O’Malley ha insegnato inglese e teologia per 22 anni presso la McQuaid Jesuit High School di Rochester, New York. Ha anche diretto le produzioni musicali e teatrali della scuola.
Ha insegnato teologia, inglese AP e successivamente un elettivo chiamato Il problema di Dio/Moralità/Matrimonio / Paternità alla Fordham Preparatory School nel Bronx fino a giugno 2012. È stato professore aggiunto alla School of Professional and Continuing Studies della Fordham University fino al 2003, e successivamente professore di teologia e scienze umane all’Università di Seattle.
O’Malley è meglio conosciuto per la sua interpretazione di Padre Dyer in L’esorcista, per il quale è stato anche un consulente tecnico. Secondo una fonte, fu il primo prete cattolico a ritrarre un prete in un film commerciale. Egli è anche apparso in E! Vera storia di Hollywood della Maledizione dell’esorcista. Ha diretto 99 opere teatrali e musical con studenti e adulti.
Come autore, O’Malley ha scritto 37 libri pubblicati, tra cui Scegliere di essere cattolico, Perché essere cattolico?, Dio: La domanda più antica, Incontrare il Dio vivente, costruire la propria coscienza e la quinta settimana. Il suo libro, Help My Unbelief, ha vinto un Catholic Book Award nel 2009. Il suo libro, You’ll Never Be Younger: A Good News Spirituality for Those Over 60 ha vinto un Catholic Press Association Book Award nel 2016.
Sul palco di Rochester è apparso come Jim, the gentleman caller, in una produzione di The Glass Menagerie al Theatre at the Tracks e come the cleric nella produzione di The Power and the Glory dei Rochester Community Players, di Graham Greene.