Fujiwara była pierwszą stolicą Japonii zbudowaną na wzór siatki na chińskim modelu (条坊制 jōbō-sei); ostatnie badania wykazały, że miasto zajmowało obszar około 5 km, znacznie większy niż wcześniej sądzono. Pałac zajmował działkę o powierzchni około 1 km2 i był otoczony murami o wysokości około 5 m. Każda z czterech ścian miała trzy bramy; Główna Brama Suzakumon stała pośrodku południowej ściany. Daigokuden( 大極殿) i inne budynki Pałacowe były pierwszymi budowlami pałacowymi w Japonii, które miały dachówkę w stylu chińskim.
obszar ten był wcześniej domeną klanu Nakatomi, który nadzorował obserwację rytuałów i ceremonii Shintō w imieniu Dworu Cesarskiego. Miasto spłonęło w 711 roku, rok po przeniesieniu się do Nary i nie zostało odbudowane. Wykopaliska archeologiczne rozpoczęły się w 1934 roku, a niektóre fragmenty pałacu zostały zrekonstruowane. Znaleziono blisko 10 000 drewnianych tablic, znanych jako mokkan, z wpisanymi chińskimi znakami.
Ten waka, napisany przez cesarzową Jitō i opisujący Fujiwarę latem, jest częścią słynnej antologii wierszy Hyakunin Isshu:
яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.яп.Yap na niebiańskiej górze Kagu.
stolica została przeniesiona z Fujiwara-kyo z powodu ekstremalnego smrodu wywołanego przez otwarty system kanalizacyjny. Ściek był zatkany odchodami i innymi ludzkimi odpadami, co powodowało jego odkładanie się i nie przemywanie do rzeki. Smród urósł tak mocno, że ludzie zaczęli narzekać na smród pałacu. Ostatecznie stolica została przeniesiona do Nary z powodu okropnego zapachu.