|
Automatické oligonukleotid design pro PCR založené na genové syntézy
|
Nápověda
|
dostupnost sekvencí celých genomů se výrazně zvýšil počet bílkovin cílů, z nichž mnohé bude muset být nadměrně exprimován v buňkách jiné, než původní zdroj DNA. Syntéza genů často poskytuje rychlý a ekonomicky efektivní přístup. Syntetický gen může být optimalizován pro expresi a konstruován pro snadnou mutační manipulaci bez ohledu na rodičovský genom. Návrh a konstrukce syntetických genů, zejména těch, které kódují velké proteiny, však může být pomalý, obtížný a matoucí proces. DNAWorks automatizuje návrh oligonukleotidů pro syntézu genů metodami založenými na PCR.
popis původních DNAWorks lze nalézt v naší publikaci (Hoover, D. and Lubkowski, J., 2002).
pro další zlepšení výkonu DNAWorks je velmi důležitá zpětná vazba o úspěchu nebo selhání syntézy genů pomocí DNAWorks. Dejte nám prosím vědět o výsledku vašich syntézních experimentů.
DNAWorks je open-source a lze jej stáhnout z https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Pokud najdete kompilátor a Fortran, můžete spustit DNAWorks pomocí příkazového řádku.
příklad:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc