Japanin miehittämä Malaija ja Borneo (1942-45) toisen maailmansodan aikana aiheutti valtavia muutoksia noilla alueilla. Heidän taloutensa häiriintyivät ja yhteisölliset Jännitteet pahenivat, koska malaijit ja kiinalaiset reagoivat eri tavalla Japanilaisten valvontaan. Japanilaiset tarvitsivat kipeästi pääsyä Kaakkois-Aasian luonnonvaroihin; he hyökkäsivät Malaijaan joulukuussa 1941 neutralisoituaan Yhdysvaltain sotilasmahdin Havaijilla Pearl Harborin hyökkäyksellä ja Filippiineillä Manilaan tehdyillä hyökkäyksillä. Pian tämän jälkeen japanilaiset hallitsivat niemimaata, Singaporea ja Borneoa. Kommunistimieliset, etupäässä kiinalaiset sissit tekivät vastarintaa Malaijassa, ja lyhyt Kiinan johtama kapina puhkesi myös pohjois-Borneossa. Monissa paikoissa lisääntyvä politisoituminen ja konfliktit etnisten ryhmien sisällä ja niiden välillä kehittyivät taloudellisten vaikeuksien ja valikoivan sorron seurauksena; Pohjois-Borneolla Brookejen ja Pohjois-Borneon kauppakomppanian valta horjui pysyvästi, kun taas Malaijissa kiinalaiset ja malaijit ymmärsivät myös, ettei brittien Ylivalta ollut ikuista. Suurin osa ihmisistä suhtautui kuitenkin myönteisesti Japanin tappioon vuonna 1945.
sodan päätyttyä Sarawakista ja Pohjois-Borneosta, jotka molemmat olivat olleet brittien protektoraatteja Japanin miehitykseen asti, tuli Britannian kruununsiirtomaita. Sarawakin poliittinen tilanne oli kuitenkin myrskyisä. Monet malaijit vastustivat Brooken vallan lakkauttamista ja Sarawakin luovuttamista Britannialle, ja siitä seuranneet sosiopoliittiset erimielisyydet kestivät vuosia. Brittiläisen Pohjois-Borneon siirtokunnan perustamisen myötä pääkaupunki siirrettiin Sandakanista Jesseltoniin (nykyinen Kota Kinabalu). Malaijissa otettiin käyttöön paikallinen itsehallinto. Poliittisen järjestäytymisen tärkein katalysaattori oli kuitenkin Britannian ehdotus yhtenäisen Malaijiliiton muodostamisesta, johon kuuluisivat kaikki Malaijialueet Singaporea lukuun ottamatta, mikä vähentäisi valtion autonomiaa ja antaisi yhtäläiset poliittiset ja kansalaisoikeudet muille kuin Malaijeille. Suunnaton Malaijipoliittisten tunteiden nousu tätä suunnitelmaa vastaan Dato’ Onn Bin Jaafarin johdolla johti siihen, että vuonna 1946 perustettiin United Malays National Organization (UMNO) malaijin kansallismielisyyden ja poliittisen vakuuttavuuden välikappaleeksi. Lakot, mielenosoitukset ja boikotit tuhosivat ehdotetun Malaijan unionin, ja britit alkoivat neuvotella UMNO: n kanssa Malaijan tulevaisuudesta.
neuvottelujen tuloksena syntyi vuonna 1948 Malaijan liitto, joka yhdisti alueet, mutta antoi erityiset takeet Malaijien oikeuksista, muun muassa sulttaanien asemasta. Tämä kehitys huolestutti kiinalaisyhteisön radikaalimpia ja köyhtyneempiä sektoreita. Vuonna 1948 Malaijan kommunistinen puolue—pääosin kiinalainen liike, joka oli perustettu vuonna 1930 ja joka oli antanut selkärangan Japanin vastaiselle vastarinnalle-meni viidakoihin ja aloitti sissikapinan kukistaakseen siirtomaahallinnon, mikä aloitti 12 vuotta kestäneen levottomuuden, joka tunnetaan Malaijan Hätätilana. Kommunistit kävivät väkivaltaista ja lopulta turhaa taistelua, jota tuki vain pieni osa kiinalaisesta yhteisöstä. Britit ryhtyivät tukahduttamaan kapinaa sotilaallisin keinoin, mihin sisältyi strategia, joka pakotti monet maaseutukiinalaiset tiukasti valvottuihin uusiin kyliin, jotka sijaitsivat tienvarsilla tai niiden varrella. Vaikka tämä politiikka eristi kyläläiset sisseistä, se lisäsi myös hallituksen epäsuosiota. Britit saavuttivat lopulta menestystä, kun he ryhtyivät brittien pääkomissaarin Sir Gerald Templerin johdolla aktiivisesti puuttumaan poliittisiin ja taloudellisiin epäkohtiin sekä kapinointiin, joka eristi kapinallisia entisestään.
itsenäisyyttä luvaten brittiviranomaiset aloittivat neuvottelut eri etnisten johtajien kanssa, mukaan lukien UMNO: n ja Malaijan Kiinan yhdistyksen (MCA), jonka varakkaat kiinalaiset liikemiehet perustivat vuonna 1949. UMNO: n (jota johti aristokraattinen maltillinen Tunku Abdul Rahman), MCA: n ja Malaijan Intian kongressin muodostama koalitio kilpaili vuonna 1955 pidetyistä kansallisista parlamenttivaaleista ja voitti yhtä paikkaa lukuun ottamatta kaikki. Tämä loi pysyvän poliittisen mallin hallitsevasta koalitiosta-tunnettiin ensin Allianssi-puolueena ja myöhemmin kansallisena rintamana (Barisan Nasional; BN)-joka yhdisti etnisesti pohjautuvia, enimmäkseen eliittijohtoisia puolueita maltillisista konservatiivisiin poliittisiin suuntauksiin, UMNO: n ollessa tärkein voima.
elokuuta. 31, 1957, Federation of Malaya saavutti itsenäisyyden Allianssi hallituksen johtama Tunku Abdul Rahman pääministerinä. Singapore, jonka väestö oli pääosin kiinalaista, pysyi liittovaltion ulkopuolella Britannian kruununsiirtomaana. Järjestelyllä oli taipumus suosia malaijeja poliittisesti, UMNO: n johtajilla oli suurin osa liittovaltion ja valtion viroista ja kuninkuus pyöri eri Malaijien sulttaanien keskuudessa, mutta kiinalaisille myönnettiin vapaamieliset kansalaisoikeudet ja he säilyttivät vahvan taloudellisen vallan. Kuala Lumpurista tuli liittovaltion pääkaupunki.
uusia virtauksia syntyi myös Borneolla. Siirtomaahallinto onnistui jälleenrakentamaan ja laajentamaan molempien siirtomaiden talouksia, kun kumi ja puu loivat pohjan sodanjälkeiselle talouskasvulle. Terveys-ja koulutustilat ulottuivat hitaasti kaupunkien ulkopuolelle. Poliittinen tietoisuus alkoi levitä, kun järjestettiin paikallisvaltuustojen vaalit. 1950-luvulla Kadazan-yhteisö, jota erityisesti radiolähetysten ja sanomalehtien kehitys vauhditti, sekaantui Pohjois-Borneon politiikkaan, kun taas Kiinan ja Malaijien johtajat muodostivat Sarawakin ensimmäiset poliittiset puolueet—Jotkut kannattavat monietnisiä identiteettejä—odottaen itsenäisyyttä. Poliittinen toiminta kiihtyi vuonna 1961, kun Malaijilaiset ja brittiläiset virkamiehet ehdottivat liittovaltiota, johon kuuluisivat Malaya, Sarawak, Pohjois-Borneo, Brunei Ja Singapore. Pohjois-Borneoon perustettiin uusia puolueita, jotka edustivat Kadazaneja, kiinalaisia ja erilaisia Muslimiyhteisöjä. Pohjois-Borneossa ja Sarawakissa pidettiin vaalit, joissa suurin osa molempien siirtomaiden puolueista hyväksyi itsenäisyyden sulautumalla uuteen liittovaltioon, jota kutsutaan Malesiaksi; Malesian liittymishalukkuus kasvoi Filippiinien vaadittua Pohjois-Borneoa entisen Sulun perusteella.
Brittijohtajat ehdottivat Malesian liittovaltiota keinona lopettaa nyt raskas siirtomaahallintonsa Singaporeen, Sarawakiin ja Pohjois-Borneoon, vaikka nämä valtiot olivat historiallisesti ja etnisesti erillään Malaijasta ja toisistaan. Se oli monella tapaa mukavuusavioliitto. Malaijit olivat taloudellisesti tiiviisti sidoksissa vilkkaaseen Singaporeen, ja malaijit tunsivat olevansa sukua Borneon eri Muslimiryhmille. Tunku Abdul Rahman uskoi, että liittouma voisi purkaa Kiinan mahdollisen vasemmistolaisen toiminnan ja tasapainottaa Singaporen Kiinalaisenemmistön Borneon osavaltioiden ei-Kiinalaisenemmistön kanssa. Malaijissa oli jo lähes 40 prosentin kiinalaisvähemmistö, malaijit tuskin enemmistönä. Syyskuuta. 16, 1963, liittovaltio Malesian muodostettiin, Pohjois-Borneo-uudelleennimetty Sabah—ja Sarawak muodostivat Itä-Malesian. Mukaan kutsuttu Brunei päätti pysyä Britannian protektoraattina ja itsenäistyi myöhemmin pienenä, öljyrikkaana Malaijien sulttaanikuntana.
Craig A. Lockard