okupacja Malajów i Borneo przez Japonię (1942-45) podczas II wojny światowej spowodowała ogromne zmiany na tych terenach . Ich gospodarki zostały zakłócone, a społeczne napięcia zaostrzyły się, ponieważ maleje i Chińczycy inaczej reagowali na japońską kontrolę. Japończycy desperacko potrzebowali dostępu do zasobów naturalnych Azji Południowo-Wschodniej; najechali Malaje w grudniu 1941 roku, zneutralizując amerykańską potęgę militarną na Hawajach poprzez atak na Pearl Harbor i na Filipinach poprzez ataki na Manilę. Wkrótce potem Japończycy kontrolowali Półwysep, Singapur i Borneo. Prokomunistyczni, głównie chińscy partyzanci prowadzili opór na Malajach, a na północnym Borneo wybuchł krótki bunt pod wodzą Chińczyków. W wielu miejscach narastające upolitycznienie i konflikty wewnątrz i między grupami etnicznymi rozwinęły się w wyniku trudności gospodarczych i selektywnych represji; na północnym Borneo rządy Brookes i Kompanii Północnego Borneo zostały trwale podważone, podczas gdy na Malajach Chińczycy i Malajowie również zdali sobie sprawę, że brytyjska dominacja nie jest wieczna. Niemniej jednak większość ludzi z zadowoleniem przyjęła porażkę Japończyków w 1945 roku.
Po zakończeniu wojny Sarawak i Północne Borneo, które do czasu okupacji japońskiej były Protektoratami brytyjskimi, stały się koloniami Korony Brytyjskiej. Sarawak stanął jednak w obliczu burzliwej sytuacji politycznej. Wielu Malajów sprzeciwiło się wygaśnięciu rządów Brooke ’ a i cesji Sarawaka na rzecz Wielkiej Brytanii, a wynikające z tego podziały socjopolityczne utrzymywały się przez lata. Wraz z założeniem brytyjskiej kolonii Północnego Borneo stolica została przeniesiona z Sandakan do Jesselton (obecnie Kota Kinabalu). Na Malajach wprowadzono samorząd lokalny. Głównym katalizatorem organizacji politycznej była jednak Brytyjska propozycja utworzenia jednego związku Malajskiego, obejmującego wszystkie terytoria malajskie z wyjątkiem Singapuru, który zmniejszyłby autonomię państwa i przyznałby równe prawa polityczne i obywatelskie nie-Malajom. Ogromny wzrost malajskich uczuć politycznych przeciwko temu planowi, kierowany przez Dato ’ Onn bin Jaafar, doprowadził do utworzenia w 1946 roku Zjednoczonej Malajskiej Organizacji Narodowej (UMNO) jako pojazdu dla Malajskiego nacjonalizmu i politycznej asertywności. Strajki, Demonstracje i bojkoty potępiły proponowaną Unię malajską, a Brytyjczycy zaczęli negocjować z UMNO o przyszłości Malajów.
negocjacje doprowadziły do utworzenia w 1948 Federacji Malajów, która zjednoczyła Terytoria, ale zapewniła specjalne Gwarancje praw Malajów, w tym pozycję sułtanów. Wydarzenia te zaniepokoiły bardziej radykalne i zubożałe sektory chińskiej społeczności. W 1948 roku Komunistyczna Partia Malajów-w większości chiński ruch utworzony w 1930 roku, który stanowił trzon anty-japońskiego ruchu oporu-wkroczyła do dżungli i rozpoczęła powstanie partyzanckie, aby pokonać rząd kolonialny, wywołując 12-letni okres niepokojów znany jako malajski kryzys. Komuniści prowadzili brutalną i ostatecznie daremną walkę, wspieraną jedynie przez niewielką część społeczności chińskiej. Brytyjczycy podjęli działania w celu stłumienia rebelii za pomocą środków wojskowych, które obejmowały strategię, która siłą przeniosła wielu wiejskich Chińczyków do ściśle kontrolowanych nowych wiosek położonych w pobliżu lub wzdłuż dróg. Chociaż polityka ta odizolowała mieszkańców od partyzantów, zwiększyła również niepopularność rządu. Brytyjczycy w końcu osiągnęli sukces, gdy pod przywództwem Wysokiego Komisarza brytyjskiego Sir Geralda Templera zaczęli aktywnie zajmować się politycznymi i gospodarczymi żalami, a także rebelią, która dodatkowo izolowała rebeliantów.
obiecując niepodległość, brytyjscy urzędnicy rozpoczęli negocjacje z różnymi przywódcami etnicznymi, w tym z UMNO i Malayan Chinese Association (MCA), utworzonym w 1949 roku przez bogatych chińskich biznesmenów. Koalicja złożona z UMNO (kierowana przez arystokratycznego umiarkowanego Tunku Abdul Rahmana), MCA i Malajskiego Kongresu Indyjskiego zakwestionowała krajowe wybory parlamentarne przeprowadzone w 1955 roku i zdobyła wszystkie miejsca poza jednym. To stworzyło stały wzór polityczny rządzącej koalicji-znanej najpierw jako partia Sojuszu, a później jako Front Narodowy (Barisan Nasional; BN) – Zjednoczona Partia etniczna, w większości elitarna, o umiarkowanych lub konserwatywnych poglądach politycznych, z UMNO jako główną siłą.
w sierpniu 31 grudnia 1957 Federacja Malajów uzyskała niepodległość pod rządami Sojuszu, na czele którego stanął Tunku Abdul Rahman jako premier. Singapur, z przeważającą populacją chińską, pozostał poza Federacją jako kolonia Korony Brytyjskiej. Układ miał tendencję do faworyzowania Malajów politycznie, przy czym przywódcy UMNO sprawowali większość urzędów federalnych i stanowych, a królowanie obracało się wśród różnych malajskich sułtanów, ale Chińczycy otrzymali liberalne prawa obywatelskie i utrzymywali silną władzę gospodarczą. Kuala Lumpur stał się stolicą federalną.
na Borneo pojawiły się również nowe prądy. Rządy kolonialne zdołały odbudować i rozszerzyć gospodarkę obu Kolonii, a guma i drewno stanowiły podstawę powojennego wzrostu gospodarczego. Placówki służby zdrowia i edukacji powoli docierały poza granice miast. Świadomość polityczna zaczęła się szerzyć wraz z wyborami do rad lokalnych. W latach 50. społeczność Kadazan, stymulowana szczególnie przez rozwój radiofonii i gazet, zaangażowała się w politykę Północnego Borneo, podczas gdy przywódcy chińscy i Malajscy utworzyli pierwsze partie polityczne Sarawak—niektóre popierające wieloetniczne tożsamości—w oczekiwaniu na niepodległość. Działalność polityczna przyspieszyła wraz z ogłoszeniem w 1961 roku propozycji rządu Malajskiego i brytyjskiego dla federacyjnego państwa, które obejmowałoby Malaje, Sarawak, Północne Borneo, Brunei i Singapur. Na północnym Borneo powstały nowe partie reprezentujące Kadazan, Chińczyków i różne społeczności muzułmańskie. Wybory odbyły się na północnym Borneo i w Sarawak, przy czym większość partii w obu koloniach zaakceptowała niepodległość poprzez połączenie się z nową Federacją, zwaną Malezją; skłonność do przyłączenia się do Malezji wzrosła po tym, jak Filipiny zajęły Północne Borneo, oparte na dawnej suzerainty Sulu.
brytyjscy przywódcy zaproponowali Federację malezyjską jako sposób na zakończenie ich uciążliwych obecnie rządów kolonialnych nad Singapurem, Sarawakiem i północnym Borneo, mimo że państwa te były historycznie i etnicznie odmienne od Malajów i od siebie nawzajem. To było pod wieloma względami małżeństwo z wygody. Malajowie byli ściśle związani gospodarczo z tętniącym życiem Singapurem, a Malajowie czuli pokrewieństwo z różnymi grupami muzułmańskimi na Borneo. Tunku Abdul Rahman wierzył, że Federacja może rozbroić potencjalną lewicową Działalność chińską, jednocześnie równoważąc chińską większość w Singapurze z nie-chińską większością państw Borneo. Malajowie stanowili już prawie 40-procentową mniejszość chińską, a Malajowie zaledwie w większości. W związku z tym we wrześniu 16 czerwca 1963 Utworzono Federację Malezji, a Północne Borneo-przemianowane na Sabah – i Sarawak-utworzyły Wschodnią Malezję. Brunei, które zostało zaproszone do przyłączenia, zdecydowało się pozostać brytyjskim protektoratem, a później uzyskało niepodległość jako mały, bogaty w ropę malajski Sułtanat.
Craig A. Lockard