Fujiwara oli Japanin ensimmäinen pääkaupunki, joka oli rakennettu ruutukaavaan Kiinan mallin (条坊制 jōbō-sei) mukaan; viimeaikaisten tutkimusten mukaan kaupunki kattoi noin 5 km: n alueen, paljon suuremman kuin aiemmin on luultu. Palatsin pinta-ala oli noin 1 km2, ja se oli ympäröity noin 5 metriä korkeilla muureilla. Jokaisessa neljässä muurissa oli kolme porttia; pääportti Suzakumon seisoi etelämuurin keskellä. Daigokuden (大極殿) ja muut palatsirakennukset olivat Japanin ensimmäisiä palatsirakennelmia, joissa oli kiinalaistyylinen tiilikatto.
alue oli aiemmin ollut Nakatomi-klaanin aluetta, joka valvoi Shintō-rituaalien ja seremonioiden tarkkailua keisarillisen hovin puolesta. Kaupunki paloi vuonna 711, vuosi Naraan siirtymisen jälkeen, eikä sitä rakennettu uudelleen. Arkeologiset kaivaukset alkoivat vuonna 1934, ja joitakin osia palatsista jälleenrakennettiin. On löydetty lähes 10 000 mokkan-nimellä tunnettua puutaulua, joihin on kaiverrettu kiinalaisia kirjaimia.
Tämä keisarinna Jitōn kirjoittama ja kesällä fujiwaraa kuvaava waka on osa kuuluisaa runoantologiaa, Hyakunin Isshua:
の天天天天天天天ののののののののーのharu sugite Natsu ki ni kerashi shirotae no koromo hosu chō ama no kaguyama
mikä tarkoittaa, että kevät on ohi, näyttää siltä, ja nyt kesä on saapunut; sillä tämä, he sanovat, on silloin, kun puhtaan valkoisen kaapuja tuuletetaan taivaallisella vuorella Kagu.
pääkaupunki siirrettiin Fujiwara-kyosta, koska avoimesta viemäriverkostosta aiheutunut äärimmäinen löyhkä aiheutti sen. Viemäri oli tukossa ulosteista ja muusta ihmisjätteestä, minkä vuoksi sitä kertyi eikä se huuhtoutunut jokeen. Löyhkä kasvoi niin voimakkaaksi, että ihmiset alkoivat valittaa palatsin löyhkästä. Lopulta pääkaupunki siirrettiin Naraan kamalan hajun takia.