w 2001 roku Flowers wróciła do Alabamy, gdzie skoncentrowała się na rozwoju gospodarczym w ramach Komisji Hrabstwa Lowndes. Populacja Hrabstwa Lowndes wynosi trzy czwarte ludności czarnej. Do 2002 r. zidentyfikowała kilka wad lokalnych urządzeń sanitarnych; w tym osoby aresztowane za nie płacenie za instalacje septyczne na miejscu oraz osoby, które płaciły za urządzenia sanitarne na miejscu, które nie otrzymały odpowiednich przepisów. Flowers był zaskoczony, że rząd atakuje najbiedniejszych członków społeczeństwa, a nie znacznie bogatszych firm. To doświadczenie zmotywowało ją do skupienia się na sprawiedliwości środowiskowej i klimacie. Otrzymała federalną zgodę Agencji Ochrony Środowiska Stanów Zjednoczonych (EPA) na opracowanie planu rozwiązania problemu ścieków surowych w hrabstwie Lowndes.
w 2011 roku Flowers współpracowała ze specjalnym sprawozdawcą ONZ, aby lepiej zrozumieć ubóstwo i jego wpływ na infrastrukturę w hrabstwie Lowndes w Alabamie. Od 2015 roku zajmuje stanowisko Senior Fellow w Center for Earth Ethics. Rok 2017 spędziła jako praktykantka w Franklin Humanities Institute na Duke University. W 2019 założyła Centrum Przedsiębiorczości Wiejskiej i Sprawiedliwości środowiskowej.
Flowers i Columbia Law School Human Rights Institute zbadali, w jaki sposób nierówności strukturalne wpływają na dostęp do kanalizacji i czystej wody. Stwierdziła, że zmarginalizowane, dotknięte ubóstwem społeczności wiejskie są bardziej narażone na zanieczyszczoną wodę i złe warunki sanitarne. Razem pozwalają one na rozprzestrzenianie się infekcji pasożytniczych jelit, w tym tęgoryjca. W 2019 roku JoAnn Kamuf Ward i Flowers opublikowali, spłukani i zapomniani: Kanalizacja i ścieki w społecznościach wiejskich w Stanach Zjednoczonych, w których Flowers napisał: „w hrabstwie Lowndes w Alabamie i wielu okolicznych obszarach brak podstawowych udogodnień, które wielu Amerykanów uważa za oczywiste, jest sposobem na życie”. Sprawozdanie zawiera szereg zaleceń, w tym podjęcie kroków w celu poprawy rozliczalności, zapewnienie udziału dotkniętych społeczności w podejmowaniu decyzji oraz zapewnienie dostępu do odpowiednich warunków sanitarnych na zasadzie równości.
w 2019 roku przedstawiła Kongresowi Stanów Zjednoczonych ekspertyzy, w których wezwała rząd do zajęcia się chorobami związanymi z ubóstwem w Stanach Zjednoczonych. Została powołana do Joe Biden Task Force on Climate Change, której współprzewodniczącą jest Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers jest jedynym czarnym członkiem grupy zadaniowej.