Il club è stato inizialmente formato da studenti provenienti da Mittweida come Chemnitzer SC Britannia il 2 dicembre 1899.
Il 28 gennaio 1900, Chemnitzer SC Britannia fu uno dei membri fondatori della Federcalcio tedesca (DFB) di Lipsia. Nel mese di aprile dello stesso anno, il club ha cambiato il suo nome in Chemnitzer BC 1899.
L ‘ 8 agosto 1903, il club divenne un membro fondatore del Verband Chemnitzer Fußball-Vereine (VCFV). Questa federazione locale fu inclusa nella Verband Mitteldeutscher Fußball-Vereine (VMBV), la grande federazione regionale della Germania centrale, due anni dopo.
Fino al 1933, Chemnitzer BC erano un lato forte delle leghe VMBV. Hanno preso parte alla fase finale del WMBV quindici volte, raggiungendo la finale una volta nel 1927. Nonostante una sconfitta per 0-4 contro il VfB Leipzig, Chemnitz si qualificò per il campionato di calcio tedesco 1927 come vice-campioni, dove perse al primo turno contro i futuri campioni 1. FC Nürnberg, 1-5.
Nel 1933, Chemnitzer BC 1899 entrò in difficoltà finanziarie. Nonostante una fusione con i rivali locali SC Sachsen 1909 Chemnitz, fallimento e liquidazione non poteva essere evitato. La squadra fu quindi immediatamente riformata sotto il nome di Chemnitzer BC 1933, che assunse la storia del vecchio club. CBC 1933 facevano parte della Gauliga Sassonia fino alla fine della seconda guerra mondiale.
FC Karl-Marx-StadtEdit
all’indomani del conflitto, la maggior parte delle organizzazioni in Germania, tra cui sport e squadre di calcio, sono stati dissolti delle autorità di occupazione. La squadra fu ristabilita nel 1945 come SG Chemnitz Nord prima, come era comune nel calcio tedesco orientale all’epoca, subendo una serie di cambi di nome, da BSG Fewa Chemnitz nel 1948 a BSG Chemie Chemnitz nel 1951. Dopo la ridenominazione della città di Chemnitz in Karl-Marx-Stadt nel 1953, il club seguì l’esempio e assunse anche il nuovo nome della città. Nel 1956, la squadra di calcio fu annessa al più grande club sportivo centralizzato SC Motor Karl-Marx-Stadt, che fu a sua volta rinominato SC Karl-Marx-Stadt nel 1963. Il dipartimento di calcio è stato poi ancora una volta separato dal club sportivo come FC Karl-Marx-Stadt nel 1966, sotto un piano governativo di istituire un certo numero di club di calcio come centri in tutto il paese destinato a identificare e sviluppare talenti a sostegno di una forte squadra nazionale. Quando la città ri-rivendicato il suo nome originale nel 1991, la squadra ha seguito l’esempio per diventare Chemnitzer FC.
Dopo aver aderito alla DDR-Oberliga per la stagione 1962-63, il club ha generalmente ottenuto risultati poco interessanti, il più delle volte finendo nella metà inferiore della classifica. Alla fine della stagione 1966-67 riuscirono a vincere un sorprendente campionato della Germania Est e furono secondi nella Coppa della Germania Est (FDGB Cup) nel 1969, 1983 e 1989. Nel 1989 il club ha avuto la sua migliore svolta internazionale, avanzando attraverso due turni preliminari al Round of 16 della Coppa UEFA 1989-90 prima di essere eliminato contro la Juventus. Nella stessa stagione la squadra finì come seconda classificata nel campionato tedesco orientale, seconda alla Dynamo Dresden sul differenziale dei gol.
Dopo la riunificazione tedesca nel 1990, Chemnitzer FC qualificato per la 2. Bundesliga alla fine della NOFV-Oberliga 1990-91. A partire dalla stagione 1991-92, Chemnitz ha trascorso cinque anni nel secondo livello del calcio tedesco fino ad essere retrocesso in Regionalliga di terzo livello nel 1996, e anche avanzato alla semifinale della DFB-Pokal 1992-93 durante questo periodo. Da allora, l’importanza del club è svanita. I quattro anni successivi furono equamente divisi tra la Regionalliga e la 2. Bundesliga prima di essere retrocessa in Regionalliga (III) nel 2001 e successivamente in NOFV-Oberliga Süd (IV) nel 2006. L’ultimo paio di anni, però, ha visto il club lentamente in aumento attraverso il sistema di campionato tedesco, ancora una volta con le promozioni alla Regionalliga ora quarto livello nel 2008 e la 3. Liga nel 2011. Nel 2018, il club è stato retrocesso in quarta lega.
Il club è stato al centro di una controversia dopo che il club, alcuni dei suoi giocatori e tifosi hanno reso omaggio a Thomas Haller, un importante attivista di estrema destra prima del calcio d’inizio contro il VSG Altglienicke in casa il 9 marzo 2019. Haller, che ha fornito la sicurezza per il club e co-fondato HooNaRa (Hooligans-Nazi-Razzisti) negli anni ‘ 90 ha ricevuto un minuto di silenzio, mentre una foto di Haller è stata visualizzata su un grande schermo allo stadio. L’attaccante del Chemnitzer FC Daniel Frahn ha alzato una maglietta in onore di Haller e di altri “teppisti locali”. L’amministratore delegato del club Thomas Uhlig si è dimesso a seguito della controversia, e Sparkasse Chemnitz ha detto che non sponsorizzerà più il club dopo la fine di questa stagione.
Nell’agosto 2019, il club ha licenziato il suo capitano, Daniel Frahn, dopo essere stato accusato di “mostrare apertamente” la sua simpatia per i gruppi neonazisti tra i sostenitori del club.