Nel 1904, Magón fuggì dal Messico quando i tribunali vietarono la stampa dei suoi scritti e rimase negli Stati Uniti per il resto della sua vita. Metà di questo periodo è stato trascorso in prigione. Ha ripreso la pubblicazione di Regeneración e ha guidato il Partido Liberal Mexicano (PLM) (Partito liberale messicano) dall’estero. Nel 1906, andò in California. In questo periodo si verificarono rivolte PLM in Messico che furono schiacciate dal governo messicano. Gli Stati Uniti simpatizzarono con il governo messicano e iniziarono a prendere in custodia i leader del PLM negli Stati Uniti. Magón temeva che sarebbe stato catturato e riportato in Messico, dove ha affrontato la possibilità di esecuzione.
Nel 1907, un detective americano di nome Thomas Furlong fu impiegato da Enrique Creel, a quel tempo governatore di Chihuahua, per localizzare i dissidenti messicani negli Stati Uniti. C’erano un gran numero di espatriati che sapevano dove si trovasse e, di conseguenza, Furlong non ebbe difficoltà a localizzare i dissidenti in città. Magón, tuttavia, viveva in gran segreto a Los Angeles. Ha usato uno pseudonimo, e solo altre due persone in città conoscevano la sua vera identità. Se avevano bisogno di vederlo, lo facevano tra mezzanotte e l’alba. I dissidenti di St. Louis presto si accorsero che erano ricercati da agenti che lavoravano per il governo messicano. Librado Rivera lasciò la città per sfuggire alla cattura e, sebbene fosse costantemente in allerta per gli agenti che potrebbero essere in ombra, non riuscì a sfuggirli. Fu seguito a Los Angeles e al luogo di residenza di Magón. Furlong ha tenuto la casa sotto sorveglianza per qualche tempo. Infine, il 23 agosto 1907, Magón, Rivera e Antonio Villarreal furono presi in custodia da Furlong, due dei suoi assistenti e alcuni ufficiali del dipartimento di polizia di Los Angeles.
Magón e altri membri del PLM avevano organizzato una brigata di rivoluzionari a Douglas, Arizona negli anni precedenti il suo trasferimento a Los Angeles. Una spedizione fu inviata alle miniere di rame di Cananea a circa trenta miglia dal confine meridionale dell’Arizona con la presunta intenzione di sterminare tutti gli americani impiegati nelle miniere e nei dintorni. La brigata era stata inseguita dai Ranger dell’Arizona che li misero in fuga, catturandone alcuni. Magón e i suoi compagni furono estradati a Tombstone, in Arizona, dove furono accusati di aver violato le leggi sulla neutralità degli Stati Uniti. Anche se la sinistra americana e messicana si sono radunati in loro difesa, sono stati condannati e condannati a diciotto mesi nella prigione territoriale di Yuma, in seguito trasferiti nel complesso carcerario statale dell’Arizona – Firenze. Sono stati rilasciati nel 1910 e di nuovo ripreso la pubblicazione Regeneración da un ufficio nel centro di Los Angeles. La guerra civile messicana iniziò quello stesso anno, e i Magonisti, come erano conosciute le forze del PLM, furono coinvolti in combattimenti in tutto il Messico, insieme alle forze di Pancho Villa, Emiliano Zapata e Venustiano Carranza e Francisco I. Madero.
Nel maggio 1911, Diaz fu sconfitto. Madero organizzò un’elezione, che vinse ingannando l’elettorato messicano facendogli credere di aver unito le forze con il PLM. Magón continuò ad opporsi alla vasta presenza economica americana in Messico e alla continua espropriazione di terre contadine da parte di Madero. E ‘ stato arrestato di nuovo. Dopo due anni di prigione nello stato di Washington, fu rilasciato e si stabilì con il fratello Enrique a Edendale, appena a nord del Silver Lake Reservoir. Il PLM non aveva fondi a quel tempo, ei fratelli ei loro amici allevavano e allevavano polli sul terreno affittato. Ha continuato a pubblicare Regeneración e fare discorsi nella regione. Fu nuovamente arrestato nel 1916, accusato di aver inviato “materiale indecente” attraverso la posta degli Stati Uniti. Con l’aiuto di Emma Goldman, ha pagato la cauzione. Nel 1918 pubblicò un manifesto contro la guerra. In questo scrisse: “La morte del vecchio ordine è vicina. Viene sussurrato nei bar, nei teatri, nei tram e nelle case, specialmente nelle nostre case, nelle case di quelli in fondo. Per questi scritti, fu accusato di sedizione ai sensi dello Spionage Act del 1917, condannato e condannato a vent’anni per “ostacolare lo sforzo bellico”, una violazione dello Spionage Act del 1917. L’amministrazione Wilson ha condotto quelli che sono stati chiamati i raid Palmer, un giro di vite all’ingrosso sui dissidenti di guerra e di sinistra che anche spazzato socialisti notevoli come Eugene V. Debs. Magón morì nel Penitenziario di Leavenworth in Kansas. Aveva sofferto di diabete per molti anni e stava perdendo la vista al momento della sua morte.
La causa della morte di Flores Magón è stata contestata. Alcuni credono che sia stato deliberatamente ucciso dalle guardie carcerarie. Altri sostengono che sia morto a causa del deterioramento della salute causato dalla sua lunga prigionia, forse esacerbato dalla negligenza medica da parte dei funzionari e del personale penitenziario di Leavenworth. Magón scrisse diverse lettere ad amici lamentandosi di debilitanti problemi di salute e di ciò che percepiva come negligenza intenzionale da parte del personale della prigione.
La Camera dei Deputati messicana ha adottato una risoluzione che chiede il rimpatrio del corpo di Magón. In esso si afferma,
I sottoscritti Deputati, animati dal desiderio di rendere omaggio postumo al grand rivoluzionario Messicano, Ricardo Flores Magón, martire e apostolo di idee libertarie, che è appena morto povero e cieco nella cella di una Yankee prigione, proponiamo che questa onorevole Assemblea di approvare la seguente risoluzione: Che siano portate a riposo nel suolo della sua terra natia, a spese del Governo messicano, le spoglie mortali di Ricardo Flores Magón. Chiediamo che ciò avvenga immediatamente, senza alcun riferimento alla commissione.(Firmato) Giuliano S. Gonzalez, Antonio G. Rivera, E. Barone Obregon, J. M. Alvarez Del Castillo, A. Diaz, in Modo’ro Y Gama, e altri
— Sala del Congresso Messicano, Messico, D. F., 22 novembre 1922
Le autorità STATUNITENSI rifiutato la richiesta e Magón fu sepolto a Los Angeles. I suoi resti furono finalmente rimpatriati nel 1945 e sepolti nella Rotonda di Personaggi illustri a Città del Messico.