seuran perustivat Mittweidasta kotoisin olevat opiskelijat nimellä Chemnitzer SC Britannia 2.joulukuuta 1899.
28.tammikuuta 1900 Chemnitzer SC Britannia oli Saksan jalkapalloliiton Leipzigin perustajajäsen. Saman vuoden huhtikuussa seura vaihtoi nimensä Chemnitzer BC 1899: ksi.
8.elokuuta 1903 seurasta tuli Verband Chemnitzer Fußball-Vereinen (VCFV) perustajajäsen. Tämä paikallisliitto liitettiin Keski-Saksan suureen alueliitokseen Verband Mitteldeutscher Fußball-Vereineen (vmbv) kaksi vuotta myöhemmin.
vuoteen 1933 asti Chemnitzer BC oli vmbv: n liigojen vahva puoli. He osallistuivat WMBV: n finaalikierrokselle viisitoista kertaa ja pääsivät finaaliin kerran vuonna 1927. Huolimatta 0-4-tappiosta VfB Leipzigia vastaan, Chemnitz pääsi vuoden 1927 Saksan jalkapallon mestaruussarjaan varamestarina, jossa he hävisivät ensimmäisellä kierroksella lopulta mestareita vastaan 1. FC Nürnberg 1-5.
vuonna 1933 Chemnitzer BC 1899 joutui taloudellisiin vaikeuksiin. Huolimatta sulautumisesta paikalliskilpailija SC Sachsen 1909 Chemnitzin kanssa, konkurssilta ja selvitystilalta ei voitu välttyä. Tämän jälkeen puoli muodostettiin heti uudelleen nimellä Chemnitzer BC 1933, joka omaksui vanhan seuran historian. CBC 1933 kuului Gauliga Saksiin toisen maailmansodan loppuun saakka.
FC Karl-Marx-StadtEdit
konfliktin jälkimainingeissa suurin osa saksalaisista järjestöistä liittoutuneiden miehitysviranomaiset lakkauttivat myös urheilu-ja jalkapalloseurat. Puoli perustettiin uudelleen vuonna 1945 nimellä SG Chemnitz Nord, kuten se oli tuolloin yleinen Itä-Saksan jalkapallossa, jossa tehtiin useita nimenmuutoksia, BSG Fewa Chemnitzistä vuonna 1948 BSG Chemie Chemnitziin vuonna 1951. Kun Chemnitzin kaupunki nimettiin uudelleen Karl-Marx-Stadtiksi vuonna 1953, seura seurasi perässä ja otti myös uuden kaupungin nimen. Vuonna 1956 jalkapalloseura liitettiin suurempaan keskitettyyn urheiluseuraan SC Motor Karl-Marx-Stadtiin, joka puolestaan nimettiin vuonna 1963 SC Karl-Marx-Stadtiksi. Jalkapallojaosto erotettiin urheiluseurasta FC Karl-Marx-Stadtiksi vuonna 1966 hallituksen suunnitelman mukaisesti, jonka mukaan eri puolille maata perustettaisiin useita jalkapalloseuroja keskuksiksi, joiden tarkoituksena oli tunnistaa ja kehittää lahjakkuuksia vahvan kansallisen puolen tueksi. Kun kaupunki otti takaisin alkuperäisen nimensä vuonna 1991, joukkue seurasi perässä Chemnitzer FC: ksi.
liityttyään DDR-Oberligaan kaudeksi 1962-1963 seura sai yleisesti huonoja tuloksia sijoittuen useimmiten sarjataulukon alemmalle puoliskolle. Joukkue onnistui yllättävään Itä-Saksan mestaruusvoittoon kauden 1966-67 päätteeksi ja oli mukana voittamassa Itä-Saksan cupia (FDGB Cup) vuosina 1969, 1983 ja 1989. Seura nautti parhaasta kansainvälisestä käänteestään vuonna 1989, edeten kahden alkukierroksen kautta kauden 1989-90 UEFA Cupin 16.kierrokselle ennen kuin se tyrmättiin Juventusta vastaan. Samalla kaudella joukkue sijoittui toiseksi Itä-Saksan mestaruussarjassa, maalierolla toiseksi Dynamo Dresdenin jälkeen.
Saksojen yhdistymisen jälkeen vuonna 1990 Chemnitzer FC pääsi 2. Bundesliigaan kauden 1990-91 NOFV-Oberligan päätteeksi. Kaudesta 1991-1992 alkaen Chemnitz vietti viisi vuotta Saksan jalkapallon toisella sarjatasolla, kunnes putosi vuonna 1996 silloiselle kolmannelle sarjatasolle Regionalligaan ja eteni samana aikana myös kauden 1992-1993 DFB-Pokalin välieriin. Sittemmin seuran merkitys on hiipunut. Seuraavat neljä vuotta jakautuivat Regionalligan ja 2. Bundesliigaan ennen putoamistaan Takaisin Regionalligaan (III) vuonna 2001 ja sen jälkeen NOFV-Oberliga Süd (IV) vuonna 2006. Parin viime vuoden aikana seura nousi kuitenkin hitaasti Saksan liigajärjestelmän kautta jälleen kerran ylennyksillä nyt neljännelle sarjatasolle Regionalligaan vuonna 2008 ja 3. Ligassa vuonna 2011. Vuonna 2018 seura putosi neljännelle sarjatasolle.
seura joutui kohun keskiöön sen jälkeen, kun osa seuran pelaajista ja faneista osoitti kunnioitustaan Thomas Hallerille, merkittävälle äärioikeistoaktivistille ennen kotiotteluaan VSG Altglienickeä vastaan 9.maaliskuuta 2019. Haller, joka huolehti seuran turvallisuudesta ja oli mukana perustamassa Hoonaraa (huligaanit-natsit-rasistit) 1990-luvulla, sai minuutin hiljaisuuden, kun Hallerin kuva näytettiin stadionin suurella näytöllä. Chemnitzer FC: n hyökkääjä Daniel Frahn kohotti paitaa kunnioittaen Halleria ja muita ”paikallisia huligaaneja”. Seuran toimitusjohtaja Thomas Uhlig erosi kohun seurauksena, ja Sparkasse Chemnitz sanoi, ettei se enää sponsoroi seuraa tämän kauden päätyttyä.
elokuussa 2019 seura erotti kapteeninsa Daniel Frahnin, kun häntä syytettiin ”avoimesti” sympatiansa osoittamisesta uusnatsiryhmille seuran kannattajien keskuudessa.