Hyperchromicita

tepelná denaturace DNA, nazývaná také tavení, způsobuje, že se struktura dvojité šroubovice uvolní a vytvoří jednovláknovou DNA. Když se DNA v roztoku zahřívá nad teplotu tání (obvykle více než 80 °C), dvouvláknová DNA se odvíjí za vzniku jednovláknové DNA. Základny se uvolní a mohou tak absorbovat více světla. Ve svém přirozeném stavu báze DNA absorbují světlo v oblasti vlnové délky 260 nm. Když se báze uvolní, vlnová délka maximální absorbance se nezmění, ale absorbované množství se zvýší o 37%. Dvouvláknový řetězec DNA disociující na dva jednotlivé řetězce vytváří ostrý kooperativní přechod.

Hyperchromicita může být použita ke sledování stavu DNA při změnách teploty. Přechod/teplota tání (Tm) je teplota, kde absorbance UV světla je 50% mezi maximální a minimální, tj. tam, kde 50% DNA je denaturována. Desetinásobné zvýšení koncentrace monovalentních kationtů zvyšuje teplotu o 16,6 °C.

hyperchromním účinkem je výrazné zvýšení absorbance DNA po denaturaci. Oba řetězce DNA jsou spojeny dohromady hlavně stohovacími interakcemi, vodíkovými vazbami a hydrofobním účinkem mezi komplementárními bázemi. Vodíková vazba omezuje rezonanci aromatického kruhu, takže absorbance vzorku je také omezená. Když je dvojitá šroubovice DNA ošetřena denaturovanými činidly, interakční síla, která drží dvojitou spirálovou strukturu, je narušena. Dvojitá šroubovice se pak rozdělí na dva jednotlivé prameny, které jsou v náhodně stočené konformaci. V tomto okamžiku bude interakce báze-báze snížena, čímž se zvýší UV absorbance roztoku DNA, protože mnoho bází je ve volné formě a netvoří vodíkové vazby s komplementárními bázemi. V důsledku toho bude absorbance pro jednovláknovou DNA o 37% vyšší než u dvouvláknové DNA při stejné koncentraci.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.