klub został założony przez studentów z Mittweidy jako Chemnitzer SC Britannia 2 grudnia 1899 roku.
28 stycznia 1900 roku Chemnitzer SC Britannia został członkiem-założycielem Niemieckiego Związku Piłki Nożnej (DFB) w Lipsku. W kwietniu tego samego roku klub zmienił nazwę na Chemnitzer BC 1899.
8 sierpnia 1903 roku klub stał się członkiem-założycielem Verband Chemnitzer Fußball-Vereine (VCFV). Ta lokalna federacja została włączona dwa lata później do Verband Mitteldeutscher Fußball-Vereine (VMBV), Wielkiej regionalnej Federacji Niemiec środkowych.
do 1933 Chemnitzer BC było silną stroną ligi VMBV. Piętnastokrotnie brali udział w finałowej rundzie WMBV, docierając do finału raz w 1927 roku. Pomimo porażki 0-4 z VfB Leipzig, Chemnitz zakwalifikowało się do mistrzostw Niemiec w piłce nożnej 1927 jako wicemistrz, gdzie przegrało w pierwszej rundzie z ewentualnymi mistrzami 1. FC Nürnberg, 1-5.
w 1933 roku Chemnitzer BC 1899 popadł w kłopoty finansowe. Pomimo fuzji z lokalnym rywalem SC Sachsen 1909 Chemnitz nie udało się uniknąć bankructwa i likwidacji. Klub został wówczas natychmiast reaktywowany pod nazwą Chemnitzer BC 1933, która przyjęła historię starego klubu. Do końca II Wojny Światowej wchodziła w skład Gauligi Saksonii.
FC Karl-Marx-StadtEdit
w następstwie konfliktu większość organizacji w Niemczech, w tym kluby sportowe i piłkarskie, zostały rozwiązane przez alianckie władze okupacyjne. Klub został ponownie założony w 1945 roku jako SG Chemnitz Nord, jak to było powszechne w wschodnioniemieckim futbolu w tym czasie, przechodząc szereg zmian nazwy, z BSG Fewa Chemnitz w 1948 roku do BSG Chemie Chemnitz w 1951 roku. Po zmianie nazwy miasta Chemnitz na Karl-Marx-Stadt w 1953 roku klub przyjął również nową nazwę miasta. W 1956 roku klub został przyłączony do większego SC Motor Karl-Marx-Stadt, który w 1963 roku zmienił nazwę NA SC Karl-Marx-Stadt. W 1966 roku Wydział piłkarski został ponownie oddzielony od klubu sportowego jako FC Karl-Marx-Stadt, w ramach rządowego planu utworzenia wielu klubów piłkarskich jako ośrodków w całym kraju, mających na celu identyfikację i rozwój talentów wspierających silną stronę narodową. Kiedy w 1991 roku miasto odzyskało swoją pierwotną nazwę, zespół zmienił nazwę na Chemnitzer FC.
Po dołączeniu do DDR-Oberligi w sezonie 1962-63 klub na ogół uzyskiwał nieciekawe wyniki, najczęściej kończąc w niższej połowie ligowej tabeli. Pod koniec sezonu 1966/1967 udało im się zdobyć zaskakujące mistrzostwo Niemiec Wschodnich, a w 1969, 1983 i 1989 zdobyli drugie miejsce w Pucharze Niemiec Wschodnich (FDGB Cup). W sezonie 1989/1989 klub osiągnął najlepszy wynik na arenie międzynarodowej, awansując w dwóch rundach wstępnych do 16 rundy Pucharu UEFA, po czym został znokautowany przeciwko Juventusowi. W tym samym sezonie zespół zajął drugie miejsce w Mistrzostwach NRD, zajmując drugie miejsce za Dynamem Drezno.
po zjednoczeniu Niemiec w 1990 roku Chemnitzer FC zakwalifikował się do 2. Bundeslidze na koniec sezonu 1990/1991 NOFV-Oberliga. Od sezonu 1991/1992 Chemnitz spędził pięć lat w drugiej lidze niemieckiej, aż w 1996 roku został relegowany do trzeciej ligi Regionalligi, a także awansował do półfinału DFB-Pokal w sezonie 1992/1993. Od tego czasu znaczenie klubu zmalało. Kolejne cztery lata były równomiernie podzielone między Regionalligę a 2. Bundeslidze, po czym w 2001 roku spadł z powrotem do Regionalligi (III), a w 2006 roku do NOFV-Oberligi Süd (IV). Jednak w ostatnich latach klub powoli awansował do niemieckiego systemu ligowego, awansując w 2008 roku do czwartoligowej Regionalligi i 3. Liga w 2011 roku. W 2018 roku klub spadł do czwartej ligi.
klub był w centrum kontrowersji po tym, jak Klub, niektórzy jego gracze i fani oddali hołd Thomasowi Hallerowi, wybitnemu działaczowi skrajnej prawicy przed rozpoczęciem meczu przeciwko VSG Altglienicke w domu 9 marca 2019. Haller, który zapewnił bezpieczeństwo klubowi i współtworzył HooNaRa (chuligani-naziści-rasiści) w latach 90., otrzymał minutę ciszy, a na dużym ekranie na stadionie Wyświetlono zdjęcie Hallera. Napastnik Chemnitzer FC Daniel Frahn podniósł koszulkę honorującą Hallera i innych „lokalnych chuliganów”. Prezes klubu Thomas Uhlig podał się do dymisji w wyniku kontrowersji, a Sparkasse Chemnitz oświadczyła, że po zakończeniu tego sezonu nie będzie już sponsorować klubu.
w sierpniu 2019 roku Klub zwolnił swojego kapitana, Daniela Frahna, po tym, jak został oskarżony o „otwarcie okazywanie” sympatii dla grup neonazistowskich wśród zwolenników klubu.