v roce 1904 Magón uprchl z Mexika, když soudy zakázaly tisk jeho spisů a zůstal ve Spojených státech po zbytek svého života. Polovina tohoto období byla strávena ve vězení. Obnovil vydávání Regeneración a vedl Partido Liberal Mexicano (PLM) (Mexická Liberální strana) ze zahraničí. V roce 1906 odešel do Kalifornie. Kolem této doby došlo v Mexiku k povstání PLM, které byly rozdrceny mexickou vládou. USA sympatizovaly s mexickou vládou a začaly brát vůdce PLM v USA do vazby. Magón se obával, že bude dopaden a bude vrácen do Mexika, kde čelil možnosti popravy.
v roce 1907 byl americký detektiv jménem Thomas Furlong zaměstnán Enrique Creelem, v té době guvernérem Chihuahua, aby lokalizoval Mexické disidenty v USA. Tam bylo velké množství krajanů, kteří věděli o jeho pobytu a jako výsledek, Furlong neměl potíže s lokalizací disidentů ve městě. Magón však žil ve velkém utajení v Los Angeles. Používal pseudonym a pouze dvě další osoby ve městě znaly jeho skutečnou identitu. Pokud ho potřebovali vidět, udělali to mezi půlnocí a úsvitem. Disidenti v St. Louis si brzy uvědomili, že je hledají agenti pracující pro mexickou vládu. Librado Rivera opustil město, aby se vyhnul zajetí, a přestože byl neustále v pohotovosti pro agenty, kteří by ho mohli sledovat, nedokázal jim uniknout. Byl následován do Los Angeles a do Magónova bydliště. Furlong držel dům pod dohledem nějakou dobu. Konečně, 23. srpna 1907, Magón, Rivera a Antonio Villarreal byl vzat do vazby Furlong, jeho dva asistenti a někteří důstojníci z policejní oddělení Los Angeles.
Magón a další členové PLM organizovali brigádu revolucionářů v Douglasu v Arizoně v letech předcházejících jeho přesunu do Los Angeles. Expedice byl poslán do Cananea měděné doly asi třicet kilometrů od jižní hranice Arizony s údajným záměrem hubení všech Američanů zaměstnaných v a o doly. Brigáda byla pronásledována Arizonskými Rangers, kteří je dali k letu, několik z nich zajali. Magón a jeho společníci byli vydáni do Tombstone v Arizoně, kde byli obviněni z porušení zákonů o neutralitě USA. Přestože Americké a Mexické odešel a shromáždil na jejich obranu, že byl usvědčen a odsouzen na osmnáct měsíců v Yuma Věznici, později byl přemístěn do Státu Arizona Vězeňského Komplexu – Florencie. Byly vydány v roce 1910 a znovu obnovily vydávání Regeneración z kanceláře v centru Los Angeles. Mexická občanská válka začala téhož roku, a Magonistas, jako PLM sil byli známí, byli zapojeni v boji po celém Mexiku, spolu s síly Pancho Villa Emiliano Zapaty a Pancho Vilou a Francisco I. Madero.
V květnu 1911 byl Diaz poražen. Madero uspořádal volby, které vyhrál tím, že oklamal Mexické voliče, aby věřili, že spojil své síly s PLM. Magón nadále proti obrovské Americké ekonomické přítomnosti v Mexiku, a Madero pokračující vyvlastňování rolnické půdy. Byl znovu zatčen. Po dvou letech vězení ve státě Washington byl propuštěn a usadil se s bratrem Enriquem v Edendale, severně od přehrady Silver Lake. PLM do této doby neměla žádné finanční prostředky a bratři a jejich přátelé chovali a chovali kuřata na pronajatém pozemku. Pokračoval ve vydávání Regeneración a dělat projevy v regionu. V roce 1916 byl znovu zatčen a obviněn z posílání“ neslušných materiálů “ prostřednictvím americké pošty. S pomocí Emmy Goldmanové udělal kauci. V roce 1918 vydal protiválečný manifest. V tom napsal: „smrt starého řádu je na dosah ruky. Šeptá se v barech, divadlech, tramvajích a domovech, zejména v našich domovech, domovech těch dole.“Pro tyto spisy, byl obviněn z pobuřování podle Zákona o Špionáži z roku 1917, usvědčen a odsouzen na dvacet let za „maření válečného úsilí“, porušení Zákona o Špionáži z roku 1917. Wilson administraci provádí, co se nazývá Palmer Nájezdy, velkoobchod zákrok na válku disidentů a levičáci, že také zametl pozoruhodné socialistů, jako jsou Eugene V. Debs. Magón zemřel ve věznici Leavenworth v Kansasu. Mnoho let trpěl cukrovkou a v době své smrti ztrácel zrak.
příčina smrti Florese Magóna byla zpochybněna. Někteří věří, že byl úmyslně zavražděn vězeňskými strážemi. Jiní tvrdí,že zemřel v důsledku zhoršujícího se zdraví způsobeného jeho dlouhým uvězněním, možná zhoršeno lékařským zanedbáváním úředníků a zaměstnanců Věznice Leavenworth. Magón napsal několik dopisů přátelům stěžoval si vysilující zdravotní problémy a z toho, co on cítil se být účelné zanedbání ze strany vězeňského personálu.
Mexická Poslanecká sněmovna přijala usnesení požadující repatriaci Magónova těla. Uvedl,
podepsaní Poslanci, animované přání vykreslování posmrtný hold velké Mexické revoluční, Ricardo Flores Magón, mučedník a apoštol liberální myšlenky, který právě zemřel chudý a slepý v buňce Yankee vězení, navrhnout, aby tento čestný Shromáždění projít následující usnesení: Že v půdě své rodné země budou na úkor mexické vlády odpočívány smrtelné pozůstatky Ricarda Florese Magóna. Žádáme, aby se o tom okamžitě jednalo bez odkazu na Výbor.(Podepsané) Julian S. Gonzalez, Antonio G. Rivera, E. Baron Obregon, J. M. Alvarez Del Castillo, A. Diaz Tak’ro Y Gama, a další
— Sál Mexický Kongres, Mexico, D. F., 22. listopadu 1922
AMERICKÉ úřady zamítnuta žádost a Magón byl pohřben v Los Angeles. Jeho ostatky byly nakonec repatriovány v roce 1945 a pohřbeny v rotundě slavných osob v Mexico City.