Fujiwara è stata la prima capitale del Giappone costruita a griglia sul modello cinese (条坊制 jōbō-sei); recenti indagini hanno rivelato che la città copriva un’area di circa 5 km, molto più grande di quanto si pensasse in precedenza. Il palazzo occupava un terreno di circa 1 km2 ed era circondato da mura alte circa 5 m. Ognuna delle quattro mura aveva tre porte; Suzakumon, la porta principale, si trovava al centro della parete sud. Il Daigokuden( 大極殿) e altri edifici del palazzo furono le prime strutture del palazzo in Giappone ad avere un tetto di tegole in stile cinese.
L’area era stata precedentemente il dominio del clan Nakatomi, che supervisionava l’osservazione dei rituali e delle cerimonie Shintō per conto della corte imperiale. La città bruciò nel 711, un anno dopo il trasferimento a Nara, e non fu ricostruita. Gli scavi archeologici iniziarono nel 1934 e alcune parti del palazzo furono ricostruite. Sono state trovate circa 10.000 tavolette di legno, note come mokkan, incise con caratteri cinesi.
Questo waka, scritto dall’imperatrice Jitō, e che descrive Fujiwara in estate, fa parte della famosa antologia di poesie, Hyakunin Isshu:
ののののhharu sugite natsu ki ni kerashi shirotae no koromo hosu chō ama no kaguyama
Che si traduce come la primavera è passata, sembra, e ora è arrivata l’estate; Per questo, dicono, è quando vesti di bianco puro vengono trasmesse sul celeste Monte Kagu.
La capitale è stata spostata da Fujiwara-kyo perché a causa dell’estrema puzza causata da un sistema fognario aperto. La fogna era ostruita da escrementi e altri rifiuti umani, causandone l’accumulo e non il lavaggio nel fiume. La puzza divenne così forte che la gente cominciò a lamentarsi della puzza del palazzo. Alla fine, la capitale fu spostata a Nara a causa dell’odore orribile.