With one click, MAXIMIZE the chance to obtain functional proteins
Try it Now
Patent Number: WO2020024917A1
jako wiodący dostawca syntetycznego DNA, GenScript jest poświęcony wykorzystaniu najnowszych osiągnięć do aktualizacji istniejących algorytmów poprawy ekspresji genów. Naszym najnowszym opracowaniem jest GenSmart ™ codon Optimization; bezpłatne, przyjazne dla użytkownika narzędzie online, które umożliwia optymalizację projektowania sekwencji genów typu dzikiego lub rekombinowanych w kierunku wyższej ekspresji w systemach prokariotycznych i ssaczych.
Gensmart™ Codon Optimization wykorzystuje nowo zaprojektowany algorytm oparty na „Populacyjnym algorytmie immunologicznym”, który wykorzystuje zarówno genetykę populacyjną, jak i teorie immunologiczne. W tym podejściu ponad 200 czynników zaangażowanych w ekspresję genów, w tym zawartość GC, użycie kodonu i indeks zawartości, miejsca splicingu RNazy i motywy destabilizujące mRNA działające na zasadzie cis są przesiewane i zatwierdzane. Zamiast stosowania symulacji jednoskładnikowej do obliczeń, stosuje się podejście wieloczynnikowe, aby zapewnić, że wszystkie kluczowe czynniki w określonej sekwencji genów docelowych będą miały ciężar. W rezultacie każda optymalizacja genów jest w pełni dostosowana, aby zmaksymalizować szansę uzyskania Funkcjonalnego i aktywnego białka.
w porównaniu z podobnymi narzędziami, Optymalizacja kodonów GenSmart™ jest bardziej dostępna i przyjazna dla użytkownika. Wszystkie parametry są zintegrowane z algorytmem i nie wymagają od Ciebie wprowadzania danych. Wszystko, co jest wymagane, to sekwencja i pożądany organizm gospodarza; resztą zajmuje się narzędzie optymalizacyjne. Ponadto zoptymalizowane sekwencje można łatwo zamówić za pośrednictwem systemu natychmiastowej wyceny GenSmart™ lub zarchiwizować do wykorzystania w przyszłości.
Upgrade! Optymalizacja kodonu GenSmart™ została zastosowana do 50 organizmów gospodarzy, w tym cho, ludzi, E. coli, komórek T, drożdży, owadów, Arabidopsis, kukurydzy, ryżu, soi, muszek owocowych itp.!
dlaczego Optymalizacja kodonów GenSmart™
- dostępność: bezpłatne narzędzie online; Wystarczy jedno kliknięcie, aby uzyskać optymalną sekwencję
- kompleksowa analiza czynników: ponad 200 sprawdzonych i zweryfikowanych czynników
- zaawansowane przetwarzanie: opatentowany algorytm immunologiczny populacji zapewniający najlepszą wydajność
- indywidualna analiza sekwencji: Wysoce spersonalizowane obliczenia, aby uniknąć błędu alokacji wagi na kluczowe czynniki
- łatwe zamawianie: Bezproblemowa integracja z systemem natychmiastowej wyceny GenSmart™
co mówią dane
dane GenScript
cel: ocena wydajności narzędzia do optymalizacji kodonów GenSmart™ w zwiększaniu ekspresji białek JNK3 i GFP.
podejście: sklonowano dziki typ i sekwencje zoptymalizowane sekwencje każdego genu w wektorze ekspresyjnym i oceniono ekspresję białka z trzech różnych klonów w komórkach CHO 3E7 poprzez Western blotting.
wyniki: Wszystkie trzy klony GFP i JNK3 z sekwencji zoptymalizowanych przez GenSmart ™ wykazały znaczny wzrost ekspresji białka odpowiednio 18-i ~8-krotnie w porównaniu z nieoptymalizowanymi sekwencjami genów natywnych.
Niezależne dane
cel: ocena efektywności edycji wariantów edytora bazowego BE4 zoptymalizowane za pomocą różnych narzędzi optymalizacji kodonów jako część nadrzędnego celu badania wpływu ekspresji genów na edytowanie genów
: Zoptymalizowano kodon lokalizacji jądrowej BE4 za pomocą narzędzi IDT, Coller, GeneArt i GenScript, a następnie oceniono ekspresję genów i wydajność edycji w komórkach HEK293
wyniki: podczas gdy kodony zoptymalizowane za pomocą narzędzi GenScript (GS), GeneArt (GA) i Coller (JC) poprawiły wydajność edycji w stosunku do IDT, warianty chimeryczne zoptymalizowane za pomocą samej optymalizacji kodonu GenScript przewyższyły inne, indukując 1,8 razy wyższą wydajność edycji