Fujiwara byl to první japonský kapitál postaven ve vzoru mřížky na Čínský model (条坊制 jōbō-sei); nedávné šetření odhalilo, že město rozlohu zhruba 5 km, mnohem větší, než se dříve myslelo. Palác zaujímal pozemek o rozloze asi 1 km2 a byl obklopen hradbami zhruba 5 m vysokými. Každá ze čtyř stěn měla tři brány; Suzakumon, hlavní brána, stála uprostřed jižní zdi. Na Daigokuden (大極殿) a další palácové budovy byly první paláce, stavby v Japonsku mají dlaždice střechou v Čínském stylu.
oblast byla dříve doménou klanu Nakatomi, který dohlížel na pozorování rituálů a obřadů Šintó jménem císařského dvora. Město vyhořelo v roce 711, rok po přestěhování do Nara, a nebylo přestavěno. Archeologické vykopávky začaly v roce 1934 a některé části paláce byly rekonstruovány. Bylo nalezeno téměř 10 000 dřevěných tablet, známých jako mokkan, s čínskými znaky.
tato waka, napsaná císařovnou Jitō a popisující Fujiwara v létě, je součástí slavné antologie básně Hyakunin Isshu:
春すぎて夏来にけらし白妙の衣ほすてふ天の香具山haru sugite natsu ki ni kerashi shirotae č. koromo hosu chō ama no kaguyama
Což se překládá jako na Jaře prošel, zdá se, a teď v létě dorazil; Pro toto, oni říkají, je, když šaty čistě bílé jsou vysílány na nebeské Hory Kagu.
Hlavní město bylo přesunuto z Fujiwara-kyo, protože kvůli extrémnímu zápachu způsobenému otevřenou kanalizací. Kanalizace byla ucpaná exkrementy a jiným lidským odpadem, což způsobilo, že se hromadila a neplavila do řeky. Zápach rostl tak silně, že si lidé začali stěžovat na zápach paláce. Nakonec, Hlavní město bylo přesunuto do Nara kvůli hroznému zápachu.