vuonna 1904 Magón pakeni Meksikosta, kun oikeus kielsi hänen kirjoitustensa painamisen ja hän jäi loppuiäkseen Yhdysvaltoihin. Puolet tästä ajasta kului vankilassa. Hän jatkoi Regeneraciónin julkaisemista ja johti Partido Liberal Mexicano (PLM) – puoluetta (Meksikon liberaalipuolue) ulkomailta käsin. Vuonna 1906 hän lähti Kaliforniaan. Näihin aikoihin PLM kansannousuja tapahtui Meksikossa, jotka murskattiin Meksikon hallitus. Yhdysvallat sympatisoi Meksikon hallitusta ja alkoi pidättää PLM: n johtajia Yhdysvalloissa. Magón pelkäsi jäävänsä kiinni ja palaavansa Meksikoon, jossa häntä odotti teloitusmahdollisuus.
vuonna 1907 yhdysvaltalainen Thomas Furlong-niminen etsivä palkattiin Enrique Creelin, silloisen Chihuahuan kuvernöörin, palvelukseen etsimään meksikolaisia toisinajattelijoita Yhdysvalloista.PLM: n amerikkalainen päämaja oli tuolloin St. Louisissa. Siellä oli suuri määrä ulkosuomalaisia, jotka tiesivät sen olinpaikasta, minkä vuoksi furlongilla ei ollut vaikeuksia löytää toisinajattelijoita Kaupungista. Magón asui kuitenkin hyvin salassa Los Angelesissa. Hän käytti salanimeä, ja vain kaksi muuta kaupunkilaista tiesi hänen oikean henkilöllisyytensä. Jos he halusivat nähdä hänet, he tekivät sen keskiyön ja aamunkoitteessa. St. Louisin toisinajattelijat saivat pian tietää, että Meksikon hallitukselle työskentelevät agentit etsivät heitä. Librado Rivera lähti kaupungista välttääkseen vangitsemisen ja vaikka hän oli jatkuvasti varuillaan häntä mahdollisesti varjostavien agenttien varalta, hän ei onnistunut välttämään heitä. Häntä seurattiin Los Angelesiin ja Magónin asuinpaikkaan. Furlong tarkkaili taloa jonkin aikaa. Lopulta 23. elokuuta 1907 Furlong pidätti Magónin, Riveran ja Antonio Villarrealin, kaksi hänen avustajaansa ja joitakin Los Angelesin poliisilaitoksen poliiseja.
Magón ja muut PLM: n jäsenet olivat järjestäneet vallankumouksellisten prikaatin Douglasissa, Arizonassa hänen muuttoaan Los Angelesiin edeltäneinä vuosina. Tutkimusretkikunta lähetettiin Cananean kuparikaivoksille noin kymmenen kilometrin päähän Arizonan etelärajasta tarkoituksenaan tuhota kaikki kaivoksissa ja niiden ympäristössä työskentelevät amerikkalaiset. Prikaatia oli ajanut takaa Arizona Rangers, joka laittoi heidät pakosalle vangiten muutaman heistä. Magón ja hänen toverinsa luovutettiin Tombstoneen Arizonaan, missä heitä syytettiin Yhdysvaltain puolueettomuuslakien rikkomisesta. Vaikka Yhdysvaltain ja Meksikon vasemmisto kokoontuivat puolustamaan itseään, heidät tuomittiin ja tuomittiin puoleksitoista kuukaudeksi Yuman Territoriaaliseen vankilaan, josta heidät siirrettiin myöhemmin Arizonan osavaltion Vankilakompleksiin – Firenzeen. Ne julkaistiin vuonna 1910 ja uudelleen julkaisemalla Regeneración toimistosta Los Angelesin keskustassa. Meksikon sisällissota alkoi samana vuonna, ja Magonistat, kuten PLM-joukot tunnettiin, osallistuivat taisteluihin eri puolilla Meksikoa yhdessä Pancho Villan, Emiliano Zapatan ja Venustiano Carranzan sekä Francisco I. Maderon joukkojen kanssa.
toukokuussa 1911 Diaz kukistettiin. Madero järjesti vaalit, jotka hän voitti huijaamalla meksikolaisia äänestäjiä uskomaan, että hän oli liittoutunut PLM: n kanssa. Magón vastusti edelleen Yhdysvaltain laajaa taloudellista läsnäoloa Meksikossa ja Maderon jatkuvaa talonpoikien Maiden pakkolunastusta. Hänet pidätettiin uudelleen. Oltuaan kaksi vuotta vankilassa Washingtonin osavaltiossa hänet vapautettiin ja hän asettui veli Enriquen kanssa Edendaleen, hieman Silver Laken tekojärven pohjoispuolelle. PLM: llä ei ollut tähän mennessä varoja, ja veljekset ystävineen viljelivät ja kasvattivat kanoja vuokratulla tontilla. Hän jatkoi Regeneraciónin julkaisemista ja puheiden pitämistä alueella. Hänet pidätettiin jälleen vuonna 1916 syytettynä ”säädyttömän materiaalin” lähettämisestä Yhdysvaltain postin välityksellä. Emma Goldmanin avulla hän pääsi vapaaksi takuita vastaan. Vuonna 1918 hän julkaisi sodanvastaisen manifestin. Siinä hän kirjoitti: ”vanhan järjestyksen kuolema on käsillä. Sitä kuiskitaan baareissa, teattereissa, raitiovaunuissa ja kodeissa, erityisesti meidän kodeissamme, pohjalla olevien kodeissa.”Näistä kirjoituksista häntä syytettiin vuoden 1917 Vakoilulain mukaisesta kapinan lietsomisesta, hänet tuomittiin ja tuomittiin kahdeksikymmeneksi vuodeksi ”sotaponnistelujen estämisestä”, joka oli vuoden 1917 Vakoilulain vastaista. Wilsonin hallinto teki niin sanottuja Palmerin ratsioita, sodan toisinajattelijoihin ja vasemmistolaisiin kohdistuneita laajamittaisia tukahduttamistoimia, jotka veivät mukanaan myös merkittäviä sosialisteja, kuten Eugene V. Debsin. Magón kuoli Leavenworthin vankilassa Kansasissa. Hän oli sairastanut diabetesta monta vuotta ja oli menettämässä näkönsä kuollessaan.
Flores Magónin kuolinsyystä on kiistelty. Jotkut uskovat, että vanginvartijat murhasivat hänet tahallaan. Toiset väittävät, että hän kuoli pitkän vankeusrangaistuksensa aiheuttaman heikkenevän terveyden seurauksena, mitä mahdollisesti pahensi Leavenworthin vankilaviranomaisten ja henkilökunnan laiminlyönti. Magón kirjoitti ystävilleen useita kirjeitä, joissa hän valitti heikentävistä terveysongelmista ja vankilan henkilökunnan tahallisesta laiminlyönnistä.
Meksikon edustajainhuone hyväksyi päätöslauselman, jossa vaadittiin Magónin ruumiin kotiuttamista. Siinä todettiin,
allekirjoittaneet kansanedustajat, jotka olivat haltioissaan halusta osoittaa postuumi kunnianosoitus Meksikon suurvallankumoukselliselle Ricardo Flores Magónille, libertaaristen aatteiden marttyyrille ja apostolille, joka on juuri kuollut köyhänä ja sokeana Jenkkivankilan sellissä, ehdottavat, että tämä kunnianarvoisa kokous hyväksyisi seuraavan päätöksen: Että hänet haudataan synnyinmaahansa Meksikon hallituksen kustannuksella. Ricardo Flores Magónin kuolevaiset jäännökset. Pyydämme, että asiaan puututaan välittömästi ilman valiokuntakäsittelyä.Julian S. Gonzalez, Antonio G. Rivera, E. Baron Obregon, J. M. Alvarez Del Castillo, A. Diaz so ’ ro Y Gama ja muut
— Hall of the Mexican Congress, Mexico, D. F., 22.marraskuuta 1922
Yhdysvaltain viranomaiset kielsivät pyynnön ja Magón haudattiin Los Angelesiin. Hänen jäännöksensä palautettiin lopulta vuonna 1945 ja haudattiin maineikkaiden henkilöiden Rotundaan Méxicoon.