Experimental
Labeling of RuBisCo:
aedans(454): donor F(58): acceptor
Binding Studies:
Terms:
ADP bullet: GroEL complex bound to GroES and ADP
ApoGroEL: Just GroEL comlex (käytetty aiemmissa rubisco-substraatin sitoutumistutkimuksissa)
Lin et al. määritetty, että:
1. Oli ero tuskailla Alustan sitoutumisen trans rengas ADP bullet vs. apoGroEL rengas.
– tämä näkyi luovuttajan fluoresenssin sammumisena (B.)
– Tämä viittasi erilaiseen proteiinisubstraatin konformaatioon.
 |
2. Löysin apogroelin renkaaseen sitoutuneiden substraattiproteiinien ”passiivisen” avautumisen.
– Tämä avautuminen tapahtui kuitenkin paljon hitaammin kuin Groelin funktionaalinen reaktiosykli.
3. ADP bullet trans-renkaaseen sitoutuneen substraatin” passiivinen ” avautuminen on vähäisempää.
– vahvisti tämän proteaasi-digestiotutkimuksilla.
– Tämä on kuitenkin fysiologisesti merkityksellisempi kompleksi.
– onko tämä siis maksimaalinen efektiivinen taso vai vasta reaktiosyklin ensimmäinen vaihe?
fysiologisen relevanssin testaamiseksi he lisäsivät ATP: tä ADP-Luotireaktioon ja tarkkailivat otetta
 |
lisättyään ATP: tä he havaitsivat: – substraatin nopea, pakotettu konformaatiolaajennus – ja sitten hitaampi tiivistymisvaihe |
 |
-luku C osoittaa, että tiivistymisvaiheen kinetiikka on riippuvainen groesin konsentraatiosta, eli se on riippuvainen
kompleksin sekvestraatiomekanismista.
– kun taas laajenemisvaihe on riippumaton Groesin konsentraatiosta.
päätteli, että avautumisessa on kaksi vaihetta:
– hidas passiivinen avautuminen johtuen substraatin sitoutumisesta Urakammion trans – renkaaseen(ensimmäisestä sidontakokeesta)
– nopea, ATP-vetoinen avautuminen Uurtekammion konformaatiomuutoksesta johtuen.
nopea avautuminen ei ole GroES – riippuvainen:
-ylimenevä Yksirengasmuunnos, Sr1 käytettiin GroES-ansana.
– SR1 ei kykene sitomaan substraattia ja katalysoimaan avautuvaa reaktiota, mutta kykenee sitomaan ja sitomaan Groeseja määrittääkseen reaktion riippuvuuden substraatin sitoutumisesta.
– he päättelivät, että FRET occured ilman GroES cap läsnä, ja sitä seurannut tiivistymisvaihe didnot.
– Tämä osoittaa, että nopea laajenemisvaihe on riippuvainen ATP: n sitoutumisen aiheuttamasta groelin konformaatiomuutoksesta.
So .. onko Alustan avautuminen välttämätön tuottavalle taittumiselle?
– onko tämä oleellinen askel ja tärkeä Groelin / Groesin taittomekanismille?
– he havaitsivat, että se osuus ei-syntyperäisestä Rubiscosta, joka syntyy synnyinvaltiossa, on verrannollinen sen laajuuteen.
– tutkiakseen tätä he halusivat mitata substraatin hidasta, passiivista avautumista, joka johtuu pelkästä Urasidonnasta (ei ATP
riippuvainen)
– he käyttivät jälleen SR1-sidosta substraattiin, tällä kertaa ei atrapina, vaan substraatin passiivisena avautuvana sitoutumispaikkana.
– inkubointiaika SR1: llä korreloi avautumisen määrään, koska avautuminen johtuu vain substraatin sitoutumisesta.
– he selvittivät, että avautuvan määrän ja natiivin proteiinin välillä on korrelaatio.
– Niinpä Groelin/Groesin pakotettu avautuminen on tehokas tapa edistää avautumismekanismia
, jota tarvitaan oikeaan proteiinin taittumiseen.
 |
 |
 |
 |