Pro zábavu, zde je několik příkladů definice:
pochopit složité biologické systémy vyžaduje integrace experimentální a výpočetní výzkum — jinými slovy systémy biologie přístup. (Kitano, 2002)
systémové biologie studium biologických systémů systematicky rušivé (biologicky, geneticky, nebo chemicky); sledování genu, protein a informační cesta odpovědi; integrace těchto dat; a nakonec formulování matematických modelů, které popisují strukturu systému a jeho reakci na jednotlivé poruchy. (Ideker et al, 2001)
cílem systémové biologie je definováno jako pochopení chování sítě, a především jejich dynamické aspekty, což vyžaduje využití methematical modelování úzce souvisí se experimentovat. (Cassman, 2005)
zjistit, jak funkce vzniká v dynamické interakce, biologie systémů adresy chybějící vazby mezi molekulami a fyziologie. Top-down systems biology identifikuje molekulární interakční sítě na základě korelovaného molekulárního chování pozorovaného ve studiích „omics“ v celém genomu. Biologie systémů zdola nahoru zkoumá mechanismy, kterými vznikají funkční vlastnosti při interakcích známých složek. (Bruggeman a Westerhoff, 2007)
proč je tak obtížné přijít se stručnou definicí systémové biologie? Jedním z důvodů by mohlo být, že každá definice musí respektovat křehkou rovnováhu mezi „jin a jang“ disciplíny: integrace experimentální a výpočetní přístupy (Kitano, 2002); rovnováha mezi genomu-široký systémové přístupy (Ideker et al, 2001) a v menším měřítku kvantitativní studie (Tyson et al, 2001); strategie shora dolů versus zdola nahoru k řešení architektury systémů a funkčních vlastností (Bruggeman a Westerhoff, 2007). Ale i přes různorodost názorů a pohledů, tam by mohlo být dva hlavní aspekty, které jsou zachovány přes tyto definice: a) systém-úroveň přístupu pokusy v úvahu všechny komponenty systému; b) vlastností a interakcí složek jsou spojeny s funkcí vykonávaných neporušený systém prostřednictvím výpočetní model. To může ve skutečnosti odhalit další zdroj obtíží, když se snaží definovat, biologie systémů, který je najít obecné a objektivní definici „biologickou funkci“ (nebo Lander je „cílem systému“, viz náš stručný příspěvek Teleologie a Biologie Systémů). Neváhejte se k tomu vyjádřit a navrhnout…
v každém případě, spíše než se příliš snažit nakreslit koncepční hranice teoretickými definicemi, myslel jsem, že by bylo zajímavé sledovat, jak se pole definuje. Všechny původní výzkumné články publikované v Molecular Systems Biology jsem představil do del.icio.nás a označili položky, abychom měli představu o distribuci několika aspektů výzkumu, který publikujeme. Moje značky mají nevyhnutelně poměrně široké významy a hranice jsou často nejasné (např.), ale snažil jsem se co nejlépe tím, že vezme v úvahu následující rozměry:
- rozsah studie: genenome-wide vs malé měřítko nebo single-cell, atd.
- biologické přístup: transcriptomics, proteomika atd…
- výpočetní přístup: simulace, data-řízený srovnávací model, síťový model konstrukce, atd…
- vhled získal: dynamika systému, globální vlastnosti (modularita, robustnost, evolvability…), mechanický pohled, atd…
Tady je výsledek, jako „tag cloud“
Tam je jasné, a není příliš překvapivé, dominance genomu-široký ‚omics‘-typ studia (zejména transcriptomics). Je však také dobré vidět, že malé studie, často využívající kvantitativní přístupy a zaměřené na dynamiku systémů, jsou také dobře zastoupeny. Tato klasifikace je opět velmi hrubá a poněkud libovolná, ale na první pohled poskytuje přehled o krajině systémové biologie. Pokud najdu čas, pokusím se upřesnit koncepty a strukturovanějším způsobem představit náš obsah do freebase. Nalezení strukturovaného způsobu charakterizace“ vhledu “ studie může být obzvláště náročné, ale mohlo by to být poučné cvičení.