AutoDock Vina Manual

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Contenuto

• Caratteristiche
• Licenza
• Tutorial
• Domande Frequenti
• Piattaforma di Note e di Installazione
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • Edificio di Origine
• Altri Software
• Utilizzo
  • Sommario
  • File di Configurazione
  • Ricerca di
  • la Completezza
  • Output
  • Opzioni Avanzate
• Screening Virtuale
• Storia
• Citazione
• Guida
• Segnalazione di Bug

Caratteristiche

Precisione AutoDock Vina migliora notevolmente la precisione media della modalità di associazione previsioni rispetto a AutoDock 4, a giudicare dai nostri test sul training set utilizzato in AutoDock 4 sviluppo. Inoltre e indipendentemente, AutoDock Vina è stato testato contro un benchmark di screening virtuale chiamato Directory of Useful Decoys dal gruppo Watowich, ed è stato trovato per essere”un forte concorrente contro gli altri programmi, e nella parte superiore del pacchetto in molti casi”. Va notato che tutti e sei gli altrii programmi di blocco, a cui è stato confrontato, sono distribuiti commercialmente. AutoDock Tools Compatibilità Per il suo input e output, Vina utilizza lo stesso formato di file di struttura molecolare PDBQT utilizzato da AutoDock. I file PDBQT possono essere generati (in modo interattivo o in modalità batch) e visualizzati utilizzando MGLTools.Altri file, come i file dei parametri AutoDock e AutoGrid (GPF, DPF) e i file della mappa della griglia non sono necessari.

Modalità di associazione precisione di previsione sul set di test. “AutoDock” si riferisce a AutoDock 4 e” Vina ” a AutoDock Vina 1.

Facilità d’uso

La filosofia progettuale di Vina non è quella di richiedere all’utente di comprendere i dettagli dell’implementazione, modificare i parametri di ricerca oscuri, i risultati del cluster o conoscere l’algebra avanzata (quaternioni). Tutto ciò che è richiesto sono le strutture delle molecole ancorate e la specifica dello spazio di ricerca incluso il sito di legame. Non è necessario calcolare le mappe della griglia e assegnare le cariche atomiche. Il riepilogo dell’utilizzo può essere stampato con “vina --help“. Il riepilogo rimane automaticamente sincronizzato con i possibili scenari di utilizzo.

Qualità di implementazione

• In base alla progettazione, i risultati non dovrebbero avere un pregiudizio statistico correlato alla conformazione della struttura di input.
• Si presta attenzione al controllo della correttezza sintattica dell’input e alla segnalazione degli errori all’utente in modo lucido.
• L’invarianza delle lunghezze dei legami covalenti viene verificata automaticamente nelle strutture di output.
• Vina evita di imporre restrizioni artificiali, come il numero di atomi nell’input, il numero di torsioni, la dimensione dello spazio di ricerca, l’esaustività della ricerca, ecc.

Catene laterali flessibili

Come in AutoDock 4, alcune catene laterali dei recettori possono essere scelte per essere trattate come flessibili durante l’attracco.

Velocità AutoDock Vina tende ad essere più veloce di AutoDock 4 per ordini di grandezza. Più CPU/Core Inoltre, Vina può sfruttare più CPU o core CPU sul sistema per ridurre significativamente il tempo di esecuzione. World Community Grid I progetti qualificati possono eseguire i calcoli AutoDock Vina gratuitamente sulla World Community Grid massicciamente parallela.Tra i progetti esistenti che utilizzano AutoDock Vina vi sono quelli che mirano all’AIDS,alla malaria, alla leishmaniosi e alla cistosomiasi.Alcuni di questi progetti hanno una media di calcolo di oltre 50 anni al giorno.

Tempo medio per coppia recettore-ligando sul set di test.”AutoDock” si riferisce a AutoDock 4 e” Vina ” a AutoDock Vina 1.

Licenza

AutoDock Vina è rilasciato sotto una licenza Apache molto permissiva, con poche restrizioni sull’uso commerciale o non commerciale, o sulle opere derivate.Il testo della licenza può essere trovato qui.

Tutorial

Se non avete mai usato AutoDock Vina prima, si prega di studiare il Video Tutorial prima di tentare di usarlo.

Questo video tutorial mostra di docking molecolare di imatinib utilizzando Vina con AutoDock Strumenti e PyMOL

Domande Frequenti

Come iniziare a imparare a utilizzare Vina?

Guardare il video tutorial potrebbe essere il modo migliore per farlo.

Qual è il significato o il significato del nome “Vina”? Perché è stato sviluppato?

Si prega di consultare questo post della mailing list.

Quanto è preciso AutoDock Vina?

Vedi Caratteristiche

Va notato che l’accuratezza predittiva varia molto a seconda del target, quindi ha senso valutare AutoDock Vina contro il tuo particolare target prima,se hai conosciuto attivi, o una struttura legante nativa legata, prima di ordinare composti. Durante la valutazione di qualsiasi motore di attracco in una schermata virtuale retrospettiva, potrebbe avere senso selezionare esche di dimensioni simili, e forse altre caratteristiche fisiche, ai tuoi attivi noti.

Qual è la differenza tra AutoDock Vina e AutoDock 4?

AutoDock 4 (e versioni precedenti) e AutoDock Vina sono stati entrambi sviluppati nel laboratorio di grafica molecolare presso lo Scripps Research Institute. AutoDock Vina eredita alcune delle idee e degli approcci di AutoDock 4, come trattare il docking come un’opimizzazione globale stocastica della funzione di punteggio, precalcolare le mappe della griglia (Vina lo fa internamente) e alcuni altri trucchi di implementazione, come ad esempiocalcolando l’interazione tra ogni coppia di atomi ad ogni distanza. Utilizza anche lo stesso tipo di formato di struttura (PDBQT) per la massima compatibilità con il software ausiliario.

Tuttavia, il codice sorgente, la funzione di punteggio e gli algoritmi effettivi utilizzati sono nuovi di zecca,quindi è più corretto pensare a AutoDock Vina come una nuova “generazione” piuttosto che “versione” di AutoDock. Le prestazioni sono state confrontate nella pubblicazione originale e, in media, AutoDock Vina ha fattoconsiderabilmente migliore, sia in termini di velocità che precisione. Tuttavia, per un dato target, entrambi i programmi possono fornire un risultato migliore, anche se AutoDock Vina è più probabile che lo faccia.Ciò è dovuto al fatto che le funzioni di punteggio sono diverse ed entrambe sono inesatte.

Qual è la differenza tra AutoDock Vina e AutoDock Tools?

AutoDock Tools è un modulo all’interno del pacchetto software MGL Tools specificamente per la generazione di input (file PDBQT) forAutoDock o Vina. Può anche essere utilizzato per visualizzare i risultati.

Posso ancorare due proteine con AutoDock Vina?

Potresti essere in grado di farlo, ma AutoDock Vina è progettato solo per il docking del recettore-ligando. Ci sono programmi migliori per l’attracco proteico-proteico.

Vina verrà eseguito sulla mia macchina a 64 bit?

Sì. In base alla progettazione, le moderne macchine a 64 bit possono eseguire binari a 32 bit in modo nativo.

Perché ottengo “impossibile aprire conf.errore “txt”? Il file esiste!

Spesso, i browser di file nascondono l’estensione del file, quindi mentre pensi di avere un file “conf.txt“, in realtà si chiama “conf.txt.txt“.Questa impostazione può essere modificata nel pannello di controllo o nelle preferenze di sistema.

Dovresti anche assicurarti che il percorso del file che stai fornendo sia corretto rispetto alla directory (cartella) in cui ti trovi, ad esempio se ti riferisci semplicemente aconf.txt nella riga di comando, assicurati di essere nella stessa directory (cartella)di questo file. È possibile utilizzare i comandils odir su Linux/macOS e Windows, rispettivamente, per elencare i contenuti della directory.

Perché ottengo “errori di utilizzo” quando provo a seguire il video tutorial?

Le opzioni della riga di comando sono leggermente cambiate da quando il tutorial è stato registrato. In particolare,”--out “sostituito”--all“.

Vina funziona bene sulla mia macchina, ma quando lo eseguo sul mio cluster Linux esotico, ottengo un errore “boost thread resource”. Perché?

Il tuo cluster Linux è configurato in modo tale da non consentire i thread di spawning. Pertanto, Vina non può correre. Contattare l’amministratore di sistema.

Perché la mia conformazione ancorata è diversa da quella che ottieni nel video tutorial?

L’algoritmo di docking non è deterministico. Anche se con questa coppia recettore-ligando, il minimo della funzione di punteggio corrisponde alla corretta conformazione,l’algoritmo di docking a volte non riesce a trovarlo. Prova più volte e vedi di persona. Si noti che la probabilità di non riuscire a trovare il mininum può essere diversa con un sistema diverso.

La mia conformazione ancorata è la stessa, ma le mie energie sono diverse da quelle che ottieni nel video tutorial. Perché?

La funzione di punteggio è cambiata da quando è stato registrato il tutorial, ma solo nella parte che è indipendente dalla conformazione:la penalità specifica del ligando per la flessibilità è cambiata.

Perché i miei risultati sembrano strani in PyMOL?

PDBQT non è un formato di struttura molecolare standard. La versione di PyMOL utilizzata nel tutorial (0.99rc6) sembra visualizzarla bene (perché PDBQT è in qualche modo simile a PDB).Questo potrebbe non essere il caso per le versioni più recenti di PyMOL.

Qualsiasi altro modo per visualizzare i risultati?

È anche possibile visualizzare i file PDBQT in PMV (parte degli strumenti MGL) o convertirli in un formato di file diverso (ad esempio utilizzando gli strumenti AutoDock o con “salva con nome” in PMV)

Quanto dovrebbe essere grande lo spazio di ricerca?

Il più piccolo possibile, ma non più piccolo. Più piccolo è lo spazio di ricerca, più facile è per l’algoritmo di attracco esplorarlo.D’altra parte, non esplorerà ligando e posizioni atom catena laterale flessibile al di fuori dello spazio di ricerca. Probabilmente dovresti evitare spazi di ricerca più grandi di30 x 30 x 30 Angstrom, a meno che tu non aumenti anche “--exhaustiveness“.

Perché vedo un avviso sul volume dello spazio di ricerca che supera 27000 Angstrom^3?

Questo è probabilmente perché si intendeva specificare le dimensioni dello spazio di ricerca in “punti griglia” (0,375 Angstrom), come in AutoDock 4.Le dimensioni dello spazio di ricerca AutoDock Vina sono invece fornite in Angstroms. Se intendevi davvero utilizzare un insolitogrande spazio di ricerca, puoi ignorare questo avviso, ma nota che il lavoro dell’algoritmo di ricerca potrebbe essere più difficile.Potrebbe essere necessario aumentare il valore di exhaustiveness per compensare. Ciò porterà a tempi di esecuzione più lunghi.

La conformazione legata sembra ragionevole, ad eccezione degli idrogeni. Perché?

AutoDock Vina utilizza in realtà una funzione di punteggio united-atom, cioè una che coinvolge solo gli atomi pesanti.Pertanto, le posizioni degli idrogeni nell’uscita sono arbitrarie.Gli idrogeni nel file di input vengono utilizzati per decidere quali atomi possono essere donatori di legame idrogeno o accettori, quindi la corretta protonazione delle strutture di input è ancora importante.

Cosa controlla veramente la “esaustività”, sotto il cofano?

Nell’implementazione corrente, il calcolo di docking consiste in un numero di esecuzioni indipendenti, a partire da conformazioni casuali.Ciascuna di queste esecuzioni consiste in una serie di passaggi sequenziali. Ogni passo comporta una perturbazione casuale della conformazione seguita da un’ottimizzazione locale (utilizzando l’algoritmo Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno) e una selezione in cui il passo è accettato o meno. Ogni ottimizzazione locale comporta molte valutazioni della funzione di punteggio e dei suoi derivati nelle coordinate posizione-orientamento-torsioni.Il numero di valutazioni in un’ottimizzazione locale è guidato dalla convergenza e da altri criteri.Il numero di passi in una corsa è determinato euristicamente, a seconda delle dimensioni e della flessibilità del legante e delle catene laterali flessibili. Tuttavia, il numero di esecuzioni è impostato dal parametroexhaustiveness. Poiché le singole esecuzioni vengono eseguite in parallelo, se del caso,exhaustiveness limita anche il parallelismo.A differenza di AutoDock 4, in AutoDock Vina, ogni esecuzione può produrre diversi risultati: i risultati intermedi promettenti vengono ricordati.Questi vengono uniti, raffinati, raggruppati e ordinati automaticamente per produrre il risultato finale.

Perché non ottengo la corretta conformazione legata?

Può essere una di una serie di cose:

• Se si proviene da AutoDock 4, un errore molto comune è quello di specificare lo spazio di ricerca in “punti” (0.375 Angstrom), invece di Angstrom.
• Il ligando o il recettore potrebbero non essere stati correttamente protonati.
• Sfortuna (l’algoritmo di ricerca avrebbe potuto trovare la corretta conformazione con buona probabilità, ma è stato semplicemente sfortunato). Riprova con un seme diverso.
• Il minimo della funzione di punteggio corrisponde alla conformazione corretta, ma l’algoritmo di ricerca ha difficoltà a trovarlo. In questo caso, una maggiore esaustività o uno spazio di ricerca più piccolo dovrebbero aiutare.
• Il minimo della funzione di punteggio semplicemente non è dove si trova la conformazione corretta. Provare più e più volte non aiuterà, ma può occasionalmente dare la risposta giusta se due torti (ricerca inesatta e punteggio) fanno un diritto. L’attracco è un approccio approssimativo.
• In relazione a quanto sopra, il colpevole può anche essere la qualità della struttura del recettore a raggi X o NMR.
• Se non stai facendo il redocking, cioè usando la corretta forma di adattamento indotta del recettore, forse gli effetti di adattamento indotti sono abbastanza grandi da influenzare l’esito dell’esperimento di docking.
• Gli anelli possono essere rigidi solo durante l’attracco. Forse hanno la conformazione sbagliata, influenzando il risultato.
• Si sta utilizzando un ligando 2D (piatto) come input.
• L’effettiva conformazione legata del ligando può occasionalmente essere diversa da quella mostrata dalla struttura a raggi X o NMR.
• Altri problemi

Come posso modificare la funzione di punteggio?

È possibile modificare facilmente i pesi, specificandoli nel file di configurazione o nella riga di comando. Ad esempio

 vina weight weight_hydrogen -1.2 ...

raddoppia lo strenth di tutti i legami idrogeno.

La funzionalità che consentirebbe agli utenti di creare nuovi tipi di atomo e pseudo-atomo e specificare le proprie funzioni di interazione è pianificata per il futuro.

Ciò dovrebbe rendere più facile adattare la funzione di punteggio a target specifici,modellare il docking covalente e la flessibilità del macro-ciclo,sperimentare nuove funzioni di punteggio e,usando pseudo-atomi, creare modelli di interazione direzionale.

Restate sintonizzati sulla mailing list di AutoDock, se desiderate ricevere una notifica di eventuali versioni beta-test.

Perché non ottengo tutte le modalità di associazione specificate con “--num_modes“?

Questa opzione specifica il numero massimo di modalità di associazione da produrre. L’algoritmo di docking può trovare meno modalità di associazione “interessanti” internamente.Il numero di modalità di associazione nell’output è anche limitato dal “energy_range“, che si consiglia di aumentare.

Perché i risultati non cambiano quando cambio le spese parziali?

AutoDock Vina ignora le spese parziali fornite dall’utente. Ha il suo modo di trattare con le interazioni elettrostatiche attraverso i termini di legame idrofobo e idrogeno. Vedere la pubblicazione originale per i dettagli della funzione di punteggio.

Ho cambiato qualcosa, e ora i risultati di docking sono diversi. Perché?

In primo luogo, se non avessi cambiato nulla, alcuni risultati avrebbero potuto essere diversi comunque, a causa della natura non deterministica dell’algoritmo di ricerca.La riproducibilità esatta può essere garantita fornendo lo stesso seed casuale a entrambi i calcoli, ma solo se anche tutti gli altri input e parametri sono uguali. Anche piccole modifiche all’input possono avere un effetto simile a un nuovo seme casuale.Ciò che ha senso discutere sono le proprietà statistiche dei calcoli: ad esempio “con il nuovo stato di protonazione, Vina è molto meno probabile trovare la corretta conformazione ancorata”.

Come si utilizzano catene laterali flessibili?

Si divide il recettore in due parti: rigido e flessibile, con quest’ultimo rappresentato in qualche modo simile a come viene rappresentato il ligando. Vedere la sezione “File PDBQT del recettore flessibile” della Guida per l’utente AutoDock4.2 (pagina 14) per come fare questoin Strumenti AutoDock.Quindi, è possibile emettere questo comando: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Vedi anche questo articolo su questo argomento.

Come faccio lo screening virtuale?

Si prega di consultare la relativa sezione del manuale.

Si prega di notare che una varietà di applicazioni di docking management esistono per aiutarvi in questo compito.

Non ho risorse di calcolo sufficienti per eseguire uno schermo virtuale. Quali sono le mie opzioni?

Potresti essere in grado di eseguire il tuo progetto sulla griglia della Comunità mondiale o utilizzare DrugDiscovery@TACC. Vedere Altri software.

Ho idee per nuove funzionalità e altri suggerimenti.

Per le nuove funzionalità proposte,ci piace che ci sia un ampio consenso,risultante da una discussione pubblica,riguardo alla loro necessità.Si prega di considerare di iniziare o partecipare a una discussione sulla mailing list AutoDock.

Risponderai alle mie domande su Vina se ti invio un’email o ti chiamo?

No. Vina è supportato dalla comunità. Non vi è alcun obbligo per gli autori di aiutare gli altri con i loro progetti.Si prega di consultare questa pagina per come ottenere aiuto.

Note della piattaforma e installazione

Windows

Compatibilità

Vina dovrebbe funzionare su Windows XP e sistemi più recenti.

Installazione

Fai doppio clic sul file MSI scaricato e segui le istruzioni

Esecuzione

Apri il prompt dei comandi e, se hai installato Vina nella posizione predefinita, digita

 "\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

Se si sta utilizzando Cygwin, il comando dovrebbe invece essere

/cygdrive/c/Programmi\ File/Cartella\ Scripps\ Ricerca\ Istituto/Vina/vina --help

Guarda il Video Tutorial per i dettagli.Non dimenticare di controllare Altri software per GUI, ecc.

Linux

Compatibilità

Vina dovrebbe funzionare su sistemi Linux x86 e compatibili a 64 bit.

Installazione

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

Opzionalmente, è possibile copiare i file binari dove si desidera.

Esecuzione

./ autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin / vina help help

Se l’eseguibile è nel tuoPATH, puoi semplicemente digitare”vina --help“.Vedere il video Tutorial per i dettagli.Non dimenticare di controllare Altri software per GUI, ecc.

Mac

Compatibilità

La versione a 64 bit dovrebbe funzionare su Mac OS X 10.15 (Catalina) e versioni successive.La versione a 32 bit di Vina dovrebbe funzionare su Mac OS X da 10.4 (Tiger) a 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type “vina --help” instead.Vedere il video Tutorial per i dettagli.Non dimenticare di controllare Altri software per GUI, ecc.

Costruire dalla sorgente

Attenzione: Costruire Vina dalla sorgente NON è pensato per essere fatto da utenti regolari!(queste istruzioni potrebbero essere obsolete)

Passo 1: Installa una suite di compilatori C++

Su Windows, potresti voler installare Visual Studio; su OS X, Xcode; e su Linux, la suite di compilatori GCC.

Passo 2: Installa Boost

Installa Boost.(La versione 1.41.0 è stata utilizzata per compilare i binari ufficiali. Con altre versioni, la tua fortuna può variare) Quindi, crea ed esegui uno dei programmi di esempio, come l’esempio Regex, per confermare di aver completato questo passaggio. Se non è possibile farlo, si prega di chiedere aiuto alla comunità Boost.

Passo 3: Costruire Vina

Se si utilizza Visual Studio, si consiglia di creare tre progetti:libmainesplit, con il codice sorgente dalle sottodirectory appropriate.libdeve essere una libreria, da cui dipendono gli altri progetti, emainesplitdeve essereconsole applicazioni. Per prestazioni ottimali, ricordarsi di compilare utilizzando la modalitàRelease.

Su OS X e Linux, puoi navigare per le opportune build sottodirectory, personalizzare il Makefileimpostando i percorsi e la Spinta versione, e quindi digitare

fare dependmake

Altri Software

Disclaimer: Questo elenco è solo a scopo informativo e non costituisce un’approvazione.

• Strumenti specificamente progettati per l’uso con AutoDock Vina (in nessun ordine particolare):
  • MGLTools, che include strumenti AutoDock (ADT) e Python Molecular Viewer (PMV). ADT è necessaria per la generazione di file di input per AutoDock Vina, e PMV può essere utilizzato per la visualizzazione dei risultati
  • PyRx può essere utilizzato per impostare l’attracco e lo screening virtuale con AutoDock Vina e per visualizzare i risultati
  • Il nuovo Autodock/Vina plugin per PyMOL può essere utilizzato per impostare l’attracco e lo screening virtuale con AutoDock Vina e per visualizzare i risultati
  • Computer-Aided Drug Design Piattaforma utilizzando PyMOL è un altro plugin per PyMOL che integra anche AMBRA, Ridurre e far SCORRERE.
  • Aumento utilizza AutoDock Vina nella sua rational drug design procedura
  • NNScore si ri-punteggio Vina risultati utilizzando una rete neurale artificiale addestrati sull’Associazione MOAD e PDBBind
  • Un Vina layer GUI per Windows da Biochem Lab può essere utilizzato per facilitare lo screening virtuale con AutoDock Vina
  • VSDK può essere utilizzato per facilitare lo screening virtuale con AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV può essere utilizzato per facilitare lo screening virtuale con AutoDock Vina
  • DrugDiscovery@TACC permette di fare lo screening virtuale con AutoDock Vina attraverso il loro sito web
  • NBCR CADD Pipeline fornisce l’accesso a screening virtuale con AutoDock Vina su NBCR computer
  • MOLA è avviabile, auto-configurazione di sistema per lo screening virtuale utilizzando AutoDock4/Vina su cluster di computer
  • SMINA è una modifica di Vina che collega con OpenBabel per I/O e supporta ulteriori modifiche della funzione di punteggio
  • Off-Target Pipeline è una piattaforma destinata a svolgere secondaria di identificazione del bersaglio e docking
  • AUDocker può essere utilizzato per facilitare lo screening virtuale con AutoDock Vina
  • World Community Grid può essere utilizzato da personale qualificato progetti per eseguire calcoli AutoDock Vina gratuitamente sulla rete massicciamente parallela di computer, dove i volontari donano il loro tempo di inattività della CPU.
  • DockoMatic è un’interfaccia utente grafica destinata a facilitare lo screening virtuale con AutoDock e AutoDock Vina.
  • VinaLC è una modifica di Vina dal Lawrence Livermore National Laboratory che sfrutta MPI su cluster di computer
• Altri strumenti che si rischia di trovare utile durante l’attracco o lo screening virtuale con AutoDock Vina:
  • PyMOL è uno dei programmi più popolari per la visualizzazione molecolare e può essere utilizzato per visualizzare i risultati di docking
  • OpenBabel può essere utilizzato per convertire tra vari formati di file di struttura, assegnare gli stati di protonazione, ecc.
  • ChemAxon Marvin può essere utilizzato per visualizzare strutture, convertire tra vari formati di file di struttura, assegnare gli stati di protonazione, ecc.

Utilizzo

Riepilogo

Il riepilogo dell’utilizzo può essere ottenuto con”vina --help

Ingresso: --recettore arg parte rigida del recettore (PDBQT) --flex arg flessibile catene laterali, se presenti (PDBQT) --ligando arg ligando (PDBQT)spazio di Ricerca (richiesto): --center_x arg coordinata X del centro --center_y arg coordinata Y del centro --center_z arg coordinata Z del centro --size_x arg dimensione X dimensione (Angstrom) --size_y arg dimensione Y dimensione (Angstrom) --size_z arg dimensione nella dimensione Z (Angstrom)Uscita (opzionale): --out arg modelli di output (PDBQT), il valore di default è scelto sulla base del ligando nome del file --log arg facoltativamente, scrivere un registro fileMisc (opzionale): --cpu arg il numero di Cpu per l'uso (l'impostazione predefinita è per provare a rilevare il numero di Cpu o, in mancanza, 1) --seme arg esplicito seme casuale --esaustività arg (=8) la completezza della ricerca globale (proporzionale al tempo): 1+ --num_modes arg (=9) numero massimo di modalità di associazione per generare --energy_range arg (=3) la massima differenza di energia tra le migliori modalità di associazione e il peggiore di tutti visualizzato (kcal/mol)file di Configurazione (opzionale): --config arg le opzioni di cui sopra possono essere messi hereInformation (opzionale): -- help display usage summary summary help_advanced display usage summary with advanced options version version display program version

File di configurazione

Per comodità, alcune opzioni della riga di comando possono essere inserite in un file di configurazione.

Per esempio:

receptor = hsg1/rigid.pdbqtligand = ligando.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y=25size_z = 25energy_range = 4

In caso di conflitto, l’opzione della riga di comando ha la precedenza su quella del file di configurazione.

Spazio di ricerca

Lo spazio di ricerca limita efficacemente dove gli atomi mobili, compresi quelli nelle catene laterali flessibili, dovrebbero trovarsi.

Esaustività

Con l’impostazione predefinita (o qualsiasi data) diexhaustiveness, il tempo trascorso nella ricerca è già variato euristicamente in base al numero di atomi, alla flessibilità, ecc. Normalmente, non ha senso dedicare più tempo alla ricerca per ridurre la probabilità di non trovare il minimo globale della funzione di punteggio oltre ciò che è significativamente inferiore alla probabilità che il minimo sia lontano dalla conformazione nativa.Tuttavia, se ritieni che il compromesso automatico tra esaustività e tempo sia inadeguato, puoi aumentare il livello

exhaustiveness. Questo dovrebbe aumentare il tempo linearmente e diminuire la probabilità di non trovare il minimo in modo esponenziale.

Output

Energia

L’affinità di legame prevista è inkcal/mol.

RMSD

I valori RMSD sono calcolati rispetto alla modalità migliore e utilizzano solo atomi pesanti mobili. Vengono fornite due varianti di metriche RMSD,rmsd/lb(RMSD lower bound) ermsd/ub(RMSD upper bound), che differiscono nel modo in cui gli atomi sono abbinati nel calcolo della distanza:

• rmsd/ub corrisponde a ciascun atomo in una conformazione con se stessa in altra conformazione, ignorando qualsiasi simmetria
• rmsd' corrisponde a ciascun atomo in una conformazione con la più vicina atomo di uno stesso tipo di elemento in altre conformazione (rmsd' non può essere usato direttamente, perché non è simmetrica)
• rmsd/lb è definito come segue:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

Idrogeno posizioni

Vina utilizza un united-atom funzione di punteggio. Come in AutoDock, gli idrogeni polari sono necessari nelle strutture di input per digitare correttamente gli atomi pesanti come donatori di legami idrogeno. Tuttavia, in Vina, i gradi di libertà che muovono solo gli idrogeni, come le torsioni del gruppo idrossile, sono degenerati. Pertanto, nell’output, ci si può aspettare che alcuni atomi di idrogeno siano posizionati casualmente (ma coerenti con la struttura covalente). Per un trattamento a atomo unito, questo è essenzialmente un problema cosmetico.

Modelli separati

Tutte le modalità di binding previste, comprese le posizioni delle catene laterali flessibili, sono inserite in un file PDBQT multimodale specificato dal parametro “out” o scelto di default, in base al nome del file del ligando. Se necessario, questo file può essere divisoin singoli modelli utilizzando un programma separato chiamato “vina_split”, incluso nella distribuzione.

Opzioni avanzate

Le “opzioni avanzate” di AutoDock Vina sono destinate ad essere utilizzate principalmente da persone interessate allo sviluppo di metodi piuttosto che dagli utenti finali. Il riepilogo di utilizzo tra le opzioni avanzate può essere indicato con

vina --help_advanced

Le opzioni avanzate consentono

• punteggio senza minimizzazione
• eseguire locale di ottimizzazione solo
• randomizzazione l’ingresso con nessuna ricerca (questo è utile per testare software di ancoraggio)
• modifica i pesi dai loro valori di default (vedere la carta per ciò che i pesi media)
• visualizzare i singoli contributi alla intermolecolari punteggio, prima di ponderazione (questi sono indicati con “--score_only“; vedere il documento per quali sono i termini)

Screening virtuale

È possibile scegliere alcuni degli strumenti elencati in Altri software per eseguire lo screening virtuale. In alternativa, se si ha familiarità con lo scripting della shell, è possibile eseguire lo screening virtuale senza di essi.

Gli esempi seguenti presuppongono che Bash sia la tua shell. Dovranno essere adattati alle vostre esigenze specifiche.

Windows

Per eseguire lo screening virtuale su Windows, è possibile utilizzare Cygwin e gli script Bash di seguito, o, in alternativa, adattarli per il linguaggio di scripting di Windows.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Lo script presuppone chevinasia nel tuoPATH.Altrimenti, modificalo di conseguenza.

Cluster PBS

Se si dispone di un cluster Linux Beowulf,è possibile eseguire i singoli docking in parallelo.

Continuando con il nostro esempio, invece di eseguire tutte le docking in un ciclo localmente,scriveremo uno script*.job per ligando,e useremoqsub (un comando PBS)per pianificare questi script da eseguire dal cluster.

Esegui questo script di shell per farlo.Lo script presuppone che vina e qsub siano nel tuo PATH.Altrimenti, modificalo di conseguenza.

una Volta che i lavori sono stati programmati, è possibile monitorare il loro stato con

qstat -u `whoami`

Selezionare i Migliori Risultati

Se siete su Unix e in una directory che contiene le directory con PDBQT file, tutte AutoDock Vina risultati,si può trovare questo script Python utile per selezionare i primi risultati. Eseguilo come:

vina_screen_get_top.py 10

per ottenere i nomi dei file dei primi 10 hit, che possono quindi essere facilmente copiati.

Storia

Brevi riassunti delle modifiche tra le versioni possono essere trovatiqui.

Citazione

Se hai usato AutoDock Vina nel tuo lavoro, per favore cita:

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: migliorare la velocità e la precisione di docking con una nuova funzione di punteggio, ottimizzazione efficiente e multithreading,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Ottenere aiuto

Si prega di vedere questa paginase avete domande su AutoDock Vina.

Segnalazione di bug

Le potenziali segnalazioni di bug sono molto apprezzate, anche se non si è esattamente sicuri che si tratti di bug.Tuttavia, non includere le richieste di assistenza insieme alla segnalazione di bug.Vedi questa paginainsead.

Bug probabili:

• risoluzione Anticipata
• Fallimento per terminare
• Modifiche di covalente lunghezze o di invariante angoli di uscita
• “Ovviamente sbagliato” scontri (controllare il vostro “spazio di ricerca” però)
• Disaccordo con la documentazione

Probabilmente non bug:

• tutto ciò che accade prima di eseguire Vina o dopo che è finito
• Occasionali disaccordo con l’esperimento
• Vina del rifiuto di aprire un file che non esiste (ad es. provals conf.txt per vedere se il file è davvero lì)

Segnalazione

Puoi inviare i tuoi rapporti alla mailing list di AutoDock. Ricordarsi di fornire una riga descrittiva “Oggetto” e tutte le informazioni necessarie per riprodurre il problema che si sta vedendo.