En 2001, Flowers est retournée en Alabama, où elle s’est concentrée sur le développement économique au sein de la Commission du comté de Lowndes. La population du comté de Lowndes est noire aux trois quarts. En 2002, elle avait identifié plusieurs défaillances de l’assainissement local, notamment des personnes arrêtées pour ne pas avoir payé les installations septiques sur place et des personnes qui payaient pour l’assainissement sur place ne bénéficiant pas de dispositions adéquates. Flowers a été surpris que le gouvernement cible les membres les plus pauvres de la société plutôt que les pollueurs corporatifs beaucoup plus riches. Cette expérience l’a motivée à se concentrer sur la justice environnementale et le climat. Elle a reçu l’approbation fédérale de l’Agence de protection de l’environnement des États-Unis (EPA) pour produire un plan visant à traiter les eaux usées brutes dans le comté de Lowndes.
En 2011, Flowers a travaillé avec un rapporteur spécial des Nations Unies pour mieux comprendre la pauvreté et ses impacts sur les infrastructures dans le comté de Lowndes, en Alabama. Depuis 2015, Flowers occupe un poste de Senior Fellow au Center for Earth Ethics. Elle a passé 2017 en tant que praticienne du Franklin Humanities Institute en résidence à l’Université Duke. Elle a fondé le Centre pour l’Entreprise Rurale et la Justice Environnementale en 2019.
Flowers et l’Institut des droits de l’Homme de la Columbia Law School ont étudié l’impact des inégalités structurelles sur l’accès à l’assainissement et à l’eau potable. Elle a identifié que les communautés rurales marginalisées et frappées par la pauvreté étaient plus susceptibles de souffrir d’eau contaminée et d’un mauvais assainissement. Ensemble, ils permettent la propagation d’infections parasitaires intestinales, y compris l’ankylostome. En 2019, JoAnn Kamuf Ward et Flowers ont publié, Rincé et oublié: Assainissement et eaux usées dans les communautés rurales des États-Unis, dans lequel Flowers a écrit: « Dans le comté de Lowndes, en Alabama, et dans de nombreuses régions environnantes, le manque d’équipements de base que de nombreux Américains tiennent pour acquis est un mode de vie ». Le rapport faisait une série de recommandations, notamment en prenant des mesures pour améliorer la responsabilisation, en assurant la participation des communautés touchées à toute prise de décision et en garantissant l’accès à un assainissement adéquat sur la base de l’égalité.
En 2019, elle a livré un témoignage d’expert devant le Congrès des États-Unis dans lequel elle a exhorté le gouvernement à s’attaquer aux maladies associées à la pauvreté aux États-Unis. Elle a été nommée au Groupe de travail Joe Biden sur le changement climatique, coprésidé par Alexandria Ocasio-Cortez. Flowers est le seul membre noir du groupe de travail.