AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

Inhoud

• Functies
• Licentie
• Tutorial
• veelgestelde Vragen
• Platform Opmerkingen en Installatie
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • het Bouwen vanaf Broncode
• Andere Software
• Gebruik
  • Samenvatting
  • Configuratie Bestand
  • Zoeken Space
  • Volledigheid
  • Output:
  • Geavanceerde Opties
• Virtuele Screening
• Geschiedenis
• Citaat
• Help
• Bugs Melden

Mogelijkheden

Nauwkeurigheid AutoDock Vina verbetert de gemiddelde nauwkeurigheid van de bindende modus voorspellingen vergeleken met de AutoDock 4, op basis van onze tests op de training set gebruikt in AutoDock 4 ontwikkeling. bovendien en onafhankelijk van elkaar is AutoDock Vina getest tegen een virtuele screeningsbenchmark genaamd de Directory of Useful Decoys door de watowich group, en bleek “een sterke concurrent te zijn tegen de andere programma’ s, en in veel gevallen aan de top van het pakket”. Opgemerkt moet worden dat alle zes van de andere voorraadprogramma ‘ s, waarmee het werd vergeleken, commercieel worden gedistribueerd. autodock Tools Compatibiliteit voor de invoer en uitvoer gebruikt Vina hetzelfde pdbqt moleculaire structuur bestandsformaat dat door AutoDock wordt gebruikt. PDBQT-bestanden kunnen worden gegenereerd (interactief of in batch-modus) en bekeken met behulp van MGLTools.Andere bestanden, zoals de autodock en AutoGrid parameterbestanden (GPF, DPF) en grid map bestanden zijn niet nodig.

Bindmodus voorspellingsnauwkeurigheid op de testset. “AutoDock” verwijst naar AutoDock 4, En” Vina ” naar AutoDock Vina 1.

gebruiksgemak

Vina ‘ s ontwerpfilosofie is niet om van de gebruiker te verlangen dat hij zijn implementatiedetails begrijpt, obscure zoekparameters aanpast, clusterresultaten of geavanceerde algebra (quaternions) kent. Alles wat wordt vereist is de structuren van de molecules die en de specificatie van de onderzoekruimte met inbegrip van de bindende plaats worden aangemeerd. Het berekenen van rasterkaarten en het toewijzen van Atom ladingen is niet nodig. De gebruikssamenvatting kan worden afgedrukt met”vina --help“. De samenvatting blijft automatisch gesynchroniseerd met de mogelijke gebruiksscenario ‘ s.

uitvoeringskwaliteit

• door het ontwerp mogen de resultaten geen statistische vertekening hebben met betrekking tot de conformatie van de inputstructuur.
• aandacht wordt besteed aan het controleren van de syntactische correctheid van de invoer en het rapporteren van fouten aan de gebruiker op een heldere manier.
• de invariantie van de covalente bindingslengtes wordt automatisch geverifieerd in de outputstructuren. Vina vermijdt het opleggen van kunstmatige beperkingen, zoals het aantal atomen in de input, het aantal torsies, de grootte van de zoekruimte, de volledigheid van de zoekopdracht, enz.

flexibele zijketens

zoals in AutoDock 4 kunnen sommige receptorzijketens worden gekozen om tijdens het docken als flexibel te worden behandeld.

snelheid AutoDock Vina is in ordes van grootte sneller dan AutoDock 4. meerdere CPU’s/Cores bovendien kan Vina gebruik maken van meerdere CPU’ s of CPU-cores op uw systeem om de looptijd aanzienlijk te verkorten. World Community Grid gekwalificeerde projecten kunnen autodock Vina-berekeningen gratis uitvoeren op het massaal parallelle World Community Grid.Bestaande projecten die daar gebruik maken van autodock Vina omvatten die gericht zijn op aids,Malaria,Leishmaniasis enschistosomiasis.Sommige van deze projecten gemiddeld meer dan 50 jaar waarde van de berekening per dag.

gemiddelde tijd per receptorligandpaar op de testset.”AutoDock” verwijst naar AutoDock 4, En” Vina ” naar AutoDock Vina 1.

Licentie

AutoDock Vina is uitgebracht onder een zeer tolerante Apache-licentie, met weinig beperkingen op commercieel of niet-commercieel gebruik, of op de afgeleide werken.De tekst van de licentie is hier te vinden.

Tutorial

als u nog nooit AutoDock Vina hebt gebruikt, bestudeer dan de video Tutorial voordat u deze probeert te gebruiken.

Deze video tutorial laat zien moleculaire docking van imatinib met behulp van Vina met AutoDock Tools en PyMOL

veelgestelde Vragen

Hoe je aan de slag met het leren gebruiken van Vina?

het bekijken van de video tutorial is misschien de beste manier om dat te doen.

Wat is de betekenis of Betekenis van de naam “Vina”? Waarom werd het ontwikkeld?

zie dit bericht van de mailinglijst.

hoe nauwkeurig is AutoDock Vina?

zie Features

opgemerkt moet worden dat de voorspellende nauwkeurigheid sterk varieert afhankelijk van het doel, dus is het zinvol om AutoDock Vina eerst te evalueren ten opzichte van uw specifieke doel,als u bekende actieve stoffen, of een gebonden inheemse ligandstructuur, voordat u verbindingen ordent. Tijdens het evalueren van een docking engine in een retrospectief virtueel scherm, kan het zinvol zijn om lokvogels van dezelfde grootte, en misschien andere fysieke kenmerken,om uw bekende actives te selecteren.

Wat is het verschil tussen AutoDock Vina en AutoDock 4?

AutoDock 4 (en eerdere versies) en autodock Vina werden beide ontwikkeld in het Molecular Graphics Lab van het Scripps Research Institute. AutoDock Vina erft een aantal van de ideeën en benaderingen van AutoDock 4, zoals het behandelen van docking als een stochastische globale opimisatie van de scorefunctie, het voorberekenen van rasterkaarten (Vina doet dat intern), en een aantal andere implementatietrucs, zoals het berekenen van de interactie tussen elk atoom type paar op Elke afstand. Het gebruikt ook hetzelfde type structuurformaat (PDBQT) voor maximale compatibiliteit met hulpsoftware.

echter, de broncode, de scorefuncion en de gebruikte algoritmen zijn gloednieuw, dus het is correcter om AutoDock Vina te zien als een nieuwe “generatie” in plaats van “versie” van AutoDock. De prestaties werden vergeleken in de oorspronkelijke publicatie , en AutoDock Vina deed het gemiddeld aanzienlijk beter, zowel in snelheid als nauwkeurigheid. Echter, voor een bepaald doel, beide programma kan een beter resultaat, hoewel AutoDock Vina is meer kans om dit te doen.Dit komt door het feit dat de scorefuncties verschillend zijn en beide onnauwkeurig zijn.

Wat is het verschil tussen autodock Vina en autodock Tools?

AutoDock Tools is een module binnen het MGL Tools software pakket speciaal voor het genereren van input (PDBQT bestanden) voor autodock of Vina. Het kan ook worden gebruikt voor het bekijken van de resultaten.

Kan ik twee eiwitten aankoppelen met AutoDock Vina?

u kunt dat misschien doen, maar AutoDock Vina is alleen ontworpen voor receptor-ligand docking. Er zijn betere programma ‘ s voor eiwit-eiwit docking.

zal Vina draaien op mijn 64-bit machine?

Ja. Door het ontwerp, moderne 64-bit machines kunnen 32-bit binaries native draaien.

Waarom krijg ik ” kan conf niet openen.txt ” fout? Het bestand bestaat!

vaak verbergen bestandsbrowsers de bestandsextensie, dus terwijl je denkt dat je een bestand hebt “conf.txt“, wordt het eigenlijk “conf.txt.txt“genoemd.Deze instelling kan worden gewijzigd in het Configuratiescherm of Systeemvoorkeuren.

u moet er ook voor zorgen dat het bestandspad dat u opgeeft correct is ten opzichte van de map (map) waarin u zich bevindt, bijvoorbeeld als u op de opdrachtregel naar conf.txt verwijst, zorg er dan voor dat u zich in dezelfde map (map)bevindt als dit bestand. U kunt ls of dir commando ‘ s gebruiken op respectievelijk Linux/MacOS en Windows om de inhoud van uw map weer te geven.

Waarom krijg ik” usage errors ” als ik de video tutorial probeer te volgen?

De commandoregelopties zijn enigszins veranderd sinds de tutorial is opgenomen. Met name”--out “vervangen”--all“.

Vina werkt goed op mijn computer, maar als ik het op mijn exotische Linux cluster run, krijg ik een “boost thread resource” fout. Waarom?

uw Linux cluster is zo geconfigureerd dat paaiende threads niet worden toegestaan. Daarom kan Vina niet lopen. Neem contact op met uw systeembeheerder.

Waarom is mijn aangemaakte constructie anders dan wat u krijgt in de video tutorial?

het docking-algoritme is niet-deterministisch. Hoewel met dit receptor-ligandpaar, het minimum van de het noteren functie aan de correcte Bouw correspondeert, slaagt het docking algoritme er soms niet in om het te vinden. Probeer meerdere keren en zie voor jezelf. Merk op dat de kans op het niet vinden van de mininum kan verschillen met een ander systeem.

mijn aangemaakte constructie is hetzelfde, maar mijn energieën zijn anders dan wat je krijgt in de video tutorial. Waarom?

De scoringsfunctie is veranderd sinds de tutorial werd opgenomen, maar alleen in het deel dat onafhankelijk is van de conformatie:de ligand-specifieke penalty voor flexibiliteit is veranderd.

waarom zien mijn resultaten er raar uit in PyMOL?

PDBQT is geen standaard moleculaire structuurformaat. De versie van PyMOL gebruikt in de tutorial (0.99rc6) gebeurt om het goed weer te geven (omdat PDBQT is enigszins vergelijkbaar met PDB).Dit is misschien niet het geval voor nieuwere versies van PyMOL.

is er een andere manier om de resultaten te bekijken?

U kunt ook pdbqt-bestanden bekijken in PMV (onderdeel van MGL Tools), of ze converteren naar een ander bestandsformaat (bijvoorbeeld met behulp van autodock Tools, of met “opslaan als” in PMV)

hoe groot moet de zoekruimte zijn?

zo klein mogelijk, maar niet kleiner. Hoe kleiner de zoekruimte, hoe makkelijker het is voor het docking algoritme om het te verkennen.Aan de andere kant, het zal niet verkennen ligand en flexibele zijketting atoom posities buiten de zoekruimte. Zoekruimtes groter dan 30 x 30 x 30 Angstrom moet u waarschijnlijk vermijden, tenzij u ook “--exhaustiveness“verhoogt.

Waarom zie ik een waarschuwing dat het volume van de zoekruimte meer dan 27000 Angstrom^3 bedraagt?

Dit is waarschijnlijk omdat u de zoekruimtegroottes wilde specificeren in “rasterpunten” (0.375 Angstrom), zoals in AutoDock 4.De autodock Vina zoekruimtegroottes worden in plaats daarvan gegeven in Angstroms. Als u echt van plan bent om een onbruikbare zoekruimte te gebruiken, kunt u deze waarschuwing negeren, maar merk op dat de taak van het zoekalgoritme moeilijker kan zijn.Het kan nodig zijn om de waarde van exhaustiveness te verhogen om het goed te maken. Dit zal leiden tot een langere looptijd.

De bound conformatie lijkt redelijk, behalve voor de hydrogenen. Waarom?

AutoDock Vina gebruikt eigenlijk een united-atom scoringfunctie, dat wil zeggen een die alleen de zware atomen omvat.Daarom zijn de posities van de waterstofatomen in de output willekeurig.De hydrogenen in het inputbestand worden gebruikt om te bepalen welke atomen waterstofbindingsdonoren of-acceptoren kunnen zijn, dus de juiste protonatie van de inputstructuren is nog steeds belangrijk.

Wat controleert “volledigheid” werkelijk onder de motorkap?

in de huidige implementatie bestaat de docking berekening uit een aantal onafhankelijke runs, beginnend met willekeurige conformaties.Elk van deze runs bestaat uit een aantal opeenvolgende stappen. Elke stap omvat een willekeurige verstoring van de bouw gevolgd door een lokale optimalisatie (met behulp van de broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno algoritme) en een selectie waarbij de stap wordt geaccepteerd of niet. Elke lokale optimalisatie omvat vele evaluaties van de scoringfunctie en zijn afgeleiden in de positie-oriëntatie-torsies coördinaten.Het aantal evaluaties in een lokale optimalisatie wordt geleid door convergentie en andere criteria.Het aantal stappen in een loop wordt heuristisch bepaald, afhankelijk van de grootte en flexibiliteit van de ligand en de flexibele zijkettingen. Het aantal runs wordt echter ingesteld door de parameter exhaustiveness. Omdat de afzonderlijke runs parallel worden uitgevoerd, waar van toepassing, beperkt exhaustiveness ook de parallelliteit.In tegenstelling tot AutoDock 4 kan in AutoDock Vina elke run verschillende resultaten opleveren: veelbelovende tussenresultaten worden onthouden.Deze worden samengevoegd, verfijnd, geclusterd en automatisch gesorteerd om het eindresultaat te produceren.

Waarom krijg ik niet de juiste conformatie?

het kan om het even welk van een aantal dingen zijn:

• Als u van AutoDock 4 komt, is een veel voorkomende fout het specificeren van de zoekruimte in “punten” (0.375 Angstrom), in plaats van Angstroms.
• uw ligand of receptor is mogelijk niet correct geprotoneerd.
• pech (het zoekalgoritme had met goede waarschijnlijkheid de juiste constructie kunnen vinden, maar had gewoon pech). Probeer het opnieuw met een ander zaadje.
• het minimum van de scoringsfunctie komt overeen met de juiste conformatie, maar het zoekalgoritme heeft moeite het te vinden. In dit geval zou een hogere volledigheid of een kleinere zoekruimte moeten helpen.
• het minimum van de scorefunctie is gewoon niet waar de juiste conformatie is. Steeds opnieuw proberen zal niet helpen, maar kan af en toe het juiste antwoord geven als twee fouten (onnauwkeurig zoeken en scoren) een goed maken. Aanmeren is bij benadering.
• gerelateerd aan het bovenstaande, kan de boosdoener ook de kwaliteit van de x-ray-of NMR-receptorstructuur zijn.
• als u niet bezig bent met het opnieuw uitzetten, d.w.z. het gebruik van de juiste geïnduceerde fitvorm van de receptor, zijn de geïnduceerde fit-effecten misschien groot genoeg om de uitkomst van het docking-experiment te beïnvloeden.
• de ringen kunnen alleen stijf zijn tijdens het aankoppelen. Misschien hebben ze de verkeerde constructie, die de uitkomst beïnvloedt.
• u gebruikt een 2D (platte) ligand als invoer.
• de feitelijke conformatie van de ligand kan af en toe verschillen van wat de Röntgenstructuur of NMR-structuur laat zien.
• andere problemen

Hoe kan ik de scorefunctie aanpassen?

u kunt de gewichten eenvoudig wijzigen door ze op te geven in het configuratiebestand of op de commandoregel. Bijvoorbeeld

vina -- weight_waterstof -1.2 ...

verdubbelt de sterkte van alle waterstofbindingen.

functionaliteit die gebruikers in staat stelt om nieuwe atomen en pseudo-atomen te creëren,en hun eigen interactiefuncties te specificeren is gepland voor de toekomst.

Dit zou het gemakkelijker moeten maken om de scorefunctie aan te passen aan specifieke doelen,covalente docking en macrocyclusflexibiliteit te modelleren,te experimenteren met nieuwe scorefuncties en,gebruikmakend van pseudo-atomen, directionele interactiemodellen te creëren.

blijf op de hoogte van de mailinglijst van AutoDock, als u op de hoogte wilt worden gesteld van beta-test releases.

Waarom krijg ik niet zoveel bindmodi als ik opgeef met “--num_modes“?

Deze optie specificeert het maximum aantal bindmodi aan uitvoer. Het docking-algoritme kan intern minder “interessante” bindmodi vinden.Het aantal bindmodi in de uitvoer wordt ook beperkt door de “energy_range“, die u misschien wilt verhogen.

Waarom veranderen de resultaten niet als ik de gedeeltelijke ladingen verander?

AutoDock Vina negeert de door de gebruiker aangeleverde gedeeltelijke kosten. Het heeft zijn eigen manier van omgaan met de elektrostatische interacties door de hydrophobic ende waterstofbindende termen. Zie de originele publicatie voor details over de scorefunctie.

Ik heb iets veranderd, en nu zijn de docking resultaten anders. Waarom?

ten eerste, als u niets had veranderd, hadden sommige resultaten toch anders kunnen zijn, vanwege het niet-deterministische karakter van het zoekalgoritme.De exacte reproduceerbaarheid kan worden gegarandeerd door dezelfde willekeurige seed aan beide berekeningen te leveren, maar alleen als alle andere inputs en parameters hetzelfde zijn. Zelfs kleine wijzigingen aan de invoer kunnen een effect hebben dat vergelijkbaar is met een nieuwe willekeurige seed.Wat wel zinvol is zijn de statistische eigenschappen van de berekeningen:bijvoorbeeld “met de nieuwe protonatie staat, Vina is veel minder waarschijnlijk om de juiste aangemeerd conformatie te vinden”.

Hoe gebruik ik flexibele zijkettingen?

u splitst de receptor in twee delen: stijf en flexibel, waarbij de laatste enigszins op dezelfde manier wordt weergegeven als de ligand. Zie de sectie “flexibele Receptor PDBQT bestanden” van de AutoDock4.2 Gebruikershandleiding (pagina 14) voor hoe dit te doen in AutoDock Tools.Vervolgens kunt u het volgende commando uitvoeren: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Zie ook dit artikel over dit onderwerp.

hoe doe ik virtuele screening?

zie de desbetreffende sectie van de handleiding.

houd er rekening mee dat er verschillende docking management applicaties bestaan om u te helpen bij deze taak.

Ik heb niet genoeg computerbronnen om een virtueel scherm te draaien. Wat zijn mijn opties?

u kunt mogelijk uw project uitvoeren op het World Community Grid, of gebruik maken van DrugDiscovery@TACC. Zie Andere Software.

Ik heb ideeën voor nieuwe functies en andere suggesties.

voor voorgestelde nieuwe functies willen we dat er een brede consensus is,die voortvloeit uit een publieke discussie,over de noodzaak ervan.Overweeg om een discussie op de autodock mailinglijst te starten of mee te doen.

beantwoordt u mijn vragen over Vina als ik u e-mail of bel?

Nee. Vina wordt door de gemeenschap ondersteund. Er is geen verplichting voor de auteurs om anderen te helpen met hun projecten.Zie deze pagina voor hoe u hulp kunt krijgen.

Platform Notes en installatie

Windows

Compatibiliteit

Vina zal naar verwachting werken op Windows XP en nieuwere systemen.

installeren

Dubbelklik op het gedownloade MSI-bestand en volg de instructies

uitvoeren

Open de opdrachtprompt en, als u Vina op de standaardlocatie hebt geïnstalleerd, typ

"\programme Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

Als u Cygwin gebruikt, zou het bovenstaande commando in plaats daarvan

/cygdrive/C/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help

zie de video tutorial voor details.Vergeet niet om te controleren of andere Software voor GUI ‘ s, enz.

Linux

Compatibiliteit

Vina zal naar verwachting werken op x86 en compatibele 64-bit Linux-systemen.

installeren

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

Optioneel kunt u de binaire bestanden kopiëren waar u wilt.

Lopend

./autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/vina --help

als het uitvoerbare bestand zich in uwPATHbevindt, kunt u gewoon “vina --help” typen.Zie de video Tutorial voor details.Vergeet niet om te controleren of andere Software voor GUI ‘ s, enz.

Mac

Compatibiliteit

de 64-bits versie zal naar verwachting werken op Mac OS X 10.15 (Catalina) en nieuwer.De 32-bits versie van Vina zal naar verwachting werken op Mac OS X van 10.4 (Tiger) tot en met 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type “vina --help” instead.Zie de video Tutorial voor details.Vergeet niet om te controleren of andere Software voor GUI ‘ s, enz.

bouwen van Bron

let op: het bouwen van Vina van bron is niet bedoeld om gedaan te worden door reguliere gebruikers!(deze instructies kunnen verouderd zijn)

Stap 1: Installeer een C++ compiler suite

op Windows, u kunt Visual Studio installeren; op OS X, Xcode; en op Linux, de GCC compiler suite.

Stap 2: Install Boost

Install Boost.(Versie 1.41.0 werd gebruikt om de officiële binaire bestanden te compileren. Bij andere versies kan je geluk variëren)bouw dan een van de voorbeeldprogramma ‘ s, zoals het Regex voorbeeld, om te bevestigen dat je deze stap hebt voltooid. Als je dit niet kunt doen, zoek dan hulp bij de Boost community.

Stap 3: Build Vina

als u Visual Studio gebruikt, wilt u misschien drie projecten maken:libmainensplit, met de broncode van de juiste submappen.

libmoet een bibliotheek zijn, waarvan de andere projecten afhankelijk zijn, enmainensplitmoet console-toepassingen zijn. Voor optimale prestaties, vergeet niet om te compileren met behulp van deReleasemodus.

op OS X en Linux wilt u misschien naar de juiste build submap navigeren, de Makefileaanpassen door de paden en de Boost-versie in te stellen, en dan

make dependmake

overige software

disclaimer: deze lijst dient uitsluitend ter informatie en vormt geen goedkeuring.

• Tools speciaal ontworpen voor gebruik met autodock Vina (in willekeurige volgorde):
  • MGLTools, waaronder AutoDock Tools (ADT) en Python Molecular Viewer (PMV). ADT is vereist voor het genereren van input-bestanden voor de AutoDock Vina, en PMV kan worden gebruikt voor het bekijken van de resultaten
  • PyRx kan worden gebruikt om de set-up-en virtuele screening met AutoDock Vina en bekijk de resultaten
  • De nieuwe Autodock/Vina plugin voor PyMOL kan worden gebruikt om de set-up-en virtuele screening met AutoDock Vina en bekijk de resultaten
  • Computer-Aided Drug Design Platform met behulp van PyMOL is een plugin voor PyMOL dat ook integreert AMBER, te Verminderen en te SCHUIVEN.
  • AutoGrow gebruikt AutoDock Vina in de rational drug design procedure
  • NNScore zal re-score Vina resultaten via een kunstmatig neuraal netwerk getraind op de Binding MOAD en PDBBind
  • Een Vina GUI laag voor Windows door Biochem Lab Oplossingen kan worden gebruikt voor het faciliteren van virtuele screening met AutoDock Vina
  • VSDK kan worden gebruikt om faciliate virtuele screening met AutoDock Vina
  • PaDEL-ADV kan worden gebruikt voor het faciliteren van virtuele screening met AutoDock Vina
  • DrugDiscovery@TACC kunt u de virtuele screening met AutoDock Vina via hun web site
  • NBCR-CADD Pijplijn biedt toegang tot virtuele screening met AutoDock Vina nbcr-computers
  • MOLA is een bootable, zelf configureren van het systeem voor virtuele screening met AutoDock4/Vina op de computer van de clusters
  • SMINA is een wijziging van Vina dat links met OpenBabel voor I/O en ondersteunt extra tweaks van de score-functie
  • Doel Pijplijn is een platform bedoeld om uit te voeren secundaire doelstelling identificatie en docking
  • AUDocker kan worden gebruikt voor het faciliteren van virtuele screening met AutoDock Vina
  • World Community Grid kan gebruikt worden door bevoegde projecten om autodock Vina-berekeningen gratis uit te voeren op het massaal parallelle netwerk van computers, waar vrijwilligers hun inactieve CPU-tijd doneren.
  • DockoMatic is een grafische gebruikersinterface bedoeld om virtuele screening met AutoDock en AutoDock Vina te vergemakkelijken.
  • VinaLC is een wijziging van Vina door het Lawrence Livermore National Laboratory die gebruik maakt van MPI op computerclusters
• Andere tools die u waarschijnlijk nuttig zult vinden tijdens het docken of virtuele screening met AutoDock Vina:
  • PyMOL is een van de meest populaire programma ‘ s voor Moleculaire Visualisatie en kan worden gebruikt voor het bekijken van de docking resultaten
  • OpenBabel kan worden gebruikt om te converteren tussen verschillende structuur bestandsformaten, toewijzen van de protonatie Staten, enz.
  • ChemAxon Marvin kan worden gebruikt om structuren te visualiseren, om te zetten tussen verschillende structuurbestandsformaten, de protonatietoestanden toe te wijzen, enz.

gebruik

samenvatting

de gebruikssamenvatting kan worden verkregen met “vina --help

Input: --receptor arg stijve deel van de receptor (PDBQT) --flex arg flexibele zijketens, eventuele (PDBQT) --ligand arg ligand (PDBQT)Zoeken de ruimte (verplicht): --center_x arg X-coördinaat van het middelpunt --center_y arg Y-coördinaat van het middelpunt --center_z arg Z-coördinaat van het middelpunt --size_x arg grootte in de X-afmeting (Angstrom) --size_y arg grootte in de Y-afmetingen (Angstrom) --size_z arg grootte van de Z-dimensie (Angstrom)Output (optioneel): --uit de arg-output modellen (PDBQT), de standaard is gekozen op basis van de ligand bestand --log arg optioneel, schrijven, log fileMisc (optioneel): --cpu-arg-het aantal Cpu 's te gebruiken (de standaard is om te proberen te detecteren van het aantal Cpu' s of, bij gebreke daarvan, gebruik 1) --zaad arg expliciete random seed --volledigheid arg (=8) volledigheid van de global search (ruwweg evenredig met de tijd): 1+ --num_modes arg (=9) maximum aantal bindende modi te genereren --energy_range arg (=3) maximale energie verschil tussen de beste bindend mode en de ergste weergegeven (kcal/mol)Configuratie bestand (optioneel): --config arg is de bovengenoemde opties kunnen worden gebracht hereInformation (optioneel): --help gebruikerssamenvatting weergeven -- help_advanced gebruikerssamenvatting weergeven met geavanceerde opties --version versie van het programma weergeven

configuratiebestand

voor het gemak kunnen enkele commandoregelopties in een configuratiebestand worden geplaatst.

bijvoorbeeld:

receptor = hsg1/rigid.pdbqtligand = ligand.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y = 25size_z = 25energy_range = 4

In geval van een conflict heeft de opdrachtregeloptie voorrang op het configuratiebestand.

zoekruimte

de zoekruimte beperkt effectief waar de beweegbare atomen, inclusief die in de flexibele zijketens, moeten liggen.

volledigheid

met de standaard (of een gegeven) instelling vanexhaustiveness, is de tijd besteed aan het zoeken al heuristisch afhankelijk van het aantal atomen, flexibiliteit, enz. Normaal gesproken heeft het geen zin om extra tijd te besteden aan het zoeken om de kans te verminderen dat het globale minimum van de scorefunctie niet wordt gevonden voorbij wat beduidend lager is dan de kans dat het minimum ver van de inheemse bouw is.Als u echter van mening bent dat de automatische afweging tussen volledigheid en tijd ontoereikend is, kunt u hetexhaustiveness-niveau verhogen. Dit zou de tijd lineair moeten verhogen en de kans op het niet vinden van het minimum exponentieel moeten verminderen.

uitgang

energie

de voorspelde bindingsaffiniteit is inkcal/mol.

RMSD

RMSD-waarden worden berekend ten opzichte van de beste modus en gebruiken alleen verplaatsbare zware atomen. Er worden twee varianten van RMSD-statistieken verstrekt,rmsd/lb(rmsd-ondergrens) enrmsd/ub(rmsd-bovengrens), die verschillen in de manier waarop de atomen worden gematcht in de afstandberekening:

• rmsd/ub komt overeen met elk atoom in een bouw met zichzelf in de andere conformatie, het negeren van symmetrie
• rmsd' komt overeen met elk atoom in een conformatie met de dichtstbijzijnde atoom van hetzelfde type element in het andere conformatie (rmsd' kan niet direct gebruikt worden, omdat het niet symmetrisch is)
• rmsd/lb wordt als volgt gedefinieerd:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

Waterstof posities

Vina maakt gebruik van een verenigde-atoom scoren functie. Net als in AutoDock zijn polaire hydrogenen nodig in de inputstructuren om zware atomen correct te typen als waterstofbindingsdonoren. Echter, in Vina zijn de vrijheidsgraden die alleen hydrogenen verplaatsen, zoals de hydroxylgroep torsies, gedegenereerd. Daarom, in de output, sommige waterstofatomen kan worden verwacht willekeurig worden gepositioneerd (maar consistent met de covalente structuur). Voor een united-atom behandeling, Dit is in wezen een cosmetische kwestie.

afzonderlijke modellen

alle voorspelde bindingsmodi, inclusief de posities van de flexibele zijketens, worden in één multimodaal PDBQT-bestand geplaatst, gespecificeerd door de parameter “out” of standaard gekozen, gebaseerd op de ligand-bestandsnaam. Indien nodig kan dit bestand worden opgesplitst in individuele modellen met behulp van een apart programma genaamd “vina_split”, opgenomen in de distributie.

geavanceerde opties

AutoDock Vina ‘ s “geavanceerde opties” zijn bedoeld om voornamelijk te worden gebruikt door mensen die geïnteresseerd zijn in de ontwikkeling van methoden in plaats van de eindgebruikers. Het gebruik van samenvatting, met inbegrip van de geavanceerde opties worden weergegeven met

vina --help_advanced

De geavanceerde opties toestaan

• scoren zonder minimaliseren
• uitvoeren van lokale optimalisatie alleen
• de randomisatie van de ingang met zoeken (dit is handig voor het testen van het docking-software)
• het veranderen van de gewichten uit de standaard-waarden (zie het artikel voor wat de gemiddelde gewichten)
• weergave van de individuele bijdragen te leveren aan de intermoleculaire score, vóór weging (deze worden weergegeven met “--score_only“; zie het papier voor wat de termen zijn)

virtuele Screening

u kunt een aantal van de tools kiezen die onder andere Software staan om virtuele screening uit te voeren. Als alternatief, als je bekend bent met shell scripting, kun je virtuele screening zonder hen doen.

De voorbeelden hieronder gaan ervan uit dat Bash jouw shell is. Ze moeten worden aangepast aan uw specifieke behoeften.

Windows

om virtuele screening op Windows uit te voeren, kunt u Cygwin en de onderstaande Bash-scripts gebruiken, of ze aanpassen voor de Windows-scripttaal.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Het script gaat ervan uit datvinazich in uwPATHbevindt.Wijzig het anders dienovereenkomstig.

PBS-Cluster

Als u een Linux Beowulf-cluster hebt,kunt u de afzonderlijke dockings parallel uitvoeren.

doorgaan met ons voorbeeld,in plaats van alle dockings in een lus lokaal uit te voeren,zullen we één *.job script per ligand schrijven, en qsub (een PBS-commando)gebruiken om deze scripts te plannen die door het cluster moeten worden uitgevoerd.

voer dit shellscript uit om het te doen.Het script gaat ervan uit dat vina en qsub zich in uw PATHbevinden.Wijzig het anders dienovereenkomstig.

Zodra de banen zijn gepland, kunt u zien op hun status met

qstat -u `whoami`

het Selecteren van de Beste Resultaten

Als u op Unix-en in een map bevat mappen met PDBQT bestanden, alle AutoDock Vina resultaten,vindt u dit Python script handig voor het selecteren van de beste resultaten. Voer het uit als:

vina_screen_get_top.py 10

om de bestandsnamen van de top 10 hits te krijgen, die vervolgens gemakkelijk kunnen worden gekopieerd.

geschiedenis

korte samenvattingen van wijzigingen tussen versies zijn hier te vinden.

citaat

als u AutoDock Vina in uw werk hebt gebruikt, vermeld dan:

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: verbetering van de snelheid en nauwkeurigheid van docking met een nieuwe scorefunctie, efficiënte optimalisatie en multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

hulp krijgen

zie deze pagina als u vragen hebt over AutoDock Vina.

het rapporteren van Bugs

potentiële foutmeldingen worden zeer gewaardeerd, zelfs als u niet zeker bent dat het bugs zijn.Voeg echter geen verzoeken om hulp bij uw bugrapport.Zie deze pagina.

waarschijnlijke bugs:

• voortijdige beëindiging
• het Nalaten te beëindigen met
• Wijzigingen van de covalente lengtes of van de invariant hoeken in de uitgang
• “Duidelijk verkeerd” botsingen (check uw “zoek de ruimte” hoewel)
• Onenigheid met de documentatie

Waarschijnlijk niet bugs:

• Alles wat er gebeurt voordat je Vina of na het gereed
• Incidentele onenigheid met het experiment
• Vina ‘ s weigering om een bestand te openen die niet bestaat (bijv. probeer ls conf.txt om te zien of het bestand er echt is)

rapportage

u kunt uw rapporten naar de autodock mailinglijst sturen. Vergeet niet om een beschrijvende “onderwerp” regel en alle informatie die nodig is om het probleem dat u ziet te reproduceren.