sulfaattia vähentävät bakteerit ihmisen ulosteessa ja niiden yhteys tulehduksellisiin suolistosairauksiin

Abstrakti

olemme etsineet sulfaattia vähentäviä bakteereja 41 terveen henkilön ja 110 potilaan ulosteesta, jotka ovat peräisin maksa-Gastro-Enterologian yksiköstä käyttäen tiettyä nestemäistä ainetta (Test-kit Labège®, Compagnie Française de Géothermie, Orléans, Ranska). Näistä 110 potilaasta erotettiin 22 potilasta, joilla oli tulehduksellisia suolistosairauksia ja 88 potilasta, jotka olivat sairaalahoidossa muiden alemman (n=30) tai ylemmän (n=58) ruoansulatuskanavan sairauksien vuoksi. Sulfaattia pelkistäviä bakteereja eristettiin 10 terveeltä henkilöltä (24%), 15 tulehduksellisia suolistosairauksia sairastavalta potilaalta (68%) ja 33 potilaalta, joilla oli muita oireita (37%). Desulfovibrio pigerin (aiemmin Desulfomonas pigra), Desulfovibrio fairfieldensiksen ja Desulfovibrio desulfuricansin tunnistamiseksi kehitettiin multiplex PCR, jota sovellettiin edellä mainittuihin isolaatteihin. Sulfaattia pelkistävien bakteerien kantoja olivat D. piger (39 isolaattia), D. fairfieldensis (19 isolaattia) ja D. desulfuricans (yksi isolaatti). D. pigerin esiintyvyys oli merkitsevästi suurempi tulehduksellista suolistosairautta sairastavilla potilailla (55%) kuin terveillä henkilöillä (12%) tai potilailla, joilla oli muita oireita (25%) (p<0, 05).

1 Introduction

Crohnin tauti (CD) ja haavainen paksusuolentulehdus (UC) ovat kroonisia tulehduksellisia suolistosairauksia (IBD), joiden etiologiaa ei tunneta, mutta ne todennäköisesti perustuvat ympäristöön, geneettisiin ja immuunitekijöihin . On ehdotettu tarttuvaa alkuperää, ja monet mikro-organismit ovat sekaantuneet asiaan vakuuttavien perustelujen puuttuessa. Molemmissa oireyhtymissä suolistotulehdus kuitenkin reagoi antibioottihoitoon. Kroonisen koliitin eläinmalleissa luminaalifloora on välttämätön kofaktori taudin esiintymiselle . Tämä saattaa selittää uudelleen heränneen kiinnostuksen suolistoflooran rooliin näiden häiriöiden aiheuttajana .

sulfaattia pelkistävät bakteerit (SRB) ovat anaerobisia mikro-organismeja, jotka tekevät sulfaatin pelkistystä saadakseen energiaa, jolloin vapautuu suuri määrä sulfidia. Ne ovat yleensä eristyksissä ympäristön lähteistä, mutta niitä on myös eläinten ja ihmisten ruoansulatuskanavassa. As Desulfomonas pigra on uudelleenluokiteltu Desulfovibrio piger combiksi. Marraskuuta. , SRB: n ihmisen isolaatit koostuvat lähes yksinomaan Desulfovibrio-lajeista . Viimeaikaiset havainnot viittaavat siihen, että SRB: llä saattaa olla rooli ihmisten sairauksissa. Ne on yhdistetty ihmisen parodontiitin kliiniseen vakavuuteen ja eristetty syvistä paiseista (vatsan tai aivojen), verestä tai virtsasta . Näissä olosuhteissa useimmat kannat on tunnistettu Desulfovibrio fairfieldensis, äskettäin ehdotettu uusi laji, 16S ribosomaalinen RNA geeni (16s rDNA) sekvensointi. Myös ”Desulfovibrio desulfuricans” – suvun tyyppilaji on eristetty ihmisyksilöistä . SRB: n vaikutuksesta IBD: hen on esitetty, että niiden metabolinen lopputuote, rikkivety, on sytotoksinen yhdiste . Tämä yhdiste voi vaikuttaa estämällä butyraatin hapettumista, joka on kolonosyyttien tärkein energianlähde. Suoliston epiteelin toimintojen heikentyminen johtaisi solukuolemaan ja krooniseen tulehdukseen. IBD: hen liittyvää SRB-lajia ei kuitenkaan ole vielä tunnistettu. Niiden tunnistaminen mahdollistaisi virulenssitekijöiden etsimisen sekä niiden herkkyyden mikrobilääkkeille.

lääketieteellisissä laboratorioissa SRB: tä eristetään harvoin ihmisnäytteistä hitaan kasvun vuoksi. Pesäkkeitä ilmaantuu yli 3 päivän haudonnan jälkeen, eikä niitä huomata, koska mukana oleva kasvisto on ylikasvanut, elleivät ne ole vallitseva tai ainoa esiintyvä laji. Siksi niiden etsiminen ulosteesta on vaikeaa, ellei käytetä tiettyä välinettä. Tällaiset väliaineet sisältävät yleensä orgaanisen yhdisteen (elektronien luovuttaja ja hiililähde), sulfaatin (elektronien hyväksyjä), raudan ja pelkistimen. SRB: n kasvu tietyissä viljelyaineissa havaitaan helposti, kun väliaine mustuu rikkivedyn (H2S) tuotannon seurauksena, jolloin muodostuu rautasulfidisaostuma. Kun se on eristetty kliinisistä näytteistä, tunnistaminen lajitasolla voi olla vaikeaa. Esimerkiksi D. fairfieldensiksen ja D. desulfuricansin erottaminen toisistaan fenotyyppikokeilla ei ole mahdollista. Näin ollen geenien monistaminen on arvokas väline tällaisen tunnistamisen aikaansaamiseksi.

tämän tutkimuksen päätavoite oli selvittää, mitkä Desulfovibrio-lajit voivat mahdollisesti liittyä IBD: hen. Tätä tarkoitusta varten käytettiin erityistä nestemäistä ainetta (Test-kit Labège®, Compagnie Française de Géothermie, Orléans, Ranska) SRB: n kasvattamiseen terveiden yksilöiden ja sellaisten potilaiden ulosteesta, jotka ovat sairaalahoidossa Centre Hospitalier et Universitaire de Nancyssa, Ranskassa. Isolaattien tunnistamiseksi lajitasolla laadittiin multiplex PCR.

2 aineistoa ja menetelmiä

2, 1 potilasta

41 terveen henkilön uloste (17 miestä ja 24 naista; keski-ikä 38 vuotta, vaihteluväli 1-101 vuotta) ja 110 potilasta (67 miestä ja 43 naista; keski-ikä 57 vuotta, vaihteluväli 14-100 vuotta) kerättiin Ranskan Centre Hospitalier et Universitaire de Nancyssa sijaitsevasta Hepato-Gastro-Enterologian yksiköstä. Terveet henkilöt kuullut peräkkäin varten checkup. Niiden ulosteesta ei löytynyt patogeenistä mikro-organismia. Terveille henkilöille ja potilaille ei ole annettu yhtään antibioottia näytteenottoa edeltäneen kuukauden aikana. Potilaat jaettiin kolmeen ryhmään: IBD (n=22) sisälsi 17 CD: tä ja viisi ee; muita alemman suolen sairauksia (n=30) oli 23 potilaalla, joilla oli lieviä tai keskivaikeita oireita, kuten vatsakipua, suolistovaivoja ja ylensyöpää, ja seitsemän potilasta, joilla oli paksusuolen syöpä; ylemmän ruoansulatuskanavan sairauksia (n=58) olivat sappikivet, kirroosi, maksasolusyöpä, mahalaukun ja haiman kasvaimet. IBD diagnosoitiin kliinisten, endoskooppisten ja histologisten löydösten perusteella. Suurin osa IBD-potilaista, joilla oli aktiivinen sairaus (Taulukko 1).

2, 2 SRB: n osoittaminen ja laskeminen

yksi gramma ulostetta sekoitettiin 4 ml: aan fosfaattipuskuroitua suolaliuospuskuria ja sentrifugoitiin (3000 rpm, 5 min). Yksi millilitra supernatanttia inokuloitiin välittömästi nestemäiseen väliaineeseen (Test-kit Labège®, Compagnie Française de Géothermie, Orléans, Ranska) valmistajan ohjeiden mukaisesti. Testipakkaukset Labège® koostuvat injektiopulloista, joissa on 9 ml tiettyä väliainetta (orgaaniset yhdisteet: laktaatti ja asetaatti, pelkistävä aine: titaanisitraatti) anaerobisesti vakioituna SRB: n toteamista varten. Se inokuloidaan ruiskulla kumikorkin läpi. Tämä limainen ja väritön väliaine on alun perin suunniteltu SRB: n havaitsemiseksi ympäristönäytteistä. Sitä verrattiin yleisesti käytettyyn Postgaten kiinteään väliaineeseen E (orgaaninen yhdiste: laktaatti, pelkistävät aineet: askorbiinihappo ja tioglykolihappo) , joka inokuloitiin rinnakkain anaerobisessa ilmakehässä. SRB laskettiin käyttämällä pitkiä ja kapeita putkia, jotka täytettiin jälkimmäisellä väliaineella ja inokuloitiin ulosteen desimaalilaimennoksilla. Kaikkia rokotettuja elatusaineita inkuboitiin 37°C: ssa 2 kuukauden ajan. SRB: n esiintyminen varmistettiin mustan saostuman (rautasulfidin) muodostumisella nestemäisessä väliaineessa ja mustien pesäkkeiden ilmaantumisella kiinteässä väliaineessa.

2.3 PCR-alukkeiden suunnittelu

Genbankin tietokannassa olevia Desulfomonas-ja Desulfovibrio-kantojen 16S rDNA-sekvenssejä verrattiin Sequence Navigator-ohjelmiston version 1.0.1 (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA, Yhdysvallat). Sen avulla voitiin suunnitella kuusi aluketta, joilla aiemmin ihmisistä eristetty SRB voidaan tunnistaa PCR: llä ja jotka liittyvät vastaavasti D: hen. piger (aiemmin Desulfomonas pigra) ATCC 29098T, D. desulfuricans Essex 6 ATCC 29577T, D. desulfuricans MB ATCC 27774 ja D. fairfieldensis ATCC 700045. D. desulfuricans Essex 6 ja D. desulfuricans MB erilaistuivat, koska näiden kantojen 16S rDNA-sekvensseissä on ero 3%. Alukkeet olivat 27K-F (5′-CTG CCT TTG ATA CTG CTT AG-3′), 27K-R (5′-GGG CAC CCT CTC GTT TCG GAG a-3′), Essex-F (5′-CTA CGT TGT GCT AAT CAG CG CGT AC-3′), Fair-F (5′-TGA ATG AAC TTT TAG GGG AAA GAC-3′), Pig-F (5′-CTA GGG TGT TCT AAT Cat Cat CCT AC-3′) ja P687-R (5′-Gat ATC Tac GGA TTT CAC TCC Tac ACC-3′) (taulukko 2). Näiden alukkeiden spesifisyys tarkistettiin kaikista Genbankin tietokannasta saatavilla olevista bakteerisekvensseistä käyttäen Blast program-versiota 2.0 (National Center for Biotechnology Information, Bethesda, MD, USA).

2.4 SRB identification by multiplex PCR

Four collection strains (D. piger ATCC 29098T, D. desulfuricans Essex 6 ATCC 29577T, D. desulfuricans MB ATCC 27774, and D. fairfieldensis ATCC 700045) and 12 clinical strains (two strains related to D. desulfuricans Essex 6, kahta D. desulfuricans MB: lle sukua olevaa kantaa ja kahdeksaa D. fairfieldensis-lajiksi tunnistettua kantaa) käytettiin positiivisina kontrolleina. PCR: n herkkyys arvioitiin kvantifioitujen bakteerikantasuspensioiden laimennoksilla. PCR: n spesifisyys tarkastettiin negatiivisilla kontrolleilla, mukaan lukien tyyppikannat (Bilophila wadsworthia ATCC 49260T, Desulfovibrio gigas DSM 1382T, Desulfovibrio vulgaris DSM 644T) ja seuraavat lajit kuuluvat yleisiin kliinisiin suolistokantoihin: Bacteroides hauras, Bacteroides merdae, Bacteroides thetaiotaomicron, Bacteroides uniform, Bacteroides vulgatus, Campylobacter jejuni, Citrobacter freundii, vaarattomat bakteerit, Enterobacter roman empire, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Eubacterium small, Eubacterium sticky, Fusobacterium nucleatum, Kööpenhamina kanaalin, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Morganella morganii, Peptostreptococcus Big, Proteus Wonderful, Proteus common, Providencia stuartii, Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis ja Streptococcus bovis.

inkubaatioajan lopussa kaikki 151 inokuloitua Labège®-koesarjaa tarkastettiin multiplex PCR: llä. DNA-uutteet saatiin 500 µl: sta viljelyainetta sentrifugoinnin ja sekoittamisen jälkeen TE-puskuriin (10 mM Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 8). Solut lysoitiin lyhyesti käyttäen peräkkäin lysotsyymiä (3 mg ml−1), SDS: ää (1%, w/v) ja proteinaasi K: ta (0, 25 mg ml-1). Yön yli 37°C: ssa tapahtuneen inkubaation jälkeen DNA uutettiin tavanomaisella fenoli/kloroformi/isoamyylialkoholi-menetelmällä. Kukin 50-µl PCR-seos sisälsi 5 µl DNA-uutetta (noin 50 ng DNA: ta) ja lopulliset määrät 0, 4 µM kutakin primeria, 0, 8 mM kutakin deoksinukleosiditrifosfaattia (Boehringer Mannheim Biochemicals, Mannheim, Saksa), 0, 4 mM Tris–HCl-puskuria, 1, 5 mM MgCl2 ja 1, 5 U Taq-DNA-polymeraasia (Gibco BRL Life Technologies, Paisley, UK). Kaikki reaktiot suoritettiin GeneAmp PCR-järjestelmällä 2400 (Perkin-Elmer, Norwalk, CT, USA). Ensimmäinen denaturointiaste oli 94°C 4 minuutin ajan, minkä jälkeen tehtiin 30 denaturointisykliä (94°C, 1 min), hehkutus (55°C, 1 min) ja pidennys (72°C, 2 min) sekä lopullinen pidennys (72°C, 5 min). Jokaiseen testijaksoon sisältyi negatiivinen (vesi DNA-uutteen sijaan) ja positiivinen (D. fairfieldensis DNA extract) kontrolli. Monistetut tuotteet hävisivät elektroforeesilla 1, 5% (w/v) agaroosigeeleissä, jotka sisälsivät etidiumbromidia (1, 6 mg ml−1). Kokomerkkinä käytettiin 100 bp: n DNA-tikkaita (Gibco BRL Life Technologies, Rockville, MD, USA). D. piger, D. desulfuricans Essex 6, D. desulfuricans MB ja D. fairfieldensis tunnistettiin vastaavasti 255 -, 255 -, 396-ja 534-bp-kaistalla. D. piger ja D. desulfuricans Essex 6 eroteltiin edelleen erillisillä PCR-määrityksillä käyttäen niiden erityisiä alukkeita. Negatiivisten näytteiden osalta tehtiin 16S rDNA-monistus konsensusalukkeilla 27f ja 1525r sen tarkistamiseksi, ettei vierasaineet estä PCR-standardeja.

3 tulokset

3.1 SRB: n osoittaminen ja laskeminen

terveillä yksilöillä ja edellä mainittujen kriteerien mukaan SRB: tä löytyi 10 ulosteesta (24%) sekä Test-kit Labège® – että Postgate-medium-valmisteella. Maksa-Gastro-Enterologian yksikön potilailla SRB: tä kasvatettiin 42 ulosteesta käyttäen Postgaten mediaa. Kolme muuta näytettä todettiin positiivisiksi testipakkaus Labège®-testillä. Näin ollen tutkituista 110 potilaasta 45 potilaalla (41%) todettiin SRB: tä viljelmällä. Kolmesta lisänäytteestä saatiin epäselvät tulokset Testipakkauksella Labège® (tummanruskeaa saostumaa). SRB: n kasvun keskimääräinen toteamisaika oli 2 ja 6 päivää testipakkaus Labège®: llä (vaihteluväli 1-11 päivää) ja Postgate: lla (vaihteluväli 3-39 päivää). SRB: n keskimääräinen määrä terveiden yksilöiden ja potilaiden ulosteissa oli 105 g−1 (vaihteluväli 102−109 G-1). SRB: n määrä ei siten liittynyt potilaiden kliiniseen tilaan.

3, 2 SRB: n tunnistaminen multiplex PCR: llä

Multiplex PCR-määrityksen herkkyys oli 100 bakteeria millilitrassa. Sen spesifisyys varmistui siitä, että neljän eriytetyn genospesiumin välillä ei ollut ristireaktioita. Jokainen positiivinen kontrolli todettiin positiiviseksi ainoastaan vastaavalla alukkeiden joukolla. Kaikki positiot, joita käytettiin negatiivisina kontrolleina spesifisyyden tarkistamiseen, mukaan lukien D. gigasin ja D. vulgarisin tyyppikannat, antoivat negatiivisen tuloksen neljällä primer-joukolla. Reaktioiden spesifisyyttä vahvistettiin edelleen sekvensoimalla monistetut tuotteet. Saadut sekvenssit vastasivat aina odotettuja. PCR-menetelmällä määritettyjen SRB-negatiivisten näytteiden osalta 16S rDNA-vahvistuksen avulla voitiin hylätä mahdollinen PCR-yhdisteiden inhibitio vierasaineiden avulla.

maksan ja gastroenterologian yksikön potilailla 45 positiivista ulostetta ja kolme monitulkintaista ulostetta antoivat positiivisen tuloksen PCR: llä. Ne vastasivat D. piger (n=33), D. fairfieldensis (n=14) tai molempia (n = 1). D. desulfuricaneja ei todettu (Taulukko 3). Myös viljelmänegatiiviset pullot olivat PCR: n mukaan negatiivisia.

3.3 Desulfovibrion lajien suhde IBD: hen

lajien jakautumisessa ei ollut merkittävää eroa verrattaessa terveitä yksilöitä ja potilaita, joilla oli ei-tulehduksellinen suolistosairaus. D. piger oli tuskin yleisempi kuin D. fairfieldensis. Sitä vastoin IBD-potilailla D. piger oli 4 kertaa yleisempi kuin D. fairfieldensis. Tämä ero oli erityisen huomattava CD-potilailla, sillä IBD-potilaat koostuivat pääasiassa CD-potilaista. Lisäksi D: n esiintyvyys. piger oli merkitsevästi suurempi IBD: n vuoksi sairaalahoidossa olleilla potilailla kuin terveillä henkilöillä tai potilailla, jotka olivat sairaalahoidossa muiden patologioiden vuoksi (P<0, 05). Taudin vaiheen ja SRB: n esiintymisen välillä ei ollut yhteyttä. Hoito ei muuttanut näiden bakteerien eristysnopeutta.

4 Keskustelu

SRB: n esiintyminen eläinten ja ihmisten suolistossa on tunnistettu jo pitkään, vaikka tunnistuksia lajitasolla on tehty harvoin. Tuloksemme vahvistavat, että nämä bakteerit ovat ihmisten suoliston tavallisia asukkaita. Suurin osa IBD-potilaiden suolistoperäisistä SRB-tutkimuksista on tukeutunut ulostenäytteiden viljelyyn perustuvaan mikrobiologiseen analyysiin, minkä vuoksi SRB on tunnistettu sukutasolla . Viimeaikaiset tutkimukset ovat kuitenkin osoittaneet, että SRB: n mahdollinen rooli IBD: n patogeneesissä saattaa liittyä SRB: n kantojen fysiologisiin ja/tai fylogeneettisiin eroihin . Niinpä kehitimme multiplex PCR tunnistaa nämä bakteerit lajitasolla. Kun otetaan huomioon eristämisen vaikeus ja tiettyjen hakujen harvinaisuus, SRB: n esiintyvyys ihmisen kliinisissä näytteissä on varmasti aliarvioitu. Testipakkaus Labège®, joka on kehitetty SRB: n havaitsemiseen ympäristönäytteistä, osoittautui sopivaksi väliaineeksi SRB: n havaitsemiseen ulosteesta sekä kehon nesteistä (Loubinoux, julkaisematon tulos). Valmistaja on osoittanut, että se kasvattaa SRB: n ympäristökantoja, kuten D. desulfuricans DSM 1926, Desulfotomaculum nigrificans DSM 574T, Desulfobacter postgatei DSM 2034t ja Desulfobulbus propionicus DSM 2032t. Käsissämme se osoittautui herkemmäksi kuin yleisesti käytetty Postgaten medium, sillä potilailla havaittiin kuusi ylimääräistä Desulfovibrio-isolaattia. Runsaasta kasvustosta huolimatta testipakkaus Labège® mahdollisti SRB: n nopean kasvun ulostenäytteistä, sillä keskimääräinen havaitsemisaika oli 2 päivää (verrattuna 6 päivään Postgaten väliaineessa). Tämä voi liittyä väliaineen laatuun, mutta myös näytteiden inokulointitapaan, joka takaa tiukan anaerobioosin säilymisen. Verrattuna Postgaten väliaineeseen asetaatin lisääminen laktaattiin laajentaa detektiospektriä sisältäen hitaasti kasvavaa asetaattia metaboloivan SRB: n, kuten Desulfobacter spp. Lisäksi titaanisitraatin läsnäolo, joka on erittäin tehokas pelkistin (Test-kit Labège® redox-potentiaali on noin -600 mV), mahdollistaa nopeamman havaitsemisen useimmista SRB-kannoista.

on mahdollista, että Labège®-testipakkauksissa ei havaittu joitakin SRB-kantoja, koska mukana ollut kasvisto oli ylikasvanut tai koska näytteiden määrä oli vähäinen. Testipakkaus Labège® on kuitenkin mukautettu suurimman osan SRB: n kasvusta, ja PCR tunnisti kaikki positiiviset pullot D. pigeriksi, D. fairfieldensikseksi tai D. desulfuricansiksi. 2 kuukauden itämisajasta huolimatta uusia lajeja ei havaittu. On siis mahdollista, että löydöksemme vastaavat ihmisen todellista kasvistoa, joka koostuu lähes yksinomaan D. pigeristä ja D. fairfieldensiksestä. D. desulfuricans eristettiin kerran ja on kuvattu myös ihmisillä aiemmassa tutkimuksessa, mutta se on todennäköisesti harvinaista suolistossa. Useimmissa tapauksissa D. piger ja D. fairfieldensis olivat toisensa poissulkevia. Molempien lajien yhteys havaittiin vain kerran paksusuolen syövän yhteydessä. D. pigerin ja D. fairfieldensiksen lähes päällekkäisen esiintymisen varmistamiseksi PCR on tunnistanut viisi SRB-pesäkettä, joita on kasvatettu kiinteässä Postgaten kasvualustassa kullekin positiiviselle testille-kit Labège®. Kaikissa tapauksissa saatiin sama tulos ja viisi pesäkettä kuuluivat samaan lajiin (tietoja ei näy). Olemme myös tehneet 10 potilaan (viisi SRB-positiivista ja viisi SRB-negatiivista) seurannan 2 kuukauden ajan ja ulosteita viljeltiin viikoittain. Jokaisesta potilaasta saatiin sama tulos (SRB-positiivinen tai SRB-negatiivinen) kaikista näytteistä (tietoja ei näy). Olisi kuitenkin mielenkiintoista seurata IBD-potilaita pidemmän aikaa sen selvittämiseksi, onko taudin aktiivisuudella vaikutuksia SRB-populaatioon.

D. desulfuricans on yleisesti eristetty ympäristöstä, ja sitä on pidetty myös ihmisillä esiintyvänä desulfovibrio-lajina D. fairfieldensiksen tuoreeseen kuvaukseen asti. Siksi voi olla yllättynyt siitä, että D. desulfuricans-bakteeria esiintyy väestössämme hyvin vähän. Tähän asti D. piger ja D. fairfieldensis on eristetty pelkästään ihmisnäytteistä. Tuloksemme osoittavat siis, että molemmat lajit voivat olla spesifisiä ihmisen suolistolle. Tämä riippuu kuitenkin siitä, miten näitä bakteereja etsitään erityisesti muista ekologisista lokeroista. D. piger on kuvattu vain kerran, ja sitä pidettiin harvinaisena löydöksenä ihmisillä. Tuloksemme osoittavat, että se saattaa olla yleisin SRB suolistossa. Lajia ei kuitenkaan ole koskaan kuvattu tartunnoissa. Päinvastoin, D. fairfieldensis, joka on ilmeisesti harvinaisempi ihmisen ulosteessa, on eristetty paksusuolen luumenin ulkopuolelle veri-ja septisistä kokoelmista . Näin ollen D. fairfieldensis voi olla muita haitallisia ominaisuuksia verrattuna muihin lajeihin Desulfovibrio, mikä selittäisi sen toipuminen kliinisistä näytteistä. Mielenkiintoista on, että meidän sarjassa potilaita, esiintyvyys D. piger ulosteessa on huomattavasti suurempi potilailla sairaalaan IBD (enimmäkseen CD) kuin terveillä henkilöillä tai potilailla sairaalaan muiden patologioiden. Tälle voi olla kaksi selitystä: joko D. piger on fysiologisia ominaisuuksia, jotka aiheuttavat puhkeamista vaurioita ja / tai osallistua jatkuvaan kroonisia tulehdusprosesseja, tai kolonisaatio tämän lajin suosii paikallisia olosuhteita IBD-potilailla. SRB: n yhteys IBD: hen on jo kuvattu . D. pigeriä ei ole tarkasteltu sen enempää sen ensimmäisen kuvauksen jälkeen vuonna 1976 . Siksi havainto, että tämä bakteeri, jota pidetään ”ei-patogeenisenä” lajina, on yleinen ihmisen suoliston asukas ja yleisin SRB-laji IBD-potilailla, on yllättävä. Lisätutkimuksia on tehtävä sen selvittämiseksi, miten D. piger voi olla osallisena näissä kroonisissa tulehdusprosesseissa.

kiitokset

tätä työtä tukivat osittain Compagnie Française de Géothermie (Orléans, Ranska) ja FCT: n myöntämä tuki POCTI 36562/ESP / 2000 ICP: lle. Olemme kiitollisuudenvelassa edesmenneelle Dr. Wee Tee: lle (Melbournen yliopisto, Australia) siitä, että olemme ystävällisesti toimittaneet neljä D. fairfieldensis-kantaa (mukaan lukien ATCC 700045-kanta), ja myös professori D. Raoultille (Marseillen yliopisto, Ranska), joka tarjoaa yhden D. fairfieldensis-kannan. Kiitämme D: tä. Meng ja A. M. Carpentier (Laboratoire de Bactériologie-VIROLOGIE UMR CNRS 7565) erinomaisesta teknisestä avusta, tohtori A. Dao ja professori B. Fortier terveiden yksilöiden ulosteiden tarjoamisesta sekä maksa-Gastro-Enterologian yksikön hoitajat ystävällisyydestään.