Daniel Jefferson Harris (alias Dirty Dan) saapui Bellinghamin Lahden alueelle vuonna 1853 tai 1854, ja ystävystyi John Thomasin kanssa, joka oli tehnyt maavaltauksen Padden Creekin varrelta. Hän auttoi Thomasia perustamaan sinne mökin, mutta Thomas kuoli ennen mökin valmistumista. Dan viimeisteli vaatimuksen maasta ja patentoitu myönnettiin vuonna 1871. Hän hankki myös useita ympäröiviä kiinteistöjä ja antoi tälle alueelle nimen Fairhaven, alkuperäiseltä nimeltään see-see-lich-em, joka tarkoittaa turvallista satamaa tai fair havenia (mahdollisesti myös Mainessa sijaitsevasta kaupungista, joka saattoi olla hänen syntymäpaikkansa). Hän valtasi kaupungin vuonna 1883 ja alkoi myydä tontteja. Kun hänen omaisuutensa parani, niin hänen ulkonäkönsä ja maineensa paranivat, ja hän sai mennä naimisiin vuonna 1885. Vuonna 1888 hän myi suurimman osan Fairhavenissa sijainneesta omaisuudestaan Nelson Bennettille ja lähti Kaliforniaan. Nelson Bennett muodosti vuonna 1890 paikalle saapuneen Charles Larrabeen kanssa Fairhaven Land Companyn, joka oli pääosin Larrabeen rahoittama ja päätti kasvattaa Fairhavenista suurkaupungin. He edistivät maata, jossa oli runsaasti luonnonvaroja, hyvä sää ja loputtomat mahdollisuudet, minkä vuoksi väkiluku kasvoi vuoden 1889 noin 150: stä vuoden 1890 lopun 8000: een. Osa kasvusta johtui siitä, että Fairhaven Land Company osti Sehomen ja Fairhavenin välissä sijaitsevan pienen Bellingham-nimisen siirtokunnan, jossa oli postitoimisto vuodesta 1883 alkaen.
Fairhaven, kuten monet muutkin Washingtonin rannikkokaupungit, kilpailivat muiden Washingtonin kaupunkien kanssa Great Northern Railroadin terminaalikaupungin asemasta, mutta tuo titteli lankesi lopulta Seattlelle. Tänä aikana kilpailukyvyn, joka kesti 1870-luvun lopulta 1880-luvun puoliväliin, Fairhaven hyväksyi ikonin 19th century tyyli ja otti esteettistä vetovoimaa arkkitehtuuriin ja suunnitteluun. Senkin jälkeen, kun oli päätetty, että Seattleen rakennettaisiin Great Northern Railroadin terminaali, väestö ja esteettisesti ajatteleva rakentaminen jatkoivat nousuaan 1890-luvun lopulle saakka. Fairhaven perustettiin virallisesti 13. toukokuuta 1890.
1890-luvun spekulaatiohuuman aikana grand Fairhaven-hotelli rakennettiin houkuttelemaan rautatieläisiä valitsemaan Fairhaven mannertenvälisten rautateiden länsirannikon pääteasemaksi. Rautateitä ei koskaan tullut, mutta vanhan hotellin vaikuttava jäänne seisoi tulipaloon ja purkuun asti vuonna 1953.
lokakuun 27.päivänä 1903 Fairhavenin asukkaat ja naapurikaupunki Bellingham Bayn Whatcom City äänestivät yhdistymisestä yhdeksi Bellingham-nimiseksi kaupungiksi. Joulukuuta 1903 ja uusi Bellinghamin kaupunki perustettiin virallisesti 28.
vuonna 1903 Fairhaven sai apurahan alueen ensimmäisen Carnegien rahoittaman kirjaston rakentamiseen 12th Streetille. Kirjasto toimii edelleen Bellingham Public Library Systemin sivukonttorina.
Fairhaven tunnetaan myös historiallisista yhteyksistään lohensäilykkeisiin, ja 1800-luvun lopulta 1940-luvulle seudulla toimi lukuisia lohensäilykkeitä työllistäen alueella jopa 4 500 työntekijää. 1940-luvulla Pacific American Fisheriesin pääkonttori sijaitsi Fairhavenissa, ja se tunnettiin maailman suurimpana lohensäilytysoperaationa.