O’ Malley przez 22 lata uczył języka angielskiego i teologii w McQuaid Jesuit High School w Rochester w stanie Nowy Jork. Reżyserował także szkolne produkcje muzyczne i teatralne.
do czerwca 2012 wykładał teologię, AP English, a później fakultet pt. Problem Boga/moralności/małżeństwa/ojcostwa w Fordham Preparatory School w Bronxie. Do 2003 był adiunktem w School of Professional and Continuing Studies na Fordham University, a następnie profesorem teologii i nauk humanistycznych na Seattle University.
O ’ Malley jest najbardziej znany z roli ojca Dyera w Egzorcystie, dla którego był również doradcą technicznym. Według jednego ze źródeł był pierwszym katolickim księdzem, który przedstawił księdza w komercyjnym filmie. Wystąpił także w e! Prawdziwa Hollywoodzka Historia klątwy Egzorcysty. Wyreżyserował 99 sztuk teatralnych i musicali ze studentami i dorosłymi.
jako autor O ’ Malley napisał 37 opublikowanych książek, w tym Choosing to Be Catholic, Why Be Catholic?, Bóg: najstarsze pytanie, spotkanie z żywym Bogiem, budowanie własnego sumienia i piąty tydzień. Jego książka, Help My Unbelief, zdobyła nagrodę Catholic Book Award w 2009 roku. Jego książka, You ’ ll never Be Younger: a Good News Spirituality for Those Over 60 zdobyła nagrodę Book Award Stowarzyszenia prasy katolickiej w 2016 roku.
na scenie w Rochester wystąpił jako Jim, the gentleman caller, w produkcji the Glass Menagerie at the the Tracks oraz jako Kleryk w Rochester Community Players produkcji the Power and the Glory Grahama Greene ’ a.