Termin keksi Gerard Prunier tutkiessaan vuoden 1898 vastakkainasettelua brittien ja ranskalaisten joukkojen välillä Etelä-Sudanissa, minkä hän mainitsi myös syyksi jälkimmäisen nopean ja syvän puuttumisen Ruandan kriisiin. Se on nimetty Fashodan tapauksen mukaan. Marraskuuta 1898 joukko ranskalaisia joukkoja miehitti Fashodan linnakkeen (nykyinen Kodok Sudanin eteläosassa). He joutuivat kuitenkin vetäytymään, kun Lordi Kitchenerin johtama suurempi Anglo-Egyptiläinen armeija otti vallan ja konflikti ratkaistiin englantilais-ranskalaisella julistuksella 21.maaliskuuta 1899. Välikohtaus nähtiin brittien diplomaattisena voittona, minkä seurauksena Ranskan ulkopolitiikka alkoi korostaa aggressiivista Ranskan vaikutusvallan tavoittelua alueilla Afrikassa, jotka ovat alttiita brittien vaikutukselle. Tämä politiikka määritteli niin sanotun Fashodan syndrooman, eikä se ainoastaan merkinnyt englantilais-ranskalaista kahakkaa Afrikassa, vaan myös näiden kahden välistä voimatasapainoa, jota pidettiin reaalipolitiikan redolenttina.
Afrikan valtiossa brittiläinen historioitsija Martin Meredith selitti:
”Sudanilaisessa Fashodan kylässä tapahtuneesta välikohtauksesta lähtien … ranskalaiset olivat varoneet valppaasti Anglofonien tunkeutumista omaan takapihaansa-le pré carréon. Kenraali de Gaulle luetteli muistelmissaan ranskaa nuoruudessaan koetelleet katastrofit, jotka olivat saaneet hänet omistautumaan Ranskan ”suuruuden” puolustamiselle: ensimmäisenä listalla oli Fashodan tapaus. ”Fashodan syndrooma”, kuten se tunnettiin, muodosti perusosan Ranskan Afrikka-politiikassa. Varmistaakseen, että Afrikan kysymykset saivat asianmukaista huomiota, Ranskan presidentinkansliaan kuului erityinen Afrikka—yksikkö—Cellule Africaine-jolla oli laajat valtuudet kattaa kaikki tiedustelutyöstä lahjontaan.”
Meredith päätteli myös, että ranskan vuoden 1990 interventio Ruandaan oli ilmaus ”syndroomasta”. Ruanda sijaitsee ”Francophone” ja ”Anglophone” Afrikan rajalla. Vuonna 1990 Ruandan isänmaallinen rintama (RPF), Tutsipakolaisten ja demokraattista uudistusta kannattavien koalitio, teki lyhyen invaasion. Monet RPF: n jäsenistä olivat kasvaneet tutsien pakolaisleireillä aiemmin Britannian hallitsemassa Ugandassa ja oppineet taistelemaan Ugandan armeijassa, ja Uganda nähtiin Pariisin mukaan tuolloin Britannian vaikutuspiirissä.
Fashoda-kompleksia on käytetty muiden maiden, erityisesti Egyptin ja Sudanin ulkopolitiikan yhteydessä. Se oli myös perusta ranskankieliselle tulkinnalle Laurent-Desire Kabilan kapinasta.