Rnaasit ovat kuin baddie-super-sankareita laboratorioentsyymien joukossa. Ne ovat kaikkivoipaisia, tuhoisia ja näennäisesti tuhoutumattomia.
Tämä johtuu siitä, että pahat yliherrat loivat ne ainoana tarkoituksenaan vaikeuttaa urheiden tiedemiesten elämää, jotka taistelevat joka päivä korkealaatuisten, ehjien RNA-prepien tuottamisesta.
Ok, vitsailen overlords-osasta. Mutta miksi Rnasilla on kaikki ne supervoimat? Mitä voit tehdä voittaaksesi heidät? Otetaan selvää.
Rnaasien supervoimat, selitetty.
Rnaasit ovat kaikkivaltiaita
tämä pitää paikkansa. Rnaaseja esiintyy kaikissa solutyypeissä ja eliöissä prokaryooteista eukaryooteihin. eli niitä on kaikkialla. Tämä on yksi tärkeimmistä syistä, miksi ne ovat niin ongelma laboratoriossa. Ne leijuvat ilmassa, kehon jokaisella pinnalla. Se tarkoittaa, että ne saastuttavat kaiken, mihin ilma tai kehon pinta on koskenut. Se on periaatteessa kaikki. Myös RNase erityisesti adsorboi erittäin voimakkaasti lasi, joten se on vieläkin vaikeampaa poistaa se pulloista jne.
Rnaasit ovat erittäin tuhoavia
Rnaaseilla on yleensä hyvin suuri spesifinen aktiivisuus substraattiaan (RNA) kohtaan. Tämä tarkoittaa, että pienin määrä Rnaasia voi helposti repiä arvokkaan RNA-Prep: si läpi. Tämä on muuten myös yksi syy siihen, että RNaasi (RNaasi A) oli ensimmäinen entsyymi, jonka katalyysimekanismi on päätelty (Findlay et al 1962).
Rnaasit ovat näennäisesti tuhoutumattomia
ne näyttävät Feeniksin kaltaisen palautumisen autoklavoinnin jälkeen
Konventiaalinen viisaus sanoo, että jos autoklaavoit Rnaasit, ne denaturoituvat, mutta sitten renaturoituvat ja saavat osittaisfunktion jäähdytyksen jälkeen. Tämän hämmästyttävän, tarunomaisen lujuuden mahdollistaa joukko intramolekulaarisia disulfidisidoksia, jotka pitävät rakenteen ehjänä, vaikka vetysidokset, jotka normaalisti pitävät 3D-proteiinirakenteen paikallaan, ovat rikki. Kuten kaikki tarut, tämä pitää jossain määrin paikkansa. Mutta lue eteenpäin ja saamme selville, että rnase Baddies Inc: n spin-lääkärit ovat hypetelleet tätä supervoimaa.
edes EDTA ei pysty pysäyttämään heitä!
toisin kuin muut nukleaasit, monet Rnaasit eivät tarvitse katalyysiin metalli-ioneja, koska ne käyttävät reaktiivisena lajina RNA-substraatin 2-alkuista hydroksyyliryhmää, joten pelkkä TE: n lisääminen ei estä niitä, kuten se olisi DNA: ta mutustaville nukleaaseille.
miten voittaa pahat Rnaasit
älä tuskaile, tutkija. Rnaset voivat olla pelottavia vihollisia, mutta heillä on heikkouksia, joita voimme hyödyntää.
potkivat niitä H: n
Rnaasit tukeutuvat aktiivisessa kohdassaan oleviin histidiinijäämiin katalyysissä. Niinpä histidiinispesifinen alkyloiva aine DIETYYLIPYROKARBONAATTI (DEPC) voi inaktivoida ne. Autoklavointi poistaa DEPC: n, jotta se ei alkalisoi muita proteiineja sinussa tai näytteissäsi.
autoklavointi toimii, jossain määrin
rnaasien paljon satumainen tuhoutumattomuus autoklavoinnin edessä on totta ytimessä, mutta myös hyvin ylihypetetty, kuten edellä mainitsin. Mukava pieni tutkimus Ambion osoitti, että Rnaasit (tai RNaasi a ainakin) eivät ole täysin vastustuskykyisiä autoklavoinnille. Pikemminkin niiden aktiivisuus harvenee autoklavoimalla, mutta pieni osa Rnaasiaktiivisuudesta jää autoklavoinnin jälkeen.
mutta jos kurssi pieni määrä RNaasi on vielä paljon RNA mutching voima. Tämä tarkoittaa, että rutiininomainen autoklavointi osana RNase-puhdistustoimenpiteitä on varmasti kannattavaa-se on vain, että et voi luottaa siihen, että se poistaa kaiken toiminnan.
ne eivät kestä (kuivaa) kuumuutta
kun taas märkä lämpö (autoklavointi) tuhoaa osittain Rnaaseja, ei ole toivoa, että ne kestäisivät kuivaa kuumuutta. Kuiva lämpö hapettaa Rnaaseja – mitä tahansa muuta proteiinia, riippumatta siitä, kuinka vahvoja ne ovat. Joten puhdistus lasiesineet, pari tuntia 180 degC pitäisi tehdä se.
Kemiallinen sodankäynti
pintojen puhdistukseen, rnaasit, niin lujia kuin ne ovatkin, eivät kestä esimerkiksi vetyperoksidia, vahvoja happoja / emäksiä, Trizolia jne. Näitä kaikkia käytetään yleisesti eroon jopa kovimmista Rnaseista.
kryptoniitti Rnaaseille: Inhibiittorit
ehkä paras asevarastomme ase Rnaaseja vastaan ovat Rnaasin estäjät. Yleisimmin kommeraaliset Rnaasin estäjät ovat versioita istukan ribonukleaasin estäjästä (RI). Kuten joku, joka viettää vuoden yrittää täydellinen RNA in situ hybridizations ilman tukea RNase estäjä (koska väärän talouden pomoni!), Tiedän, kuinka hyvä tämä Rnase kryptoniitti on. Yksi mikrolitra RI: tä ja yhtäkkiä kokeeni alkoivat toimia.
sanon, että tämä on paras ase asevarastossamme Rnaaseja vastaan, koska toisin kuin kaikki muut edellä luetellut ratkaisut, Rnaasin estäjät ovat spesifisiä, joten voit (yleensä) laittaa ne oikeaan paikkaan työnkulussasi ja saada tarvitsemasi suojan pahoilta. Älä ole ilman tätä ainetta, jos työskentelet RNA: n kanssa.
onko tästä ollut apua? Jaa sitten verkkosi kanssa.