Daniel Jefferson Harris (aka Dirty Dan) přijel do Bellingham Bay area v roce 1853 nebo 1854, a ujal John Thomas, kdo podal pozemek podél Padden Creek. Pomohl Tomášovi založit tam kabinu, ale Thomas zemřel dříve, než byla kabina dokončena. Dan dokončil nárok na zemi a patent byl vydán v roce 1871. On také získal několik okolních vlastnosti a jménem této oblasti Fairhaven, z rodné jméno-viz-lich-em, což znamená bezpečný přístav nebo fair haven (případně i z města v Maine, které mohou nebo nemusí být jeho rodiště). V roce 1883 město založil a začal pozemky prodávat. Jak se jeho jmění zlepšilo, tak se jeho vzhled a pověst, což mu umožnilo oženit se v roce 1885. V roce 1888 prodal většinu svého majetku ve Fairhavenu Nelsonu Bennettovi a odešel do Kalifornie. Nelson Bennett, spolu s Charlesem Larrabee, který přijel v roce 1890 tvořil Fairhaven Pozemků Společnosti, většinou financovaných Larrabee, rozhodl se růst Fairhaven do hlavního města. Povýšili země bohaté na přírodní zdroje, dobré počasí, a nekonečné možnosti, což způsobuje, že populace vzroste z přibližně 150 v roce 1889 8000 na konci roku 1890. Část tohoto nárůstu byla způsobena nákupem Fairhaven Land Company malé osady zvané Bellingham, zastrčené mezi Sehome a Fairhaven, která měla poštu od roku 1883.
Fairhaven, stejně jako mnoho dalších pobřežních městech Washington, soutěžil s ostatními Washington měst na pozici terminálu město Velké Severní Železnice, ale titul nakonec spadl na Seattle. Během tohoto období konkurenceschopnosti, který trval od konce 1870s do poloviny 1880s, Fairhaven přijal jeho kultovní styl 19. století a vzal na estetickou přitažlivost k architektuře a designu. Dokonce i poté, co bylo rozhodnuto, že by house Seattle Great Northern Railroad terminal, populace a esteticky smýšlející výstavby pokračoval boom až do pozdních 1890s. Fairhaven byl oficiálně začleněn 13. května 1890.
během spekulativního šílenství 1890s, grand Fairhaven Hotel byl postaven přilákat železniční magnáty zvolit Fairhaven jako západní pobřeží terminus transkontinentálních železnic. Železnice nikdy nepřišla, ale impozantní zbytek starého hotelu stál až do požáru a demolice v roce 1953.
Na 27. října 1903, občané Fairhaven a občané sousedního města na Bellingham Bay, Whatcom Města, hlasovalo na konsolidaci do jednoho města jménem Bellingham. 28. prosince 1903 bylo oficiálně založeno Nové Město Bellingham.
v roce 1903 získal Fairhaven grant na vybudování první knihovny financované z Carnegie na 12.ulici. Knihovna nadále funguje jako pobočka systému veřejné knihovny Bellingham.
Fairhaven je také známý pro své historické vazby na lososa, konzervaci a z pozdních 1800s až do roku 1940 byl domovem mnoha lososa konzervování operací, které zaměstnávají tolik jako 4,500 pracovníků v této oblasti. V 1940s, Pacific American Fisheries se sídlem v Fairhaven, a byl známý jako největší operace konzervování lososů na světě.