単一分子リアルタイムシーケンス

Pacific Biosciences(PacBio)は、2010年後半にRS機器のベータ版をリリースした後、2011年にSMRTシーケンスを商品化しました。

RSとRS IIEdit

商業化時の読み取り長さは約1100塩基の平均を持つ正規分布を持っていた。 2012年初頭にリリースされた新しい化学キットは、シーケンサーの読み取り長さを増加させました; 化学の初期の顧客は、2500〜2900塩基の平均読み取り長さを引用した。

2012年後半にリリースされたXL chemistry kitは、平均読み取り長を4300塩基以上に増加させました。

Aug21,2013,PacBioは新しいDNAポリメラーゼ結合キットP4をリリースしました。 このP4酵素は、C2配列決定化学と対になったときに4,300塩基以上、XL化学と対になったときに5,000塩基以上の平均読み取り長を有する。 酵素の精度はC2に似ており、QV50に30Xと40Xの範囲で到達します。 結果として得られたP4属性は、より少ないSMRTセルを使用して高品質のアセンブリを提供し、バリアント呼び出しが改善されました。 入力DNAサイズ選択と組み合わせると（BluePippinなどの電気泳動装置を使用して）、平均読み取り長さは7キロベース以上になります。

Oct3,2013,PacBioは、PacBio RS IIのための新しい試薬の組み合わせ、C3化学（P5-C3）とP5DNAポリメラーゼをリリースしました。 一緒に、それらは30,000の基盤を超過していて最も長い読まれておよそ8,500の基盤の平均に配列の読まれた長さを、拡張する。 SMRT細胞あたりのスループットは、CHM1細胞株からの結果を配列決定することによって実証された約500万塩基である。

Oct15,2014,PacBioは、同社の第6世代のポリメラーゼと第4世代の化学を表すRS IIシステム用の新しい化学P6-C4のリリースを発表し、平均読み取り長さを10,000-15,000塩基に拡張し、最長読み取り長は40,000塩基を超える。 新しい化学のスループットは、配列決定されるサンプルに応じて、SMRT細胞あたり500万から1億塩基の間であると予想された。 これはRSの器械のために解放される化学の最終版だった。

この技術の実験あたりのスループットは、配列決定されたDNA分子の読み取り長とSMRT細胞の総多重の両方によって影響されます。

SMRT細胞のプロトタイプは、並列化されたDNA配列決定を可能にする約3000ZMW穴を含んでいた。 商業化では、SMRTセルはそれぞれ150,000ZMW穴でパターン化され、75,000の二組で読み取られました。 2013年には、150,000個のZMWホールを同時に使用する”PacBio RS II”と呼ばれるシーケンサーの新しいバージョンをリリースし、実験ごとのスループットを倍増させました。 2013年の最高スループットモードでは、P5結合、C3化学、BluePippinサイズ選択、PacBio RS IIを使用して、smrtセルあたり350万塩基を公式に得ましたが、SMRTセルあたり500万塩基を平均化した化学でリリースされたヒトde novoデータセットがリリースされました。 スループットは、配列決定されるサンプルのタイプによって異なります。 P6-C4化学の導入により、SMRTセルあたりの典型的なスループットは500万塩基から1億塩基に増加した。

RS Performance

	C1	C2	P4-XL	P5-C3	P6-C4
Average read length bases	1100	2500 – 2900	4300 – 5000	8500	10,000 – 15,000
Throughput per SMRT Cell	30M – 40M	60M – 100M	250M – 300M	350M – 500M	500M – 1B

SequelEdit

2015年、同社は1万ZMWホールに容量を増加させた新しいシーケンシング装置、続編システムの発売を発表した。

続編の楽器では、初期の読み取り長さはRSに匹敵し、その後の化学リリースでは読み取り長さが増加しました。

2017年1月23日、V2chemistryがリリースされました。 それは10,000そして18,000の基盤の間でに平均読まれた長さを高めた。

2018年3月8日、2.1chemistryがリリースされました。 それは20,000の基盤に平均読まれた長さを高め、すべての半分は長さが30,000の基盤の上で読みます。 SMRTセルあたりの収率は、それぞれ大挿入ライブラリまたは短挿入（例えばアンプリコン）ライブラリのいずれかのために、10または20億塩基に増加した。

2018年9月19日、同社は続編を発表しました6.0化学平均読み取り長さが100,000塩基に増加した短い挿入ライブラリと長挿入ライブラリのための30,000。 SMRTの細胞の収穫はより短い挿入物の図書館のための50十億の基盤まで増加した。P>

続編のパフォーマンス

	V2	2.1	6.0
平均読み取り長ベース	10,000-18,000	20,000-30,000	30,000-100,000
SMRTセルあたりのスループット	5B-8B	10B-20B	/td>	20b-50b

8m chipedit

2019年には、Smrtセルあたりの期待スループットが八倍に増加し、八百万ZMWSを持つ新しいsmrtセルをリリースしました。 2019年3月のEarly accessのお客様は、長さが約15kbのテンプレートを使用した1セルあたり250GBの生収率、および高重量分子のテンプレートを使用した1セルあたり67.4GBの収率の58の顧客ランセルのスループットを報告しました。 システム性能は、高分子量の連続長読み取りまたは事前修正されたHiFi（循環コンセンサス配列（CCS）としても知られている）読み取りのいずれかで報告され 高分子量の読み取りでは、すべての読み取りの約半分が50kbよりも長い長さです。

Sequel II高分子量パフォーマンス

	アーリーアクセス	1.0	2.0
SMRTセルあたりのスループット	~67.4gb	最大160gb	最大200gb

hifiパフォーマンスには、phredスコアq20を超える品質の補正ベースが含まれています。 これらは、長さが20kbまでのアンプリコンを取ります。

Sequel II HiFi Corrected Read Performance

	Early Access	1.0	2.0
Raw reads per SMRT Cell	~250 GB	Up to 360 GB	Up to 500 GB
Corrected reads per SMRT Cell (>Q20)	~25 GB	Up to 36 GB	Up to 50 GB