaci s nejbližší atom téhož prvku typu v jiné konformaci (rmsd' nelze použít přímo, protože to není symetrické)
• rmsd/lb je definována takto:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

Vodík pozice

Vina používá united-atom funkce bodování. Stejně jako v AutoDock, polární vodíky jsou zapotřebí vstupní struktury správně typ těžkých atomů, jako je vodík dluhopisů dárců. Ve Vina jsou však stupně volnosti, které pohybují pouze vodíky, jako jsou torze hydroxylové skupiny, degenerovány. Proto lze na výstupu očekávat, že některé atomy vodíku budou umístěny náhodně (ale v souladu s kovalentní strukturou). Pro léčbu jednotným atomem je to v podstatě kosmetická záležitost.

Samostatné modely

Všechny předpokládané závazné režimy, včetně pozice flexibilní postranní řetězce jsou umístěny do jedné multimodel PDBQT filespecified „out“ parametr nebo vybrána automaticky, na základě ligand název souboru. V případě potřeby lze tento soubor rozdělitk jednotlivým modelům pomocí samostatného programu s názvem „vina_split“, který je součástí distribuce.

Pokročilé možnosti

„pokročilé možnosti“ společnosti AutoDock Vina jsou určeny především pro zájemce o vývoj metod, nikoli pro koncové uživatele. Použití shrnutí včetně pokročilé možnosti mohou být zobrazeny s

vina --help_advanced

pokročilé možnosti umožňují

• bodování bez minimalizace
• provedení pouze lokální optimalizace
• znáhodnění vstupní s žádné hledání (to je užitečné pro testování dokovací software)
• změna hmotnosti od výchozí hodnoty (viz papír pro jaké váhy to znamená)
• zobrazení jednotlivých příspěvků do mezimolekulárních skóre, než vážení (tyto jsou uvedeny s „--score_only„; viz papíru pro jaké jsou podmínky)

Virtuální Screening

možná Budete chtít vybrat některé z nástrojů uvedených v rámci Jiných Software provést virtuální screening. Alternativně, pokud jste obeznámeni s skriptováním shellu, můžete provádět virtuální screening bez nich.

níže uvedené příklady předpokládají, že Bash je váš shell. Budou muset být přizpůsobeny vašim konkrétním potřebám.

Windows

provést virtuální screening v systému Windows, můžete buď použít Cygwin a Bash skripty, nebo, alternativně, přizpůsobit je pro Windows skriptovací jazyk.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Skript předpokládá, ževinaje ve vašemPATH.V opačném případě jej odpovídajícím způsobem upravte.

PBS Cluster

Pokud máte Linux Beowulf cluster, můžete provádět jednotlivé doky paralelně.

Pokračování našeho příkladu, místo toho, aby provádění všech nakládky ve smyčce lokálně,budeme psát jeden *.job skript na ligand,a používání qsub (PBS příkaz)naplánovat tyto skripty, které mají být provedeny do clusteru.

spusťte tento skript shellu.Skript předpokládá, že vinaqsubPATH.V opačném případě jej odpovídajícím způsobem upravte.

Jednou pracovních míst, byly naplánované, můžete sledovat jejich stav s

qstat -u `whoami`

Výběr Nejlepší Výsledky,

Pokud jste na Unix a v adresáři, který obsahuje adresáře s PDBQT soubory, z nichž všechny jsou AutoDock Vina výsledky,možná zjistíte, tento skript v Pythonu užitečné pro výběr nejlepší výsledky. Spustit jako:

vina_screen_get_top.py 10

získat názvy souborů z top 10 hitů, které pak mohou být snadno kopírovat.

historie

stručné shrnutí změn mezi verzemi naleznete zde.

Citace

Pokud jste použili AutoDock Vina ve své práci, prosím, uvést:

O. Trott, a. J. Olson,AutoDock Vina: zlepšuje rychlost a přesnost dokovací s novým bodování funkce, efektivní optimalizace a multithreading,Věstník Výpočetní Chemie 31 (2010) 455-461

Získání Nápovědy

Prosím vnímat toto pageif máte otázky o AutoDock Vina.

hlášení chyb

potenciální hlášení chyb jsou velmi ceněny, i když si nejste jisti, že se jedná o chyby.Nezahrnujte však žádosti o pomoc spolu s hlášením chyby.Podívejte se na tuto stránkusead.

pravděpodobné chyby:

• ukončení
• Neschopnost ukončit
• Změny délky kovalentní nebo invariantní úhly ve výstupní
• „Samozřejmě špatně“ střety (zkontrolujte, zda vaše „hledání místa“)
• Nesouhlas s dokumentací

Pravděpodobně ne chyby:

• Cokoliv, co se děje před spuštěním Vina nebo po dokončení
• Občasné neshody s experimentem
• Vina odmítnutí otevřít soubor, který neexistuje (např. zkuste ls conf.txt zjistit, zda je soubor skutečně tam)

hlášení

můžete odeslat své zprávy do mailing listu AutoDock. Nezapomeňte uvést popisný řádek“ Předmět “ a všechny informace potřebné k reprodukci problému, který vidíte.