vuonna 2001 Flowers muutti takaisin Alabamaan, jossa hän keskittyi talouskehitykseen osana Lowndesin Piirikuntakomissiota. Lowndesin piirikunnan asukkaista kolme neljäsosaa on mustia. Vuoteen 2002 mennessä hän oli havainnut useita puutteita paikallisessa viemäröinnissä, muun muassa ihmisiä pidätettiin, koska he eivät maksaneet paikan päällä olevista viemärijärjestelmistä, ja ihmisiä, jotka maksoivat paikan päällä suoritetusta puhtaanapidosta, ei järjestetty riittävästi. Flowers yllättyi siitä, että hallitus tähtää yhteiskunnan köyhimpiin jäseniin eikä paljon varakkaampiin yritysten saastuttajiin. Tämä kokemus motivoi häntä keskittymään ympäristön oikeudenmukaisuuteen ja ilmastoon. Hän sai Yhdysvaltain ympäristönsuojeluvirastolta (EPA) luvan laatia suunnitelman raakajätevesien käsittelemiseksi Lowndesin piirikunnassa.
vuonna 2011 Flowers työskenteli YK: n erityisraportoijan kanssa ymmärtääkseen paremmin köyhyyttä ja sen vaikutuksia infrastruktuuriin Alabaman Lowndesin piirikunnassa. Vuodesta 2015 Flowers on toiminut Senior Fellow ’ n tehtävissä Center for Earth Ethics-tutkimuslaitoksessa. Hän vietti vuoden 2017 Franklin humanististen tieteiden instituutin harjoittajana residenssissä Duken yliopistossa. Hän perusti maaseudun yritys-ja Ympäristöoikeuskeskuksen vuonna 2019.
Flowers ja Columbia Law School Human Rights Institute selvittivät, miten rakenteellinen eriarvoisuus vaikuttaa sanitaation ja puhtaan veden saatavuuteen. Hänen mukaansa syrjäytyneet, köyhät maaseutuyhteisöt kärsivät todennäköisemmin saastuneesta vedestä ja huonosta viemäröinnistä. Yhdessä nämä mahdollistavat suoliston loisinfektioiden, muun muassa hakamadon, leviämisen. Vuonna 2019 Joann Kamuf Ward ja Kukat julkaistiin, huuhdeltiin ja unohdettiin: Sanitaatio ja jätevesi maaseutuyhteisöissä Yhdysvalloissa, jossa Flowers kirjoitti, ” Lowndesin piirikunnassa, Alabamassa, ja monilla sitä ympäröivillä alueilla, perusmukavuuksien puute, jota monet amerikkalaiset pitävät itsestäänselvyytenä, on elämäntapa,”. Raportissa annettiin useita suosituksia, joihin sisältyi toimia vastuuvelvollisuuden parantamiseksi, sen varmistaminen, että asianomaiset yhteisöt osallistuvat päätöksentekoon, sekä asianmukaisen puhtaanapidon varmistaminen yhdenvertaisuuden pohjalta.
vuonna 2019 hän antoi Yhdysvaltain kongressille asiantuntijalausunnon, jossa hän kehotti hallitusta puuttumaan köyhyyteen liittyviin sairauksiin Yhdysvalloissa. Hänet nimitettiin Joe Bidenin Ilmastonmuutostyöryhmään, jonka puheenjohtajana toimii Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers on ryhmän ainoa musta jäsen.