vuonna 343 eaa. Artakserkseellä oli 330 000 persialaisen lisäksi nyt 14 000 kreikkalaisen joukko, jonka oli varustanut Vähän-Aasian kreikkalaiskaupungit: 4 000 mentorin johdolla, jotka koostuivat hänen Egyptistä Tenneksen avuksi tuomistaan joukoista, 3 000 Argoksen lähettämistä joukoista ja 1 000 Thebasta. Hän jakoi nämä joukot kolmeen ruumiiseen ja asetti jokaisen johtoon persialaisen ja kreikkalaisen. Kreikkalaisia komentajia olivat Rhodoksen oppi-isä Lacrates Thebalainen ja Argoslainen Nikostratos, kun taas persialaisia johtivat Rhossakes, Aristasanes ja eunukkien päällikkö Bagoas. Nectanebo II teki vastarintaa 100 000 miehen armeijallaan, joista 20 000 oli kreikkalaisia palkkasotureita. Nectanebo II miehitti Niilin ja sen eri haarat suurella laivastollaan. Maan luonne, jota halkoivat lukuisat kanavat ja joka oli täynnä vahvasti linnoitettuja kaupunkeja, oli hänen suosiossaan, ja Nectanebo II: n saatettiin odottaa tarjoavan pitkittynyttä, ellei jopa menestyksekästä vastarintaa. Häneltä kuitenkin puuttuivat hyvät kenraalit, ja luottaen liikaa omiin komentovaltoihinsa hän kykeni olemaan kreikkalaisten palkkasoturikenraalien ylivoimaisia ja Yhdistyneet persialaisarmeijat kukistivat lopulta hänen joukkonsa.
tappionsa jälkeen Nectanebo II pakeni hätäisesti Memphisiin jättäen linnoitetut kaupungit varuskuntiensa puolustettaviksi. Nämä varuskunnat koostuivat osittain kreikkalaisista ja osittain egyptiläisistä joukoista, joiden välille persialaisten johtajat kylvivät helposti mustasukkaisuutta ja epäluuloja. Tämän seurauksena persialaiset kykenivät nopeasti pienentämään lukuisia kaupunkeja eri puolilla ala-Egyptiä ja etenivät Memphisiin, kun Nectanebo II päätti erota maasta ja paeta etelään Etiopiaan. Persian armeija kukisti egyptiläiset täysin ja miehitti Niilin alajuoksun. Nectanebo II: n paettua Etiopiaan Koko Egypti alistui Artakserkseen valtaan. Egyptin juutalaiset lähetettiin joko Babyloniin tai Kaspianmeren etelärannikolle, samaan paikkaan kuin Foinikian juutalaiset oli aikaisemmin lähetetty.
tämän egyptiläisistä saadun voiton jälkeen Artakserkses hävitti kaupungin muurit, aloitti hirmuvallan ja ryhtyi ryöstelemään kaikkia temppeleitä. Persia sai tästä ryöstelystä huomattavan määrän vaurautta. Artakserkses korotti myös korkeita veroja ja yritti heikentää Egyptiä niin paljon, ettei se voisi enää koskaan nousta kapinaan Persiaa vastaan. Niiden 10 vuoden ajan, jotka Persia hallitsi Egyptiä, alkuperäisuskontoon uskovia vainottiin ja pyhiä kirjoja varastettiin. Ennen paluutaan Persiaan hän nimitti Ferendareksen Egyptin satraapiksi. Valtaamalla Egyptin Takaisin Artakserkses pystyi runsain mitoin palkitsemaan palkkasoturinsa. Sitten hän palasi pääkaupunkiinsa saatettuaan menestyksellisesti päätökseen hyökkäyksensä Egyptiin.