AutoDock Vina Manual

Home

Features

Download

Tutorial

FAQ

Manual

Questions?

indhold

• funktioner
• Licens
• Tutorial
• ofte stillede spørgsmål opbygning fra kilde
• andet program
• anvendelse
  • oversigt
  • konfigurationsfil
  • søgeplads
  • udtømmende
  • output
  • avancerede indstillinger
• virtuel screening
• historie
• Citation
• få hjælp
• rapportering af fejl

funktioner

nøjagtighed AutoDock Vina forbedrer signifikant den gennemsnitlige nøjagtighed af forudsigelser af Bindingstilstand sammenlignet med autodock 4, bedømt efter vores test på det træningssæt, der blev brugt i autodock 4-udvikling.Derudover og uafhængigt er AutoDock Vina blevet testet mod et virtuelt screenings benchmark kaldet Directory of Useful Decoys af gruppen og viste sig at være”en stærk konkurrent mod de andre programmer og i toppen af pakken i mange tilfælde”. Det skal bemærkes, at alle seks af de andredocking programmer, som det blev sammenlignet med, distribueres kommercielt. Autodock Tools Compatibility til dets input og output bruger Vina det samme filformat for molekylær struktur, der bruges af AutoDock. Filer kan genereres (interaktivt eller i batch-mode) og ses ved hjælp af MGLTools.Andre filer, såsom autodock og AutoGrid parameter filer (GPF, DPF) og grid map filer er ikke nødvendige.

bindende tilstand forudsigelsesnøjagtighed på testsættet. “AutoDock “henviser til AutoDock 4 og” Vina ” til AutoDock Vina 1.

brugervenlighed

Vinas designfilosofi er ikke at kræve, at brugeren forstår dens implementeringsdetaljer, tilpasser uklare søgeparametre, klyngeresultater eller kender avanceret algebra (kvaternioner). Alt, hvad der kræves, er strukturerne af molekylerne, der dockes, og specifikationen af søgerummet inklusive bindingsstedet. Beregning af gitterkort og tildeling af atomafgifter er ikke nødvendig. Brugsoversigten kan udskrives med”vina --help“. Oversigten forbliver automatisk synkroniseret med de mulige brugsscenarier.

Implementeringskvalitet

• ved design skal resultaterne ikke have en statistisk bias relateret til konformationen af inputstrukturen.
• Der lægges vægt på at kontrollere den syntaktiske korrekthed af input-og rapporteringsfejl til brugeren på en klar måde.
• invariansen af de kovalente bindingslængder verificeres automatisk i outputstrukturerne.
• Vina undgår at indføre kunstige begrænsninger, såsom antallet af atomer i input, antallet af torsioner, størrelsen på søgepladsen, søgningens udtømmende osv.

fleksible sidekæder

ligesom i AutoDock 4 kan nogle receptorsidekæder vælges til at blive behandlet som fleksible under docking.

hastighed AutoDock Vina har tendens til at være hurtigere end AutoDock 4 ved størrelsesordener. flere CPU ‘er/kerner Derudover kan Vina drage fordel af flere CPU’ er eller CPU-kerner på dit system for at forkorte driftstiden betydeligt. Verdenssamfundsnettet kvalificerede projekter kan køre AutoDock Vina-beregninger gratis på det massivt parallelle Verdenssamfundsnettet.Eksisterende projekter, der bruger AutoDock Vina der, inkluderer målretningaids,Malaria, Leishmaniasis ogchistosomiasis.Nogle af disse projekter gennemsnit over 50 år værd af beregning per dag.

gennemsnitlig tid pr.receptor-ligandpar på testsættet.”AutoDock “henviser til AutoDock 4 og” Vina ” til AutoDock Vina 1.

Licens

AutoDock Vina frigives under en meget permissiv Apache-licens med få begrænsninger for kommerciel eller ikke-kommerciel brug eller på afledte værker.Teksten til licensen kan findes her.

Tutorial

hvis du aldrig har brugt AutoDock Vina før, skal du studere Videovejledningen, før du forsøger at bruge den.

denne video tutorial demonstrerer molekylær docking af Imatinib ved hjælp af Vina med autodock værktøjer og pymol

ofte stillede spørgsmål

hvordan kommer man i gang med at lære at bruge Vina?

at se video tutorial kan være den bedste måde at gøre det på.

Hvad er betydningen eller betydningen af navnet “Vina”? Hvorfor blev det udviklet?

se denne postliste.

hvor præcis er AutoDock Vina?

se funktioner

det skal bemærkes, at den forudsigelige nøjagtighed varierer meget afhængigt af målet,så det giver mening at evaluere AutoDock Vina mod dit bestemte mål først, hvis du har kendt aktive stoffer eller en bundet native ligandstruktur, før du bestiller forbindelser. Mens du vurderer enhver dockingmotor i en retrospektiv virtuel skærm, kan det være fornuftigt at vælge lokkefugle af samme størrelse og måske andre fysiske egenskaber til dine kendte aktive stoffer.

Hvad er forskellen mellem Autodock Vina og AutoDock 4?

AutoDock 4 (og tidligere versioner) og AutoDock Vina blev begge udviklet i Molecular Graphics Lab på Scripps Research Institute. AutoDock Vina arver nogle af ideerne og tilgangene til AutoDock 4, såsom behandling af docking som en stokastisk global opimisering af scoringsfunktionen, forudberegning af gitterkort (Vina gør det internt) og nogle andre implementeringstricks, såsom at beregne interaktionen mellem hvert atomtypepar på hver afstand. Det bruger også den samme type strukturformat (FBF) for maksimal kompatibilitet med hjælpeprogrammer.

kildekoden, scoringsfunktionen og de faktiske anvendte algoritmer er dog helt nye, så det er mere korrekt at tænke på AutoDock Vina som en ny “generation” snarere end “version” af AutoDock. Forestillingen blev sammenlignet i den oprindelige publikation , og i gennemsnit gjorde AutoDock Vina detbetydeligt bedre, både i hastighed og nøjagtighed. For et givet mål kan begge programmer dog give et bedre resultat, selvom AutoDock Vina er mere tilbøjelige til at gøre det.Dette skyldes, at scoringsfunktionerne er forskellige, og begge er upræcise.

Hvad er forskellen mellem Autodock Vina og AutoDock Tools?

AutoDock Tools er et modul i programpakken MGL Tools specielt til generering af input (FBF) forAutoDock eller Vina. Det kan også bruges til at se resultaterne.

Kan jeg dokke to proteiner med AutoDock Vina?

Du kan muligvis gøre det, men AutoDock Vina er kun designet til receptor-ligand docking. Der er bedre programmer til protein-protein docking.

vil Vina køre på min 64-bit maskine?

Ja. Ved design kan moderne 64-bit maskiner køre 32-bit binære filer indbygget.

hvorfor får jeg “kan ikke åbne conf.tekst ” fejl? Filen findes!

ofte skjuler filsøgere filtypen, så mens du tror, du har en fil “conf.txt“, kaldes den faktisk “conf.txt.txt“.Denne indstilling kan ændres i Kontrolpanel eller systemindstillinger.

du skal også sørge for, at den filsti, du angiver, er korrekt med hensyn til den mappe (mappe), du er i, f.eks. hvis du blot henviser til conf.txt i kommandolinjen skal du sørge for at være i samme mappe (mappe)som denne fil. Du kan bruge ls eller dir kommandoer på hhv.

hvorfor får jeg “brugsfejl”, når jeg prøver at følge videovejledningen?

kommandolinjeindstillingerne ændrede sig noget, siden selvstudiet er blevet optaget. Især”--out “erstattet”--all“.

Vina kører godt på min maskine, men når jeg kører den på min eksotiske linuksklynge, får jeg en “boost thread resource” – fejl. Hvorfor?

din linuksklynge er konfigureret på en sådan måde, at gydetråde ikke tillades. Derfor kan Vina ikke løbe. Kontakt din systemadministrator.

hvorfor er min dockede konformation forskellig fra hvad du får i video tutorial?

dockingsalgoritmen er ikke-deterministisk. Selvom med dette receptor-ligand-par svarer minimumet af scoringsfunktionen til den korrekte konformation,kan dockingsalgoritmen undertiden ikke finde den. Prøv flere gange og se selv. Bemærk, at sandsynligheden for ikke at finde mininum kan være anderledes med et andet system.

min dockede konformation er den samme, men mine energier er forskellige fra hvad du får i video tutorial. Hvorfor?

scoringsfunktionen er ændret siden selvstudiet blev optaget, men kun i den del, der er uafhængig af konformationen:den ligandspecifikke straf for fleksibilitet er ændret.

hvorfor ser mine resultater underlige ud i PyMOL?

PDB er ikke et standardmolekylært strukturformat. Den version af PyMOL, der bruges i vejledningen (0.99rc6), viser det godt (fordi FBF svarer noget til FBF).Dette er muligvis ikke tilfældet for nyere versioner af PyMOL.

enhver anden måde at se resultaterne på?

Du kan også se PDF-filer i PMV (en del af MGL-værktøjer) eller konvertere dem til et andet filformat (f. eks. ved hjælp af AutoDock-værktøjer eller med “Gem som” i PMV)

hvor stort skal søgeområdet være?

så lille som muligt, men ikke mindre. Jo mindre søgepladsen er, desto lettere er det for dockingsalgoritmen at udforske den.På den anden side vil den ikke udforske ligand og fleksible sidekædeatompositioner uden for søgeområdet. Du bør nok undgå søgepladser større end 30 x 30 x 30 Angstrom, medmindre du også øger”--exhaustiveness“.

hvorfor ser jeg en advarsel om, at søgepladsen er over 27000 Angstrom^3?

dette skyldes sandsynligvis, at du havde til hensigt at specificere søgepladsstørrelserne i “gitterpunkter” (0.375 Angstrom), som i AutoDock 4.De AutoDock Vina søgning plads størrelser er angivet i Ångstrøm i stedet. Hvis du virkelig havde til hensigt at bruge en usædvanligstort søgeplads, kan du ignorere denne advarsel, men bemærk at søgealgoritmens job kan være sværere.Det kan være nødvendigt at øge værdien af exhaustiveness for at kompensere for det. Dette vil føre til længere løbetid.

den bundne konformation ser rimelig ud, bortset fra hydrogener. Hvorfor?AutoDock Vina bruger faktisk en United-atom scoringsfunktion, dvs.en, der kun involverer de tunge atomer.Derfor er hydrogens positioner i udgangen vilkårlig.Hydrogenerne i inputfilen bruges dog til at bestemme,hvilke atomer der kan være hydrogenbindingsdonorer eller acceptorer, så den korrekte protonation af inputstrukturerne er stadig vigtig.

hvad styrer” udtømmende ” virkelig under hætten?

i den aktuelle implementering består docking-beregningen af et antal uafhængige kørsler, startende fra tilfældige konformationer.Hver af disse kørsler består af et antal sekventielle trin. Hvert trin involverer en tilfældig forstyrrelse af konformationen fulgt af en lokal optimering (ved hjælp af broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno algoritme) og et valg, hvor trinnet enten accepteres eller ej. Hver lokal optimering involverer mange evalueringer af scoringsfunktionen såvel somdets derivater i position-orientering-torsionskoordinaterne.Antallet af evalueringer i en lokal optimering styres af konvergens og andre kriterier.Antallet af trin i et løb bestemmes heuristisk afhængigt af størrelsen og fleksibiliteten af liganden og de fleksible sidekæder. Antallet af kørsler er dog indstillet af parameterenexhaustiveness. Da de enkelte kørsler udføres parallelt, hvor det er relevant, exhaustiveness begrænser også paralleliteten.I modsætning til i AutoDock 4, i AutoDock Vina, kan hvert løb give flere resultater: lovende mellemresultater huskes.Disse flettes, raffineres, grupperes og sorteres automatisk for at producere det endelige resultat.

hvorfor får jeg ikke den korrekte bundne konformation?

det kan være en af en række ting:

• hvis du kommer fra AutoDock 4, er en meget almindelig fejl at specificere søgepladsen i “Point” (0.375 Angstrom) i stedet for Angstroms.
• din ligand eller receptor er muligvis ikke blevet korrekt protoneret.
• uheld (søgealgoritmen kunne have fundet den korrekte konformation med god sandsynlighed, men var simpelthen uheldig). Prøv igen med et andet Frø.
• minimumet af scoringsfunktionen svarer til den korrekte konformation, men søgealgoritmen har problemer med at finde den. I dette tilfælde skal højere udtømmende eller mindre søgeplads hjælpe.
• minimumet af scoringsfunktionen er simpelthen ikke, hvor den korrekte konformation er. At prøve igen og igen hjælper ikke, men kan lejlighedsvis give det rigtige svar, hvis to forkerte (upræcis søgning og scoring) gør en ret. Docking er en omtrentlig tilgang.
• relateret til ovenstående kan synderen også være kvaliteten af røntgen-eller NMR-receptorstrukturen.
• hvis du ikke laver redocking, dvs.ved hjælp af den korrekte inducerede fitform af receptoren, er de inducerede fit-effekter måske store nok til at påvirke resultatet af dockingeksperimentet.
• ringene kan kun være stive under docking. Måske har de den forkerte konformation, der påvirker resultatet.
• du bruger en 2d (flad) ligand som input.
• den faktiske bundne konformation af liganden kan lejlighedsvis være forskellig fra, hvad røntgen-eller NMR-strukturen viser.
• andre problemer

hvordan kan jeg justere scoringsfunktionen?

Du kan nemt ændre vægtene ved at angive dem i konfigurationsfilen eller i kommandolinjen. For eksempel

 vina --vægt_hydrogen -1.2 ...

fordobler styrken af alle hydrogenbindinger.

funktionalitet, der giver brugerne mulighed for at oprette nye atom-og pseudo-atom-typer,og specificere deres egne interaktionsfunktioner er planlagt til fremtiden.

dette skulle gøre det lettere at tilpasse scoringsfunktionen til specifikke mål,model kovalent docking og makrocyklusfleksibilitet,eksperimentere med nye scoringsfunktioner og ved hjælp af pseudo-atomer oprette retningsinteraktionsmodeller.

Hold øje med autodock-postlisten, hvis du ønsker at blive underrettet om eventuelle beta-testudgivelser.

hvorfor får jeg ikke så mange bindingstilstande, som jeg angiver med “--num_modes“?

denne indstilling angiver det maksimale antal bindingstilstande, der skal udskrives. Dockingsalgoritmen kan finde færre “interessante” bindingstilstande internt.Antallet af bindingsformer i output er også begrænset af “energy_range“, som du måske vil øge.

hvorfor ændres resultaterne ikke, når jeg ændrer delafgifterne?

AutoDock Vina ignorerer de brugerleverede delafgifter. Det har sin egen måde at håndtere de elektrostatiske interaktioner gennem de hydrofobe oghydrogenbindingsbetingelser. Se den originale publikation for detaljer om scoringsfunktionen.

Jeg ændrede noget, og nu er dockingsresultaterne forskellige. Hvorfor?

for det første, hvis du ikke havde ændret noget, kunne nogle resultater alligevel have været forskellige på grund af den ikke-deterministiske karakter af søgealgoritmen.Nøjagtig Reproducerbarhed kan sikres ved at levere den samme tilfældige seed til begge beregninger, men kun hvis alle andre input og parametre også er de samme. Selv mindre ændringer i input kan have en effekt svarende til et nyt tilfældigt frø.Hvad der giver mening at diskutere erberegningernes statistiske egenskaber: f.eks. “med den nye protonationstilstand er Vina meget mindre tilbøjelig til at finde den korrekte dockede konformation”.

hvordan bruger jeg fleksible sidekæder?

du deler receptoren i to dele: stiv og fleksibel, med sidstnævnte repræsenteret noget på samme måde som liganden er repræsenteret. Se afsnittet “fleksible Receptor-filer” i brugervejledningen til AutoDock4.2 (side 14) for, hvordan du gør deti AutoDock-værktøjer.Derefter kan du udstede denne kommando: vina --config conf --receptor rigid.pdbqt --flex side_chains.pdbqt --ligand ligand.pdbqt.Se også denne opskrivning om dette emne.

Hvordan laver jeg virtuel screening?

se det relevante afsnit i manualen.

bemærk, at der findes en række docking management-applikationer til at hjælpe dig med denne opgave.

jeg har ikke tilstrækkelige computerressourcer til at køre en virtuel skærm. Hvad er mine muligheder?

Du kan muligvis køre dit projekt på verdenssamfundets gitter eller bruge DrugDiscovery@TACC. Se Andre Programmer.

Jeg har ideer til nye funktioner og andre forslag.

for foreslåede nye funktioner ønsker vi,at der er bred enighed som følge af en offentlig diskussion om deres nødvendighed.Overvej at starte eller deltage i en diskussion på autodock-postlisten.

vil du besvare mine spørgsmål om Vina, hvis jeg e-mailer eller ringer til dig?

Nej. Vina er fællesskabsstøttet. Der er ingen forpligtelse for forfatterne til at hjælpe andre med deres projekter.Se denne side for, hvordan du får hjælp.

platform noter og Installation

vinduer

Kompatibilitet

Vina forventes at arbejde på vinduer og nyere systemer.

installation

Dobbeltklik på den hentede MSI-fil, og følg instruktionerne

kører

Åbn kommandoprompten, og hvis du installerede Vina på standardplaceringen, skal du skrive

"\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.hvis du bruger Cygvin, vil ovenstående kommando i stedet være

/cygdrive/c/Program\ Files/The\ Scripps\ Research\ Institute/Vina/vina --help
/Cygdrive/c / Program \ Files / The \ Scripps \ Research \ Institute / Vina / vina --help

se video tutorial for detaljer.Glem ikke at tjekke andre programmer til GUI ' er osv.
Linuk 
Kompatibilitet 
Vina forventes at arbejde på 86 og kompatible 64-bit Linuksystemer.
installation 

 tar autodock_vina_1_1_2_linuks_h86.

eventuelt kan du kopiere de binære filer, hvor du vil.
kører

./autodock_vina_1_1_2_link 86 / bin / vina -- help

hvis den eksekverbare er i dinPATH, kan du bare skrive "vina --help " i stedet.Se Video Tutorial for detaljer.Glem ikke at tjekke andre programmer til GUI ' er osv.
Mac 
Kompatibilitet 
 64-bitversionen forventes at fungere på Mac OS 10.15 (Catalina) og nyere.32-bitversionen af Vina forventes at fungere på Mac OS fra 10.4 (Tiger) til 10.14 (Mojave).
Installing

tar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac_64bit.tgz # 64 bittar xzvf autodock_vina_1_1_2_mac.tgz # 32 bit

Optionally, you can copy the binary files where you want.
Running

./autodock_vina_1_1_2_mac_64bit/bin/vina --help # 64 bit./autodock_vina_1_1_2_mac/bin/vina --help # 32 bit

If the executable is in your PATH, you can just type "vina --help" instead.Se Video Tutorial for detaljer.Glem ikke at tjekke andre programmer til GUI ' er osv.
bygning fra kilde 
 OBS: bygning af Vina fra kilde er ikke beregnet til at blive udført af almindelige brugere!(disse instruktioner er muligvis forældede)
Trin 1: installer en C++ compiler suite
på vinduer, du vil muligvis installere Visual Studio; på OS.
Trin 2: Installer Boost
installer Boost.(Version 1.41.0 blev brugt til at kompilere de officielle binære filer. Med andre versioner kan dit held variere)Opbyg og kør derefter et af eksempelprogrammerne, f.eks. Hvis du ikke kan gøre dette, bedes du søge hjælp fra Boost-samfundet.
Trin 3: Byg Vina
hvis du bruger Visual Studio, kan du oprette tre projekter: libmain og split, med kildekoden fra de relevante undermapper. lib skal være et bibliotek, som de andre projekter er afhængige af, og main og split skal være konsolapplikationer. For optimal ydelse skal du huske at kompilere ved hjælp af Release - tilstand.du vil muligvis navigere til den relevante build undermappe, tilpasse Makefileved at indstille stierne og Boost-versionen, og skriv derefter 

make DEPENDMAKE

andet program
 ansvarsfraskrivelse: Denne liste er kun til orientering og udgør ikke en godkendelse.

 værktøjer specielt designet til brug med AutoDock Vina (i ingen særlig rækkefølge):

 MGLTools, som omfatter AutoDock Tools (ADT) og Python Molekylær fremviser (PMV). Det nye autodock/Vina-plugin til PyMOL kan bruges til at konfigurere docking og virtuel screening med AutoDock Vina og til at se resultaterne 
 det nye autodock/Vina-plugin til Pymol kan bruges til at konfigurere docking og virtuel screening med AutoDock Vina og til at se resultaterne 
 computerstøttet Lægemiddeldesignplatform ved hjælp af PyMOL er et andet plugin til PyMOL, der også integrerer rav, reducer og skub. Vsdk kan bruges til at lette virtuel screening med AutoDock Vina 
 NNScore kan bruges til at lette virtuel screening med AutoDock Vina 
 PaDEL-Adv kan bruges til at lette virtuel screening med AutoDock Vina 
 Vsdk kan bruges til at lette virtuel screening med AutoDock Vina 
 bruges til at lette virtuel screening med autodock Vina 
 drugdiscovery@TACC giver dig mulighed for at gøre virtuel screening med Autodock Vina via deres hjemmeside 
 NBCR CADD Pipeline giver adgang til Virtuel screening med AutoDock Vina på NBCR-computere 
 MOLA er et bootbart, selvkonfigurerende system til Virtuel screening ved hjælp af AutoDock4/Vina på computerklynger 
 SMINA er en ændring af Vina, der forbinder med OpenBabel til I/O og understøtter yderligere justeringer af scoringsfunktionen 
 off-Target Pipeline er en platform beregnet til at udføre sekundær målidentifikation og docking 
 audocker kan bruges til at lette virtuel screening med autodock Vina 
 verdenssamfundsgitter kan bruges af kvalificerede projekter til at køre AutoDock Vina-beregninger gratis på det massivt parallelle netværk af computere, hvor frivillige donerer deres inaktive CPU-tid. DockoMatic er en grafisk brugergrænseflade beregnet til at lette virtuel screening med AutoDock og AutoDock Vina. 
 VinaLC er en ændring af Vina af Laurence Livermore National Laboratory, der drager fordel af MPI på computerklynger 


andre værktøjer, som du sandsynligvis finder nyttige under docking eller virtuel screening med AutoDock Vina:

 PyMOL er et af de mest populære programmer til molekylær visualisering og kan bruges til at se docking-resultaterne 
 OpenBabel kan bruges til at konvertere mellem forskellige strukturfilformater, tildele protonationstilstande osv. Marvin kan bruges til at visualisere strukturer, konvertere mellem forskellige strukturfilformater, tildele protonationstilstande osv. 



anvendelse 
oversigt 
 brugsoversigten kan fås med “vina --help

 Input: --receptor arg fast del af receptoren (PDBQT) --flex arg fleksibel side kæder, hvis der er nogen (PDBQT) --ligand arg ligand (PDBQT)Søg efter rum (påkrævet): --center_x arg X-koordinat for centrum --center_y arg Y-koordinat for centrum --center_z arg Z-koordinat for centrum --size_x arg størrelse i X dimension (Ångstrøm) --size_y arg størrelsen på Y-dimension (Ångstrøm) --size_z arg størrelse i Z dimension (Ångstrøm)Output (valgfri): --ud arg output modeller (PDBQT), der som standard er valgt baseret på de ligand-fil-navn --log arg du kan eventuelt skrive log fileMisc (valgfrit): --cpu arg antallet af CPU 'er, der skal bruges (standard er at forsøge at registrere antallet af CPU' er eller, hvis det ikke er tilfældet, bruge 1) - seed arg eksplicit tilfældigt frø-udtømmende arg (=8) udtømmende af den globale søgning (omtrent proportional med tiden): 1+ - num_modes arg (=9) maksimalt antal bindende tilstande til at generere-energy_range arg (=3) maksimal energiforskel mellem den bedste bindingstilstand og den værste viste (kcal/mol)konfigurationsfil (valgfrit): - config arg ovenstående muligheder kan sættes heroplysninger (Valgfrit): -- help display usage summary-help_advanced display usage summary med avancerede indstillinger - version display program version

konfigurationsfil
for nemheds skyld kan nogle kommandolinjeindstillinger placeres i en konfigurationsfil.
 for eksempel:

 receptor = hsg1/stiv.ligand = ligand.= 2center_y = 6center_y = - 7center_c = 25c = 25C = 25C = 4

i tilfælde af en konflikt har kommandolinjeindstillingen forrang for konfigurationsfilen en.
Søgeplads 
søgeområdet begrænser effektivt, hvor de bevægelige atomer, inklusive dem i de fleksible sidekæder, skal ligge.
udtømmende
med standardindstillingen (eller en given) indstilling af exhaustiveness er tiden brugt på søgningen allerede varieret heuristisk afhængigt af antallet af atomer, fleksibilitet osv. Normalt giver det ikke mening at bruge ekstra tid på at søge for at reducere sandsynligheden for ikke at finde det globale minimum af scoringsfunktionen ud over, hvad der er signifikant lavere end sandsynligheden for, at minimumet er langt fra den oprindelige konformation.Men hvis du føler, at den automatiske afvejning mellem udtømning og tid er utilstrækkelig, kan du øge exhaustiveness niveau. Dette bør øge tiden lineært og mindske sandsynligheden for ikke at finde minimumet eksponentielt.
Output
energi
den forudsagte bindingsaffinitet er i kcal/mol.
RMSD 
RMSD-værdier beregnes i forhold til den bedste tilstand og bruger kun bevægelige tunge atomer. To varianter af rmsd-metrics leveres, rmsd/lb (rmsd nedre grænse) og rmsd/ub (RMSD øvre grænse), der adskiller sig i, hvordan atomerne Matches i afstandsberegningen:


rmsd/ub matcher hvert atom i en konformation med sig selv i den anden konformation, ignorerer enhver symmetri 

rmsd' matcher hvert atom i en konformation med det nærmeste atom af samme elementtype i den anden konformation (rmsd' kan ikke være fordi det ikke er symmetrisk) 

rmsd/lb er defineret som følger:rmsd/lb(c1, c2) = max(rmsd'(c1, c2), rmsd'(c2, c1)) 

brintpositioner 
Vina bruger en United-Atom scoringsfunktion. Som i AutoDock er der brug for polære hydrogener i inputstrukturerne for korrekt at skrive tunge atomer som hydrogenbindingsdonorer. Men i Vina er de frihedsgrader, der kun bevæger hydrogener, som f.eks. Derfor kan nogle hydrogenatomer i udgangen forventes at blive placeret tilfældigt (men i overensstemmelse med den kovalente struktur). For en united-atom-behandling er dette i det væsentlige et kosmetisk problem. 
Separate modeller 
alle forudsagte bindingstilstande, inklusive positionerne for de fleksible sidekæder, placeres i en multimodel FBF-filspecificeret ved parameteren “out” eller valgt som standard baseret på ligandfilnavnet. Om nødvendigt kan denne fil splittestil individuelle modeller ved hjælp af et separat program kaldet “vina_split”, inkluderet i distributionen.
Avancerede indstillinger 
AutoDock Vinas “avancerede indstillinger” er beregnet til primært at blive brugt af folk, der er interesseret i metodeudvikling snarere end slutbrugerne. Brugsoversigten inklusive de avancerede indstillinger kan vises med

vina --help_advanced

de avancerede indstillinger tillader

scoring uden minimering 
udfører kun lokal optimering 
randomisering af input uden søgning (dette er nyttigt til test af dockingprogrammer) 
ændring af vægtene fra deres standardværdier (se papiret for hvad vægtene betyder) 
visning af de individuelle bidrag til den intermolekylære score, før vægtning (disse vises med “--score_only“; se papiret for hvad vilkårene er)

virtuel Screening
 du kan vælge nogle af de værktøjer, der er anført under andre programmer til at udføre virtuel screening. Alternativt, hvis du er bekendt med shell scripting, kan du gøre virtuel screening uden dem.
eksemplerne nedenfor antager, at Bash er din skal. De skal tilpasses dine specifikke behov.
for at udføre virtuel screening på vinduer, kan du enten bruge Cygvin og Bash scripts nedenfor, eller alternativt tilpasse dem til vinduet scripting sprog.
Linux, Mac
Suppose you are in a directory containing your receptor receptor.pdbqt and a set of ligands named ligand_01.pdbqtligand_02.pdbqt, etc.
You can create a configuration file conf.txt, such as

receptor = receptor.pdbqtcenter_x = 2center_y = 6center_z = -7size_x = 25size_y = 25size_z = 25num_modes = 9

and dock all ligands with this shell script.Scriptet antager, at vinaer i din PATH.Ellers skal du ændre det i overensstemmelse hermed.
 PBS Cluster 
Hvis du har en Beovulf cluster,kan du udføre de enkelte dockings parallelt. 
fortsætter med vores eksempel, i stedet for at udføre alle dockings i en loop lokalt,vil vi skrive en*.job script per ligand,og brugqsub (en PBS-kommando)til at planlægge disse scripts, der skal udføres af klyngen.
Kør dette shell script for at gøre det.Scriptet antager, at vinaog qsuber i din PATH.Ellers skal du ændre det i overensstemmelse hermed.
når jobene er planlagt, kan du overvåge deres status med



 valg af bedste resultater 
 Hvis du er på unik og i en mappe, der indeholder mapper med PDF-filer,som alle er autodock Vina-resultater, kan du finde dette python-script nyttigt til at vælge de bedste resultater. Kør det som:

vina_screen_get_top.py 10

for at få filnavnene på de 10 bedste hits, som derefter let kan kopieres. 
 historie
 korte oversigter over ændringer mellem versioner kan findesher.
 Citation
 hvis du brugte AutoDock Vina i dit arbejde, skal du citere: 
 O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: forbedring af hastigheden og nøjagtigheden af docking med en ny scoringsfunktion, effektiv optimering og multithreading,Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461
få hjælp
se denne sidehvis du har spørgsmål om AutoDock Vina.
rapportering af fejl 
potentielle fejlrapporter værdsættes meget, selvom du ikke er helt sikker på, at de er fejl.Du skal dog ikke medtage anmodninger om hjælp sammen med din fejlrapport.Se denne sideinsead.
sandsynlige fejl:

tidlig afslutning 
undladelse af at afslutte 
ændringer af de kovalente længder eller af de invariante vinkler i output 
“naturligvis forkerte” sammenstød (tjek din “søgeplads” dog) 
uenighed med dokumentationen 

sandsynligvis ikke fejl: 

alt, hvad der sker, før du kører Vina eller efter det er afsluttet 
 lejlighedsvis uenighed med eksperimentet 
 Vinas afvisning af at åbne en fil, der ikke findes (f. eks. prøv ls conf.txt for at se, om filen virkelig er der)

rapportering
du kan sende dine rapporter til autodock-postlisten. Husk at angive en beskrivende” Emne ” – linje og alle de oplysninger, der er nødvendige for at gengive det problem, du ser.