|
Automatische oligo ontwerp voor PCR-gebaseerde gen synthese
|
Help
|
De beschikbaarheid van sequenties van hele genomen is dramatisch toegenomen het aantal eiwit doelen, die vaak moeten worden overexpressed in de cellen van een andere dan de oorspronkelijke bron van het DNA. De gensynthese verstrekt vaak een snelle en economisch efficiënte benadering. Het synthetische gen kan voor uitdrukking worden geoptimaliseerd en voor gemakkelijke mutationele manipulatie zonder betrekking tot het oudergenoom worden geconstrueerd. Maar het ontwerp en de constructie van synthetische genen, vooral die welke coderen voor grote eiwitten, kan een langzaam, moeilijk en verwarrend proces zijn. DNAWorks automatiseert het ontwerp van oligonucleotides voor gensynthese door PCR-gebaseerde methodes.
een beschrijving van de originele Dnawerken is te vinden in onze publicatie (Hoover, D. and Lubkowski, J., 2002).
voor verdere verbeteringen in de prestaties van DNAWorks is feedback over het succes of falen van gensynthese met DNAWorks erg belangrijk. Laat het ons weten over het resultaat van uw synthese experimenten.
DNAWorks is open-source, en kan worden gedownload van https://github.com/davidhoover/DNAWorks. Als je een Fortran compiler kunt vinden, kun je DNAWorks draaien via de commandline.
voorbeeld:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc