eksperymentalne
etykietowanie RuBisCo:
aedany(454): dawca f(58): akceptor
badania wiązania:
terminy:
ADP bullet: Kompleks Groela związany z Groesem i ADP
ApoGroEL: just GroEL comlex (stosowany we wcześniejszych badaniach wiązania substratu rubisco)
lin i wsp. ustalono, że:
1. Istniała różnica w progach przy wiązaniu podłoża z pierścieniem trans pocisku ADP w porównaniu z pierścieniem apogroela.
– było to widoczne poprzez gaszenie fluorescencji dawcy (B.)
– wskazywało to na różnicę w konformacji substratu białkowego.
 |
 |
2. Znaleziono „pasywny” rozkład białek substratowych związanych z pierścieniem apogroelowym.
– jednak rozwój ten przebiegał znacznie wolniej niż funkcjonalny cykl reakcji Groela.
3. Jest mniej „pasywne” rozkładanie podłoża związanego z ADP bullet trans-ring.
– potwierdziły to badania trawienia proteazy.
– jest to jednak bardziej istotny fizjologicznie kompleks.
– czyli jest to maksymalnie efektywny poziom, czy tylko pierwszy krok w cyklu reakcji?
Aby sprawdzić znaczenie fizjologiczne, dodali ATP do reakcji pocisku ADP i monitorowali próg
 |
po dodaniu ATP stwierdzili, że: – początkowa szybka, wymuszona ekspansja konformacyjna podłoża – a następnie wolniejsza Faza zagęszczania – widoczna na rysunku b |
 |
-rysunek C wskazuje, że Kinetyka fazy zagęszczania jest zależna od stężenia groesa, co oznacza, że jest zależna od
mechanizmu zagęszczania kompleksu.
– podczas gdy faza ekspansji jest niezależna od stężenia Groesa.
stwierdzono, że istnieją dwie fazy rozwijania:
– powolne, pasywne rozwijanie ze względu na Wiązanie substratu z pierścieniem trans Komory Groelowej(z pierwszego doświadczenia wiązania)
– szybkie, napędzane ATP rozwijanie ze względu na zmianę konformacji Komory Groelowej.
szybkie rozkładanie nie jest zależne od Groesa:
– nadmiar jednopierścieniowego wariantu Groela, SR1 był używany jako pułapka Groesa.
– SR1 nie jest w stanie wiązać substratu i katalizować reakcji rozwijającej się,ale jest w stanie wiązać i sekwestrować rowów w celu określenia zależności reakcji od sekwestracji substratu .
– stwierdzili, że gwałtowne rozkładanie się progów nastąpiło bez występującej czapki Groesa, a późniejsza Faza zagęszczania nie.
– oznacza to, że faza szybkiego rozszerzania zależy od zmiany konformacji rowka wywołanej wiązaniem ATP.
. czy rozkładanie podłoża jest konieczne do produktywnego składania?
– czy jest to istotny krok i ważny dla mechanizmu składania Groela/Groesa?
-stwierdzili, że ułamek RuBisCo nierodzimego, który wyłania się w stanie rodzimym, jest proporcjonalny do stopnia rozwoju.
– Aby to zbadać , chcieli zmierzyć powolny, pasywny rozkład podłoża z powodu samego wiązania rowka(nie zależnego od ATP)
– ponownie wykorzystali Wiązanie SR1 z substratem, tym razem nie jako atrap, ale jako pasywne miejsce wiązania podłoża.
– czas inkubacji z SR1 jest skorelowany z ilością rozkładania, ponieważ rozkładanie jest spowodowane tylko wiązaniem substratu.
– stwierdzili, że istnieje korelacja pomiędzy ilością białka natywnego.
– tak więc wymuszone rozkładanie GroEL/GroES jest skutecznym sposobem promowania mechanizmu rozkładania
potrzebnego do prawidłowego fałdowania białek.
 |
 |
 |
 |