Daniel Jefferson Harris (Alias Dirty Dan) przybył do Bellingham Bay area w 1853 r. lub 1854, i zaprzyjaźnił się z Johnem Thomasem, który złożył roszczenie o ziemię wzdłuż Padden Creek. Pomógł Thomasowi założyć tam chatę, ale Thomas zmarł przed ukończeniem chaty. Dan zakończył roszczenie o ziemię, a opatentowany został wydany w 1871 roku. Nabył również kilka okolicznych posiadłości i nazwał ten obszar Fairhaven, od rodzimej nazwy see-see-lich-em, co oznacza bezpieczny port lub fair haven (prawdopodobnie również od miasta w Maine, które mogło lub nie było jego miejscem urodzenia). W 1883 r. zajął miasto i rozpoczął sprzedaż działek. W miarę jak jego fortuna poprawiała się, jego wygląd i reputacja pozwoliły mu się ożenić w 1885 roku. W 1888 sprzedał większość swojej posiadłości w Fairhaven Nelsonowi Bennettowi i wyjechał do Kalifornii. Nelson Bennett, wraz z Charlesem Larrabee, który przybył w 1890 roku, założył Fairhaven Land Company, w większości finansowaną przez Larrabee, zdecydowaną wyhodować Fairhaven w duże miasto. Promowali oni ziemię bogatą w zasoby naturalne, dobrą pogodę i nieskończone możliwości, co spowodowało wzrost liczby ludności z około 150 w 1889 do 8000 pod koniec 1890. Część tego wzrostu była spowodowana zakupem przez Fairhaven Land Company maleńkiej osady o nazwie Bellingham, położonej między Sehome i Fairhaven, która miała pocztę począwszy od 1883 roku.
Fairhaven, podobnie jak wiele innych nadmorskich miast Waszyngtonu, rywalizowało z innymi miastami Waszyngtonu o pozycję miasta końcowego Great Northern Railroad, ale ten tytuł ostatecznie spadł na Seattle. W tym okresie konkurencyjności, który trwał od końca 1870 roku do połowy 1880 roku, Fairhaven przyjął swój kultowy XIX-wieczny styl i nabrał estetycznego odwołania do architektury i designu. Nawet po tym, jak zdecydowano, że Seattle będzie siedzibą Great Northern Railroad terminal, populacja i estetycznie nastawiona Budowa nadal rozwijały się aż do końca 1890 roku. Fairhaven zostało oficjalnie włączone 13 maja 1890 roku.
podczas spekulacyjnego szału 1890 roku, grand Fairhaven Hotel został zbudowany, aby przyciągnąć potentatów kolejowych, aby wybrać Fairhaven jako west coast terminus kolei transkontynentalnych. Kolej nigdy nie nadeszła, ale imponująca pozostałość starego hotelu stała aż do pożaru i rozbiórki w 1953 roku.
27 października 1903 roku mieszkańcy Fairhaven i mieszkańcy sąsiedniego miasta nad Zatoką Bellingham, Whatcom City, przegłosowali połączenie w jedno miasto o nazwie Bellingham. 28 grudnia 1903 roku oficjalnie utworzono nowe Miasto Bellingham.
w 1903 roku Fairhaven otrzymał dotację na budowę pierwszej w okolicy biblioteki Carnegie na 12th Street. Biblioteka nadal działa jako filia Bellingham Public Library system.
Fairhaven jest również znane ze swoich historycznych powiązań z konserwowaniem łososia, a od końca XIX wieku do lat 40.XX wieku było domem dla wielu operacji konserwowania łososia, zatrudniających aż 4500 pracowników w okolicy. W latach czterdziestych XX wieku w Fairhaven miała swoją siedzibę główna siedziba Rybołówstwa Pacyfiku i była znana jako największa na świecie operacja puszkowania łososia.