L’endoderma impedisce all’acqua e ai soluti disciolti nell’acqua di passare attraverso questo strato attraverso la via dell’apoplasto. L’acqua può passare solo attraverso l’endoderma attraversando la membrana delle cellule endodermiche due volte (una volta per entrare e una seconda volta per uscire). L’acqua che entra o esce dallo xilema, che fa parte dell’apoplasto, può quindi essere regolata poiché deve entrare nel symplast nell’endoderma. Ciò consente alla pianta di controllare in una certa misura il movimento dell’acqua e di captare selettivamente o impedire il passaggio di ioni o altre molecole.
L’endoderma non consente alle bolle di gas di entrare nello xilema e aiuta a prevenire embolie nella colonna d’acqua.
Le cellule di passaggio sono cellule endodermiche di radici più vecchie che hanno mantenuto pareti sottili e strisce caspariane piuttosto che diventare suberizzate e impermeabili come le altre cellule intorno a loro, per continuare a consentire un flusso simplastico verso l’interno. Prove sperimentali suggeriscono che le cellule di passaggio funzionano per consentire il trasferimento di soluti come calcio e magnesio nella stele, al fine di raggiungere eventualmente il sistema di traspirazione. Per la maggior parte, tuttavia, le vecchie radici si sigillano all’endoderma e servono solo come passaggio per acqua e minerali assorbiti dalle radici più giovani “a valle”.
Le cellule endodermiche possono contenere granuli di amido sotto forma di amiloplasti. Questi possono servire come conservazione degli alimenti e hanno dimostrato di essere coinvolti nel gravitropismo in alcune piante.