Daniel Jefferson Harris (ook bekend als Dirty Dan) arriveerde in de Bellingham Bay area in 1853 of 1854 en raakte bevriend met John Thomas, die een Landclaim had ingediend langs padden Creek. Hij hielp Thomas daar een hut te bouwen, maar Thomas stierf voordat de hut klaar was. Dan voltooide de claim op het land en het patent werd uitgegeven in 1871. Hij verwierf ook verschillende omliggende eigendommen en noemde dit gebied Fairhaven, naar de inheemse naam see-see-lich-em, wat veilige haven of fair haven betekent (mogelijk ook uit een stad in Maine die al dan niet zijn geboorteplaats was). In 1883 begon hij met het verkopen van kavels. Als zijn fortuin verbeterde, zo deed zijn verschijning en reputatie, waardoor hij om te trouwen in 1885. In 1888 verkocht hij het grootste deel van zijn eigendom in Fairhaven aan Nelson Bennett en vertrok naar Californië. Nelson Bennett, samen met Charles Larrabee, die arriveerde in 1890, vormde de Fairhaven Land Company, grotendeels gefinancierd door Larrabee, vastbesloten om Fairhaven te laten uitgroeien tot een grote stad. Ze bevorderden het land rijk aan natuurlijke hulpbronnen, goed weer en eindeloze mogelijkheden, waardoor de bevolking groeide van ongeveer 150 in 1889 tot 8000 aan het einde van 1890. Een deel van die stijging was te wijten aan de aankoop door de Fairhaven Land Company van een kleine nederzetting genaamd Bellingham, verscholen tussen Sehome en Fairhaven, die een postkantoor had vanaf 1883.Fairhaven concurreerde, net als vele andere steden aan de kust van Washington, met andere steden om de positie van terminal city van de Great Northern Railroad, maar die titel viel uiteindelijk op Seattle. Tijdens deze periode van concurrentievermogen, die duurde van de late jaren 1870 tot midden jaren 1880, Fairhaven nam zijn iconische 19e-eeuwse stijl en nam een esthetische aantrekkingskracht op architectuur en design. Zelfs nadat werd besloten dat Seattle de Great Northern Railroad terminal zou huisvesten, bleven de bevolking en esthetisch georiënteerde bouw tot de late jaren 1890 groeien. Fairhaven werd officieel opgericht op 13 mei 1890. tijdens de speculatieve razernij van de jaren 1890 werd het grand Fairhaven Hotel gebouwd om spoorwegmagnaten aan te trekken om Fairhaven te kiezen als het westkust eindpunt van transcontinentale spoorwegen. De spoorwegen kwamen nooit, maar het imposante overblijfsel van het oude hotel stond tot een brand en sloop in 1953.op 27 oktober 1903 stemden inwoners van Fairhaven en inwoners van een naburige stad aan Bellingham Bay, Whatcom City, voor de samenvoeging tot een stad genaamd Bellingham. Op 28 December 1903 werd de nieuwe stad Bellingham officieel opgericht.in 1903 ontving Fairhaven een subsidie voor de bouw van de eerste door Carnegie gefinancierde bibliotheek op 12th Street. De bibliotheek blijft een onderdeel van het Bellingham Public Library system.Fairhaven is ook bekend om zijn historische banden met zalmconserven, en vanaf de late jaren 1800 tot de jaren 1940 was het de thuisbasis van tal van zalmconserven, met maar liefst 4.500 werknemers in het gebied. In de jaren 40 van de vorige eeuw was de Pacific American Fisheries gevestigd in Fairhaven en stond bekend als de grootste zalmconservenoperatie ter wereld.