|
Automaattinen oligonukleotidien suunnittelu PCR-pohjaiseen geenisynteesiin
|
help
|
kokonaisten genomien sekvenssien saatavuus on lisännyt dramaattisesti proteiinikohteiden määrää, joista monet joutuvat yliekspressoitumaan muissa soluissa kuin DNA: n alkuperäisessä lähteessä. Geenisynteesi tarjoaa usein nopean ja taloudellisesti tehokkaan lähestymistavan. Synteettinen geeni voidaan optimoida ilmentymistä varten ja rakentaa helppoa mutaatiomanipulaatiota varten kantageenistä riippumatta. Kuitenkin synteettisten geenien, erityisesti suuria proteiineja koodaavien geenien, suunnittelu ja rakentaminen voi olla hidas, vaikea ja sekava prosessi. DNAWorks automatisoi oligonukleotidien suunnittelun geenisynteesiä varten PCR-pohjaisilla menetelmillä.
alkuperäisten DNAWorks-teosten kuvaus löytyy julkaisustamme (Hoover, D. and Lubkowski, J., 2002).
dnaworksin suorituskyvyn parantamiseksi edelleen palaute geenisynteesin onnistumisesta tai epäonnistumisesta dnaworksin avulla on erittäin tärkeää. Kerro meille tuloksista synteesi kokeita.
DNAWorks on avoimen lähdekoodin versio, ja sen voi ladata osoitteesta https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Jos löydät Fortran-kääntäjän, voit suorittaa Dnaworksin komentorivin kautta.
Example:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc