Nel 2001, Flowers è tornata in Alabama, dove si è concentrata sullo sviluppo economico come parte della Commissione della contea di Lowndes. La popolazione della contea di Lowndes è di tre quarti nero. Entro il 2002, aveva identificato diversi difetti dei servizi igienico-sanitari locali; comprese le persone arrestate per non aver pagato per i sistemi settici in loco e le persone che pagavano per i servizi igienico-sanitari in loco che non venivano fornite disposizioni adeguate. Flowers è stato sorpreso dal fatto che il governo stava prendendo di mira i membri più poveri della società piuttosto che gli inquinatori aziendali molto più ricchi. Questa esperienza l’ha motivata a concentrarsi sulla giustizia ambientale e sul clima. Ha ricevuto l’approvazione federale dalla United States Environmental Protection Agency (EPA) per produrre un piano per affrontare acque reflue grezze nella contea di Lowndes.
Nel 2011, Flowers ha lavorato con un relatore speciale delle Nazioni Unite per comprendere meglio la povertà e i suoi impatti sulle infrastrutture nella contea di Lowndes, Alabama. Dal 2015 Flowers ha ricoperto la carica di Senior Fellow presso il Center for Earth Ethics. Ha trascorso 2017 come praticante Franklin Humanities Institute in residenza presso la Duke University. Ha fondato il Center for Rural Enterprise and Environmental Justice nel 2019.
Flowers e l’Istituto per i diritti umani della Columbia Law School hanno studiato come le disuguaglianze strutturali abbiano un impatto sull’accesso ai servizi igienico-sanitari e all’acqua pulita. Ha identificato che le comunità rurali emarginate e povere avevano maggiori probabilità di soffrire di acqua contaminata e servizi igienici scadenti. Insieme, questi permettono la diffusione di infezioni parassitarie intestinali, tra cui hookworm. Nel 2019, JoAnn Kamuf Ward e Flowers hanno pubblicato, arrossato e dimenticato: Servizi igienico-sanitari e delle acque reflue nelle comunità rurali negli Stati Uniti, in cui Fiori ha scritto, “Nella contea di Lowndes, Alabama, e molte delle aree circostanti, la mancanza di servizi di base che molti americani danno per scontato è un modo di vivere,”. La relazione ha formulato una serie di raccomandazioni, tra cui l’adozione di misure per migliorare la responsabilità, garantire la partecipazione delle comunità colpite a qualsiasi processo decisionale e garantire l’accesso a servizi igienico-sanitari adeguati sulla base dell’uguaglianza.
Nel 2019, ha consegnato una testimonianza di esperti al Congresso degli Stati Uniti in cui ha esortato il governo ad affrontare le malattie associate alla povertà negli Stati Uniti. È stata nominata alla Task force Joe Biden sui cambiamenti climatici, che è co-presieduta da Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers è l’unico membro nero della task force.