AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

Sisällys

• ominaisuudet

lisenssi

• opetusohjelma
• Usein kysyttyjä kysymyksiä
• alustamuistiot ja asennus
  • Windows

  Linux

• Mac
• rakennus lähteestä

muu ohjelmisto käyttö yhteenveto kokoonpanotiedosto hakuavaruus

• tuotos
• lisäasetukset

/li>

virtuaalinen seulonta

historia

lainaus

Avun saaminen

Raportointivirheistä

ominaisuudet

tarkkuus AutoDock Vina merkittävästi parantaa sidontatilan ennusteiden keskimääräistä tarkkuutta verrattuna autodock 4: ään, päätellen testeistämme autodock 4: n kehitystyössä käytetyllä koulutussarjalla. lisäksi ja itsenäisesti Autodock Vinaa on testattu Watowich Groupin hyödyllisten houkutuslintujen hakemistoksi kutsuttua virtuaalista seulontamittausta vastaan, ja sen todettiin olevan”vahva kilpailija muita ohjelmia vastaan ja monissa tapauksissa pakkauksen huipulla”. On huomattava, että kaikki kuusi muidentocking-ohjelmia, joihin sitä verrattiin, jaetaan kaupallisesti. AutoDock Tools-Yhteensopivuus tulon ja lähdön osalta Vina käyttää samaa Pdbqt-molekyylirakennetiedostomuotoa, jota AutoDock käyttää. PDBQT tiedostoja voidaan luoda (vuorovaikutteisesti tai eräajona) ja tarkastella mgltools.Muita tiedostoja, kuten AutoDock-ja AutoGrid-parametritiedostoja (GPF, DPF) ja grid map-tiedostoja ei tarvita.

Sidontatilan ennustetarkkuus testijoukossa. ”AutoDock ”viittaa autodock 4: ään ja” Vina ” AutoDock Vina 1: een.

helppokäyttöisyys

vinan suunnittelufilosofia ei vaadi käyttäjää ymmärtämään sen toteutuksen yksityiskohtia, muokkaamaan hämäriä hakuparametreja, klusterituloksia tai tuntemaan edistynyttä algebraa (kvaternioita). Tarvitaan vain telakoituvien molekyylien rakenteet ja hakuavaruuden määrittely sitomispaikka mukaan lukien. Ruutukarttojen laskemista ja atomivarausten määrittämistä ei tarvita. Käyttöyhteenvedon voi tulostaa merkinnällä ”vina --help”. Yhteenveto pysyy automaattisesti synkronoituna mahdollisten käyttöskenaarioiden kanssa.

toteutuksen laatu

• suunnittelun perusteella tuloksissa ei pitäisi olla tilastollista harhaa, joka liittyy syöttörakenteen konformaatioon.
• huomiota kiinnitetään syötön syntaktisen oikeellisuuden tarkistamiseen ja virheiden ilmoittamiseen käyttäjälle selkeällä tavalla.
• kovalenttisten sidosten pituuksien invarianssi todennetaan automaattisesti ulostulorakenteissa.
• Vina välttää asettamasta keinotekoisia rajoituksia, kuten syötön atomien määrää, kiertojen määrää, hakuavaruuden kokoa, etsinnän tyhjentävyyttä jne.

joustavat sivuketjut

kuten AutoDock 4: ssä, jotkut reseptorin sivuketjut voidaan valita käsiteltäviksi joustavina telakoinnin aikana.

nopeus AutoDock Vina pyrkii suuruusluokaltaan olemaan nopeampi kuin AutoDock 4. useita suorittimia/ytimiä lisäksi Vina voi hyödyntää useita suorittimia tai suoritinytimiä järjestelmässäsi lyhentääkseen käyttöaikaansa merkittävästi. World Community Grid pätevät projektit voivat suorittaa AutoDock Vina-laskelmia ilmaiseksi massiivisesti rinnakkaisella World Community Grid-järjestelmällä.Olemassa olevia hankkeita käyttäen AutoDock Vina siellä ovat ne targetingAIDS, Malaria, leishmaniaasi jaschistosomiasis.Jotkut näistä hankkeista keskimäärin yli 50 vuotta arvoinen laskenta päivässä.

keskimääräinen aika per reseptori-ligandipari testisarjassa.”AutoDock ”viittaa autodock 4: ään ja” Vina ” AutoDock Vina 1: een.

lisenssi

AutoDock Vina on julkaistu hyvin sallivalla Apache-lisenssillä, jossa on vain vähän rajoituksia kaupalliseen tai ei-kaupalliseen käyttöön tai johdannaisteoksiin.Lisenssin teksti löytyy täältä.

opetusohjelma

jos et ole ennen käyttänyt AutoDock Vinaa, tutustu Opetusvideoon ennen kuin yrität käyttää sitä.

tämä opetusvideo osoittaa imatinibin molekyylitason telakoinnin käyttämällä vinaa autodock-työkaluilla ja pymolilla

usein kysyttyjä kysymyksiä

miten aloita opettelemalla käyttämään vinaa?

opetusvideon katsominen saattaa olla paras tapa siihen.

mikä on nimen ”Vina”merkitys tai merkitys? Miksi se kehitettiin?

katso tämä postituslista.

kuinka tarkka on AutoDock Vina?

Katso ominaisuudet

on huomattava, että ennakoiva tarkkuus vaihtelee paljon kohteesta riippuen,joten on järkevää arvioida AutoDock Vinaa omaan kohteeseen ensin, jos sinulla on tiedossa aktiiveja tai sidottu native ligand-rakenne ennen yhdisteiden tilaamista. Kun arvioit mitä tahansa telakointimoottoria retrospektiivisessä virtuaalinäytössä, saattaa olla järkevää valita houkutuslintuja, jotka ovat samankokoisia ja kenties muita fyysisiä ominaisuuksia tunnetuille aktiiveillesi.

Mitä eroa on AutoDock Vinalla ja AutoDock 4: llä?

AutoDock 4 (ja aiemmat versiot) ja AutoDock Vina kehitettiin molemmat Scripps Research Instituten Molekyyligrafiikkalaboratoriossa. AutoDock Vina perii joitakin ideoita ja lähestymistapoja AutoDock 4, kuten kohtelu telakointi kuin stokastinen globaali opimization pisteytys funktio, precalculating grid kartat (Vina tekee sen sisäisesti), ja joitakin muita täytäntöönpanotemppuja, kuten aspreculating vuorovaikutusta jokaisen atomin tyypin pari jokaisella etäisyydellä. Se käyttää myös samantyyppistä rakenneformaattia (PDBQT) maksimaalisen yhteensopivuuden apuohjelmiston kanssa.

lähdekoodi, pisteytystoiminto ja käytetyt varsinaiset algoritmit ovat kuitenkin aivan uusia, joten on oikeampaa ajatella AutoDock Vinaa uutena ”sukupolvena” eikä Autodockin ”versiona”. Suorituskykyä verrattiin alkuperäisessä julkaisussa, ja keskimäärin AutoDock Vina oli huomattavasti parempi sekä nopeudeltaan että tarkkuudeltaan. Kumman tahansa kohteen kohdalla kumpi tahansa ohjelma voi kuitenkin antaa paremman tuloksen, vaikka AutoDock Vina sen todennäköisemmin tekee.Tämä johtuu siitä, että pisteytys toiminnot ovat erilaisia, ja molemmat ovat epätarkkoja.

Mitä eroa on AutoDock Vinalla ja AutoDock-työkaluilla?

AutoDock Tools on MGL Tools-ohjelmistopakettiin kuuluva moduuli erityisesti syötteen (PDBQT-tiedostojen) tuottamiseen autodockille tai Vinalle. Sitä voidaan käyttää myös tulosten katseluun.

Voinko telakoida kaksi proteiinia AutoDock Vinalla?

saatat pystyä siihen, mutta AutoDock Vina on suunniteltu vain reseptori-ligandien telakointiin. Proteiini-proteiinin telakointiin on parempiakin ohjelmia.

käykö Vina 64-bittisellä koneellani?

Kyllä. Design, nykyaikaiset 64-bittiset koneet voivat ajaa 32-bittisiä binäärejä natiivisti.

Miksi saan ”can not open conf.txt ” virhe? Tiedosto on olemassa!

usein tiedostoselaimet piilottavat tiedostopäätteen, joten vaikka luulet, että sinulla on tiedosto ”conf.txt”, sitä kutsutaan todellisuudessa nimellä ”conf.txt.txt”.Tätä asetusta voidaan muuttaa ohjauspaneelissa tai järjestelmäasetuksissa.

sinun tulee myös varmistaa, että antamasi tiedostopolku on oikea sen kansion (kansion) suhteen, jossa olet, esim.jos viittaat yksinkertaisesti conf.txt komentorivillä, varmista, että olet samassa kansiossa (kansiossa)kuin tämä tiedosto. Voit käyttää ls tai dir komentoja Linuxissa/MacOS ja Windowsissa luetteloimaan hakemistosi sisällön.

Miksi minulle tulee ”käyttövirheitä”, kun yritän seurata opetusvideota?

komentorivivalinnat muuttuivat jonkin verran opetusohjelman tallennuksen jälkeen. Erityisesti ” --out” korvasi ”--all”.

Vina toimii hyvin koneellani, mutta kun pyöritän sitä eksoottisessa Linux-klusterissani, saan ”boost thread resource” – virheen. Miksi?

Linux-klusterisi on konfiguroitu siten, että se estää kutuketjut. Siksi Vina ei voi juosta. Ota yhteyttä järjestelmänvalvojaan.

miksi telakoitunut konformaationi eroaa siitä, mitä saat opetusvideossa?

telakointialgoritmi on ei-deterministinen. Vaikka tällä reseptori-ligandiparilla pisteytysfunktion minimi vastaa oikeaa konformaatiota, telakointialgoritmi ei aina löydä sitä. Kokeile useita kertoja ja katso itse. Huomaa, että todennäköisyys ei löydä mininum voi olla erilainen eri järjestelmässä.

telakoitunut konformaationi on sama, mutta energiat ovat erilaiset kuin mitä opetusvideolla saa. Miksi?

pisteytysfunktio on muuttunut opetusohjelman kirjauksen jälkeen, mutta vain konformaatiosta riippumattomassa osassa:ligandikohtainen joustavuuden rangaistus on muuttunut.

miksi tulokseni näyttävät pymolissa oudoilta?

PDBQT ei ole standardi molekyylirakennemuoto. Opetusohjelmassa käytetty pymolin versio (0. 99rc6) sattuu näyttämään sen hyvin (koska PDBQT on hieman samanlainen kuin PDB).Tämä ei välttämättä päde pymolin uudempiin versioihin.

Onko muita tapoja tarkastella tuloksia?

voit myös tarkastella PDBQT-tiedostoja PMV: ssä (osa MGL-työkaluista) tai muuntaa ne eri tiedostomuotoon (esim. AutoDock-työkaluilla tai ”save as” – ohjelmalla PMV: ssä)

kuinka suuri hakuavaruuden tulisi olla?

mahdollisimman pieni, mutta ei pienempi. Mitä pienempi hakuavaruus, sitä helpompi telakointialgoritmin on tutkia sitä.Toisaalta se ei tutki ligandeja ja joustavia sivuketjuatomeja hakuavaruuden ulkopuolella. Kannattaa todennäköisesti välttää 30 x 30 x 30 Angstrom-hakuavaruuksia, ellei lisää myös ”--exhaustiveness”.

Miksi näen varoituksen siitä, että hakuavaruuden tilavuus on yli 27000 Angstrom^3?

tämä johtunee siitä, että tarkoituksena oli määritellä hakuavaruuden koot ”ruutupisteissä” (0,375 Angstrom), kuten AutoDock 4: ssä.AutoDock Vina haku tilaa koot annetaan Angstroms sijaan. Jos todella aiot käyttää epätavallisen suurta hakuavaruutta, voit jättää tämän varoituksen huomiotta, mutta huomaa, että hakualgoritmin työ voi olla vaikeampaa.exhaustiveness arvoa voi joutua korottamaan sen korvaamiseksi. Tällöin ajoaika pitenee.

sidottu konformaatio näyttää kohtuulliselta vetyjä lukuun ottamatta. Miksi?

AutoDock Vina käyttää itse asiassa yksiatomista pisteytysfunktiota eli sellaista, jossa on mukana vain raskaat atomit.Siksi vedyn sijainnit tuotoksessa ovat mielivaltaisia.Syöttötiedoston vetyä käytetään päättämään, mitkä atomit voivat olla vetysidoksen luovuttajia tai hyväksyjiä,joten syöttörakenteiden oikea protonointi on edelleen tärkeää.

Mitä ”tyhjentävyys” oikeasti ohjaa, konepellin alla?

nykyisessä toteutuksessa telakointilaskelma koostuu useista toisistaan riippumattomista suorituksista alkaen satunnaisista konformaatioista.Jokainen näistä kulkee koostuu useita peräkkäisiä vaiheita. Jokainen vaihe sisältää satunnaisen häiriön konformaatiosta, jota seuraa paikallinen optimointi (käyttäen Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno-algoritmia) ja valinnan, jossa vaihe joko hyväksytään tai ei. Jokainen paikallinen optimointi liittyy monia arviointeja pisteytysfunktio sekä sen johdannaiset kanta-suunta-torsions koordinaatit.Paikallisen optimoinnin arviointien määrää ohjaavat konvergenssi ja muut kriteerit.Juoksun askelmäärä määräytyy heuristisesti ligandin ja joustavien sivuketjujen koon ja joustavuuden mukaan. Juoksujen määrän määrittää kuitenkin exhaustiveness parametri. Koska yksittäiset ajot suoritetaan tarvittaessa rinnakkain, exhaustiveness rajoittaa myös parallelismia.Toisin kuin AutoDock 4: ssä, AutoDock Vinassa jokainen ajo voi tuottaa useita tuloksia: lupaavat välitulokset muistetaan.Nämä yhdistetään, jalostetaan, ryhmitellään ja lajitellaan automaattisesti lopputuloksen aikaansaamiseksi.

Miksi en saa oikeaa sidottua konformaatiota?

se voi olla mikä tahansa monista asioista:

• Jos tulet AutoDock 4: stä, hyvin yleinen virhe on määrittää hakuavaruus ”pisteisiin” (0,375 Angstrom) Angstromien sijaan.
• ligandisi tai reseptorisi ei ehkä ole protonoitunut oikein.
• huonoa onnea (hakualgoritmi olisi hyvällä todennäköisyydellä löytänyt oikean konformaation, mutta oli yksinkertaisesti epäonninen). Yritä uudelleen eri siemenellä.
• pisteytysfunktion minimi correponds to the right conformation, mutta hakualgoritmilla on vaikeuksia löytää sitä. Tällöin suuremman kattavuuden tai pienemmän hakuavaruuden pitäisi auttaa.
• pisteytysfunktion minimi ei yksinkertaisesti ole siinä, missä oikea konformaatio on. Uudelleen ja uudelleen yrittäminen ei auta, mutta voi joskus antaa oikean vastauksen, jos kaksi väärää (epätarkka haku ja pisteytys) tekee oikein. Telakoituminen on likimääräinen lähestyminen.
• edellä mainittuun liittyen syyllinen voi olla myös röntgen-tai NMR-reseptorirakenteen laatu.
• Jos et tee redockingia eli käytä reseptorin oikeaa indusoitua fit-muotoa, ehkä indusoidut fit-vaikutukset ovat riittävän suuria vaikuttaakseen telakointikokeilun lopputulokseen.
• renkaat voivat olla jäykät vain telakoinnin aikana. Ehkä niissä on väärä rakenne, joka vaikuttaa lopputulokseen.
• syöte on 2D (tasainen) ligandi.
• ligandin todellinen sidottu konformaatio voi joskus olla erilainen kuin mitä röntgen-tai NMR-rakenne osoittaa.
• muita ongelmia

miten pisteytystoimintoa voi säätää?

voit muuttaa painoja helposti määrittämällä ne asetustiedostossa tai komentorivillä. Esimerkiksi

vina --weight_vety -1.2 ...

kaksinkertaistaa kaikkien vetysidosten strentiteetin.

tulevaisuudessa suunnitellaan toiminnallisuutta,jonka avulla käyttäjät voisivat luoda uusia atomi-ja pseudoatomityyppejä sekä määritellä omia vuorovaikutusfunktioitaan.

tämän pitäisi helpottaa pisteytysfunktion mukauttamista tiettyihin kohteisiin,mallin kovalenttista telakointia ja makrosyklien joustavuutta,uusien pisteytysfunktioiden kokeilemista ja pseudoatomien avulla suunnattujen vuorovaikutusmallien luomista.

pysy kuulolla AutoDock-postituslistalla, jos haluat saada ilmoituksen betatestijulkaisuista.

miksen saa niin monta sidontatilaa kuin määrittelen ”--num_modes”?

Tämä asetus määrittää lähdön sitovien moodien enimmäismäärän. Telakointialgoritmi saattaa löytää vähemmän ”mielenkiintoisia” sidontatiloja sisäisesti.Sidontatilojen määrää tuotoksessa rajoittaa myös ”energy_range”, jota voi haluta lisätä.

miksi tulokset eivät muutu, kun muutan osalatauksia?

AutoDock Vina ei huomioi käyttäjän toimittamia osamaksuja. Sillä on oma tapansa käsitellä sähköstaattisia vuorovaikutuksia hydrofobisten ja vetysidosehtojen kautta. Katso tarkemmat tiedot pisteytysfunktiosta alkuperäisestä julkaisusta.

muutin jotain, ja nyt telakointitulokset ovat erilaiset. Miksi?

Ensinnäkin, jos et olisi muuttanut mitään, jotkut tulokset olisivat voineet olla erilaisia joka tapauksessa, johtuen hakualgoritmin ei-deterministisestä luonteesta.Tarkka toistettavuus voidaan varmistaa toimittamalla sama satunnainen seed molempiin laskelmiin, mutta vain jos kaikki muut syötteet ja parametrit ovat samat. Pienilläkin syötteen muutoksilla voi olla samanlainen vaikutus kuin uudella satunnaisella siemenellä.Mitä järkeä keskustella ovat laskelmien tilastolliset ominaisuudet: esim. ”uuden protonointitilan myötä Vina on paljon epätodennäköisempää löytää oikea telakoitu konformaatio”.

miten käytän joustavia sivuketjuja?

reseptori jaetaan kahteen osaan: jäykkään ja taipuisaan, joista jälkimmäinen on edustettuna jokseenkin samalla tavalla kuin ligandi. Katso autodock4.2-käyttöohjeen osiosta ”Flexible Receptor PDBQT Files” (sivu 14), miten tämä tehdään AutoDock-työkaluissa.Tämän jälkeen voit antaa tämän komennon: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Katso myös tämä kirjoitus aiheesta.

Miten teen virtuaalisen seulonnan?

katso asiaa koskeva kohta käsikirjasta.

huomaa, että erilaisia telakoinnin hallintasovelluksia on olemassa auttamaan sinua tässä tehtävässä.

minulla ei ole riittävästi laskentaresursseja virtuaalinäytön pyörittämiseen. Mitä vaihtoehtoja minulla on?

voit ehkä ajaa projektisi World Community Gridissä tai käyttää DrugDiscovery@TACC. Tunnisteita Ohjelmisto.

minulla on ideoita uusiin ominaisuuksiin ja muihin ehdotuksiin.

ehdotettujen uusien ominaisuuksien osalta haluamme,että niiden tarpeellisuudesta vallitsee laaja yhteisymmärrys julkisen keskustelun tuloksena.Harkitse keskustelun aloittamista tai liittymistä AutoDock-postituslistalle.

vastaatko kysymyksiini Vinasta, jos lähetän sähköpostia tai soitan sinulle?

Ei. Vina on yhteisön tukema. Tekijöillä ei ole velvollisuutta auttaa muita hankkeissaan.Katso tältä sivulta, miten saat apua.

Alustan muistiinpanot ja asennus

Windows

Yhteensopivuus

Vina: n odotetaan toimivan Windows XP: ssä ja uudemmissa järjestelmissä.

asentaminen

kaksoisnapsauta ladattua MSI-tiedostoa ja seuraa ohjeita

ajaminen

avaa komentokehote ja jos olet asentanut vinan oletuspaikkaan, Kirjoita

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

jos käytät Cygwiniä, yllä oleva komento olisi sen sijaan

/cygdrive/c/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help

katso tarkemmat tiedot opetusvideosta.Älä unohda tarkistaa muita ohjelmistoja GUIs, jne.

Linux

Yhteensopivuus

Vina: n odotetaan toimivan x86: ssa ja yhteensopivissa 64-bittisissä Linux-järjestelmissä.

asentaminen

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

valinnaisesti voi kopioida binääritiedostot minne haluaa.

käynnissä

./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --help

jos suoritustiedosto on sinunPATH, voit vain kirjoittaa ”vina --help” sen sijaan.Katso lisätietoja Opetusvideosta.Älä unohda tarkistaa muita ohjelmistoja GUIs, jne.

Mac

Yhteensopivuus

64-bittisen version odotetaan toimivan Mac OS X 10.15: ssä (Catalina) ja uudemmissa.Vina: n 32-bittisen version odotetaan toimivan Mac OS X: ssä 10.4: stä (Tiger) 10.14: ään (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type ”vina --help” instead.Katso lisätietoja Opetusvideosta.Älä unohda tarkistaa muita ohjelmistoja GUIs, jne.

Building from Source

Attention: Building Vina from source ei ole tarkoitettu tavallisille käyttäjille!(nämä ohjeet saattavat olla vanhentuneita)

Vaihe 1: Asenna C++ – kääntäjäpaketti

Windowsiin, saatat haluta asentaa Visual Studion; OS X: ään, Xcodeen; ja Linuxiin, GCC-kääntäjäpakettiin.

Vaihe 2: Install Boost

Install Boost.(Versiota 1.41.0 käytettiin virallisten binäärien kokoamiseen. Muita versioita, onnesi voi vaihdella) sitten, rakentaa ja ajaa yksi esimerkkiohjelmia, kuten Regex esimerkki, vahvistaa, että olet suorittanut tämän vaiheen. Jos et pysty tähän, pyydä apua Boost-yhteisöltä.

Vaihe 3: Rakenna Vina

jos käytät Visual Studiota, haluat ehkä luoda kolme projektia:libmainjasplit, lähdekoodi asianmukaisista alihakemistoista.libon oltava kirjasto, josta muut projektit riippuvat, jamainjaspliton oltava konsolihakemuksia. Optimaalisen suorituskyvyn varmistamiseksi muista kääntää käyttäenRelease– tilaa.

OS X: ssä ja Linuxissa kannattaa suunnistaa sopivaan build alihakemistoon, muokata Makefileasettamalla polut ja Boost-version ja kirjoittaa sitten

Make DEPENDMAKE

muut ohjelmistot

Vastuuvapauslauseke: Tämä luettelo on vain tiedotustarkoituksessa eikä se ole merkintä.

• työkalut, jotka on erityisesti suunniteltu käytettäväksi AutoDock vinan kanssa (ei tietyssä järjestyksessä):
  • MGLTools, joka sisältää AutoDock-Työkalut (ADT) ja Python Molecular Viewer (PMV). ADT: tä tarvitaan syöttötiedostojen tuottamiseen AutoDock Vinalle, ja PMV: tä voidaan käyttää tulosten katseluun
  • PyRx: ää voidaan käyttää telakointiin ja virtuaaliseen seulontaan AutoDock Vinalla ja tulosten tarkasteluun
  • pymolin uutta Autodock/Vina-liitännäistä voidaan käyttää telakointiin ja virtuaaliseen seulontaan AutoDock Vinalla ja tulosten tarkasteluun
  • tietokoneavusteista lääkkeiden Suunnittelualustaa käyttäen pymol on toinen pymolin liitännäinen, joka integroi myös meripihkan, vähennä ja liu ’ uta.
  • AutoGrow käyttää autodock Vinaa rational drug design-menettelyssään
  • Nnscore tekee Vinatulokset käyttäen keinotekoista neuroverkkoa, joka on koulutettu sitovaan MOADIIN ja Pdbbindiin
  • a Vina GUI layer for Windows by Biochem Lab Solutions can be used to faciliate virtual screening with AutoDock Vina
  • Vsdk can be used to faciliate virtual screening with AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV can be used helpottaakseen virtuaalista seulontaa autodock Vinalla
  • drugdiscovery@TACC mahdollistaa virtuaalisen seulonnan tekemisen Autodock vinalla heidän kotisivujensa

  kautta

  • NBCR CADD Pipeline tarjoaa pääsyn virtuaaliseen seulontaan AutoDock Vina: n kanssa nbcr-tietokoneissa
  • MOLA on käynnistettävä, itseaseteltava järjestelmä virtuaaliseen seulontaan AutoDock4/Vina: n avulla tietokoneryppäissä
  • SMINA on Vina: n muunnos, joka linkittää OpenBabel: iin I/O: lle ja tukee pisteytystoiminnon muita hienosäätöjä
  • Off-Target Pipeline on alusta, joka on tarkoitettu toissijaisen kohteen tunnistamiseen ja telakointiin
  • AUDocker voi käytetään helpottamaan virtuaalista seulontaa AUTODOCK Vina
  • World Community Grid voidaan käyttää päteviä projektit ajaa AutoDock Vina laskelmat ilmaiseksi massiivisesti rinnakkainen verkon tietokoneiden, jossa vapaaehtoiset lahjoittaa joutokäyntiaikaa CPU.
  • DockoMatic on graafinen käyttöliittymä, jonka tarkoituksena on helpottaa virtuaalista seulontaa AutoDock-ja AutoDock-vinoilla.
  • VinaLC on Lawrence Livermore National Laboratoryn tekemä muunnos Vinasta, joka hyödyntää mpi: tä tietokoneryppäissä
• muita työkaluja, joita todennäköisesti löydät hyödyllisiksi telakoituessa tai virtuaalisessa seulonnassa AutoDock Vinalla:
  • PyMOL on yksi suosituimmista molekylaarisen visualisoinnin ohjelmista ja sitä voidaan käyttää telakointitulosten katseluun
  • Openbabelia voidaan käyttää muuntamaan eri rakennetiedostomuotoja, osoittamaan protonitiloja jne.
  • ChemAxon Marvinia voidaan käyttää rakenteiden visualisointiin, muuntamiseen eri rakennetiedostomuotojen kesken, protonitilojen määrittämiseen jne.

käyttö

Yhteenveto

käyttöyhteenvedon voi saada ”vina --help

Input: -- reseptorin ARG jäykkä osa reseptoria (PDBQT) --flex arg joustavat sivuketjut, jos sellaisia on (PDBQT) --ligand arg ligand (PDBQT)Hakuavaruus (pakollinen): --center_x arg X koordinaatti keskustassa --center_y arg y koordinaatti keskustassa --center_z arg Z koordinaatti keskustassa --size_x arg koko X dimension (Angstroms) --size_y arg koko Y dimension (Angstroms) --size_y arg koko Y dimension (Angstroms) --size_y arg koko Y dimension (Angstroms) --size_z arg koko Z-Dimension (angstroms) ulostulo (valinnainen): -- out arg-tulostusmallit (pdbqt), oletus valitaan liganditiedoston nimen perusteella -- log ARG valinnaisesti, kirjoita Log filemisc (valinnainen): -- cpu arg käytettävien suorittimien määrä (oletusarvo on yrittää havaita suorittimien lukumäärä tai, jos näin ei ole, käytä 1) --seed arg eksplisiittinen satunnainen siemen --tyhjentävyys arg (=8) yleishaun kattavuus (karkeasti verrannollinen aikaan): 1+ --num_modes arg (=9) sidontatilojen enimmäismäärä tuottaa --energy_range arg (=3) suurin energiaero parhaan sidontatilan ja huonoimman näytettävän (kcal/mol)asetustiedoston välillä (valinnainen): --config arg edellä mainitut vaihtoehdot voidaan laittaa tästätiedot (valinnainen): -- help display usage summary -- help_advanced display usage summary with advanced options -- version display program version

Configuration file

for convenience, some command line options can be placed into a configuration file.

esimerkiksi:

receptor = hsg1 / rigid.pdbqtligan = ligand.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y = 25size_z=25energy_range = 4

ristiriitatilanteessa komentorivivalinta menee asetustiedoston Ykkösen edelle.

Hakuavaruus

hakuavaruus rajoittaa tehokkaasti sitä, missä liikkuvien atomien, myös joustavissa sivuketjuissa olevien atomien, pitäisi sijaita.

Tyhjentävyys

oletusasetuksellaexhaustivenesshakuun käytetty aika vaihtelee jo heuristisesti riippuen atomien määrästä, joustavuudesta jne. Normaalisti, se ei ole järkevää viettää ylimääräistä aikaa etsimällä vähentää todennäköisyyttä ei löydä globaali minimi pisteytys toiminto yli mitä on huomattavasti pienempi kuin todennäköisyys, että minimi on kaukana natiivi konformaatio.Jos kuitenkin koet, että automaattinen vaihtokauppa tyhjentävyyden ja ajan välillä on riittämätön, voit nostaaexhaustivenesstasoa. Tämän pitäisi lisätä aikaa lineaarisesti ja vähentää todennäköisyyttä, ettei minimiä löydy eksponentiaalisesti.

Lähtö

Energia

ennustettu sitoutumisaffiniteetti onkcal/mol.

RMSD

rmsd-arvot lasketaan suhteessa parhaaseen moodiin ja niissä käytetään vain liikuteltavia raskaita atomeja. Rmsd-metriikasta on kaksi muunnosta,rmsd/lb(rmsd: n alaraja) jarmsd/ub(rmsd: n yläraja), jotka eroavat toisistaan siinä, miten atomit sovitetaan yhteen etäisyyslaskennassa:

• rmsd/ub vastaa jokaista atomia yhdessä konformaatiossa itsensä kanssa toisessa konformaatiossa, jättäen huomiotta symmetrian
• rmsd' vastaa jokaista atomia yhdessä konformaatiossa lähimmän saman elementtityypin atomin kanssa toisessa konformaatiossa (rmsd' ei voida käyttää suoraan, koska se ei ole symmetrinen)
• rmsd/lb määritellään seuraavasti:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

vetyasemat

Vina käyttää yksiatomista pisteytysfunktiota. Kuten Autodockissa, tulorakenteissa tarvitaan polaarivetyjä, jotta raskaat atomit voidaan kirjoittaa oikein vetysidosten luovuttajina. Vinassa kuitenkin vain vetyjä siirtävät vapausasteet, kuten hydroksyyliryhmän torsiot, degeneroituvat. Siksi ulostulossa joidenkin vetyatomien voidaan olettaa sijoittuvan satunnaisesti (mutta yhtäpitävästi kovalenttisen rakenteen kanssa). Yhdistetylle Atom-hoidolle tämä on lähinnä kosmeettinen kysymys.

erilliset mallit

kaikki ennustetut sidontatilat, mukaan lukien joustavien sivuketjujen sijainnit, sijoitetaan yhdeksi multimodel PDBQT-tiedostoksi, joka määritellään ”out” – parametrilla tai valitaan oletuksena liganditiedoston nimen perusteella. Tarvittaessa tämä tiedosto voidaan jakaa yksittäisiin malleihin erillisellä ohjelmalla nimeltä” vina_split”, joka sisältyy jakeluun.

Lisäasetukset

AutoDock vinan ”lisäasetukset” on tarkoitettu ensisijaisesti menetelmien kehittämisestä kiinnostuneiden henkilöiden käyttöön loppukäyttäjien sijaan. Käyttöyhteenvedon lisäasetukset mukaan lukien voi esittää

vina --help_advanced

lisäasetukset sallivat

• pisteytyksen ilman minimointia
• suorittaen vain paikallisen optimoinnin
• satunnaistamalla tulo ilman hakua (tästä on hyötyä telakointiohjelmistojen testauksessa)
• muuttamalla painoja oletusarvoista (katso paperista, mitä painot tarkoittavat)
• näyttämällä yksittäiset osuudet intermolecular score, ennen painotusta (nämä esitetään ”--score_only”; katso paperilta, mitä termit ovat)

Virtual Screening

saatat haluta valita joitakin muiden ohjelmistojen alla lueteltuja työkaluja virtuaalisen seulonnan suorittamiseen. Vaihtoehtoisesti, jos olet perehtynyt shell scripting, voit tehdä virtuaalinen seulonta ilman niitä.

alla olevat esimerkit olettavat, että Bash on komentotulkkisi. Ne on mukautettava erityistarpeisiisi.

Windows

voit suorittaa virtuaalisen seulonnan Windowsissa joko alla olevilla Cygwin-ja Bash-skripteillä tai vaihtoehtoisesti mukauttaa ne Windows-skriptauskielelle.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Skripti olettaa, ettävinaon teidänPATH.Muussa tapauksessa muuta sitä vastaavasti.

PBS-klusteri

Jos sinulla on Linux Beowulf-klusteri,voit suorittaa yksittäiset telakat rinnakkain.

jatkaen esimerkkiämme, sen sijaan että suorittaisimme kaikki telakat Loopissa paikallisesti,kirjoitamme yhden *.job script per ligand,ja käytämme qsub (PBS-komento)ajoittamaan nämä skriptit klusterin suoritettaviksi.

suorita tämä komentotulkkikirjoitus tehdäksesi sen.Skripti olettaa, että vina ja qsub ovat teidän PATH.Muussa tapauksessa muuta sitä vastaavasti.

kun työt on ajoitettu, niiden tilaa voi seurata

qstat-u"whoami"

valitsemalla parhaat tulokset

Jos olet Unixissa ja hakemistossa, joka sisältää hakemistot pdbqt tiedostoja,jotka kaikki ovat autodock Vina tuloksia, saatat löytää tämä python script hyödyllinen valittaessa alkuun tuloksia. Suorita se nimellä:

vina_screen_get_top.py 10

, jotta saadaan 10 parhaan osuman tiedostonimet, jotka voidaan sitten helposti kopioida.

historia

tiivistelmät versioiden välisistä muutoksista löytyvät täältä.

lainaus

jos käytit työssäsi AutoDock Vinaa, siteeraa:

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: telakoinnin nopeuden ja tarkkuuden parantaminen uudella pisteytystoiminnolla, tehokas optimointi ja monilukeminen,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Avun saaminen

katso tämä sivu jos sinulla on kysyttävää AutoDock Vinasta.

vikojen raportointi

mahdollisia vikailmoituksia arvostetaan suuresti, vaikka et olisikaan aivan varma, että ne ovat vikoja.Älä kuitenkaan sisällytä avunpyyntöjä vikailmoitukseesi.Katso tämä sivuinsead.

todennäköiset viat:

• päättymättömyys
• kovalenttisten pituuksien tai invarianttien kulmien muutokset ulostulossa
• ”ilmiselvästi väärät” yhteenotot (tarkista kuitenkin ”hakuavaruutesi”)
• erimielisyys dokumentaation kanssa

todennäköisesti ei vikoja:

• mitään, mitä tapahtuu ennen Vinaa tai sen päätyttyä
• Satunnainen erimielisyys kokeella
• Vina kieltäytyi avaamasta tiedostoa, jota ei ole olemassa (esim. kokeile ls conf.txt nähdäksesi, onko tiedosto todella olemassa)

raportointi

voit lähettää raporttisi Autodockin postituslistalle. Muista antaa kuvaileva ”Aihe” rivi ja kaikki tarvittavat tiedot toistaa ongelma näet.