w 1904 roku Magón uciekł z Meksyku, gdy sądy zakazały drukowania jego pism i pozostał w Stanach Zjednoczonych do końca życia. Połowę tego okresu spędził w więzieniu. Wznowił działalność Regeneración i stanął na czele Partido Liberal Mexicano (PLM) (meksykańskiej Partii Liberalnej) z zagranicy. W 1906 wyjechał do Kalifornii. Mniej więcej w tym czasie w Meksyku wybuchły powstania PLM, które zostały stłumione przez rząd meksykański. USA sympatyzowały z rządem meksykańskim i zaczęły przyjmować przywódców PLM w USA do aresztu. Magón obawiał się, że zostanie złapany i wróci do Meksyku, gdzie stanął przed możliwością egzekucji.
w 1907 roku amerykański detektyw Thomas Furlong został zatrudniony przez Enrique Creela, ówczesnego gubernatora Chihuahua, aby zlokalizować meksykańskich dysydentów w USA.Amerykańska siedziba PLM znajdowała się wówczas w St. Louis. Było wielu emigrantów, którzy wiedzieli o jego miejscu pobytu, w wyniku czego Furlong nie miał trudności z lokalizacją dysydentów w mieście. Magón żył jednak w wielkiej tajemnicy w Los Angeles. Używał pseudonimu i tylko dwie inne osoby w mieście znały jego prawdziwą tożsamość. Jeśli chcieli go zobaczyć, robili to między północą a świtem. Dysydenci w St. Louis szybko zorientowali się, że są poszukiwani przez agentów pracujących dla rządu meksykańskiego. Librado Rivera opuścił miasto, Aby uniknąć schwytania i chociaż był stale w pogotowiu dla agentów, którzy mogą go śledzić, nie udało mu się ich uniknąć. Następnie udał się do Los Angeles i do miejsca zamieszkania Magóna. Furlong trzymał dom pod obserwacją przez jakiś czas. Ostatecznie 23 sierpnia 1907 roku Magón, Rivera i Antonio Villarreal zostali aresztowani przez Furlonga, dwóch jego asystentów i kilku oficerów z Departamentu Policji w Los Angeles.
Magón i inni członkowie PLM zorganizowali brygadę rewolucjonistów w Douglas w Arizonie w latach poprzedzających jego przeprowadzkę do Los Angeles. Ekspedycja została wysłana do kopalni miedzi Cananea około trzydziestu mil od południowej granicy Arizony z rzekomym zamiarem eksterminacji wszystkich Amerykanów zatrudnionych w kopalniach i ich okolicach. Brygada była ścigana przez strażników Arizony, którzy wysłali ich do ucieczki, zdobywając kilku z nich. Magón i jego towarzysze zostali poddani ekstradycji do Tombstone w Arizonie, gdzie zostali oskarżeni o naruszenie przepisów neutralności USA. Mimo że Amerykanie i Meksykanie odeszli do obrony, zostali skazani i skazani na osiemnaście miesięcy w więzieniu terytorialnym Yuma, a następnie przeniesieni do kompleksu więzienia stanowego Arizona-Florence. Zostały one wydane w 1910 roku i ponownie wznowiły działalność wydawniczą z biura w centrum Los Angeles. W tym samym roku rozpoczęła się meksykańska wojna domowa, A Magoniści, jak znane były siły PLM, brali udział w walkach w całym Meksyku wraz z siłami Pancho Villi, Emiliano Zapaty i Venustiano Carranzy oraz Francisco I. Madero.
do maja 1911 roku Diaz został pokonany. Madero zorganizował wybory, które wygrał oszukując meksykański elektorat, wierząc, że połączył siły z PLM. Magón nadal sprzeciwiał się ogromnej amerykańskiej obecności gospodarczej w Meksyku i ciągłemu wywłaszczaniu ziem chłopskich przez Madero. Został ponownie aresztowany. Po dwóch latach spędzonych w więzieniu w stanie Waszyngton, został zwolniony i osiadł wraz z bratem Enrique w Edendale, na północ od zbiornika Silver Lake. PLM do tego czasu nie miał funduszy, a bracia i ich przyjaciele hodowali i hodowali kurczaki na wynajętej działce. Kontynuował wydawanie „Regeneración” i wygłaszanie przemówień w regionie. Ponownie został aresztowany w 1916 roku, oskarżony o wysyłanie „nieprzyzwoitych materiałów” za pośrednictwem poczty amerykańskiej. Z Pomocą Emmy Goldman wyszedł za kaucją. W 1918 opublikował Manifest antywojenny. W tym napisał: „śmierć starego porządku jest na wyciągnięcie ręki. Jest szeptana w barach, teatrach, tramwajach i domach, szczególnie w naszych domach, domach tych na dole.”Za te pisma został oskarżony o bunt na mocy ustawy o szpiegostwie z 1917 roku, skazany i skazany na dwadzieścia lat za” utrudnianie działań wojennych”, naruszenie ustawy o szpiegostwie z 1917 roku. Administracja Wilsona przeprowadziła tzw. naloty Palmera, masowe represje wobec dysydentów wojennych i lewicowców, które zmiotły także znaczących socjalistów, takich jak Eugene V. Debs. Magón zmarł w więzieniu Leavenworth w Kansas. Przez wiele lat chorował na cukrzycę, a przed śmiercią tracił wzrok.
przyczyna śmierci Floresa Magóna została zakwestionowana. Niektórzy uważają, że został celowo zamordowany przez strażników więziennych. Inni twierdzą, że zmarł w wyniku pogorszenia stanu zdrowia spowodowanego długoletnim uwięzieniem, prawdopodobnie zaostrzonym zaniedbaniem medycznym przez urzędników i pracowników Zakładu Karnego w Leavenworth. Magón napisał kilka listów do przyjaciół narzekających na wyniszczające problemy zdrowotne i to, co uważał za celowe zaniedbanie przez personel więzienny.
meksykańska Izba Deputowanych przyjęła uchwałę wzywającą do repatriacji ciała Magóna. Stwierdzono w nim,
niżej podpisani deputowani, ożywieni pragnieniem oddania pośmiertnego hołdu wielkiemu meksykańskiemu rewolucjoniście, Ricardo Flores Magón, męczennikowi i apostołowi idei libertariańskich, który właśnie zmarł biedny i ślepy w celi jankeskiego więzienia, proponują, aby to honorowe Zgromadzenie przyjęło następującą uchwałę:: Że na ziemi jego ojczystej ziemi, kosztem rządu meksykańskiego, spoczywają śmiertelne szczątki Ricardo Floresa Magóna. Wnioskujemy o podjęcie natychmiastowych działań bez odwołania się do Komisji.(Podpisany) Julian S. Gonzalez, Antonio G. Rivera, E. Baron Obregon, J. M. Alvarez Del Castillo, A. Diaz So ’ ro Y Gama i inni
— Hall of the Mexican Congress, Mexico, D. F., November 22, 1922
władze USA odrzuciły wniosek i Magón został pochowany w Los Angeles. Jego szczątki zostały ostatecznie repatriowane w 1945 roku i pochowane w Rotundzie wybitnych osób w mieście Meksyk.