|
Automatyczne projektowanie oligonukleotydów do syntezy genów opartych na PCR
|
pomoc
|
dostępność sekwencji całych genomów znacznie zwiększyła liczbę celów białkowych, z których wiele będzie wymagało nadmiernej ekspresji w komórkach innych niż pierwotne źródło DNA. Synteza genów często zapewnia szybkie i efektywne ekonomicznie podejście. Syntetyczny gen może być zoptymalizowany pod kątem ekspresji i skonstruowany w celu łatwej manipulacji mutacyjnej bez względu na Genom macierzysty. Jednak projektowanie i budowa syntetycznych genów, zwłaszcza tych kodujących duże białka, może być procesem powolnym, trudnym i mylącym. DNAWorks automatyzuje projektowanie oligonukleotydów do syntezy genów metodami PCR.
opis oryginalnych Dnaworków można znaleźć w naszej publikacji (Hoover, D. and Lubkowski, J., 2002).
dla dalszej poprawy wydajności Dnaworków, informacja zwrotna na temat sukcesu lub niepowodzenia syntezy genów za pomocą Dnaworków jest bardzo ważna. Daj nam znać o wyniku eksperymentów syntezy.
DNAWorks jest open-source i można go pobrać zhttps://github.com/davidhoover/DNAWorks. Jeśli znajdziesz kompilator a Fortran, możesz uruchomić DNAWorks za pomocą wiersza poleceń.
przykład:
> lysozyme, 129 aa.KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
> pUC18 fragment cgtgcgctct cctgttccga ccctgccgct taccggatac ctgtccgcct ttctcccttc gggaagcgtg gcgctttctc aaagctcacg ctgtaggtat ctcagttcgg tgtaggtcgt tcgctccaag ctgggctgtg tgcacgaacc ccccgttcag cccgaccgct gcgccttatc cggtaactat cgtcttgagt ccaacccggt aagacacgac ttatcgccac tggcagcagc cactggtaac aggattagca gagcgaggta tgtaggcggt gctacagagt tcttgaagtg gtggcctaac tacggctaca ctagaagaac agtatttggt atctgcgctc