in 2001 verhuisde Flowers terug naar Alabama, waar ze zich concentreerde op economische ontwikkeling als onderdeel van de Lowndes County Commission. De bevolking van Lowndes County is driekwart Zwart. In 2002 had ze verschillende tekortkomingen van de lokale sanitaire voorzieningen geïdentificeerd, waaronder mensen die werden gearresteerd omdat ze niet betaalden voor septische systemen op locatie en mensen die betaalden voor sanitaire voorzieningen op locatie die niet werden voorzien van adequate voorzieningen. Flowers was verbaasd dat de regering zich richtte op de armste leden van de samenleving in plaats van de veel rijkere corporate vervuilers. Deze ervaring motiveerde haar om zich te richten op milieurecht en Klimaat. Ze kreeg federale goedkeuring van de United States Environmental Protection Agency (EPA) om een plan op te stellen om ruw afvalwater in Lowndes County aan te pakken.in 2011 werkte Flowers samen met een speciale VN-Rapporteur om een beter inzicht te krijgen in armoede en de gevolgen daarvan voor de infrastructuur in Lowndes County, Alabama. Sinds 2015 is Flowers Senior Fellow bij het Center for Earth Ethics. Ze bracht 2017 als een Franklin Humanities Institute Practitioner in Residence aan Duke University. In 2019 richtte ze het Center for Rural Enterprise and Environmental Justice op.
Flowers en het Columbia Law School Human Rights Institute onderzochten hoe structurele ongelijkheden de toegang tot sanitaire voorzieningen en schoon water beïnvloeden. Zij wijst erop dat gemarginaliseerde, door armoede getroffen plattelandsgemeenschappen meer kans lopen te lijden onder verontreinigd water en slechte sanitaire voorzieningen. Samen maken deze de verspreiding van intestinale parasitaire infecties mogelijk, waaronder haakworm. In 2019 publiceerden JoAnn Kamuf Ward en Flowers, gespoeld en vergeten: Sanitaire voorzieningen en afvalwater in landelijke gemeenschappen in de Verenigde Staten, waarin Flowers schreef: “In Lowndes County, Alabama, en veel van de omliggende gebieden, gebrek aan basisvoorzieningen die veel Amerikanen als vanzelfsprekend beschouwen is een manier van leven,”. In het verslag werd een reeks aanbevelingen gedaan, waaronder het nemen van stappen om de verantwoordingsplicht te verbeteren, ervoor te zorgen dat de getroffen gemeenschappen bij elke besluitvorming worden betrokken en de toegang tot adequate sanitaire voorzieningen op basis van gelijkheid te waarborgen.
in 2019 gaf ze deskundige getuigenissen aan het Congres van de Verenigde Staten, waarin ze er bij de regering op aandrong om de ziekten in verband met armoede in de Verenigde Staten aan te pakken. Ze werd benoemd tot lid van de Joe Biden Task Force on Climate Change, die gezamenlijk wordt voorgezeten door Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers is het enige zwarte lid van de task force.