Daniele Jefferson Harris (aka Dirty Dan) è arrivata in Bellingham Bay area nel 1853 o 1854, e fece amicizia con Giovanni Tommaso, che aveva intentato una terra pretendiamo lungo Padden Creek. Ha aiutato Thomas avviare una cabina lì, ma Thomas è morto prima che la cabina era finito. Dan terminò il reclamo sulla terra e il brevetto fu emesso nel 1871. Acquisì anche diverse proprietà circostanti e chiamò questa zona Fairhaven, dal nome nativo see-see-lich-em, che significa porto sicuro o porto giusto (forse anche da una città del Maine che potrebbe essere stata o meno la sua città natale). Pianse la città nel 1883 e iniziò a vendere lotti. Come la sua fortuna migliorata così ha fatto il suo aspetto e la reputazione, che gli permette di sposarsi nel 1885. Nel 1888, vendette la maggior parte della sua proprietà a Fairhaven a Nelson Bennett e partì per la California. Nelson Bennett, insieme a Charles Larrabee, che arrivò nel 1890, formò la Fairhaven Land Company, per lo più finanziata da Larrabee, determinata a far crescere Fairhaven in una grande città. Hanno promosso la terra ricca di risorse naturali, bel tempo, e infinite possibilità, causando la popolazione a crescere da circa 150 nel 1889 a 8000 alla fine del 1890. Parte di questo aumento era dovuto all’acquisto da parte della Fairhaven Land Company di un piccolo insediamento chiamato Bellingham, nascosto tra Sehome e Fairhaven, che aveva un ufficio postale a partire dal 1883.
Fairhaven, come molte altre città costiere di Washington, gareggiò con altre città di Washington per la posizione di città terminale della Great Northern Railroad, ma quel titolo alla fine cadde su Seattle. Durante questo periodo di competitività, che durò dalla fine del 1870 alla metà del 1880, Fairhaven ha adottato il suo stile iconico del 19 ° secolo e ha assunto un fascino estetico per l’architettura e il design. Anche dopo che fu deciso che Seattle avrebbe ospitato il terminal della Great Northern Railroad, la popolazione e la costruzione esteticamente attenta continuarono a crescere fino alla fine degli anni 1890. Fairhaven fu ufficialmente incorporata il 13 maggio 1890.
Durante la frenesia speculativa del 1890, il grand Fairhaven Hotel è stato costruito per attirare magnati della ferrovia a scegliere Fairhaven come capolinea della costa occidentale delle ferrovie transcontinentali. Le ferrovie non sono mai arrivate, ma l’imponente residuo del vecchio hotel è rimasto fino a un incendio e alla demolizione nel 1953.
Il 27 ottobre 1903, i cittadini di Fairhaven e i cittadini di una città vicina a Bellingham Bay, Whatcom City, votarono per consolidarsi in una città chiamata Bellingham. Il 28 dicembre 1903, la nuova città di Bellingham fu ufficialmente fondata.
Nel 1903, Fairhaven ricevette una sovvenzione per costruire la prima biblioteca finanziata da Carnegie sulla 12th Street. La biblioteca continua ad operare come una filiale del sistema bibliotecario pubblico di Bellingham.
Fairhaven è anche conosciuta per i suoi legami storici con l’inscatolamento del salmone, e dalla fine del 1800 fino al 1940 è stata la sede di numerose operazioni di inscatolamento del salmone, impiegando ben 4.500 lavoratori nella zona. Nel 1940, la Pacific American Fisheries aveva sede a Fairhaven ed era conosciuta come la più grande operazione di conservazione del salmone al mondo.