Fujiwara was de eerste hoofdstad van Japan, gebouwd in een rasterpatroon naar het Chinese model (条坊制 jōbō-sei); recent onderzoek heeft uitgewezen dat de stad een gebied van ongeveer 5 km besloeg, veel groter dan eerder gedacht. Het paleis bezet een perceel van ongeveer 1 km2 en werd omgeven door muren van ongeveer 5 m hoog. Elk van de vier muren had drie poorten; Suzakumon, de Hoofdpoort, stond in het midden van de zuidelijke muur. De Daigokuden (大極殿) en andere paleis gebouwen waren de eerste paleis structuren in Japan met een dakpan in de Chinese stijl.het gebied was voorheen het domein van de Nakatomi-clan, die toezicht hield op de observatie van shinto-rituelen en ceremonies namens het keizerlijk hof. De stad brandde af in 711, een jaar na de verhuizing naar Nara, en werd niet herbouwd. Archeologische opgravingen begonnen in 1934, en sommige delen van het paleis werden gereconstrueerd. Bijna 10.000 houten tabletten, bekend als mokkan, zijn gevonden, gegraveerd met Chinese karakters.deze waka, geschreven door keizerin Jitō en beschreven Fujiwara in de zomer, is onderdeel van de beroemde gedicht bloemlezing, de Hyakunin Isshu:
春すぎて夏来にけらし白妙の衣ほすてふ天の香具山haru sugite natsu ki ni kerashi shirotae geen koromo hosu chō ama geen kaguyama
Wat zich vertaalt als de Lente voorbij is, lijkt het, en nu de zomer is aangebroken; Voor dit, zeggen zij, is als een mantel van zuiver wit zijn uitgezonden op de hemelse Berg Kagu.
De hoofdstad werd verplaatst van Fujiwara-kyo vanwege de extreme stank veroorzaakt door een open riolering. Het riool was verstopt met uitwerpselen en ander menselijk afval, waardoor het zich opstapelde en niet in de rivier spoelde. De stank werd zo sterk dat mensen begonnen te klagen over de stank van het paleis. Uiteindelijk werd de hoofdstad verplaatst naar Nara vanwege de vreselijke geur.