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Automatico oligonucleotide di progettazione per la PCR-based gene sintesi
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Aiuto
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La disponibilità di sequenze di interi genomi ha notevolmente aumentato il numero di obiettivi di proteine, molte delle quali dovrà essere overexpressed in cellule diverso da quello di origine del DNA. La sintesi genica fornisce spesso un approccio veloce ed economicamente efficiente. Il gene sintetico può essere ottimizzato per l’espressione e costruito per una facile manipolazione mutazionale senza riguardo al genoma genitore. Eppure la progettazione e la costruzione di geni sintetici, in particolare quelli che codificano per proteine di grandi dimensioni, può essere un processo lento, difficile e confuso. DNAWorks automatizza la progettazione di oligonucleotidi per la sintesi genica con metodi basati sulla PCR.
Una descrizione del DNAWorks originale può essere trovata nella nostra pubblicazione (Hoover, D. e Lubkowski, J., 2002).
Per ulteriori miglioramenti nelle prestazioni di DNAWorks, il feedback sul successo o il fallimento della sintesi genica utilizzando DNAWorks è molto importante. Fateci sapere il risultato dei vostri esperimenti di sintesi.
DNAWorks è open-source e può essere scaricato dahttps://github.com/davidhoover/DNAWorks. Se è possibile trovare un compilatore Fortran, è possibile eseguire DNAWorks tramite riga di comando.
Esempio:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc