AutoDock Vina Manual

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機能

精度

AutoDock Vinaは大幅にバインディングモードautodock4の開発で使用されているトレーニングセットに関するテストから判断すると、autodock4と比較した予測。

さらに独立して、AutoDock VinaはWatowich groupによってDirectory of Useful Decoysと呼ばれる仮想スクリーニングベンチマークに対してテストされ、”他のプログラムに対して強い競争相手であり、多くの場合パックの最上位にある”ことが判明した。 他の6つのすべてそれが比較されたドッキングプログラムは、商業的に配布されています。

AutoDock Toolsの互換性

その入力と出力のために、VinaはAutoDockで使用されるのと同じPDBQT分子構造ファイル形式を使用します。 PDBQTファイルは、（対話的またはバッチモードで）生成し、MGLToolsを使用して表示することができます。AutoDockおよびAutoGridパラメータ-ファイル(GPF、DPF)およびグリッド-マップ-ファイルなどの他のファイルは必要ありません。

 精度
テストセット上のバインディングモード予測精度。 “AutoDock”はAutoDock4を指し、”Vina”はAutoDock Vina1を指します。

使いやすさ

Vinaの設計哲学は、その実装の詳細を理解し、あいまいな検索パラメータを微調整し、結果をクラスタ化したり、高度な代数（四元数）を知っていることをユーザーに要求することではありません。 必要なのは、ドッキングされている分子の構造と結合部位を含む探索空間の指定だけです。 グリッドマップの計算と原子電荷の割り当ては必要ありません。 使用状況の概要は、”vina --help“で印刷できます。 概要は、可能な使用シナリオと自動的に同期されます。

実装品質

  • 設計上、結果は入力構造の立体配座に関連する統計的バイアスを持つべきではありません。
  • 入力の構文上の正確さをチェックし、明快な方法でユーザーにエラーを報告することに注意が払われます。
  • 共有結合長の不変性は、出力構造で自動的に検証されます。
  • Vinaは、入力中の原子の数、ねじりの数、検索空間のサイズ、検索の網羅性などの人工的な制限を課すことを避けます。

フレキシブル側鎖

AutoDock4と同様に、いくつかの受容体側鎖は、ドッキング中に柔軟として扱われるように選択することができます。

速度

AutoDock Vinaはautodock4よりも桁違いに高速になる傾向があります。

複数のCpu/コア

さらに、Vinaはシステム上の複数のCpuまたはCPUコアを利用して、実行時間を大幅に短縮できます。

複数のCpu/コア

World Community Grid

資格のあるプロジェクトは、超並列World Community Grid上でAutoDock Vina計算を無料で実行できます。現在のプロジェクトには、エイズ、マラリア、リーシュマニア症、シストソーマ症を対象としたものが含まれている。これらのプロジェクトの中には、一日あたりの計算の平均50年以上の価値があります。

 速度
テストセット上の受容体-リガンド対あたりの平均時間。”AutoDock”はAutoDock4を指し、”Vina”はAutoDock Vina1を指します。

ライセンス

AutoDock Vinaは非常に寛容なApacheライセンスの下でリリースされています。ライセンスのテキストはここで見つけることができます。

Tutorial

AutoDock Vinaをこれまでに使用したことがない場合は、ビデオチュートリアルを使用する前に検討してください。

ポートレート

ポートレート

このビデオチュートリアルでは、autodockツールとpymolを使用してvinaを使用してイマチニブの分子ドッキングを示しています

よくある質問

vinaを使用するための学習を開始するには？ビデオチュートリアルを見ることが最善の方法かもしれません。

“Vina”という名前の意味や意義は何ですか？ なぜそれが開発されたのですか？このメーリングリストの投稿を参照してください。

AutoDock Vinaはどのように正確ですか？

特徴を参照してください

予測精度はターゲットによって大きく異なるので、化合物を注文する前に、活性体または結合したネイティブリガンド構造を知っている場合は、まず特定のターゲットに対してAutoDock Vinaを評価することが理にかなっていることに注意してください。 レトロスペクティブ仮想画面でドッキングエンジンを評価する際には、既知のアクティブと同様のサイズ、およびおそらく他の物理的特性のおとりを選択することが理にかなっている可能性があります。AutoDock VinaとAutoDock4の違いは何ですか？

AutoDock4（および以前のバージョン）とAutoDock Vinaは、両方ともScripps Research InstituteのMolecular Graphics Labで開発されました。 AutoDock Vinaは、ドッキングをスコアリング関数の確率的グローバルopimizationとして扱う、グリッドマップを事前計算する（Vinaは内部的にそれを行います）、およびすべての距離でのすべての原子タイプのペア間の相互作用を事前計算するなど、AutoDock4のアイデアとアプローチのいくつかを継承しています。 それはまた補助ソフトウェアとの最高の両立性のために同じタイプの構造のフォーマット(PDBQT)を使用する。ただし、ソースコード、スコアリング機能、使用される実際のアルゴリズムはまったく新しいものなので、AutoDock VinaをAutoDockの「バージョン」ではなく新しい「世代」と考える方 性能は元の出版物で比較され、平均して、AutoDock Vinaは速度と精度の両方でかなり優れていました。 ただし、任意のターゲットに対して、AutoDock Vinaがそうする可能性が高いにもかかわらず、どちらのプログラムもより良い結果を提供する可能性があります。これは、スコアリング機能が異なり、両方が不正確であるという事実によるものです。AutoDock VinaとAutoDockツールの違いは何ですか？AutoDock Toolsは、autodockまたはVina用の入力（PDBQTファイル）を生成するためのMGL Toolsソフトウェアパッケージ内のモジュールです。 また、結果を表示するために使用することができます。AutoDock Vinaで二つのタンパク質をドッキングすることはできますか？

あなたはそれを行うことができるかもしれませんが、AutoDock Vinaは受容体-リガンドドッキングのためにのみ設計されています。 タンパク質-タンパク質ドッキングのためのより良いプログラムがあります。Vinaは64ビットマシンで実行されますか？

はい。 設計上、最新の64ビットマシンは32ビットバイナリをネイティブに実行できます。なぜ私は”confを開くことができません。

なぜ私は”confを開くことができません。txt”エラー？ ファイルが存在します！多くの場合、ファイルブラウザはファイル拡張子を非表示にするため、ファイル”conf.txtconf.txt.txtconf.txtを参照している場合は、このファイルと同じディレクトリ（フォルダ）にいることを確認してくださ Linux/MacOSおよびWindowsでは、それぞれlsdirコマンドを使用して、ディレクトリの内容を一覧表示できます。

ビデオチュートリアルに従おうとすると、なぜ”使用エラー”が発生するのですか？

チュートリアルが記録されて以来、コマンドラインオプションが多少変更されました。 特に、”--out--all“に置き換えられました。Vinaは私のマシンでうまく動作しますが、エキゾチックなLinuxクラスターで実行すると、”boost thread resource”エラーが発生します。 どうして？

Linuxクラスターは、spawningスレッドを許可しないように設定されています。 したがって、Vinaは実行できません。 システム管理者に連絡してください。なぜ私のドッキングされた立体配座は、あなたがビデオチュートリアルで得るものとは異なるのですか？

ドッキングアルゴリズムは非決定論的です。 この受容体-リガンド対では、スコアリング関数の最小値が正しい立体配座に対応しているにもかかわらず、ドッキングアルゴリズムはそれを見つ 何度か試してみて、自分の目で確かめてください。 Mininumを見つけることができない確率は、異なるシステムで異なる場合があることに注意してください。私のドッキングされた立体配座は同じですが、私のエネルギーはあなたがビデオチュートリアルで得るものとは異なります。

どうして？

チュートリアルが記録されて以来、スコアリング関数が変更されましたが、コンフォメーションとは無関係な部分でのみ、柔軟性のためのリガンド特P>

なぜ私の結果はPyMOLで奇妙に見えるのですか？

なぜ私の結果は奇妙に見えるのですかPDBQTは、標準的な分子構造形式ではありません。

PDBQTは、分子構造形式ではありません。 チュートリアルで使用されているPyMOLのバージョン（0.99rc6）は、それをうまく表示します（PDBQTはPDBに多少似ているため）。これはPyMOLの新しいバージョンの場合はそうではないかもしれません。

結果を表示する他の方法はありますか？また、PMV（MGLツールの一部）でPDBQTファイルを表示したり、別のファイル形式に変換したりすることもできます（AutoDockツールを使用したり、PMVの”名前を付けて保存”など）

検索スペースはどのくらいの大きさにする必要がありますか？できるだけ小さいですが、小さくはありません。

できるだけ小さいですが、小さくはありません。

--exhaustiveness30 x 30 x 30Angstromよりも大きい検索スペースは避けるべきです。

検索スペースの音量が27000オングストローム^3を超えているという警告が表示されるのはなぜですか？

これは、AutoDock4のように、”グリッドポイント”（0.375オングストローム）で検索スペースのサイズを指定することを意図していたためです。AutoDock Vina検索スペースのサイズは、代わりにオングストロームで指定されます。 あなたが本当にunusuallylarge検索スペースを使用することを意図している場合は、この警告を無視することができますが、検索アルゴリズムの仕事が難しくなそれを補うためには、exhaustivenessの値を増やす必要があるかもしれません。 これにより、実行時間が長くなります。

結合した立体配座は水素を除いて合理的に見える。 どうして？

AutoDock Vinaは実際にはunited-atom scoring関数、すなわち重い原子のみを含む関数を使用します。したがって、出力中の水素の位置は任意である。入力ファイルの水素は、どの原子が水素結合ドナーまたはアクセプターであるかを決定するために使用されるので、入力構造の正しいプロトン化は

フードの下で、”exhaustiveness”は本当に何を制御していますか？

現在の実装では、ドッキング計算は、ランダムな立体配座から始まる独立した実行の数で構成されています。これらの各実行は、いくつかの連続したステップで構成されています。 各ステップには，局所最適化（Ｂｒｏｙｄｅｎ-Ｆｌｅｔｃｈｅｒ-Ｇｏｌｄｆａｒｂ-Ｓｈａｎｎｏアルゴリズムを用いた）によるコンフォメーションのランダム摂動と，ステップが受け入れられるかどうかの選択が含まれる。 各局所最適化には、スコアリング関数の多くの評価と、位置-向き-捩れ座標におけるその導関数が含まれます。局所最適化における評価の数は、収束および他の基準によって導かれる。ラン内のステップ数は、リガンドおよび可撓性側鎖のサイズおよび柔軟性に応じて、ヒューリスティックに決定される。 ただし、実行回数はexhaustivenessexhaustivenessも並列処理を制限します。AutoDock4とは異なり、AutoDock Vinaでは、各実行はいくつかの結果を生成することができます：有望な中間結果が記憶されています。これらは、マージされ、洗練され、クラスタ化され、最終的な結果を生成するために自動的にソートされます。

なぜ私は正しい束縛立体配座を得ないのですか？

なぜ私は正しい束縛立体配座AutoDock4から来ている場合、非常に一般的な間違いは、オングストロームの代わりに”ポイント”（0.375オングストローム）で検索スペースを指定することです。

  • リガンドまたは受容体が正しくプロトン化されていない可能性があります。
  • 不運（検索アルゴリズムは良い確率で正しい立体配座を見つけたかもしれませんが、単に不運でした）。 別の種でもう一度試してみてください。
  • スコアリング関数の最小値は正しい立体配座に対応しますが、検索アルゴリズムではそれを見つけるのに問題があります。 この場合、より高い網羅性またはより小さい検索スペースが役立つはずです。
  • スコアリング関数の最小値は、単に正しい立体配座がある場所ではありません。 何度も何度も試しても助けにはなりませんが、二つの過ち（不正確な検索とスコアリング）が正しい場合、時折正しい答えを与えることがあります。 ドッキングはおおよそのアプローチです。
  • 上記に関連して、犯人はまた、X線またはNMR受容体構造の品質であってもよいです。
  • 再ドッキングを行っていない場合、すなわち受容体の正しい誘導適合形状を使用している場合、誘導適合効果はドッキング実験の結果に影響を与えるのに十分な大きさである可能性があります。
  • リングはドッキング中にのみ剛性にすることができます。 おそらく、彼らは結果に影響を与えて、間違った立体構造を持っている。
  • 入力として2D（フラット）リガンドを使用しています。
  • 配位子の実際の結合立体配座は、X線またはNMR構造が示すものとは異なる場合があります。
  • 配位子の実際の結合立体配座は、X線またはNMR構造
  • その他の問題

    • スコアリング関数を微調整するにはどうすればよいですか？

    重みは、設定ファイルまたはコマンドラインで指定することで、簡単に変更できます。 たとえば、

    vina--weight_hydrogen-1.2。..

    すべての水素結合の強度を倍にします。

    ユーザーが新しいatom型と擬似atom型を作成し、独自の相互作用関数を指定できるようにする機能は、将来的に計画されています。

    これにより、スコアリング関数を特定のターゲットに適応させ、共有結合ドッキングとマクロサイクルの柔軟性をモデル化し、新しいスコアリング関数を実験し、擬似原子を使用して方向性相互作用モデルを作成することが容易になるはずです。

    ベータテストリリースの通知を希望する場合は、AutoDockメーリングリストにご期待ください。p>

    “--num_modes“で指定した数のバインディングモードを取得しないのはなぜですか？

    このオプションは、出力するバインディングモードの最大数を指定します。 ドッキングアルゴリズムは、内部的には”興味深い”結合モードを見つけることができます。出力のバインディングモードの数は、”energy_range“によっても制限されます。部分料金を変更したときに結果が変わらないのはなぜですか？

    AutoDock Vinaは、ユーザーが指定した部分料金を無視します。 それは疎水性および水素結合項を介して静電相互作用を扱う独自の方法を持っています。 スコアリング関数の詳細については、元の出版物を参照してください。私は何かを変更し、今のドッキング結果が異なっています。

    私は何かを変更しました。

    うして？まず、何も変更していない場合、検索アルゴリズムの非決定論的性質のために、いくつかの結果が異なる可能性があります。

    まず、何も変更していな両方の計算に同じランダムなseedを指定することで、正確な再現性を保証できますが、他のすべての入力とパラメータも同じ場合に限り 入力を少し変更しても、新しいランダムシードと同様の効果を持つことができます。議論する意味をなさないのは、計算の統計的性質：例えば、”新しいプロトン化状態では、Vinaは正しいドッキングされた立体配座を見つける可能性がはるかどのように私は柔軟な側鎖を使用するのですか？

    あなたは受容体を二つの部分に分割します：剛性と柔軟性、後者はリガンドがどのように表現されているかとやや同様に表現されています。 AutoDockツールでこれを行う方法については、Autodock4.2ユーザーガイド(14ページ)の「Flexible Receptor PDBQTファイル」の項を参照してください。次に、次のコマンドを発行できます。vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt。また、この主題に関するこの執筆を参照してください。

    仮想スクリーニングを行うにはどうすればよいですか？

    マニュアルの関連するセクションを参照してください。

    このタスクを支援するために、さまざまなドッキング管理アプリケーションが存在することに注意してください。私は仮想画面を実行するのに十分な計算リソースを持っていません。

    私のオプションは何ですか？プロジェクトをWorld Community Gridで実行するか、DrugDiscovery@TACCを使用できます。 他のソフトウェアを参照してください。私は新しい機能や他の提案のアイデアを持っています。

    私は新しい機能のためのアイデアを持っています。

    提案された新機能については、その必要性について、公開議論の結果、広いコンセンサスがあることが好きです。AutoDockメーリングリストの議論を始めるか、参加することを検討してください。私がメールしたり電話したりしたら、Vinaについての私の質問に答えてくれますか？

    いいえ。 Vinaはコミュニティでサポートされています。 彼らのプロジェクトで他の人を助けるために著者に義務はありません。ヘルプを取得する方法については、このページを参照してください。

    プラットフォームの注意事項とインストール

    Windows

    互換性

    VinaはWindows XP以降のシステムで動作することが期待されています。

    インストール

    ダウンロードしたMSIファイルをダブルクリックし、指示に従います

    実行中

    コマンドプロンプトを開き、デフォルトの場所にVinacygwinを使用している場合、上記のコマンドは代わりに

    /cygdrive/C/Program\Files/The\Scripps\Research\Institute/Vina/vina--help
    /cygdrive/C/Program\Files/The\Scripps\Research\Institute/Vina/vina--help
    詳細については、ビデオチュートリアルを参照してください。Guiなどの他のソフトウェアをチェックすることを忘れないでください。
    Linux
    互換性
    Vinaはx86と互換性のある64ビットLinuxシステムで動作することが期待されています。
    インストール
    tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86。tgz
    

    

    必要に応じて、バイナリファイルを必要な場所にコピーすることができます。
    

    実行中
    

    

    。/autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina--help
    

    

    PATHvina --help"と入力するだけです。詳細については、ビデオチュートリアルを参照してください。Guiなどの他のソフトウェアをチェックすることを忘れないでください。
    

    Mac
    

    互換性
    

    64ビットバージョンは、Mac OS X10.15(Catalina)以降で動作することが期待されています。Vinaの32ビットバージョンは、10.4（Tiger）から10.14（Mojave）までのMac OS Xで動作する予定です。
    

    Installing
    

    

    tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit
    

    

    Optionally, you can copy the binary files where you want.
    

    Running
    

    

    ./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit
    

    

    If the executable is in your PATH, you can just type "vina --help" instead.詳細については、ビデオチュートリアルを参照してください。Guiなどの他のソフトウェアをチェックすることを忘れないでください。
    

    ソースからのビルド
    

    注意：ソースからのビルドVinaは、通常のユーザーによって行われることを意図していません！（これらの手順は古いかもしれません）
    

    ステップ1：C++コンパイラスイートをインストールする
    

    Windowsでは、Visual Studioをインストールすることができます。
    

    ステップ2：Boostをインストールする
    

    Boostをインストールします。（バージョン1.41.0は、公式のバイナリをコンパイルするために使用されました。 他のバージョンでは、運が変わる場合があります）次に、Regexの例などのサンプルプログラムのいずれかをビルドして実行し、この手順を完了したことを確 これができない場合は、Boostコミュニティの助けを求めてください。
    

    ステップ3:ビルドVina
    

    Visual Studioを使用している場合は、libmainsplitlibmainsplitReleaseモードを使用してコンパイルすることを忘れないでください。
    

    OS XとLinuxでは、適切なbuildMakefileをカスタマイズし、
    

    

    make dependmake
    

    

    その他のソフトウェア
    

    免責事項：このリストは情報提供のみを目的としており、裏書を構成するものではありません。
    

      

    • AutoDock Vinaで使用するために特別に設計されたツール(順不同): AutoDock Tools(ADT)とPython Molecular Viewer(PMV)を含むMGLTools。 ADTはAutoDock Vinaの入力ファイルを生成するために必要であり、PMVは結果を表示するために使用することができます
      • 

    • PyRxはautodock Vinaとのドッキングと仮想スクリー….. 
      • 

    • AutoGrowは、その合理的な薬物設計手順でAutoDock Vinaを使用しています
      • 

    • NNScoreは、結合MOADとPDBBindで訓練された人工ニューラルネットワークを使用してVinaの結果を再スコautodock vinaで
      • 

    • Drugdiscovery@taccは、あなたが自分のウェブサイトを介してautodock Vinaで仮想スクリーニングを行うことができます
      • 

    • NBCR CADDパイプラインは、NBCRコンピュータ上のAutoDock Vinaと仮想スクリーニングへのアクセスを提供します
      • 

    • MOLAは、コンピュータクラスタ上のAutodock4/Vinaを使用して仮想スクautodock vina
      • 

    • ワールドコミュニティグリッドは、修飾によって使用することができます ボランティアがアイドルCPU時間を寄付するコンピュータの超並列ネットワーク上で無料でAutoDock Vina計算を実行するプロジェクト。 
      • 

    • DockoMaticはAutoDockとAutoDock Vinaとの仮想スクリーニングを容易にすることを目的としたグラフィカルユーザインタフェースです。 
      • 

    • VinaLCは、コンピュータクラスタ上でMPIを利用するローレンス-リバモア国立研究所によるVinaの修正版です
      • 

    

  • autodock Vinaとのドッキングまたは仮想スクリー:

      

    • PyMOLは、分子可視化のための最も人気のあるプログラムの一つであり、ドッキング結果を表示するために使用することができます
      • 

    • OpenBabelは、様々な構造 
      • 

    • ChemAxon Marvinは、構造の可視化、さまざまな構造ファイル形式間の変換、プロトン化状態の割り当てなどに使用できます。
      

      使用法
      

      概要
      

      使用法の概要は、”vina --help
      

      

      入力: --受容体arg受容体の剛体部分(PDBQT)--flex arg柔軟な側鎖(PDBQT)--ligand arg ligand(PDBQT)検索スペース(必須):--center_x arg中心のX座標--center_y arg中心のY座標--center_z arg中心のZ座標--size_x Arg x次元のサイズ(オングストローム)--size_y Arg Y次元のサイズ(オングストローム)--size_z Arg Z次元のサイズ(オングストローム)--size_z Arg Z次元のサイズ(オングストローム)--size_z Arg Z次元のサイズ(オングストローム)--size_z arg Z次元のサイズ(オングストローム)--size_z arg Z次元のサイズ(オングストローム)--size_z arg Z次元のサイズ(オングストローム)--size_z arg Z次元のサイズ(オングストローム)出力(オプション):--OUT ARG出力モデル(pdbqt)、リガンドファイル名に基づいてデフォルトが選択されます--log argオプションで、LOG filemiscを書き込みます(オプション): --cpu arg使用するCpuの数(デフォルトはCpuの数を検出しようとするか、失敗すると1を使用する)--seed arg explicit random seed--exhaustiveness arg(=8)グローバル検索の網羅性(おおよそ時間に比例する):1+--num_modes arg(=9)生成するバインドモードの最大数--energy_range arg(=3)表示されるベストバインドモードと最悪のバインドモードの最大エネルギー差(kcal/mol)設定ファイル(オプション):--config arg上記のオプションを置くことができる。本規約（任意）: --help表示使用状況の概要--help_advanced高度なオプションを使用した表示使用状況の概要--versionプログラムバージョンの表示
      

      

      設定ファイル
      

      便宜上、いくつかのコマンドラインオプションを設定ファイルに配置することができます。
      

      例えば:
      

      

      受容体=hsg1/リジッド。pdbqtligand=リガンド。pdbqtcenter_x=2center_y=6center_z=-7size_x=25size_y=25size_z=25energy_range=4
      

      

      競合が発生した場合、コマンドラインオプションが設定ファイルよりも優先されます。
      

      探索空間
      

      探索空間は、可撓性側鎖のものを含む可動原子がどこにあるべきかを効果的に制限する。
      

      Exhaustiveness
      

      exhaustivenessexhaustivenessレベルを上げることができます。 これにより、時間が直線的に増加し、最小値が指数関数的に見つからない確率が低下するはずです。
      

      出力
      

      エネルギー
      

      予測された結合親和性はkcal/molにあります。
      

      RMSD
      

      RMSD値は、最良モードに対して計算され、移動可能な重い原子のみを使用します。 RMSDメトリックの二つのバリアントが提供されています,rmsd/lb(RMSD下限)とrmsd/ub(RMSD上限),距離計算で原子が一致する方法が異な:
      

        

      • 
rmsd/ubは、対称性を無視して、ある立体配座の各原子を他の立体配座のそれ自身と一致させます
        • 

      • 
rmsd'rmsd'は対称ではないため、直接使用することはできません)
        • 

      • 
rmsd/lbrmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

        • 

      

      水素位置
      

      vinaは、統一原子スコアリング関数を使用しています。 AutoDockのように、極性水素は、水素結合ドナーとして重原子を正しくタイプするために入力構造に必要とされる。 しかし、Vinaでは、水酸基捩れのような水素のみを移動させる自由度は縮退している。 したがって、出力では、いくつかの水素原子がランダムに配置されることが予想されます（ただし、共有結合構造と一致します）。 統一された原子の処置のために、これは本質的に化粧品の問題です。 
      

      Separate models
      

      フレキシブル側鎖の位置を含むすべての予測された結合モードは、リガンドファイル名に基づいて、”out”パラメータで指定されるか、デフォルトで選択された一つのマルチモデルPDBQTファイルに配置されます。 必要に応じて、このファイルを配布に含まれている”vina_split”と呼ばれる別のプログラムを使用して個々のモデルに分割することができます。
      

      Advanced Options
      

      AutoDock Vinaの”advanced options”は、主にエンドユーザーではなくメソッド開発に興味のある人々によって使用されることを意図しています。 高度なオプションを含む使用法の概要は、
      

      

      vina--help_advanced
      

      

      高度なオプションを使用すると、
      

        

      • 最小化せずにスコアリング
        • 

      • ローカル最適化のみを実行する
        • 

      • 入力を無作為化することができます。検索（これはドッキングソフトウェアのテストに便利です）
        • 

      • 重みをデフォルト値から変更する（重みの意味については論文を参照）
        • 

      • 重み付けの前に分子間スコアへの個々の寄与を表示する（これらは “--score_only“;用語が何であるかについては論文を参照してください）
        • 

      

      仮想スクリーニング
      

      仮想スクリーニングを実行するために他のソフ また、シェルスクリプトに精通している場合は、それらなしで仮想スクリーニングを行うこともできます。以下の例では、Bashがあなたのシェルであると仮定しています。 彼らはあなたの特定のニーズに適応する必要があります。
      

      Windows
      

      Windows上で仮想スクリーニングを実行するには、cygwinと以下のBashスクリプトを使用するか、またはWindowsスクリプト言語に適応させることができます。
      

      Linux, Mac
      

      Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.
      

      You can create a configuration file conf.txt, such as
      

      

      receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9
      

      

      and dock all ligands with this shell script.スクリプトは、vinaPATHにあると仮定します。それ以外の場合は、それに応じて変更します。
      

      Pbsクラスター
      

      Linux Beowulfクラスターを使用している場合は、個々のドッキングを並行して実行できます。 
      

      この例を続けて、ループ内のすべてのドッキングをローカルで実行する代わりに、リガンドごとに一つの*.jobqsub(PBSコマンド)を使用して、これらのスクリプトをクラスターによって実行されるようにスケジュールします。
      

      このシェルスクリプトを実行して実行します。スクリプトは、vinaqsubPATHにあると仮定します。それ以外の場合は、それに応じて変更します。
      

      ジョブがスケジュールされたら、そのステータスを監視することができます
      

      

      qstat-u`whoami`
      

      

      最良の結果を選択
      

      Unix上で、PDBQTファイルを持つディレクトリを含むディレクトリにいる場合は、
      

      これらはすべてautodock vinaの結果ですが、このpythonスクリプトは上位の結果を選択するのに便利です。 次のように実行します:p>
      

      

      vina_screen_get_top.py 10
      

      

      簡単にコピーすることができ、トップ10ヒットのファイル名を取得します。 
      

      History
      

      バージョン間の変更の簡単な要約はここにあります。
      

      Citation
      

      あなたの仕事でAutoDock Vinaを使用した場合は、引用してください：
      

      O.Trott,A.J.Olson,AutoDock Vina: 新しいスコアリング機能によるドッキングの速度と精度の向上、効率的な最適化とマルチスレッド、Journal of Computational Chemistry31(2010)455-461
      

      ヘルプの取得
      

      AutoDock Vinaに関
      

      Reporting Bugs
      

      潜在的なバグレポートは、バグであることが正確にわからない場合でも、非常に高く評価されています。ただし、バグレポートと一緒に支援の要求を含めないでください。このページを参照してください。
      

      可能性のあるバグ:
      

        

      • 早期終了
        • 

      • 終了に失敗
        • 

      • 出力内の共有長または不変角度の変更
        • 

      • “明らかに間違っている”衝突（ただし、”検索スペース”を確認してください）
        • 

      • ドキュメントとの不一致
        • 

      

      バグではない可能性があります。
      

        

      • Vinaを実行する前または終了した後に起こることは何でも
        • 

      • 時折実験との不一致
        • 

      • vinaが存在しないファイルを開くことを拒否した（例： ls conf.txtを試して、ファイルが実際にそこにあるかどうかを確認してください）
        • 

      

      Reporting
      

      レポートをAutoDockメーリングリストに送信できます。 説明的な”件名”行と、表示されている問題を再現するために必要なすべての情報を提供することを忘れないでください。
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