AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

spis treści

• funkcje
• Licencja
• Tutorial
• Często zadawane pytania
• uwagi i instalacja platformy
  • Windows
  • Linux
  • Mac
  • budowanie ze źródła
• inne oprogramowanie
• wykorzystanie
  • podsumowanie
  • plik konfiguracyjny
  • przestrzeń wyszukiwania
  • wyczerpanie
  • wyjście
  • zaawansowane opcje
• wirtualny pokaz
• historia
• cytowanie
• Uzyskiwanie pomocy
• zgłaszanie błędów

funkcje

dokładność AutoDock Vina poprawia średnią dokładność przewidywania trybu wiązania w porównaniu z autodock 4, sądząc po naszych testach na zestawie treningowym używanym w autodock 4 development. dodatkowo i niezależnie, AutoDock Vina został przetestowany pod kątem Wirtualnego testu przesiewowego nazwanego katalogiem przydatnych wabików przez grupę Watowicza i został uznany za „silnego konkurenta w stosunku do innych programów i w wielu przypadkach na szczycie pakietu”. Należy zauważyć, że wszystkie sześć innychprogramy, do których był porównywany, są dystrybuowane komercyjnie. kompatybilność narzędzi AutoDock do wejścia i wyjścia Vina używa tego samego formatu pliku struktury molekularnej PDBQT używanego przez AutoDock. Pliki PDBQT mogą być generowane (interaktywnie lub w trybie wsadowym) i przeglądane za pomocą MGLTools.Inne pliki, takie jak pliki parametrów AutoDock i AutoGrid (GPF, DPF) i pliki mapy siatki nie są potrzebne.

dokładność przewidywania trybu wiązania na zestawie testowym. „AutoDock” odnosi się do AutoDock 4, A „Vina” do AutoDock Vina 1.

łatwość obsługi

filozofia projektowania Vina nie wymaga od użytkownika zrozumienia szczegółów implementacji, poprawiania niejasnych parametrów wyszukiwania, wyników klastrów ani znajomości zaawansowanej algebry (czwartorzędów). Wszystko, co jest wymagane, to struktury cząsteczek, które są zadokowane i specyfikacja przestrzeni wyszukiwania, w tym miejsca wiązania. Obliczanie map siatki i przypisywanie ładunków atomowych nie jest potrzebne. Podsumowanie użycia można wydrukować za pomocą „vina --help„. Podsumowanie jest automatycznie zsynchronizowane z możliwymi scenariuszami użycia.

jakość implementacji

• z założenia wyniki nie powinny mieć statystycznego odchylenia związanego z konformacją struktury wejściowej.
• zwracamy uwagę na sprawdzanie poprawności składniowej danych wejściowych i raportowanie błędów użytkownikowi w sposób świadomy.
• niezmienność długości wiązań kowalencyjnych jest automatycznie weryfikowana w strukturach wyjściowych.
• Vina unika nakładania sztucznych ograniczeń, takich jak liczba atomów na wejściu, liczba torcji, wielkość przestrzeni wyszukiwania, wyczerpalność wyszukiwania itp.

elastyczne łańcuchy boczne

podobnie jak w AutoDock 4, niektóre łańcuchy boczne receptora mogą być tak dobrane, aby były traktowane jako elastyczne podczas dokowania.

prędkość Autodock Vina jest szybszy niż AutoDock 4 o rzędy wielkości. wiele procesorów/rdzeni dodatkowo Vina może wykorzystać wiele procesorów lub rdzeni procesora w systemie, aby znacznie skrócić czas pracy. World Community Grid kwalifikowane projekty mogą uruchamiać obliczenia AutoDock Vina za darmo na massively parallel World Community Grid.Do istniejących projektów wykorzystujących AutoDock Vina należą m.in.:Niektóre z tych projektów średnio ponad 50 lat wartości obliczeń dziennie.

średni czas na parę receptor-ligand w zestawie testowym.”AutoDock” odnosi się do AutoDock 4, A „Vina” do AutoDock Vina 1.

Licencja

AutoDock Vina jest udostępniany na bardzo liberalnej licencji Apache, z kilkoma ograniczeniami dotyczącymi komercyjnego lub niekomercyjnego użytku lub prac pochodnych.Tekst licencji można znaleźć tutaj.

Tutorial

jeśli nigdy wcześniej nie korzystałeś z AutoDock Vina, zapoznaj się z samouczkiem wideo przed próbą jego użycia.

Ten samouczek wideo demonstruje dokowanie molekularne imatynibu przy użyciu Vina z narzędziami autodock i pymol

Często zadawane pytania

jak zacznij uczyć się korzystać z Vina?

oglądanie samouczka wideo może być najlepszym sposobem, aby to zrobić.

Jakie jest znaczenie lub znaczenie imienia „Vina”? Dlaczego został opracowany?

zobacz ten post na liście dyskusyjnej.

jak dokładny jest AutoDock Vina?

Zobacz cechy

należy zauważyć, że dokładność predykcyjna różni się bardzo w zależności od celu,więc warto najpierw ocenić AutoDock Vina na podstawie konkretnego celu, jeśli masz znane substancje aktywne lub związaną natywną strukturę ligandów przed zamówieniem związków. Oceniając każdy silnik dokujący na retrospektywnym wirtualnym ekranie, warto wybrać wabiki o podobnej wielkości i być może innych właściwościach fizycznych, do znanych czynników.

Jaka jest różnica między AutoDock Vina a AutoDock 4?

AutoDock 4 (i poprzednie wersje) i AutoDock Vina zostały opracowane w laboratorium Grafiki Molekularnej w Scripps Research Institute. AutoDock Vina dziedziczy niektóre pomysły i podejścia AutoDock 4, takie jak traktowanie dokowania jako stochastycznej globalnej opimizacji funkcji punktacji, wstępne obliczanie map siatki (Vina robi to wewnętrznie) i kilka innych sztuczek implementacyjnych, takich jak obliczanie interakcji między każdą parą typów atomu na każdej odległości. Wykorzystuje również ten sam typ formatu struktury (PDBQT) dla maksymalnej kompatybilności z oprogramowaniem pomocniczym.

jednak kod źródłowy, funkcja punktacji i rzeczywiste algorytmy są zupełnie nowe, więc bardziej poprawne jest myślenie o AutoDock Vina jako nowej „generacji”, a NIE „wersji” AutoDock. Wydajność została porównana w oryginalnej publikacji , a średnio autodock Vina spisał się zdecydowanie lepiej, zarówno pod względem szybkości, jak i dokładności. Jednak dla każdego celu, każdy program może zapewnić lepszy wynik, nawet jeśli AutoDock Vina jest bardziej prawdopodobne, aby to zrobić.Wynika to z faktu, że funkcje punktacji są różne, a obie są niedokładne.

Jaka jest różnica między AutoDock Vina a AutoDock Tools?

AutoDock Tools jest modułem w pakiecie oprogramowania MGL Tools specjalnie do generowania danych wejściowych (plików PDBQT) dla autodock lub Vina. Może być również używany do przeglądania wyników.

Czy Mogę dokować dwa białka za pomocą AutoDock Vina?

Możesz to zrobić, ale AutoDock Vina jest przeznaczony tylko do dokowania receptorów-ligandów. Istnieją lepsze programy do dokowania białek.

czy Vina będzie działać na moim 64-bitowym komputerze?

tak. Z założenia nowoczesne 64-bitowe maszyny mogą uruchamiać natywnie 32-bitowe pliki binarne.

Dlaczego dostaję ” nie można otworzyć conf.txt ” błąd? Plik istnieje!

często przeglądarki plików ukrywają rozszerzenie pliku, więc chociaż myślisz, że masz plik „conf.txt„, w rzeczywistości nazywa się on „conf.txt.txt„.To ustawienie można zmienić w Panelu sterowania lub Preferencjach systemowych.

należy również upewnić się, że ścieżka pliku, którą podajesz, jest poprawna w odniesieniu do katalogu (folderu), w którym się znajdujesz, np. jeśli odwołujesz się po prostu do conf.txt w wierszu poleceń, upewnij się, że znajdujesz się w tym samym katalogu (folderze)co ten plik. Możesz użyćls lubdir poleceń odpowiednio w systemach Linux/MacOS i Windows, aby wyświetlić zawartość katalogu.

Dlaczego dostaję „błędy użytkowania”, gdy próbuję śledzić samouczek wideo?

opcje wiersza poleceń zmieniły się nieco od czasu nagrania samouczka. W szczególności „--out--all„.

Vina działa dobrze na moim komputerze, ale kiedy uruchamiam go na moim egzotycznym klastrze Linuksa, dostaję błąd „boost thread resource”. Dlaczego?

Twój klaster Linuksowy jest skonfigurowany w taki sposób, aby uniemożliwić tworzenie wątków. Dlatego Vina nie może biegać. Skontaktuj się z administratorem systemu.

Dlaczego moja dokowana konformacja różni się od tego, co dostajesz w samouczku wideo?

algorytm dokowania jest niedeterministyczny. Mimo że w przypadku tej pary receptor-ligand minimum funkcji punktowej odpowiada prawidłowej konformacji, algorytm dokowania czasami jej nie znajduje. Spróbuj kilka razy i przekonaj się sam. Zauważ, że prawdopodobieństwo Nie znalezienia minium może być różne w innym systemie.

Moja dokowana konformacja jest taka sama, ale moja energia różni się od tego, co dostajesz w samouczku wideo. Dlaczego?

funkcja punktacji zmieniła się od czasu zarejestrowania kursu, ale tylko w części niezależnej od konformacji:zmieniła się specyficzna dla ligandu kara za elastyczność.

Dlaczego moje wyniki wyglądają dziwnie w Pymolu?

PDBQT nie jest standardowym formatem struktury molekularnej. Wersja pymol użyta w samouczku (0. 99rc6) pokazuje go dobrze (ponieważ PDBQT jest nieco podobny do PDB).Może tak nie być w przypadku nowszych wersji PyMOL.

jest jakiś inny sposób na obejrzenie wyników?

Możesz również przeglądać pliki PDBQT w PMV (część narzędzi MGL) lub konwertować je do innego formatu (np. za pomocą narzędzi AutoDock lub z „Zapisz jako” w PMV)

jak duża powinna być przestrzeń wyszukiwania?

jak najmniejszy, ale nie mniejszy. Im mniejsza przestrzeń Wyszukiwania, tym łatwiej jest algorytmowi dokującemu ją zbadać.Z drugiej strony, nie będzie badać ligandów i elastycznych pozycji atomów łańcucha bocznego poza przestrzenią wyszukiwania. Prawdopodobnie powinieneś unikać przestrzeni wyszukiwania większych niż30 x 30 x 30 Angstrom, chyba że zwiększysz również „--exhaustiveness„.

Dlaczego widzę ostrzeżenie o objętości przestrzeni wyszukiwania powyżej 27000 Angstrom^3?

to prawdopodobnie dlatego, że zamierzałeś określić rozmiary przestrzeni wyszukiwania w „punktach siatki” (0.375 Angstrom), jak w AutoDock 4.Rozmiary przestrzeni wyszukiwania AutoDock Vina są podane w Angstromach. Jeśli naprawdę zamierzałeś użyć niezwykle dużej przestrzeni wyszukiwania, możesz zignorować to Ostrzeżenie, ale zauważ, że zadanie algorytmu wyszukiwania może być trudniejsze.Może być konieczne zwiększenie wartości exhaustiveness, aby to nadrobić. Doprowadzi to do dłuższego czasu pracy.

konformacja wiązana wygląda rozsądnie, z wyjątkiem wodorów. Dlaczego?

AutoDock Vina w rzeczywistości używa funkcji punktacji united-atom, tj. takiej, która obejmuje tylko ciężkie Atomy.Dlatego pozycje wodoru na wyjściu są dowolne.Wodory w pliku wejściowym są używane do decydowania, które atomy mogą być donorami lub akceptorami wiązań wodorowych, więc prawidłowa protonacja struktur wejściowych jest nadal ważna.

co tak naprawdę kontroluje „wyczerpanie” pod maską?

w obecnej implementacji obliczenia dokowania składają się z kilku niezależnych przebiegów, począwszy od przypadkowych konformacji.Każdy z tych biegów składa się z kilku sekwencyjnych kroków. Każdy krok wiąże się z przypadkową perturbacją konformacji wynikającą z lokalnej optymalizacji (przy użyciu algorytmu Broydena-Fletchera-Goldfarba-Shanno) i selekcji, w której krok jest akceptowany lub nie. Każda optymalizacja lokalna obejmuje wiele ewaluacji funkcji punktowej, a także jej pochodnych we współrzędnych pozycja-orientacja-torsy.Liczba ocen w optymalizacji lokalnej jest kierowana przez konwergencję i inne kryteria.Liczba kroków w biegu jest określana heurystycznie, w zależności od wielkości i elastyczności ligandu i elastycznych łańcuchów bocznych. Jednak ilość uruchomień jest ustawiana przezexhaustiveness parametr. Ponieważ poszczególne biegi są wykonywane równolegle, w stosownych przypadkach exhaustiveness również ogranicza równoległość.W przeciwieństwie do AutoDock 4, w AutoDock Vina, każdy bieg może dać kilka wyników: obiecujące wyniki pośrednie są pamiętane.Są one scalane, udoskonalane, grupowane i sortowane automatycznie, aby uzyskać końcowy wynik.

Dlaczego nie dostaję poprawnej konformacji?

może to być dowolna z wielu rzeczy:

• jeśli pochodzisz z AutoDock 4, bardzo częstym błędem jest podanie przestrzeni wyszukiwania w „punktach” (0.375 Angstrom), zamiast Angstromów.
• Twój ligand lub receptor mógł nie być prawidłowo protonowany.
• Pech (algorytm wyszukiwania mógł znaleźć poprawną konformację z dużym prawdopodobieństwem, ale miał po prostu pecha). Spróbuj ponownie z innym nasionem.
• minimum funkcji punktowej odpowiada poprawnej konformacji, ale algorytm wyszukiwania ma problem ze znalezieniem jej. W takim przypadku powinna pomóc większa wyczerpalność lub mniejsza przestrzeń wyszukiwania.
• minimum funkcji punktowej po prostu nie jest tam, gdzie jest poprawna konformacja. Wielokrotne próby nie pomogą, ale czasami mogą dać właściwą odpowiedź, jeśli dwa błędy (niedokładne wyszukiwanie i punktacja) sprawią, że dobrze. Dokowanie jest przybliżonym podejściem.
• w związku z powyższym winowajcą może być również jakość struktury receptora RTG lub NMR.
• Jeśli nie robisz redockingu, tzn. używasz prawidłowego indukowanego kształtu receptora, być może indukowane efekty dopasowania są wystarczająco duże, aby wpłynąć na wynik eksperymentu dokowania.
• pierścienie mogą być sztywne tylko podczas dokowania. Być może mają złą budowę, wpływając na wynik.
• używasz ligandu 2D (płaskiego) jako wejścia.
• rzeczywista konformacja ligandu może czasami różnić się od tego, co pokazuje struktura rentgenowska lub NMR.
• inne problemy

Jak mogę poprawić funkcję punktacji?

możesz łatwo zmienić wagi, określając je w pliku konfiguracyjnym lub w wierszu poleceń. Na przykład

vina --weight_hydrogen -1.2 ...

podwaja siłę wszystkich wiązań wodorowych.

funkcjonalność,która pozwoliłaby użytkownikom na tworzenie nowych typów atomu i pseudo-atomu oraz określanie własnych funkcji interakcji jest planowana na przyszłość .

powinno to ułatwić dostosowanie funkcji punktacji do konkretnych celów, modelowanie kowalencyjnego dokowania i elastyczności makro-cyklu, eksperymentowanie z nowymi funkcjami punktacji i, przy użyciu pseudo-atomów, tworzenie kierunkowych modeli interakcji.

bądź na bieżąco z listą mailingową AutoDock, jeśli chcesz być powiadamiany o wszelkich wydaniach beta-testów.

Dlaczego nie mogę uzyskać tyle trybów wiązania, ile podałem za pomocą „--num_modes„?

Ta opcja określa maksymalną liczbę trybów wiązania do wyjścia. Algorytm dokowania może wewnętrznie znaleźć mniej „interesujących” trybów wiązania.Liczba trybów wiązania na wyjściu jest również ograniczona przez „energy_range„, które można zwiększyć.

Dlaczego wyniki się nie zmieniają, gdy zmieniam częściowe opłaty?

AutoDock Vina ignoruje dostarczone przez użytkownika częściowe opłaty. Ma swój własny sposób radzenia sobie z oddziaływaniami elektrostatycznymi poprzez Warunki wiązania hydrofobowego i wodorowego. Zobacz oryginalną publikację, aby uzyskać szczegółowe informacje na temat funkcji punktacji.

coś zmieniłem i teraz wyniki dokowania są inne. Dlaczego?

Po pierwsze, gdybyś nic nie zmienił, niektóre wyniki i tak mogłyby być inne, ze względu na niedeterministyczny charakter algorytmu wyszukiwania.Dokładną odtwarzalność można zapewnić poprzez podanie tej samej liczby losowej seed do obu obliczeń, ale tylko wtedy, gdy wszystkie pozostałe dane wejściowe i parametry są takie same. Nawet drobne zmiany w danych wejściowych mogą mieć efekt podobny do nowego losowego Seeda.Sensowne są właściwości statystyczne obliczeń:np. „przy nowym stanie protonacji Vina jest znacznie mniej prawdopodobne, aby znaleźć poprawną konformację”.

Jak używać elastycznych łańcuchów bocznych?

receptor dzieli się na dwie części: sztywną i elastyczną, przy czym ta ostatnia jest nieco podobna do ligandu. Zobacz sekcję „elastyczne pliki Receptor PDBQT” z podręcznika użytkownika AutoDock4.2 (Strona 14), aby dowiedzieć się, jak to zrobić w narzędziach Autodock4.2.Następnie możesz wydać polecenie: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Zobacz również ten zapis na ten temat.

Jak zrobić wirtualny pokaz?

proszę zapoznać się z odpowiednią sekcją podręcznika.

należy pamiętać, że istnieje wiele aplikacji do zarządzania dokowaniem, które pomogą Ci w tym zadaniu.

nie mam wystarczających zasobów obliczeniowych do uruchomienia wirtualnego ekranu. Jakie mam opcje?

możesz uruchomić swój projekt na World Community Grid lub użyć DrugDiscovery@TACC. Zobacz Inne Oprogramowanie.

mam pomysły na nowe funkcje i inne sugestie.

co do proponowanych nowych funkcji,chcemy,aby istniał szeroki konsensus,wynikający z publicznej dyskusji, co do ich konieczności.Rozważ rozpoczęcie lub dołączenie do dyskusji na liście dyskusyjnej AutoDock.

czy odpowiesz na moje pytania dotyczące Viny, jeśli napiszę lub zadzwonię?

nie Vina jest wspierana przez społeczność. Autorzy nie mają obowiązku pomagać innym w realizacji swoich projektów.Zobacz tę stronę, aby uzyskać pomoc.

uwagi dotyczące platformy i instalacja

Windows

kompatybilność

Vina ma działać na systemach Windows XP i nowszych.

instalacja

kliknij dwukrotnie pobrany plik MSI i postępuj zgodnie z instrukcjami

uruchomienie

Otwórz wiersz polecenia i, jeśli zainstalowałeś Vina w domyślnej lokalizacji, wpisz

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --help

jeśli używasz Cygwina, powyższe polecenie byłoby

/cygdrive/C/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help

zobacz samouczek wideo po szczegóły.Nie zapomnij sprawdzić innego oprogramowania dla GUI, itp.

Linux

kompatybilność

Vina ma działać na x86 i kompatybilnych 64-bitowych systemach Linux.

instalacja

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz

opcjonalnie możesz skopiować pliki binarne tam, gdzie chcesz.

działa

./ autodock_vina_1_1_2_linux_x86/bin/Vina --help

Jeśli plik wykonywalny znajduje się w TwoimPATH, możesz zamiast tego wpisać „vina --help„.Szczegóły znajdziesz w samouczku wideo.Nie zapomnij sprawdzić innego oprogramowania dla GUI, itp.

Mac

kompatybilność

oczekuje się, że wersja 64-bitowa będzie działać na Mac OS X 10.15 (Catalina) i nowszych.Oczekuje się, że 32-bitowa wersja Vina będzie działać na Mac OS X od 10.4 (Tiger) do 10.14 (Mojave).

Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.

Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in yourPATH, you can just type „vina --help” instead.Szczegóły znajdziesz w samouczku wideo.Nie zapomnij sprawdzić innego oprogramowania dla GUI, itp.

budowanie ze źródła

Uwaga: Budowa Vina ze źródła nie jest przeznaczona dla zwykłych Użytkowników!(te instrukcje mogą być nieaktualne)

Krok 1: Zainstaluj pakiet kompilatorów c++

w systemie Windows możesz zainstalować Visual Studio; w systemach OS X, Xcode; i Linux, pakiet kompilatorów GCC.

Krok 2: Zainstaluj Boost

zainstaluj Boost.(Wersja 1.41.0 została użyta do kompilacji oficjalnych plików binarnych. W przypadku innych wersji szczęście może się różnić) następnie zbuduj i uruchom jeden z przykładowych programów, takich jak Przykład Regex, aby potwierdzić, że wykonałeś ten krok. Jeśli nie możesz tego zrobić, zwróć się o pomoc do społeczności Boost.

Krok 3: Zbuduj Vina

jeśli używasz Visual Studio, możesz utworzyć trzy projekty:libmainIsplit, z kodem źródłowym z odpowiednich podkatalogów.libmusi być biblioteką, od której zależą inne projekty, amainIsplitmuszą być aplikacjami. Aby uzyskać optymalną wydajność, pamiętaj o kompilacji w trybieRelease.

w systemach OS X i Linux możesz przejść do odpowiedniego podkatalogu build, dostosuj Makefile, ustawiając ścieżki i wersję Boost, a następnie wpisz

div>make DEPENDMAKE

inne oprogramowanie

Zastrzeżenie: Ta lista służy wyłącznie celom informacyjnym i nie stanowi poparcia.

• narzędzia zaprojektowane specjalnie do użytku z AutoDock Vina (bez konkretnej kolejności):
  • MGLTools, który zawiera narzędzia AutoDock (ADT) i Python Molecular Viewer (PMV). ADT jest wymagany do generowania plików wejściowych dla AutoDock Vina, a PMV może być używany do przeglądania wyników
  • PyRx może być używany do konfigurowania dokowania i wirtualnego przesiewania za pomocą AutoDock Vina i wyświetlania wyników
  • nowa wtyczka Autodock/Vina dla PyMOL może być używana do konfigurowania dokowania i wirtualnego przesiewania za pomocą AutoDock Vina i wyświetlania wyników
  • platforma do projektowania leków wspomaganych komputerowo za pomocą PyMOL to kolejna Wtyczka Dla PyMOL, która również integruje bursztyn, reduce i Slide.
  • AutoGrow wykorzystuje AutoDock Vina w swojej racjonalnej procedurze projektowania leków
  • NNScore ponownie oceni wyniki Vina za pomocą sztucznej sieci neuronowej wyszkolonej na wiązaniu MOAD i PDBBind
  • warstwa GUI Vina Dla Windows firmy Biochem Lab Solutions może być wykorzystana do ułatwienia Wirtualnego przesiewania za pomocą AutoDock Vina
  • VSDK może być użyty do ułatwienia Wirtualnego przesiewania za pomocą AutoDock Vina
  • PaDEL-Adv może być używane w celu ułatwienia wirtualnego przesiewania za pomocą Autodock Vina
  • drugdiscovery@TACC pozwala na wirtualne przesiewanie za pomocą autodock Vina za pośrednictwem ich strony internetowej
  • NBCR CADD Pipeline zapewnia dostęp do Wirtualnego przesiewania za pomocą AutoDock Vina na komputerach NBCR
  • MOLA jest rozruchowym, samkonfigurującym się systemem do Wirtualnego przesiewania za pomocą AutoDock4/Vina na klastrach komputerowych
  • SMINA jest modyfikacją Vina, która łączy się z OpenBabel dla I/O i obsługuje dodatkowe poprawki funkcji punktacji
  • off-Target Pipeline jest platformą przeznaczoną do przeprowadzania wtórnej identyfikacji i dokowania celów
  • AUDocker może służy do ułatwienia Wirtualnego przesiewania za pomocą Autodock Vina
  • World Community Grid może być używany przez wykwalifikowanych projekty uruchomienia obliczeń AutoDock Vina za darmo w ogromnie równoległej sieci komputerów, gdzie wolontariusze oddają swój czas bezczynności procesora.
  • DockoMatic jest graficznym interfejsem użytkownika przeznaczonym do ułatwienia Wirtualnego przeglądania za pomocą AutoDock i AutoDock Vina.
  • VinaLC jest modyfikacją Vina przez Lawrence Livermore National Laboratory, która wykorzystuje MPI na klastrach komputerowych
• Inne narzędzia, które mogą okazać się przydatne podczas dokowania lub wirtualnego przesiewania za pomocą AutoDock Vina:
  • PyMOL jest jednym z najpopularniejszych programów do wizualizacji molekularnej i może być używany do przeglądania wyników dokowania
  • OpenBabel może być używany do konwersji między różnymi formatami plików strukturalnych, przypisywania Stanów protonacji itp.
  • ChemAxon może być używany do wizualizacji struktur, konwersji między różnymi formatami plików strukturalnych, przypisywania Stanów protonacji itp.

użycie

podsumowanie

podsumowanie użycia można uzyskać za pomocą „vina --help

wejście: --receptor ARG sztywna część receptora (PDBQT) --flex ARG elastyczne łańcuchy boczne, jeśli występują (PDBQT) --ligand arg ligand (PDBQT)przestrzeń wyszukiwania (wymagane): --center_x ARG x współrzędna środka --center_y współrzędna y środka --center_z współrzędna arg z współrzędna środka --size_x rozmiar arg w wymiarze X (Angstromy) --size_y rozmiar arg w wymiarze Y (Angstromy) --size_z rozmiar ARG w wymiarze z (ANGSTROMS)wyjście (opcjonalne): --out ARG output models (PDBQT), domyślne wybierane na podstawie nazwy pliku ligand --log ARG opcjonalnie zapisuje log filemisc (opcjonalne): --cpu arg liczba procesorów do użycia (domyślnie jest próba wykrycia liczby procesorów lub, jeśli to nie nastąpi, użycie 1) --seed ARG explicit random seed --exhaustivity arg (=8) exhaustivity of the global search (mniej więcej proporcjonalna do czasu): 1+ --num_modes arg (=9) Maksymalna liczba trybów wiązania do wygenerowania --energy_range arg (=3) Maksymalna różnica energii pomiędzy najlepszym i najgorszym wyświetlanym trybem wiązania (kcal/mol)plik konfiguracyjny (opcjonalny): --config arg powyższe opcje mogą być być umieszczone powyżej (opcjonalnie): -- help display usage summary -- help_advanced display usage summary with advanced options -- version display program version 

Configuration file

dla wygody, niektóre opcje linii poleceń mogą być umieszczone w pliku konfiguracyjnym.

na przykład:

 pdbqtligand = ligand.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = - 7size_x = 25size_y=25size_z = 25energy_range = 4

w przypadku konfliktu opcja wiersza poleceń ma pierwszeństwo przed plikiem konfiguracyjnym.

przestrzeń wyszukiwania

przestrzeń wyszukiwania skutecznie ogranicza, gdzie powinny leżeć ruchome Atomy, w tym te w elastycznych łańcuchach bocznych.

Wyczerpalność

przy domyślnym (lub dowolnym) ustawieniuexhaustivenessczas spędzony na wyszukiwaniu jest już zróżnicowany heurystycznie w zależności od liczby atomów, elastyczności itp. Zwykle nie ma sensu spędzać dodatkowego czasu na szukaniu, aby zmniejszyć prawdopodobieństwo Nie znalezienia globalnego minimum funkcji punktowej poza to, co jest znacznie niższe niż prawdopodobieństwo, że minimum jest dalekie od rodzimej konformacji.Jeśli jednak uważasz, że automatyczny kompromis między wyczerpaniem a czasem jest niewystarczający, możesz zwiększyć poziomexhaustiveness. Powinno to wydłużyć czas liniowo i zmniejszyć prawdopodobieństwo Nie znalezienia minimum wykładniczo.

wyjście

Energia

przewidywane powinowactwo wiązania znajduje się wkcal/mol.

rmsd

wartości RMSD są obliczane względem najlepszego trybu i wykorzystują tylko ruchome ciężkie Atomy. Dostępne są dwa warianty metryk RMSD,rmsd/lb(dolna granica RMSD) irmsd/ub(górna granica rmsd), różniące się sposobem dopasowania atomów w obliczeniach odległości:

• rmsd/ub dopasowuje każdy atom w jednej konformacji do siebie w drugiej konformacji, ignorując dowolną symetrię
• rmsd' dopasowuje każdy atom w jednej konformacji do najbliższego atomu tego samego typu elementu w drugiej konformacji (rmsd' nie można użyć
• rmsd/lb jest zdefiniowany w następujący sposób:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1))

pozycje wodoru

Vina używa funkcji punktacji United-ATOM. Podobnie jak w Autodocku, polarne wodory są potrzebne w strukturach wejściowych, aby prawidłowo typować ciężkie Atomy jako donory wiązania wodorowego. Jednak w Vina degenerują się stopnie swobody poruszające tylko wodory, takie jak torsy grupy hydroksylowej. Dlatego na wyjściu można oczekiwać, że niektóre atomy wodoru będą rozmieszczone losowo (ale zgodne ze strukturą kowalencyjną). W przypadku leczenia united-atom jest to zasadniczo kwestia kosmetyczna.

oddzielne Modele

wszystkie przewidywane tryby wiązania, w tym pozycje elastycznych łańcuchów bocznych, są umieszczane w jednym wielomodelowym pliku PDBQT określonym parametrem „out” lub wybranym domyślnie, na podstawie nazwy pliku ligand. W razie potrzeby plik ten można podzielić na poszczególne modele za pomocą osobnego programu o nazwie „vina_split”, zawartego w dystrybucji.

Opcje zaawansowane

„Opcje zaawansowane” AutoDock Vina są przeznaczone przede wszystkim dla osób zainteresowanych rozwojem metod, a nie Użytkowników końcowych. Podsumowanie użycia wraz z opcjami zaawansowanymi można wyświetlić za pomocą

vina --help_advanced

Opcje zaawansowane umożliwiają

• punktowanie bez minimalizacji
• wykonywanie tylko lokalnej optymalizacji
• losowanie danych wejściowych bez Wyszukiwania (jest to przydatne do testowania oprogramowania dokującego)
• zmiana wag z ich domyślnych wartości (zobacz papier, co znaczą wagi)
• wyświetlanie poszczególnych wkładów do wyniku międzymolekularnego przed ważeniem (są one wyświetlane za pomocą przycisku „--score_only„; zobacz, jakie są warunki w artykule)

Virtual Screening

możesz wybrać niektóre z narzędzi wymienionych w innym oprogramowaniu, aby przeprowadzić wirtualny screening. Alternatywnie, jeśli znasz skrypty powłoki, możesz zrobić wirtualne przesiewanie bez nich.

poniższe przykłady zakładają, że Bash jest twoją powłoką. Będą one musiały być dostosowane do konkretnych potrzeb.

Windows

aby przeprowadzić wirtualne przesiewanie w systemie Windows, możesz użyć Cygwina i poniższych skryptów Bash lub, alternatywnie, dostosować je do języka skryptowego Windows.

Linux, Mac

Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.

You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Skrypt zakłada, żevinaznajduje się w TwoimPATH.W przeciwnym razie odpowiednio go zmodyfikuj.

Klaster PBS

Jeśli masz linuksowy klaster Beowulf, możesz wykonywać poszczególne dokowania równolegle.

kontynuując nasz przykład, zamiast wykonywać wszystkie dokowania w lokalnej pętli,napiszemy jeden*.jobskrypt na ligand i użyjemyqsub (polecenie PBS), aby zaplanować wykonywanie tych skryptów przez klaster.

Uruchom ten skrypt powłoki, aby to zrobić.Skrypt zakłada, że vina I qsub znajdują się w Twoim PATH.W przeciwnym razie odpowiednio go zmodyfikuj.

po zaplanowaniu zadań możesz monitorować ich status za pomocą

qstat-u `whoami`

wybierając najlepsze wyniki

Jeśli korzystasz z systemu Unix i w katalogu zawierającym katalogi z plikami pdbqt, z których wszystkie są wynikami autodock Vina, ten skrypt Pythona może okazać się przydatny do wybierania najlepszych wyników. Uruchom go jako:

vina_screen_get_top.py 10

aby uzyskać nazwy plików 10 najlepszych trafień, które można łatwo skopiować.

Historia

krótkie podsumowanie zmian pomiędzy wersjami można znaleźć tutaj.

cytat

jeśli używałeś AutoDock Vina w swojej pracy, proszę zacytować:

O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461

Getting Help

zobacz tę stronęjeśli masz pytania dotyczące AutoDock Vina.

zgłaszanie błędów

potencjalne zgłoszenia błędów są bardzo mile widziane, nawet jeśli nie masz pewności, że są to błędy.Prosimy jednak nie dołączać próśb o pomoc do zgłoszenia błędu.Zobacz tę stronęinsead.

prawdopodobne błędy:

• wczesne zakończenie
• brak zakończenia
• zmiany długości kowalencyjnych lub kątów niezmiennych na wyjściu
• „oczywiście błędne” starcia (sprawdź jednak „przestrzeń wyszukiwania”)
• niezgodność z dokumentacją

prawdopodobnie nie błędy:

• wszystko, co dzieje się przed uruchomieniem Vina lub po jego zakończeniu
• sporadyczne nieporozumienia z eksperymentem
• odmowa otwarcia pliku, który nie istnieje (np. spróbuj ls conf.txt, aby sprawdzić, czy plik naprawdę istnieje)

raportowanie

możesz wysłać swoje raporty na listę mailingową AutoDock. Pamiętaj, aby podać opisowy wiersz „temat” i wszystkie informacje potrzebne do odtworzenia problemu, który widzisz.