Pacific Biosciences (PacBio) skomercjalizowało sekwencjonowanie SMRT w 2011 roku, po wydaniu wersji beta swojego instrumentu RS pod koniec 2010 roku.
RS i RS II
przy komercjalizacji długość odczytu miała rozkład normalny ze średnią ok.1100 baz. Nowy zestaw chemii wydany na początku 2012 roku zwiększył długość odczytu sekwencera; wczesny klient chemii cytowany średnia długość odczytu od 2500 do 2900 zasad.
wydany pod koniec 2012 roku XL chemistry kit zwiększył średnią długość odczytu do ponad 4300 baz.
w dniu 21 sierpnia 2013 r.PacBio wydał nowy zestaw wiążący polimerazę DNA P4. Ten enzym P4 ma średnią długość odczytu ponad 4300 zasad w połączeniu z chemią sekwencjonowania C2 i ponad 5000 zasad w połączeniu z chemią XL. Dokładność enzymu jest podobna do C2, osiągając qv50 między 30x a 40x pokryciem. Uzyskane w ten sposób atrybuty P4 zapewniały zespoły wyższej jakości przy użyciu mniejszej liczby komórek SMRT i z ulepszonym wywołaniem wariantu. W połączeniu z doborem wejściowego rozmiaru DNA (przy użyciu narzędzia do elektroforezy, takiego jak Blueppin) daje średnią długość odczytu powyżej 7 kilobaz.
w dniu 3 października 2013 r.PacBio wydał nową kombinację reagentów dla PacBio RS II, polimerazy DNA P5 z chemią C3 (P5-C3). Razem rozszerzają sekwencjonowanie długości odczytu do średnio około 8,500 zasad, z najdłuższymi odczytami przekraczającymi 30,000 zasad. Przepustowość na komórkę SMRT wynosi około 500 milionów zasad wykazanych przez sekwencjonowanie wyników z linii komórek CHM1.
w dniu 15 października 2014 r.Firma PacBio ogłosiła wydanie nowej chemii P6-C4 dla systemu RS II, który reprezentuje szóstą generację polimerazy i czwartą generację chemii, dodatkowo wydłuża średnią długość odczytu do 10 000-15 000 zasad, przy czym najdłuższe odczyty przekraczają 40 000 zasad. Spodziewano się, że przepustowość nowej chemii wyniesie od 500 milionów do 1 miliarda zasad na ogniwo SMRT, w zależności od sekwencjonowanej próbki. Była to ostateczna wersja chemistry wydana na instrument RS.
przepustowość na eksperyment dla technologii zależy zarówno od długości odczytu sekwencjonowanych cząsteczek DNA, jak i całkowitego multipleksu komórki SMRT. Prototyp komórki SMRT zawierał około 3000 otworów ZMW, które umożliwiały równoległe sekwencjonowanie DNA. Podczas komercjalizacji komórki SMRT były wzorowane na otworach 150,000 ZMW, które odczytano w dwóch zestawach po 75,000. W kwietniu 2013 roku firma wydała nową wersję sekwencera o nazwie „PacBio RS II”, która wykorzystuje jednocześnie wszystkie 150 000 otworów ZMW, podwajając przepustowość na eksperyment. Najwyższy tryb przepustowości w listopadzie 2013 r. wykorzystywał Wiązanie P5, chemię C3, wybór rozmiaru BluePippin i PacBio RS II oficjalnie dał 350 milionów zasad na komórkę SMRT, chociaż ludzki zestaw danych De novo wydany z chemią średnio 500 milionów zasad na komórkę SMRT. Przepustowość zależy od rodzaju sekwencjonowanej próbki. Wraz z wprowadzeniem chemii P6-C4 typowa przepustowość na ogniwo SMRT wzrosła do 500 milionów zasad do 1 miliarda zasad.
| C1 | C2 | P4-XL | P5-C3 | P6-C4 | |
|---|---|---|---|---|---|
| Average read length bases | 1100 | 2500 – 2900 | 4300 – 5000 | 8500 | 10,000 – 15,000 |
| Throughput per SMRT Cell | 30M – 40M | 60M – 100M | 250M – 300M | 350M – 500M | 500M – 1B |
SequelEdit
we wrześniu 2015 roku firma ogłosiła wprowadzenie na rynek nowego instrumentu do sekwencjonowania, systemu Sequel, który zwiększył pojemność do 1 miliona otworów ZMW.
dzięki Sequel instrument początkowe długości odczytu były porównywalne z RS, następnie późniejsze wydania chemistry zwiększyły długość odczytu.
23 stycznia 2017 roku została wydana wersja V2 chemistry. Zwiększyła średnią długość odczytu do 10 000 do 18 000 baz.
8 marca 2018 roku została wydana wersja 2.1 chemistry. Zwiększył średnią długość odczytu do 20 000 baz i połowę wszystkich odczytów powyżej 30 000 baz. Wydajność na ogniwo SMRT wzrosła do 10 lub 20 miliardów baz, odpowiednio dla bibliotek o dużych wkładkach lub bibliotek o krótszych wkładkach (np. amplicon).
19 września 2018 r.firma zapowiedziała Sequel 6.0 chemistry o średniej długości odczytu zwiększonej do 100 000 zasad dla bibliotek krótszych i 30 000 dla bibliotek dłuższych. Wydajność komórek SMRT wzrosła do 50 miliardów baz dla bibliotek o krótszych wkładkach.
| V2 | 2.1 | 6.0 | średnia długość odczytu baz | 10 000 – 18 000 | 20 000 – 30 000 | 30 000 – 100 000 |
|---|---|---|---|
| przepustowość na komórkę SMRT | 5b – 8B | 10B – 20B | 20B – 50b |
8m chipedit
w kwietniu 2019 roku firma wydała nową komórkę SMRT z ośmioma milionami ZMWS, zwiększając oczekiwaną przepustowość na komórkę smrt przez współczynnik 8. Klienci wczesnego dostępu w marcu 2019 r.poinformowali o przepustowości ponad 58 komórek uruchamianych przez klientów o 250 GB wydajności surowej na komórkę z szablonami o długości około 15 kb i 67,4 GB wydajności na komórkę z szablonami w cząsteczkach o większej masie. Wydajność systemu jest obecnie raportowana w ciągłych długich odczytach o dużej masie cząsteczkowej lub w wstępnie skorygowanych odczytach HiFi (znanych również jako Circular Consensus Sequence (CCS)). W przypadku odczytów o dużej masie cząsteczkowej około połowa wszystkich odczytów jest dłuższa niż 50 kb.
| wczesny dostęp | 1,0 | 2,0 | |
|---|---|---|---|
| przepustowość na komórkę SMRT | ~67.4 GB | do 160 GB | do 200 GB |
wydajność HiFi obejmuje poprawione bazy o jakości wyższej niż wynik phred Q20, przy użyciu powtarzanych przejść AMPLIKONOWYCH do korekty. Biorą one amplikonów do 20KB długości.
| Early Access | 1.0 | 2.0 | |
|---|---|---|---|
| Raw reads per SMRT Cell | ~250 GB | Up to 360 GB | Up to 500 GB |
| Corrected reads per SMRT Cell (>Q20) | ~25 GB | Up to 36 GB | Up to 50 GB |